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儿童暴发性心肌炎miRNA的筛选及生物信息学分析
1
作者 王陆银 姚家芳 唐坎凯 《中国现代医生》 2025年第18期9-13,17,共6页
目的利用生物信息学对儿童暴发性心肌炎(fulminantmyocarditis,FM)患儿血清中差异表达的微RNA(microRNA,miRNA)及其靶基因进行分析,探索其发病机制。方法选择高通量公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的数据集GSE221090... 目的利用生物信息学对儿童暴发性心肌炎(fulminantmyocarditis,FM)患儿血清中差异表达的微RNA(microRNA,miRNA)及其靶基因进行分析,探索其发病机制。方法选择高通量公共基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的数据集GSE221090,并利用GEO2R在线工具进行生物信息学分析,筛选出差异表达miRNA。利用在线miRDB数据库预测差异表达miRNA的靶基因。采用DAVID工具对筛选出的靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建与差异表达基因相关联的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction networks,PPI),并筛选出核心基因。结果对FM患儿与健康志愿者血清中差异表达miRNA进行筛选,共获得148个差异表达miRNA,其中上调109个、下调39个。上调mi RNA和下调miRNA各取评分排名前10位,利用在线miRDB数据库对上述miRNA进行靶基因预测,纳入表达上调miRNA所调控的靶基因291个,表达下调miRNA所调控的靶基因290个。对靶基因进行GO和KEGG分析,显示表达上调miRNA所调控的靶基因主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signaling pathway,PI3K/Akt)信号通路、叉头盒O信号通路等相关信号通路,表达下调miRNA所调控的靶基因主要涉及转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)等相关信号通路。通过PPI和Cytoscape软件筛选出相关度评分排名前10位的差异表达基因:沉默调节蛋白1(sirtuin 1,SIRT1)、信号转导和转录激活因子3、雌激素受体1、H3.3组蛋白B、核受体共抑制因子1、干扰素调节因子4、白细胞介素-1β、Dicer1核糖核酸酶Ⅲ、组蛋白去乙酰化酶1(histone deacetylase 1,HDAC1)、DEAD盒解旋酶6。结论miR-22-3p、miR-4284等在儿童FM发病过程中发挥重要作用,可能与其调控的SIRT1和HDAC1表达水平相关,其机制可能通过PI3K/Akt、TGF-β等信号通路发挥生物学效应。 展开更多
关键词 暴发性心肌炎 微小RNA 基因芯片 生物信息学
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喉癌组织中的microRNA差异表达谱及miR-125a-5p抑制喉癌细胞增殖的初步研究 被引量：21
2
作者 张思毅 卢仲明 +5 位作者 宋新汉 张鸿彬 陈良嗣 罗小宁 陈少华 吴一龙 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期86-92,共7页
目的:筛选并分析喉癌组织与周围正常喉黏膜的微小RNA(microRNAs,miRNAs)之间的表达谱差异,为进一步研究miRNA与喉癌发生、发展的关系提供线索。方法:收集喉癌组织和癌旁正常喉黏膜标本共42对,随机选取10对标本进行miRNA微阵列基因芯片分... 目的:筛选并分析喉癌组织与周围正常喉黏膜的微小RNA(microRNAs,miRNAs)之间的表达谱差异,为进一步研究miRNA与喉癌发生、发展的关系提供线索。方法:收集喉癌组织和癌旁正常喉黏膜标本共42对,随机选取10对标本进行miRNA微阵列基因芯片分析,另选取32对标本进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,获得喉癌组织中的miRNA差异表达谱。应用MTT法和克隆形成实验检测miR-125a-5p对喉癌Hep2细胞增殖的影响。结果:喉癌组织中的let-7f-5p、miR-10a-5p、miR-125a-5p、miR-144-3p、miR-195-5p、miR-203等6个miRNA在基因芯片以及qRT-PCR中表达均显著下调。与对照组相比,转染miR-125a-mimics组的喉癌Hep2细胞增殖能力受到抑制,而转染miR-125a-inhibitor组Hep2细胞增殖能力增强。结论:基因芯片与qRT-PCR结果一致;喉癌与正常喉黏膜之间存在明显的miRNA差异表达,这些miRNA的差异性表达可能与喉癌的发病、侵袭等相关。miR-125a可以抑制喉癌Hep2细胞的增殖,可能作为喉癌生物治疗的新靶点。 展开更多
关键词 喉肿瘤 微小RNA 微阵列芯片 细胞增殖
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miR-148a-3p、miR-128、miR-588在乳腺癌中的表达情况及其与耐药性的关系 被引量：12
3
作者 陈元元 唐铁雷 +5 位作者 程永刚 李昭琦 王磊 李有怀 金依笑 王健生 《现代肿瘤医学》 CAS 2019年第12期2108-2113,共6页
