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Sensitivity analysis for causal mediation analysis with Mendelian randomization
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作者 Zhiya Chen Yuxi Chen Hong Zhang 《中国科学技术大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期22-32,49,I0004,I0008,I0009,共15页
Mendelian randomization(MR)is widely used in causal mediation analysis to control unmeasured confounding effects,which is valid under some strong assumptions.It is thus of great interest to assess the impact of violat... Mendelian randomization(MR)is widely used in causal mediation analysis to control unmeasured confounding effects,which is valid under some strong assumptions.It is thus of great interest to assess the impact of violations of these MR assumptions through sensitivity analysis.Sensitivity analyses have been conducted for simple MR-based causal average effect analyses,but they are not available for MR-based mediation analysis studies,and we aim to fill this gap in this paper.We propose to use two sensitivity parameters to quantify the effect due to the deviation of the IV assumptions.With these two sensitivity parameters,we derive consistent indirect causal effect estimators and establish their asymptotic propersties.Our theoretical results can be used in MR-based mediation analysis to study the impact of violations of MR as-sumptions.The finite sample performance of the proposed method is illustrated through simulation studies,sensitivity ana-lysis,and application to a real genome-wide association study. 展开更多
关键词 mendelian randomization mediation analysis sensitivity analysis summary data
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多组学拓展骨质疏松症的新治疗靶点:亚洲、欧洲项目组数据分析
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作者 陈勇喜 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第24期6382-6389,共8页
