目的探索表观重塑调控生物钟基因对胃癌细胞铁死亡的影响。方法整合分析染色质可及性测序(assay for Transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)、组织转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)及单细胞...目的探索表观重塑调控生物钟基因对胃癌细胞铁死亡的影响。方法整合分析染色质可及性测序(assay for Transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)、组织转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)及单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNAseq)数据,从染色质可及性调控癌细胞基因表达的角度,筛选发现胃癌开放染色质可能招募与生物节律相关的关键转录因子NPAS2。胃癌组织免疫组化染色和生存分析发现NPAS2高表达与胃癌进展和临床预后相关。调控功能方面,生物信息学分析提示节律因子NPAS2与铁死亡通路显著相关;构建敲低及过表达NPAS2胃癌细胞株,结合CCK-8、丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量测定、BODIPY荧光染色及流式细胞术等功能实验,证实NPAS2对胃癌细胞铁死亡的抑制作用。结果昼夜节律转录因子NPAS2在胃癌进展中mRNA和蛋白水平表达量均显著上升,且其高表达与患者不良预后密切相关。NPAS2高表达与铁死亡通路失活相关,NPAS2高表达会使胃癌组织中多个铁死亡抑制基因(如SLC7A11、ACSL3)表达显著升高。细胞生物学实验表明,在胃癌细胞中过表达NPAS2增强铁死亡抵抗能力,敲低NPAS2则促进细胞发生铁死亡。结论胃癌中开放染色质可上调节律因子NPAS2,其通过赋予胃癌细胞铁死亡抵抗特性促进肿瘤进展,是潜在的治疗靶点。展开更多
目的检测生物节律基因NPAS2在结直肠癌组织及相应癌旁组织中的表达情况;明确NPAS2的表达与患者临床病理学参数之间的相关性,分析NPAS2表达与结直肠癌患者5年生存率之间的相关性,明确其在判断结直肠癌患者预后中的作用。方法采用RT-q PC...目的检测生物节律基因NPAS2在结直肠癌组织及相应癌旁组织中的表达情况;明确NPAS2的表达与患者临床病理学参数之间的相关性,分析NPAS2表达与结直肠癌患者5年生存率之间的相关性,明确其在判断结直肠癌患者预后中的作用。方法采用RT-q PCR检测NPAS2 m RNA在40例结直肠癌及癌旁新鲜组织中的表达;采用免疫组织化学SABC法检测NPAS2蛋白在120例肿瘤及癌旁石蜡标本中的表达;利用其中78例随访患者资料,K-M生存法分析NPAS2蛋白表达水平与患者生存率之间的相关性。结果 RT-q PCR结果提示,结直肠癌中NPAS2 m RNA表达显著低于相对应的癌旁组织(P<0.01);免疫组织化学结果提示,NPAS2蛋白表达在结直肠癌组织中的阳性率为19.2%,显著低于癌旁中的62.5%(P<0.05)。NPAS2的低表达与结直肠癌的肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期密切相关(P<0.05),而与患者年龄、性别、分化、浸润深度及远处转移无显著相关性(P>0.05)。K-M生存分析结果表明,NPAS2高表达组患者5年生存率显著高于低表达组,差异具有统计学意义(P<0.01)。结论NPAS2在结直肠癌组织中低表达,且与肿瘤部分恶性生物学行为及患者5年生存率密切相关,提示检测NPAS2的表达对预测结直肠癌患者预后具有重要意义。展开更多