目的:了解microRNA在乳腺癌中的表达情况,以及其对肿瘤化疗药物耐药性的影响。方法:获取GEOGSE71142的microRNA表达数据,通过edgeR和热图寻找乳腺癌耐药和药物敏感两组中差异性表达的microRNA。收集我院2012年至2015年100例病理诊断为... 目的:了解microRNA在乳腺癌中的表达情况,以及其对肿瘤化疗药物耐药性的影响。方法:获取GEOGSE71142的microRNA表达数据,通过edgeR和热图寻找乳腺癌耐药和药物敏感两组中差异性表达的microRNA。收集我院2012年至2015年100例病理诊断为乳腺癌的患者的癌及癌旁组织。使用qRT-PCR检测microRNA在癌和癌旁中的表达情况以及在MCF-7中的表达情况;应用配对t检验分析microRNA和T、N、M分期之间的关系。使用倾向值匹配模型(PSM),将患者分为耐药组和非耐药组,使用qRT-PCR检测microRNA的表达情况。使用Logistic回归模型进行多因素分析。按照microRNA的表达情况,进行亚组分析。结果:使用edgeR对GSE71142进行差异性表达分析,共筛选出了1 432个差异性表达的microRNA。应用qRT-PCR,配对样本t检验发现miR-148a-3p(P<0.05)、miR-128(P<0.05)、miR-466(P<0.05)、miR-31-5p(P<0.05)、miR-588(P<0.05)在癌和癌旁中差异性表达。卡方检验提示T分期、N分期、Her-2表达以及Cyclin-D1的表达情况与紫杉醇(PTX)耐药性有关(P<0.05)。PSM匹配后,在PTX耐药及PTX敏感中,qRT-PCR发现miR-148a-3p、miR-128、miR-588呈差异性表达(P<0.05)。ROC曲线提示miR-148a-3p(AUC:0.864,95%CI:0.737～0.991,P<0.05)、miR-128(AUC:0.859,95%CI:0.733～0.986,P<0.05)和miR-588(AUC:0.777,95%CI:0.623～0.930,P<0.05)。Logistic回归提示miR-148a-3p(OR=18. 36,P <0. 05)和miR-128是PTX耐药的保护因素(OR=5. 26,P <0. 05);而miR-588是PTX耐药的危险因素(OR=0. 35,P <0. 05)。miR-148a-3p的亚组分析提示其高表达和低表达均与Cyclin-D1的表达有关。结论:miR-148a-3p、miR-128、miR-466、miR-31-5p、miR-588有成为乳腺癌肿瘤标志物的可能;miR-148a-3p、miR-128、miR-588与乳腺癌的PTX耐药性有关; miR-148a-3p、miR-128可以用于判断患者的PTX耐药情况。miR-148a-3p可能通过Cyclin-D1调控PTX耐药性,但需要进一步的分子学机制研究证实。 展开更多
关键词 MICRORNA 耐药 差异性表达 肿瘤标志物 microRNA芯片 生物信息
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不稳定型心绞痛患者CD4+T淋巴细胞miRNA的差异表达 被引量：6
4
作者 陆永光 李浪 +2 位作者 陈妍梅 钟继明 曾书燚 《中国动脉硬化杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期323-326,共4页
目的通过检测不稳定型心绞痛患者循环血CD4+T淋巴细胞基因中miRNA的表达谱,筛选与正常对照者差异表达的miRNA,寻找对CD4+T淋巴细胞具有调控作用的miRNA,为进一步阐明miRNA在不稳定型心绞痛发病机制中的作用提供基础。方法利用密度梯度... 目的通过检测不稳定型心绞痛患者循环血CD4+T淋巴细胞基因中miRNA的表达谱,筛选与正常对照者差异表达的miRNA,寻找对CD4+T淋巴细胞具有调控作用的miRNA,为进一步阐明miRNA在不稳定型心绞痛发病机制中的作用提供基础。方法利用密度梯度离心法分离出不稳定型心绞痛患者和对照者外周血中的单个核细胞,免疫磁珠法进一步分离出CD4+T淋巴细胞。采用miRNA基因芯片技术检测CD4+T淋巴细胞miR-NA的表达谱,通过分析软件筛选出不稳定型心绞痛患者和对照者CD4+T淋巴细胞差异表达的miRNA。实时荧光定量聚合酶链反应对差异表达的miRNA进行验证。结果 miRNA基因芯片筛选结果显示,相对于对照者,不稳定型心绞痛患者外周血CD4+T淋巴细胞中表达显著上调的miRNA有miR-155、miR-21、miR-424和miR-127-3p,显著下调的有miR-30b和miR-181a。实时荧光定量聚合酶链反应验证结果与芯片筛选结果一致。结论筛选得到的不稳定型心绞痛患者循环血CD4+T淋巴细胞miRNA差异表达谱,可能参与了不稳定型心绞痛的发生发展。 展开更多
关键词 不稳定型心绞痛 淋巴细胞 微小核糖核酸 芯片
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人桥本甲状腺炎甲状腺组织中miRNAs表达谱的差异性分析 被引量：8
5
作者 张顺霞 李淑霞 +2 位作者 王江 陆勤 姜韬 《现代生物医学进展》 CAS 2015年第36期7171-7174,共4页