背景:随着中国老龄化进程的加快,骨质疏松症患者也逐渐增多,而全基因组关联研究和单细胞转录测序的发展使得研究者们可通过将各组学研究数据相结合以发现更多与骨质疏松症相关的基因。目的:通过整合亚洲、欧洲人群的全基因组关联研究和... 背景:随着中国老龄化进程的加快,骨质疏松症患者也逐渐增多,而全基因组关联研究和单细胞转录测序的发展使得研究者们可通过将各组学研究数据相结合以发现更多与骨质疏松症相关的基因。目的:通过整合亚洲、欧洲人群的全基因组关联研究和转录组学,基于汇总统计数据的孟德尔随机化拓展骨质疏松症新的治疗靶点。方法:通过整合来自多个组织(血液、肌肉-骨骼)的顺式表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据集(基因-组织表达项目组V.8选取了人类血液与骨骼-肌肉两种组织的表达数量性状位点数据集,基因-组织表达项目组是研究基因表达在不同组织/器官中变异及其与遗传调控关系的大型国际合作项目)及骨质疏松症全基因组关联研究数据(FinnGen数据库2021年发布的关于欧洲人种骨质疏松症的全基因组关联研究数据,FinnGen是芬兰的一个大型基因组研究项目);从日本生物银行数据库获取的2020年发布关于东亚人群的大规模全基因组关联研究,是日本主导的大规模人群队列研究项目,使用基于汇总统计数据的孟德尔随机化方法来鉴定骨质疏松症的相关基因,并使用共定位分析、单细胞测序及富集分析对已鉴定出的相关基因做进一步分析。所有数据均来自于已发表的研究或公开可用的数据,均已提供伦理审批书和知情同意书。结果与结论:①基于汇总统计数据的孟德尔随机化分析一共确定了64个(去除重复基因后)与骨质疏松症显著相关的基因,其中人类白细胞抗原(HLA)等位基因HLA-DQA1、HLA-DQA2、HLA-DQB1、HLA-DQB2和HLA-DRB5在2个结局数据集中得到了相互验证,具有显著相关性;②进一步的共定位分析表明,HLA-DQA2、HLA-DQB1具有共定位的证据(后验概率PPH4>0.8);③蛋白质数量性状位点分析结果表明,血浆中高水平的HLA-DQA2与骨质疏松症风险降低相关;④在单细胞测序分析方面,在骨质疏松症的免疫微环境中,树突状细胞、B细胞、巨噬细胞和中性粒细胞丰度较其他细胞群明显升高;⑤富集分析结果表明,鉴定出的基因在组织相容性复合物Ⅱ分子抗原呈递途径富集;⑥此次研究通过生物信息学结合亚洲、欧洲人群的全基因组关联数据,初步确定了几个以前尚未报道过的与骨质疏松症相关的基因,研究者们可在临床试验中进一步探索上述基因作为骨质疏松症新的治疗途径的潜力。 展开更多
关键词 全基因组关联研究 单细胞测序 骨质疏松症 基于汇总数据的孟德尔随机化
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DYRK2:基于东亚和欧洲人群揭示类风湿关节炎合并骨质疏松症的治疗新靶点
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作者 吴治林 何秦 +4 位作者 王枰稀 石现 袁松 张骏 王浩 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第6期1569-1579,共11页
背景:研究表明,类风湿关节炎与骨质疏松症呈正相关趋势,但因果关系和相关机制仍未得到证实。随着计算机科学和生命科学的交叉融合,基于全基因组关联研究数据和转录组测序数据进行孟德尔随机化和生信分析,可以评估两疾病间的因果关系、... 背景:研究表明,类风湿关节炎与骨质疏松症呈正相关趋势,但因果关系和相关机制仍未得到证实。随着计算机科学和生命科学的交叉融合,基于全基因组关联研究数据和转录组测序数据进行孟德尔随机化和生信分析,可以评估两疾病间的因果关系、探索相关机制以及挖掘治疗靶点,这将利于类风湿关节炎合并骨质疏松症的精准治疗。目的:采用双样本孟德尔随机化分析类风湿关节炎和骨质疏松症间的因果关系,同时基于汇总数据的孟德尔随机化分析和生信分析挖掘潜在共病靶点和靶向药物,旨在为类风湿关节炎合并骨质疏松症的机制探索和精准治疗提供理论依据。方法:①从基于亚洲人群和欧洲人群的GWAS Catalog、IEU Open GWAS、FinnGen以及eQTLGen数据库下载类风湿关节炎、骨质疏松症和顺式表达数量性状位点的全基因组关联研究数据,用于双样本孟德尔随机化和基于汇总数据的孟德尔随机化分析。②从GEO数据库下载类风湿关节炎的转录组测序数据(GSE93272和GSE15573),用于生物信息学分析。③以逆方差加权法作为主要分析方法,进行类风湿关节炎和骨质疏松症之间的正向和反向双样本孟德尔随机化分析,并用MR Egger法、简单模式法、加权中位数法和加权模式法对结果加以佐证。④基于汇总数据的孟德尔随机化分析鉴定与类风湿关节炎和骨质疏松症相关的基因,并基于交叉分析挖掘出类风湿关节炎和骨质疏松症共病靶点。同时,基于生信分析和细胞实验验证共病靶点的生物学功能。⑤此外,基于DYRK2构建类风湿关节炎风险预测诺莫图,通过受试者特征曲线、矫正曲线和决策曲线验证预测性能。