目的采用逍遥散干预慢性应激损伤模型大鼠,观察其海马区神经PAS域蛋白2(neuronal PASdomain protein 2,Npas2)基因的表达及其DNA特定区域甲基化的修饰情况。方法将90只雄性Wistar大鼠随机分为空白对照组、慢性应激模型组和逍遥散治疗组,...目的采用逍遥散干预慢性应激损伤模型大鼠,观察其海马区神经PAS域蛋白2(neuronal PASdomain protein 2,Npas2)基因的表达及其DNA特定区域甲基化的修饰情况。方法将90只雄性Wistar大鼠随机分为空白对照组、慢性应激模型组和逍遥散治疗组,共3组,每组30只。造模采用Cart多相慢性应激大鼠模型并加以改进,逍遥散治疗组在造模同时每天给予逍遥散2 m L,连续造模21 d。采用RT-PCR一步法及免疫组织化学染色法测定各组大鼠海马区Npas2基因及其蛋白表达情况,基因甲基化检测采用SequenomMass ARRAY法。结果慢性应激损伤大鼠海马Npas2m RNA及其相应蛋白表达有明显变化,与空白对照组和逍遥散治疗组比较差异均有统计学意义,但其m RNA及相应蛋白表达变化趋势不一致,其基因某些特定区域的甲基化程度有升高的趋势(个别位点有统计学差异)。逍遥散治疗能够明显逆转慢性应激引起的Npas2m RNA及其相应蛋白的表达变化,相应区域DNA甲基化程度表现出下调趋势(个别位点有统计学差异)。结论 Npas2基因参与了慢性应激损伤过程,其表达变化可能与其基因某些特定位点的甲基化修饰变化有关,逍遥散能够逆转这种表达改变,可能是通过调节Npas2基因特定位点的甲基化程度发挥作用。展开更多
文摘目的探索表观重塑调控生物钟基因对胃癌细胞铁死亡的影响。方法整合分析染色质可及性测序(assay for Transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)、组织转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)及单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNAseq)数据,从染色质可及性调控癌细胞基因表达的角度,筛选发现胃癌开放染色质可能招募与生物节律相关的关键转录因子NPAS2。胃癌组织免疫组化染色和生存分析发现NPAS2高表达与胃癌进展和临床预后相关。调控功能方面,生物信息学分析提示节律因子NPAS2与铁死亡通路显著相关;构建敲低及过表达NPAS2胃癌细胞株,结合CCK-8、丙二醛(malondialdehyde,MDA)含量测定、BODIPY荧光染色及流式细胞术等功能实验,证实NPAS2对胃癌细胞铁死亡的抑制作用。结果昼夜节律转录因子NPAS2在胃癌进展中mRNA和蛋白水平表达量均显著上升,且其高表达与患者不良预后密切相关。NPAS2高表达与铁死亡通路失活相关,NPAS2高表达会使胃癌组织中多个铁死亡抑制基因(如SLC7A11、ACSL3)表达显著升高。细胞生物学实验表明,在胃癌细胞中过表达NPAS2增强铁死亡抵抗能力,敲低NPAS2则促进细胞发生铁死亡。结论胃癌中开放染色质可上调节律因子NPAS2,其通过赋予胃癌细胞铁死亡抵抗特性促进肿瘤进展,是潜在的治疗靶点。
文摘目的检测生物节律基因NPAS2在结直肠癌组织及相应癌旁组织中的表达情况;明确NPAS2的表达与患者临床病理学参数之间的相关性,分析NPAS2表达与结直肠癌患者5年生存率之间的相关性,明确其在判断结直肠癌患者预后中的作用。方法采用RT-q PCR检测NPAS2 m RNA在40例结直肠癌及癌旁新鲜组织中的表达;采用免疫组织化学SABC法检测NPAS2蛋白在120例肿瘤及癌旁石蜡标本中的表达;利用其中78例随访患者资料,K-M生存法分析NPAS2蛋白表达水平与患者生存率之间的相关性。结果 RT-q PCR结果提示,结直肠癌中NPAS2 m RNA表达显著低于相对应的癌旁组织(P<0.01);免疫组织化学结果提示,NPAS2蛋白表达在结直肠癌组织中的阳性率为19.2%,显著低于癌旁中的62.5%(P<0.05)。NPAS2的低表达与结直肠癌的肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期密切相关(P<0.05),而与患者年龄、性别、分化、浸润深度及远处转移无显著相关性(P>0.05)。K-M生存分析结果表明,NPAS2高表达组患者5年生存率显著高于低表达组,差异具有统计学意义(P<0.01)。结论NPAS2在结直肠癌组织中低表达,且与肿瘤部分恶性生物学行为及患者5年生存率密切相关,提示检测NPAS2的表达对预测结直肠癌患者预后具有重要意义。