目的:桥本甲状腺炎是一种自身免疫性甲状腺疾病,且其发病率呈逐年上升趋势,在医疗实践中,HT被认为是原发性甲状腺功能减退最常见的原因,同时较易发生甲状腺癌和淋巴瘤。另外,HT缺乏早期诊断标准,临床上发病隐匿且表现多样,病人多不易察... 目的:桥本甲状腺炎是一种自身免疫性甲状腺疾病,且其发病率呈逐年上升趋势,在医疗实践中,HT被认为是原发性甲状腺功能减退最常见的原因,同时较易发生甲状腺癌和淋巴瘤。另外,HT缺乏早期诊断标准,临床上发病隐匿且表现多样,病人多不易察觉而延误治疗。本文旨在应用micro RNA芯片技术系统筛查HT病变甲状腺组织,以此研究并揭示其HT的miRNA表达谱变化。方法:本研究首先采用microRNA芯片技术,对正常甲状腺组织及桥本甲状腺炎甲状腺组织中micro RNA的表达进行比较,筛选桥本甲状腺炎中差异性表达的miRNAs。结果:与正常甲状腺相比,在桥本甲状腺炎及其合并甲状腺乳头状癌的一侧桥本甲状腺炎中分别有39个和25个miRNAs分子发生了差异性表达(P<0.05),比较2组中共有的miRNAs发现,miR-142-3p、miR-338-3p、miR-454、miR-146a、miR-29b-1*、miR-150、miR-223表达上调,miR-654-5p、miR-601、miR-198、miR-1226*表达下调(log2 FC≥2,P<0.05);而miR-142-5p在原发性桥本甲状腺炎中表达显著性升高近8倍(log2 FC=7.959,P<0.01)。结论:我们通过micro RNA芯片,首次直接系统筛查了桥本甲状腺炎病变组织相关miRNA表达谱,总体上初步掌握了与正常甲状腺相比,桥本甲状腺炎及合并甲状腺乳头状癌时其miRNA表达谱的变化情况,为我们后续的研究提供了方向与基础。 展开更多
关键词 桥本甲状腺炎 microRNA芯片 差异性
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结肠癌耐药细胞株LoVo/5-Fu中microRNA表达的初步研究 被引量：4
6
作者 何冬雷 谢小明 +2 位作者 刘玉 夏立平 许荣华 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第18期31-35,共5页
目的建立结肠癌细胞耐药模型LoVo/5-FU并初步筛选可能的耐药相关的microRNA。方法采用5-FU浓度递增法建立人结肠癌细胞耐药模型LoVo/5-FU,观察其生长规律并绘制细胞生长曲线;用MTT法鉴定耐药细胞株耐药性并计算耐药指数(RI);用microRNA... 目的建立结肠癌细胞耐药模型LoVo/5-FU并初步筛选可能的耐药相关的microRNA。方法采用5-FU浓度递增法建立人结肠癌细胞耐药模型LoVo/5-FU,观察其生长规律并绘制细胞生长曲线;用MTT法鉴定耐药细胞株耐药性并计算耐药指数(RI);用microRNA芯片技术检测耐药细胞株LoVo/5-FU与其亲本细胞株LoVo中mi-croRNA的表达谱,筛选差异表达的microRNA;用实时荧光定量PCR方法对筛选出的部分差异microRNA在耐药细胞及其亲本细胞中的表达情况进行验证。结果 LoVo/5-FU细胞与LoVo细胞相比,生长缓慢,细胞体积增大,耐药株LoVo/5-FU细胞相对于其亲本LoVo细胞的耐药倍数为8.08。microRNA芯片的结果显示,耐药株LoVo/5-FU细胞与亲本LoVo细胞比较,有10个microRNA表达上调,13个microRNA表达下调;实时荧光定量pcr的结果进一步证实mir-210、mir196a、mir-1281在LoVo/5-FU中显著上调,而let-7f、mir-1228显著下调,其中mir-210在LoVo/5-FU与LoVo中的表达有明显差异。结论 LoVo/5-FU细胞株耐药性稳定,筛选获得的差异miRNA可能通过调控其靶基因而参与人结肠癌细胞对5-Fu的耐药,为进一步研究microRNA在结肠癌耐药机制中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 结肠癌 耐药相关microRNA 5-氟尿嘧啶 LOVO 5-FU细胞株 microRNA芯片
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胰岛素抵抗小鼠血清微小RNA的芯片及信息学分析 被引量：4
7
作者 徐志伟 王文栋 常晓彤 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期738-744,共7页
目的:探讨胰岛素抵抗小鼠血清水平微小RNA(microRNAs)变化图谱及相关microRNAs的可能作用机制。方法:以高脂饲料喂养昆明小鼠,制备胰岛素抵抗模型;以微阵列芯片技术分析胰岛素抵抗小鼠及正常小鼠血清水平microRNAs变化图谱并以实时荧光... 目的:探讨胰岛素抵抗小鼠血清水平微小RNA(microRNAs)变化图谱及相关microRNAs的可能作用机制。方法:以高脂饲料喂养昆明小鼠,制备胰岛素抵抗模型;以微阵列芯片技术分析胰岛素抵抗小鼠及正常小鼠血清水平microRNAs变化图谱并以实时荧光定量PCR进行验证;以miRanda数据库对差异microRNAs进行靶点基因预测;以miRBase数据库获得与胰岛素抵抗相关的microRNAs序列;基于microRNAs序列,应用STRING在线分析工具(http://string.embl.de/)预测蛋白质相互作用关系。结果:胰岛素抵抗小鼠血清中miR-125、miR-126、miR-143、miR-30a、miR-199a、miR-127、miR-184、miR-30e、miR-134、miR-195、miR-206、miR-429、miR-212、miR-362、miR-382、miR-154和miR-466h表达显著上调,miR-211、miR-504、miR-877和miR-1930显著下调。与胰岛素抵抗密切相关的miR-143可以结合脂肪量及肥胖相关蛋白(FTO)的3’-UTR,并且FTO与Rpgrip1l、Tmem18、Mc4r、Npy、Hhex、Tcf712、Cdkal1、Slc30a8、Igf2bp2和Thada相互作用。结论:在高脂饮食诱导的胰岛素抵抗小鼠血清中有21种microRNAs相比正常小鼠出现了显著变化,表达显著上调的有17个。应用在线分析工具发现与胰岛素抵抗密切相关的miR-143可以调节FTO蛋白表达,并且FTO与另外10种与糖尿病发生发展相关的蛋白相互作用,这将有助于对胰岛素抵抗机制的全面了解。 展开更多