最后,基于Enrichr数据库挖掘靶点潜在药物并进行分子对接。结果与结论:①正向孟德尔随机化分析结果显示,除外GCST90044540和GCST90086118无统计学意义,其他所有结果均表明类风湿关节炎和骨质疏松症间存在显著因果关系,并且呈正相关。②反向孟德尔随机化分析结果提示,骨质疏松症和类风湿关节炎间未见显著因果关系。③基于汇总数据的孟德尔随机化分析共鉴定出412和344个与类风湿关节炎和骨质疏松症正相关的基因,421和347个负相关基因。基于交叉分析得到26个共病基因。其中,DYRK2是潜在治疗靶点,后续生信分析和细胞实验证实DYRK2在类风湿关节炎和骨质疏松症的进展过程中发挥重要作用。④此外,构建的诺莫图具有出色的预测性能。最后,挖掘出4个DYRK2的潜在靶向药物(Undecanoic Acid、Metyrapone、JNJ-38877605和ACA),分子对接也证明具有可靠的靶向能力。⑤总之,基于亚洲人群和欧洲人群的全基因组关联研究数据证明了类风湿关节炎和骨质疏松症在遗传学层面存在着因果关系,DYRK2是潜在治疗靶点,有4种小分子是潜在靶向药物。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 骨质疏松症 孟德尔随机化 基于汇总数据的孟德尔随机化 共病基因 DYRK2
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整合CD4^(+)T细胞动态表达数量性状位点揭示肌少症免疫治疗靶点
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作者 金自成 崔凯 李玉周 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第27期7210-7218,共9页
背景:肌少症是老年退行性疾病,目前缺乏特异性治疗药物。免疫细胞异常是肌少症的危险因素,CD4^(+)T细胞在骨骼肌修复与再生中发挥关键作用。以往研究主要采用全组织或血液表达数量性状位点数据鉴定药物靶点,难以揭示基因表达在特定细胞... 背景:肌少症是老年退行性疾病,目前缺乏特异性治疗药物。免疫细胞异常是肌少症的危险因素,CD4^(+)T细胞在骨骼肌修复与再生中发挥关键作用。以往研究主要采用全组织或血液表达数量性状位点数据鉴定药物靶点,难以揭示基因表达在特定细胞亚群及其动态激活状态下的调控效应。通过整合CD4^(+)T细胞的动态表达数量性状位点数据,探究基因表达对肌少症免疫细胞特异性及激活时间点依赖性的影响,为开发精准免疫干预策略提供依据。目的:旨在揭示CD4^(+)T细胞亚群不同激活时相的基因表达与肌少症的特异性因果关联。方法:基于SOSKIC等的研究(CD4^(+)T细胞动态表达数量性状位点数据,涵盖欧洲人群46种“细胞-激活状态”表达谱)、Database of Immune Cell Expression,eQTLs and Epigenomics平台(由美国国立卫生研究院主导,提供免疫细胞表达数量性状位点数据)、eQTLGen平台(由37家机构联合构建,提供欧洲人群血液特异性表达数量性状位点资源库)、The Genotype-Tissue Expression平台(由美国国立卫生研究院主导,整合了欧洲人群的49种人体组织数据,提供骨骼肌表达数量性状位点数据)与GWAS Catalog平台(由欧洲生物信息学研究所开发,提供全球范围内的基因组广泛关联研究数据),系统开展两样本孟德尔随机化分析。首先,以CD4^(+)T细胞动态表达数量性状位点为暴露,肌少症表型为结局进行孟德尔随机化分析,筛选候选基因。随后,利用免疫细胞、全血和骨骼肌组织表达数量性状位点数据进行孟德尔随机化分析验证基因特异性。同时,结合基于汇总数据的孟德尔随机化分析、异质性检验、共定位分析及差异基因表达分析(利用Gene Expression Omnibus数据库中编号为GSE111016的数据集)验证结果的可靠性。所有数据为公开汇总统计数据,符合伦理要求。所有分析严格筛选工具变量,并遵循观察性研究报告加强指南规范。