本研究初步探讨过表达miRNA-320a对抑制神经胶质瘤U251细胞迁移、侵袭的可能的机制。实验开始前我们利用生物信息学软件进行分析对比miRNA-320a与水通道蛋白4(AQP4)之间的靶点结合关系,然后我们用miRNA-320a mimic及Ncontrol对U251细胞...本研究初步探讨过表达miRNA-320a对抑制神经胶质瘤U251细胞迁移、侵袭的可能的机制。实验开始前我们利用生物信息学软件进行分析对比miRNA-320a与水通道蛋白4(AQP4)之间的靶点结合关系,然后我们用miRNA-320a mimic及Ncontrol对U251细胞株进行转染,48 h后进行下一步实验。首先用q-PCR验证过表达转染情况,以及水通道蛋白4(AQP4)m RNA的表达水平,其次用划痕和Transwell检测转染后细胞株的迁移侵袭能力,最后用Western blotting测定AQP4的表达水平。生物信息分析可得miRNA-320a在AQP4 m RNA 3'UTR区域能稳定结合,实验结果显示转染mimic后,过表达组明显升高,且过表达组AQP4 m RNA的表达明显被抑制,划痕和Transwell实验提示了过表达miRNA-320a后能抑制U251细胞株的迁移侵袭能力(p<0.01)。Western blotting结果显示,过表达miRNA-320a与对照组相比能明显抑制AQP4蛋白的表达。所有研究结果提示miRNA-320a能靶向作用AQP4 m RNA 3'UTR区域,并抑制其蛋白表达,从而抑制了肿瘤细胞U251的迁移侵袭能力,为临床治疗恶性胶质瘤提供新的参考。展开更多
目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通...目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用“结合态miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)”初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3序贯检测法)的优势。结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50位。miR-320在小鼠肺组织中可作用于26类靶基因,其中19类为已知基因(18类为mRNA以及1类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8~-21.8 kcal·mol^(-1)之间;Alphafold3预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26类靶基因为miR-320作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的“CSCT+Alphafold3序贯检测法”对于靶基因谱的检测准确率更高。这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用。结论:清肺排毒汤所含miR-320在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的“CSCT+Alphafold3”法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术。展开更多
文摘本研究初步探讨过表达miRNA-320a对抑制神经胶质瘤U251细胞迁移、侵袭的可能的机制。实验开始前我们利用生物信息学软件进行分析对比miRNA-320a与水通道蛋白4(AQP4)之间的靶点结合关系,然后我们用miRNA-320a mimic及Ncontrol对U251细胞株进行转染,48 h后进行下一步实验。首先用q-PCR验证过表达转染情况,以及水通道蛋白4(AQP4)m RNA的表达水平,其次用划痕和Transwell检测转染后细胞株的迁移侵袭能力,最后用Western blotting测定AQP4的表达水平。生物信息分析可得miRNA-320a在AQP4 m RNA 3'UTR区域能稳定结合,实验结果显示转染mimic后,过表达组明显升高,且过表达组AQP4 m RNA的表达明显被抑制,划痕和Transwell实验提示了过表达miRNA-320a后能抑制U251细胞株的迁移侵袭能力(p<0.01)。Western blotting结果显示,过表达miRNA-320a与对照组相比能明显抑制AQP4蛋白的表达。所有研究结果提示miRNA-320a能靶向作用AQP4 m RNA 3'UTR区域,并抑制其蛋白表达,从而抑制了肿瘤细胞U251的迁移侵袭能力,为临床治疗恶性胶质瘤提供新的参考。
文摘目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用“结合态miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)”初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3序贯检测法)的优势。结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50位。miR-320在小鼠肺组织中可作用于26类靶基因,其中19类为已知基因(18类为mRNA以及1类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8~-21.8 kcal·mol^(-1)之间;Alphafold3预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26类靶基因为miR-320作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的“CSCT+Alphafold3序贯检测法”对于靶基因谱的检测准确率更高。这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用。结论:清肺排毒汤所含miR-320在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的“CSCT+Alphafold3”法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术。