关键词 胰岛素抵抗 微小RNA 芯片 信息学
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采用xMap技术检测肺癌患者外周血单个核细胞microRNA的表达变化及其意义 被引量：4
8
作者 蒋敏 顾国浩 +2 位作者 朱敏 张静 郑元 《广东医学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期57-59,共3页
目的探讨外周血单个核细胞中microRNA(miRNA)在肺癌患者和正常对照者中的差异及其临床意义。方法采用RNA-DNA嵌合探针,利用液态芯片(xMap)技术检测30例肺癌患者治疗前和30例正常对照者外周血单个核细胞中miR-20a、miR-21、miR-31、miR-... 目的探讨外周血单个核细胞中microRNA(miRNA)在肺癌患者和正常对照者中的差异及其临床意义。方法采用RNA-DNA嵌合探针,利用液态芯片(xMap)技术检测30例肺癌患者治疗前和30例正常对照者外周血单个核细胞中miR-20a、miR-21、miR-31、miR-126、miR-145、miR-222、miR-372的表达量。结果肺癌患者外周血单个核细胞中miR-145、miR-20a、miR-222、miR-21、miR-372高于正常对照者,差异有统计学意义(P<0.05)。结论利用RNA-DNA嵌合探针,采用xMap检测技术,能准确快速地检测肺癌患者外周血单个核细胞中miRNA,其表达的变化可能与肺癌的发生、发展有密切关系,对肺癌的早期诊断可能有一定价值。 展开更多
关键词 MICRORNA 液态芯片 肺癌
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人结直肠癌微小核糖核酸的差异表达及其临床意义 被引量：3
9
作者 陈卫昌 林茂松 +4 位作者 黄俊星 叶玉兰 郜恒骏 宋振云 沈晓莹 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2010年第30期3187-3194,共8页
目的:研究人结直肠癌、腺瘤和癌旁正常组织中微小核糖核酸(microRNAs,miRNAs)的差异表达谱,并初步探讨其临床意义.方法:选取2008-01/07苏州大学附属第一医院和泰州市人民医院结直肠癌、对应癌旁正常组织以及结直肠腺瘤标本,提取组织总R... 目的:研究人结直肠癌、腺瘤和癌旁正常组织中微小核糖核酸(microRNAs,miRNAs)的差异表达谱,并初步探讨其临床意义.方法:选取2008-01/07苏州大学附属第一医院和泰州市人民医院结直肠癌、对应癌旁正常组织以及结直肠腺瘤标本,提取组织总RNA,采用illumina microRNA芯片技术检测3种不同类型组织中miRNAs的表达,采用实时定量PCR技术对芯片检测结果进行验证.将结直肠癌组织中异常表达的miRNAs与结直肠癌患者的临床病理资料进行分析.结果:3种不同类型结直肠组织中miRNAs表达有明显差异,结直肠癌与癌旁正常组织相比,有65个miRNAs表达异常(P<0.001),其中35个上调,30个下调,而腺瘤与正常结直肠组织相比,有55个miRNAs表达差异(P<0.001),其中上调29个,下调26个.有25个miRNAs相对于正常组织同时在结直肠癌和腺瘤中异常表达,其中高表达12个,低表达有13个.与腺瘤相比,结直肠癌中有25个miRNAs表达异常(P<0.01),其中13个上调,12个下调.进一步定量PCR验证结果显示与正常结直肠黏膜组织相比,在癌组织中miR-552,miR-142-3p上调(2.97±2.72vs0.98±0.48;3.64±3.41vs1.31±0.61,均P<0.05),miR-139-3p和miR-133b下调(0.10±0.26vs0.82±0.70,0.81±0.67vs1.71±1.29,均P<0.05),与芯片结果相吻合.miR-552和miR-139-3p与结直肠癌患者年龄、性别、组织学、肿瘤大小和浸润深度无关(P>0.05),而miR-552与TNM分期、淋巴结和肝转移相关(P<0.05),miR-139-3p与TNM分期和肝转移相关(P<0.05),miR-142-3p除与组织学有关外,与其他临床病理参数无关,miR-133b与年龄相关,而与其他临床病理参数无关.结论:miRNAs参与了结直肠的癌变过程,特异的miRNAs的表达可能成为结直肠癌潜在的早期诊断和治疗新靶点. 展开更多
关键词 结直肠癌 微小核糖核酸芯片 微阵列 实时定量聚合酶链式反应
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MicroRNA在直肠癌中的表达谱 被引量：4
10
作者 屈昌民 梁淑文 +5 位作者 李连勇 曹艳菊 王晓英 翟静妤 宫淑娟 刘庆森 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2012年第16期1407-1414,共8页