结果与结论:①基于汇总数据的孟德尔随机化分析和异质性检验结果显示,RAS致癌基因家族成员29(RAB29)、NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基S3(NDUFS3)和基质金属蛋白酶24反义RNA基因(MMP24OS)与肌少症存在特异性因果关联;CD4^(+)初始T细胞激活5 d时RAS致癌基因家族成员29的表达水平和CD4^(+)记忆T细胞激活5 d时基质金属蛋白酶24反义RNA基因的表达水平与肌少症风险呈正向因果关联;初始T细胞激活16,40 h时NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基S3的表达水平与肌少症风险呈负向因果关联;②共定位分析进一步证实,RAS致癌基因家族成员29、NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基S3和基质金属蛋白酶24反义RNA基因的表达数量性状位点与肌少症的全基因组关联研究信号共享潜在因果变异;③差异基因表达分析结果显示,相较于健康对照组,肌少症组的NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基S3表达水平显著下调,RAS致癌基因家族成员29和基质金属蛋白酶24反义RNA基因的表达水平在两组之间无显著差异,经验证NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基S3为CD4^(+)T细胞中具有时序调控特性的潜在肌少症基因治疗靶点。该分析基于欧洲人群数据,未来可引入动态表达数量性状位点孟德尔随机化分析框架,开发与制定基于中国人群的T细胞功能时序精准调控干预策略。 展开更多
关键词 肌少症 CD4^(+)T细胞 表达数量性状位点 全基因组关联研究 孟德尔随机化 治疗靶点 基于汇总数据的孟德尔随机化分析 共定位分析
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膝骨关节炎治疗靶点:生物信息学法识别
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作者 陈才 洪钟源 +2 位作者 邓怀东 曾勤 陈健聪 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第34期8878-8888,共11页
背景:膝骨关节炎的病因复杂、机制尚未完全明确,针对膝骨关节炎候选靶基因的研究将有利于进一步明确疾病的发病机制,为精准治疗提供依据。目的:通过基于汇总数据的孟德尔随机化联合生物信息学法识别膝骨关节炎的治疗靶点,并进行细胞验... 背景:膝骨关节炎的病因复杂、机制尚未完全明确,针对膝骨关节炎候选靶基因的研究将有利于进一步明确疾病的发病机制,为精准治疗提供依据。目的:通过基于汇总数据的孟德尔随机化联合生物信息学法识别膝骨关节炎的治疗靶点,并进行细胞验证。方法:从基因表达综合数据库中选择基因表达谱GSE46750、GSE55235、GSE82107以及GSE206848,基于|log_(2) FC|>0.585以及校正后的P<0.05为筛选条件,利用R语言软件获取差异基因。通过加权基因共表达网络分析算法获得相关性最高的模块基因,并与差异基因取交集,对交集基因进行GO和KEGG富集分析。在eQTLGen数据库中,利用基于汇总数据的孟德尔随机化分析获得与膝骨关节炎显著相关的遗传基因,同时将生物信息学法与基于汇总数据的孟德尔随机化分析共同鉴定的基因作为核心基因。通过分子对接和动力学模拟评估塞来昔布与核心基因的结合情况,通过CIBERSORT算法对核心基因进行免疫浸润分析。将人软骨细胞分为正常组与实验组(白细胞介素1β诱导骨关节炎细胞模型),qPCR检测肾上腺髓质素、人骨桥蛋白、溶酶体蛋白跨膜5 mRNA表达。结果与结论:①生物信息学法共筛选出229个差异基因,GO富集分析显示差异基因主要与炎症反应、对外界刺激反应的正向调节、细胞活化的调节、趋化作用等生物学功能相关,KEGG富集分析显示差异基因主要富集于吞噬体、破骨细胞分化、补体与凝血级联信号通路与白细胞介素17信号通路等上。基于汇总数据的孟德尔随机化分析共获得了76个显著相关的遗传基因(P<0.05,FDR<0.05,HEIDI检验P>0.05)。肾上腺髓质素、人骨桥蛋白、溶酶体蛋白跨膜5为核心基因,其中人骨桥蛋白、溶酶体蛋白跨膜5与膝骨关节炎的发展呈负相关,肾上腺髓质素与膝骨关节炎的发展呈正相关。分子对接与分子动力学模拟结果证实,核心基因与塞来昔布具有良好的构效关系。免疫浸润分析结果提示,肾上腺髓质素、人骨桥蛋白、溶酶体蛋白跨膜5均与多种免疫细胞存在相关性。qPCR检测显示,实验组细胞中人骨桥蛋白、溶酶体蛋白跨膜5 mRNA表达低于正常组(P<0.001),肾上腺髓质素mRNA表达高于正常组(P<0.001)。②结果表明,肾上腺髓质素、人骨桥蛋白、溶酶体蛋白跨膜5是膝骨关节炎发展的关键基因,有望成为防治膝骨关节炎的新靶点。 展开更多
关键词 基因表达谱 差异基因 关键基因 膝骨关节炎 基于汇总数据的孟德尔随机化分析 分子对接 分子动力学 实验验证