目的:研究直肠癌microRNA(miRNA)表达谱,以期发现直肠癌发生过程和正常直肠黏膜组织的miRNA差异表达谱,并理论上预测可能受其调控的靶基因.方法:选择2011-01/03于中国人民解放军第306医院肠镜检查的进展期直肠癌患者,对直肠癌及正常组... 目的:研究直肠癌microRNA(miRNA)表达谱,以期发现直肠癌发生过程和正常直肠黏膜组织的miRNA差异表达谱,并理论上预测可能受其调控的靶基因.方法:选择2011-01/03于中国人民解放军第306医院肠镜检查的进展期直肠癌患者,对直肠癌及正常组织进行miRNA芯片检测,筛选直肠癌、正常直肠组织差异表达的miRNA,并运用Gomir分析软件筛选TargetScan、PicTar、miRanda3个预测软件同时预测出的靶基因.结果:选择直肠癌组织、正常直肠黏膜组织标本各2例,通过Affymetrix miRNAs芯片检测,发现直肠腺癌与正常直肠黏膜相比,上调的miRNA为miR-15a、miR-18a、miR-18a*、miR-21、miR-24-2*、miR-27a等37种,下调的为miR-139-5p、miR-139-3p、miR-215、miR-200b、miR-133a、miR-150等18种.依据Ratio值,选择其中最高者miR-31和最低者miR-375进行预测其靶基因.预测ZFHX4可能为miR-375的靶基因,预测BACH2、FZD3等可能为miR-31的靶基因.结论:直肠癌和正常直肠黏膜相比有其特异的miRNA表达谱,miRNA在直肠癌的发生中可能起到重要作用,受其调控的靶基因及作用方式值得进一步研究. 展开更多
关键词 直肠癌 微小RNA 芯片 表达谱
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APPswe/PS△E9双转基因小鼠脑组织miRNA的表达 被引量：5
11
作者 丁宇 田密 +4 位作者 刘建锋 邓炎尧 李维 奉夏露 侯德仁 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1280-1283,共4页
目的观察APPswe/PS△E9双转基因小鼠与正常小鼠脑组织内miRNA的差异表达,探索miRNA在阿尔茨海默病中的可能作用。方法采用6月龄APPswe/PS△E9双转基因小鼠作为实验组,同月龄、同种系野生型小鼠C57作为对照组,基因芯片检测两组小鼠脑组织... 目的观察APPswe/PS△E9双转基因小鼠与正常小鼠脑组织内miRNA的差异表达,探索miRNA在阿尔茨海默病中的可能作用。方法采用6月龄APPswe/PS△E9双转基因小鼠作为实验组,同月龄、同种系野生型小鼠C57作为对照组,基因芯片检测两组小鼠脑组织miRNA表达;比较两组小鼠miRNA的差异表达。结果与对照组比较,实验组中表达上/下调2倍以上的miRNA有miRNA-135a、miRNA-135a-2*、miRNA-298、miRNA-466b-3p、miR-669-3p、miR-142-5p、miR-144、miR-466f-3p、miR-466g、miR-200a、miR-200b、miR-96等12种,但有统计学意义(P<0.05)的均是下调的5种miRNA:miRNA-135a、miRNA-135a-2*、miRNA-298、miRNA-466b-3p和miR-669-3p。结论 miRNA-135a、miRNA-135a-2*、miRNA-298、miRNA-466b-3p和miR-669-3p可能是在APPswe/PS△E9双转基因小鼠发病中有意义的miRNA。 展开更多
关键词 APPswe/PS△E9双转基因小鼠 ALZHEIMER病 MIRNA 基因芯片
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血瘀质非创伤性股骨头坏死miRNA差异表达筛选及生物信息学分析 被引量：6
12
作者 周明旺 李盛华 +7 位作者 邓昶 付志斌 吉星 陈彦同 胡星荣 刘一飞 王鹏志 赵秋玥 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2020年第8期36-40,共5页
目的筛选血瘀质、非血瘀质非创伤性股骨头坏死(NONFH)患者与健康人外周血中差异表达的miRNA,建立miRNA表达谱,分析其生物学信息,为血瘀质NONFH的防治提供依据。方法选取血瘀质、非血瘀质NONFH患者各10例(NONFH组)和健康志愿者8例(正常... 目的筛选血瘀质、非血瘀质非创伤性股骨头坏死(NONFH)患者与健康人外周血中差异表达的miRNA,建立miRNA表达谱,分析其生物学信息,为血瘀质NONFH的防治提供依据。方法选取血瘀质、非血瘀质NONFH患者各10例(NONFH组)和健康志愿者8例(正常组),采用RT-PCR检测其血浆miRNA相对表达量,筛选差异表达的miRNA。应用实时荧光定量PCR对差异表达的hsa-miR-365a-3p、hsa-miR-483-3p进行验证。采用TargetScan、microRNAorg、PITA在线数据库对差异miRNA进行靶基因预测,并进行靶基因生物信息学分析。结果与正常组比较,NONFH组有差异表达的miRNA 50个,其中上调21个,下调29个。与非血瘀质NONFH组比较,血瘀质NONFH组有差异表达的miRNA 33个,其中上调10个,下调23个。经筛选,最终确定血瘀质NONFH差异表达miRNA 5个。实时荧光定量PCR验证结果与miRNA芯片结果相符。3个在线数据库共筛选出交集靶基因11个,仅表达下调miRNA中hsa-miR-365a-3p检出交集靶基因11个,余未检测出交集靶基因。GO分析显示,差异表达miRNA主要与受体结合、蛋白及酶的活性有关。Pathway分析显示,血瘀质NONFH差异表达miRNA靶基因主要富集于轴突导向、Rap1、赖氨酸降解、Fc epsilon RI、甘油磷脂代谢、T细胞受体、血小板活化、成骨细胞分化等多个信号通路。结论血瘀质NONFH差异表达miRNA可能通过调控Rap1、赖氨酸降解、甘油磷脂代谢、血小板活化、成骨细胞分化、Ras、PI3K-Akt等信号通路参与NONFH发生发展过程。 展开更多
关键词 血瘀质 非创伤性股骨头坏死 MIRNA 基因芯片 生物信息学
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促胃液素高表达大肠癌组织中microRNA表达差异分析 被引量：2
13
作者 茆家定 杨光 吴佩 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期814-818,共5页
目的运用基因芯片技术筛选促胃液素(GAS)高表达的大肠癌组织中差异表达的微RNA(miRNA)。方法运用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测71例大肠癌患者癌组织标本中GAS的含量,分析大肠癌组织中GAS表达水平与临床病理特征的关系。选择GAS表达强阳... 目的运用基因芯片技术筛选促胃液素(GAS)高表达的大肠癌组织中差异表达的微RNA(miRNA)。方法运用酶联免疫吸附实验(ELISA)检测71例大肠癌患者癌组织标本中GAS的含量,分析大肠癌组织中GAS表达水平与临床病理特征的关系。选择GAS表达强阳性(高表达组)与阴性(对照组)的患者各4例,对其癌组织进行miRNA芯片分析,并采用qPCR验证差异表达的miRNA。结果 GAS含量≥50.00pg/g(阳性表达)的患者17例(23.9%),其余54例(76.1%)GAS表达阴性。癌组织中GAS表达水平与其分化程度、Dukes分期及组织学类型有关(P均<0.05)。GAS高表达组(GAS含量>200.00pg/g)中与对照组癌组织相比发生显著变化的miRNA共236个,与对照组比较,在高表达组中表达上调的miRNA共159个,表达下调的miRNA的数目为77个。筛选出GAS高表达组中的3倍以上表达差异的miRNA 24个,其中上调17个、下调7个;分别选择表达上调和下调的miRNA各3个进行qPCR验证,验证结果与芯片分析结果基本一致。结论 GAS高表达大肠癌组织中miRNA的表达存在显著变化,差异表达miRNA可能是治疗GAS高表达大肠癌的潜在靶点。 展开更多
关键词 结直肠癌 促胃液素类 微RNAS 芯片分析技术
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miRNA的鉴定及检测方法的概述 被引量：2
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作者 丛立新 张金玉 赵志辉 《饲料工业》 北大核心 2014年第3期58-60,共3页
MicroRNA(miRNA)因其分子序列短小,与基因组中较多的序列以互补方式存在,在不同生物体内以不同的方式与靶基因结合,且能够与多种蛋白相互作用,因而建立一种有效且普遍适用的鉴定及检测方法异常困难。科研人员经过不断的研究和探索,总结... MicroRNA(miRNA)因其分子序列短小,与基因组中较多的序列以互补方式存在,在不同生物体内以不同的方式与靶基因结合,且能够与多种蛋白相互作用,因而建立一种有效且普遍适用的鉴定及检测方法异常困难。科研人员经过不断的研究和探索,总结出MicroRNA的鉴定和检测方法,研究重点介绍miRNA的两种鉴定方法及其几种有效的检测方法,为进一步对其进行研究提供理论基础。 展开更多
关键词 MICRORNA 芯片技术 RNA印迹 原位杂交
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再生障碍性贫血患儿骨髓间充质干细胞基因和microRNA表达谱对照研究 被引量：1
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作者 李福兴 蒋莎义 +5 位作者 谢晓恬 周吉吉 石苇 邵越霞 周晓迅 曹萍 《上海医学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期606-609,I0001,共5页
目的拟用干细胞功能分类基因芯片与microRNA(miRNA)芯片对照分析,进一步研究骨髓间充质干细胞(MSCs)在再生障碍性贫血(AA)发病中的作用。方法选取AA患儿(AA组)和无任何骨髓受累的非血液病患儿(对照组)各10例,体外分离、培养骨髓MSCs,并... 目的拟用干细胞功能分类基因芯片与microRNA(miRNA)芯片对照分析,进一步研究骨髓间充质干细胞(MSCs)在再生障碍性贫血(AA)发病中的作用。方法选取AA患儿(AA组)和无任何骨髓受累的非血液病患儿(对照组)各10例,体外分离、培养骨髓MSCs,并每组各选2例第3代骨髓MSCs。利用干细胞功能分类基因芯片和miRNA芯片检测AA组与对照组的差异表达基因和miRNA。通过差异基因和差异miRNA比对,挑选出人类miRNA miR-107(hsa-miR-107),并行实时荧光定量-聚合酶链反应以进一步验证。结果 AA组与对照组表达相差2倍以上的基因共62个,其中下调基因10个,上调基因52个。基于生物信息学预测的方法,将差异基因与差异miRNA进行比对,AA组MSCs中hsa-miR-107的相对表达量显著高于对照组(P<0.05)。结论人成纤维细胞生长因子2(FGF2)及其对应的miRNA hsa-miR-107表达异常的骨髓MSCs可能在AA患儿的发病中起重要作用。 展开更多