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基于网络药理学、SMR及分子对接探讨昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制 被引量:1
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作者 廖威权 李禹莹 +3 位作者 李志岭 郭盈澳 谢静静 张剑勇 《中药新药与临床药理》 北大核心 2025年第3期405-415,共11页
目的基于网络药理学、SMR及分子对接分析昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库收集昆仙胶囊的活性成分及作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNet及TTD数据库获得强... 目的基于网络药理学、SMR及分子对接分析昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法通过TCMSP、BATMAN-TCM、SwissTargetPrediction数据库收集昆仙胶囊的活性成分及作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNet及TTD数据库获得强直性脊柱炎的相关靶点,使用Venny 2.1.0绘制韦恩图,得到昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的潜在作用靶点;利用Cytoscape 3.7.1构建“昆仙胶囊-活性成分-作用靶点-强直性脊柱炎”网络,根据拓扑参数筛选关键活性成分;将昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的潜在作用靶点上传至STRING平台构建蛋白互作网络,并导入Cytoscape 3.7.1筛选核心靶点;以核心靶点的表达数量性状位点(eQTL)作为工具变量、强直性脊柱炎为结局,使用基于汇总数据的孟德尔随机化分析(SMR)评估核心靶点表达水平与强直性脊柱炎发病风险的因果关系,探索强直性脊柱炎治疗的新靶点;使用Metascape进行GO及KEGG通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7及QuickVina-W软件进行分子对接,并使用PyMOL 2.6.0软件进行可视化。结果昆仙胶囊治疗强直性脊柱炎的活性成分共179种,关键活性成分包括槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)、胆固醇(CLR)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、甘草素(DFV)等;核心靶点包括TNF、IL1B、GAPDH、STAT3、EGFR等;SMR分析提示TNF、JAK2、ABHD16A与强直性脊柱炎显著关联,但TNF存在连锁效应;GO富集结果涉及炎症反应、细胞对氮化合物的反应、外源性刺激反应等,KEGG富集分析主要涉及Th17细胞分化、趋化因子信号通路、PI3K/Akt等信号通路;分子对接显示,核心靶点与关键活性成分对接活性良好。结论昆仙胶囊可能通过其所含的槲皮素、山柰酚、胆固醇、β-谷甾醇、甘草素等关键活性成分,作用于TNF、IL1B、GAPDH、STAT3、EGFR等核心靶点,调控Th17细胞分化、趋化因子、PI3K/Akt等信号通路治疗强直性脊柱炎,JAK2、ABHD16A基因表达水平与强直性脊柱炎发病风险存在因果关联,ABHD16A可能是强直性脊柱炎的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 昆仙胶囊 强直性脊柱炎 网络药理学 孟德尔随机化分析 分子对接
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结直肠腺癌发病相关基因的识别:基于汇总数据的孟德尔随机化法
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作者 白耀文 黑志军 +5 位作者 杨海龙 尹少军 马锋超 胡军红 张志永 夏坤锟 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第3期348-352,共5页