关键词 再生障碍性贫血 间充质干细胞 microRNA芯片 人类miRNA miR-107
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喉鳞癌中microRNA-197表达水平的研究 被引量：3
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作者 李俊 王建中 +2 位作者 黄新生 白广平 童华 《中国临床医学》 2013年第4期443-446,共4页
目的:检测喉鳞癌细胞株Hep-2中microRNAs(miRNAs)的表达谱,并测定喉鳞癌组织中miRNA-197(miR-197)的表达水平。方法:采用miRNAs芯片技术检测喉鳞癌细胞株Hep-2、正常人支气管上皮细胞株HBEAs-2B中miRNAs的表达,得到miRNAs表达谱。根据mi... 目的:检测喉鳞癌细胞株Hep-2中microRNAs(miRNAs)的表达谱,并测定喉鳞癌组织中miRNA-197(miR-197)的表达水平。方法:采用miRNAs芯片技术检测喉鳞癌细胞株Hep-2、正常人支气管上皮细胞株HBEAs-2B中miRNAs的表达,得到miRNAs表达谱。根据miRNAs芯片结果,挑选Hep-2中表达显著上调的miR-197,并采用实时定量逆转录聚合酶链反应(realtime quantitative reverse-transcriptase polymerase chain reaction,RT-PCR)验证miR-197在20例喉鳞癌组织及10例癌旁正常组织中的表达。结果:miRNAs芯片结果表明,Hep-2细胞株中有166个miRNAs上调,如miR-197、miR-133b等;47个miRNAs下调,如miR-519d、miR-20b等。RT-PCR检测结果显示,miR-197在喉鳞癌组织中表达水平显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。结论:miR-197在喉鳞癌中表达显著上调,可能作为喉鳞癌的特异性miRNA在喉鳞癌的发生发展过程中有重要作用。 展开更多
关键词 MICRORNAS 喉鳞癌 microRNA-197 芯片
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化疗耐药及敏感卵巢癌细胞差异表达microRNA的筛查与组织鉴定 被引量：14
17
作者 陶陶 王敏 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期118-122,共5页
目的探讨microRNA在卵巢浆液性癌化疗耐药及敏感组织的差异表达，为卵巢浆液性癌化疗耐药的研究提供理论依据。方法应用microRNA表达谱基因芯片，研究紫杉醇耐药卵巢癌细胞skov3-tr30及其敏感细胞skov3基因表达谱，获得表达差异的micro... 目的探讨microRNA在卵巢浆液性癌化疗耐药及敏感组织的差异表达，为卵巢浆液性癌化疗耐药的研究提供理论依据。方法应用microRNA表达谱基因芯片，研究紫杉醇耐药卵巢癌细胞skov3-tr30及其敏感细胞skov3基因表达谱，获得表达差异的microRNA后，选取部分差异表达的microRNA用实时聚合酶链反应对化疗耐药与敏感卵巢浆液性癌组织各20例进行验证。结果通过microRNA表达谱基因芯片方法筛选出171个与卵巢癌细胞化疗耐药相关microRNA，基因表达增高（上调趋势）69个，为miR-17、miR-19b、miR-92—1、miR-210、miR-1307等；基因表达降低（下调趋势）102个，为miR—134、miR-34、miR一196b等。miR-17～92是与卵巢癌耐药最相关的microRNA之一。miR—17～92基因簇在化疗耐药卵巢浆液性癌组织中表达水平显著高于敏感组织，差异有统计学意义（P〈0．01）。miR-17～92基因簇表达与卵巢浆液性癌及化疗耐药卵巢浆液性癌患者绝经前后、手术病理分期、组织学分级、是否行淋巴结清扫术和有无淋巴结转移均无明显相关性（均P〉0．05）。结论microRNA表达谱基因芯片可筛查出化疗耐药及敏感卵巢癌细胞的差异表达基因，miR-17～92基因簇与卵巢浆液性癌化疗耐药有关。 展开更多
关键词 表达谱基因芯片 卵巢浆液性癌 化疗耐药及敏感 miR-17~92 实时聚合酶链反应
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结肠癌化疗耐药相关miRNA表达谱的初步研究 被引量：7
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作者 陈敏 张锦松 +2 位作者 徐霖 陈两洲 宋学 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期175-180,共6页
目的:应用基因芯片技术筛选结肠癌耐药相关微小RNAs (miRNAs),探究miRNAs对化疗耐药的调控机制。方法:采用基因芯片技术分析结肠癌细胞系HCT8及其耐长春新碱细胞系HCT8/v中miRNAs的表达差异,对部分差异表达的miRNAs应用RT-qPCR进行验证... 目的:应用基因芯片技术筛选结肠癌耐药相关微小RNAs (miRNAs),探究miRNAs对化疗耐药的调控机制。方法:采用基因芯片技术分析结肠癌细胞系HCT8及其耐长春新碱细胞系HCT8/v中miRNAs的表达差异,对部分差异表达的miRNAs应用RT-qPCR进行验证,对表达差异显著的miRNAs进行靶基因预测,利用Gene Ontology (GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对预测到的靶基因进行生物信息学分析。结果:筛选出342个差异表达miRNAs,其中190个表达上调,152个表达下调。RT-qPCR验证结果示miR-125-5p、miR-181c-5p和miR-153-3的表达情况和芯片检测结果一致;miR-130a-3p和miR-149-3p的表达与芯片检测结果不一致。GO分析结果显示,耐药相关基因主要富集的旁路是RNA聚合酶II调控区序列特异性DNA结合旁路,主要通过正向调节发挥作用,位置主要是在细胞内有界细胞器上。KEGG分析结果显示,耐药相关基因最为富集的是轴突导向通路、胰岛素信号通路及磷脂酶D信号通路。结论:miRNAs与结肠癌化疗耐药密切相关。对这些miRNAs的研究能使我们对结肠癌的化疗耐药机制有更深入的理解,并为逆转化疗耐药提供新的思路。 展开更多
关键词 结肠癌 化疗 耐药性 微小RNA 基因芯片 生物信息学
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微小RNA差异表达谱在原发性干燥综合征的应用 被引量：2
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作者 王笑颜 王友庆 +5 位作者 沈翠芬 金文君 王翔 邵圣文 邹伟华 顾金华 《中华临床免疫和变态反应杂志》 2015年第4期267-272,I0005,共7页
目的探索原发性干燥综合征(primary Sjgren’s syndrome,p SS)患者血清中相关的差异表达微小RNA(microRNA,miRNA)。方法健康对照组和pSS组各选1例进行芯片分析,筛选出p SS患者与健康对照组表达差异有统计学意义的miRNA;选取6例健康对... 目的探索原发性干燥综合征(primary Sjgren’s syndrome,p SS)患者血清中相关的差异表达微小RNA(microRNA,miRNA)。方法健康对照组和pSS组各选1例进行芯片分析,筛选出p SS患者与健康对照组表达差异有统计学意义的miRNA;选取6例健康对照和6例pSS患者治疗前后的血清,采用荧光定量法对差异表达的miRNA进行验证;通过Target Scan、miRanda以PicTar预测miRNA作用的靶基因并分析相关信号通路的生物学信息。结果共发现53条miRNA表达差异有统计学意义,选取22条差异倍数>1.5倍的miRNA,p SS治疗前组与对照组比较miR-146a-5p、miR-4484和miR-4687-5p表达均上调(P<0.05),miR-146a-5p和miR-4687-5p验证结果与芯片一致。治疗前组和治疗后组比较,miR-146a-5p和miR-4484表达均下调(P<0.05),而miR-4687-5p表达依然上调。靶基因预测结果显示p SS中miRNA可能通过Notch信号通路和花生四烯酸以及溶酶体等代谢发挥信号转导作用。结论 pSS患者与健康人群存在差异表达的miRNA,这些miRNA表达可能参与pSS疾病的发生和发展,对p SS诊断有一定价值。 展开更多
关键词 原发性干燥综合征 微小RNA微阵列芯片技术 荧光定量反转录聚合酶链反应
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卵巢浆液性癌组织中microRNA表达谱分析 被引量：2
20
作者 马丽 马会明 +1 位作者 崔娇 张雪玉 《宁夏医科大学学报》 2017年第2期149-153,F0004,共6页
目的寻找与卵巢浆液性癌相关的microRNA,积累以国内患者为数据来源的microRNA表达谱资料,并初步探讨其临床意义。方法利用microRNA芯片,筛查卵巢浆液性癌组织及正常卵巢组织中差异表达的microRNA,用实时荧光定量PCR在58份卵巢组织标本... 目的寻找与卵巢浆液性癌相关的microRNA,积累以国内患者为数据来源的microRNA表达谱资料,并初步探讨其临床意义。方法利用microRNA芯片,筛查卵巢浆液性癌组织及正常卵巢组织中差异表达的microRNA,用实时荧光定量PCR在58份卵巢组织标本中进行验证,并分析microRNA表达水平与卵巢浆液性癌临床病理特征之间的关系。结果与正常卵巢组织比较,芯片结果显示卵巢浆液性癌有9个microRNA明显上调,分别是hsa-mi R-141-3p、hsa-mi R-200a-3p、hsa-mi R-200b-3p、hsa-mi R-200c-3p、hsa-mi R-224-5p、hsa-mi R-7-5p、hsa-mi R-142-3p、hsa-mi R-21-5p、hsa-mi R-142-5p,6个microRNA明显下调,分别是hsa-mi R-424-5p、hsa-mi R-214-3p、hsa-mi R-125b-5p、hsa-let-7b-5p、hsa-mi R-199a-5p、hsa-mi R-100-5p。实时荧光定量PCR验证结果与芯片结果一致。对差异microRNA进行分层分析发现,与卵巢浆液性癌Ⅰ-Ⅱ期、淋巴结未转移患者比较,Ⅲ-Ⅳ期、淋巴结有转移患者的hsa-mi R-21-5p表达均增高,hsa-mi R-125b-5p表达均降低(P<0.05);而在高级别与低级别卵巢癌患者之间microRNA的表达水平差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论卵巢浆液性癌中异常表达的microRNA可能与肿瘤的发生发展相关。 展开更多
关键词 浆液性卵巢癌 micro RNA 微阵列芯片技术 实时定量反转录聚合酶链反应
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