目的:基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)法识别结直肠腺癌(COAD)发病相关基因。方法:结合GWAS数据、来自不同研究的表达量性状基因座(eQTL)和DNA甲基化性状基因座(mQTL)数据采用SMR法识别COAD发病相关基因,通过单细胞RNA测序分析验证;整... 目的:基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)法识别结直肠腺癌(COAD)发病相关基因。方法:结合GWAS数据、来自不同研究的表达量性状基因座(eQTL)和DNA甲基化性状基因座(mQTL)数据采用SMR法识别COAD发病相关基因,通过单细胞RNA测序分析验证;整合多组学证据结果,明确关键基因和次要基因。结果:SMR分析筛选出6个与COAD发病风险显著相关的基因,包括ATF1、COLCA2、COLCA1、C11orf53,以及LINC01270(RP11-290F20.1)和LINC01271(RP11-290F20.2)。单细胞RNA测序分析证实COLCA1、COLCA2、C11orf53和LINC01270(RP11-290F20.1)的效应。ATF1被认定为关键基因,COLCA1、COLCA2、C11orf53、LINC01270(RP11-290F20.1)和LINC01271(RP11-290F20.2)被认定为次要基因。结论:识别出COAD发病相关基因。 展开更多
关键词 结直肠腺癌 基于汇总数据的孟德尔随机化法 候选基因识别
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基于生物信息学方法的多囊卵巢综合征分子机制
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作者 郭倩 陈婕 +3 位作者 马蔚蓉 张岩 杨颖倩 谈勇 《临床荟萃》 2025年第7期608-618,共11页
目的利用微阵列数据集确定多囊卵巢综合征(PCOS)新的遗传靶点,并揭示导致PCOS发生发展的分子基础。方法对来自基因表达综合数据库的3个独立PCOS数据集进行了全面分析,使用R软件进行数据处理和规范化。对差异表达基因(DEG)与PCOS之间关... 目的利用微阵列数据集确定多囊卵巢综合征(PCOS)新的遗传靶点,并揭示导致PCOS发生发展的分子基础。方法对来自基因表达综合数据库的3个独立PCOS数据集进行了全面分析,使用R软件进行数据处理和规范化。对差异表达基因(DEG)与PCOS之间关系的评估包括差异表达分析、表达数量性状位点分析和孟德尔随机化(MR)分析。运用基因集变异分析和基因本体/京都基因和基因组百科全书富集分析来探索这些基因的功能作用和途径。借助Lasso回归、SVM机器学习、随机森林树法筛选PCOS交集特征基因,再与MR方法进行交叉验证。此外,采用CIBERSORT分析评估PCOS中22种免疫细胞的浸润水平。最后,构建单基因的ceRNA调控网络进行直观化展示。结果本研究鉴定出59个显著的差异基因,包括28个上调的DEG和31个下调的DEG。Lasso回归、SVM机器学习、随机森林树法筛选出PCOS相关的6个交集特征基因,具体为DNAJC3、ASPH、TLR4、SEC24D、SGK1、AMFR。这些基因参与重要的生物学过程和信号通路,包括对内质网应激的反应、对化学应激的反应、自噬调节、内源性凋亡、脂质和动脉粥样硬化、神经退行性变等。MR分析方法与前述3种方法进行交叉验证,进一步筛选出了与PCOS存在因果关系的基因SEC24D,以及与SEC24D密切相关的miRNA37个和lncRNA15个。CIBERSORT分析表明PCOS中存在独特的免疫细胞分布,尤其是中性粒细胞比列显著升高,强调了免疫过程在PCOS中的重要性。结论本研究为PCOS的分子基础提供了新的见解,并强调了治疗干预的前景以及针对特定分子途径治疗PCOS的潜力,为进一步的研究和临床工作奠定了基础。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 差异表达基因 微阵列数据 eQTL分析 孟德尔随机化 免疫细胞浸润
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基于多源数据融合与面向对象影像分析的吉林德惠侵蚀沟提取
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作者 徐梦霞 王明常 +2 位作者 王凤艳 纪雪 刘星男 《世界地质》 2025年第2期299-310,共12页
为提高基于遥感数据提取侵蚀沟信息的精度,提出了基于多源数据融合和面向对象影像分析的侵蚀沟提取模型,用以提取吉林省德惠市侵蚀沟的分布信息,以期对侵蚀沟的产生起到预警作用。研究融合了Sentinel-1雷达数据、Sentinel-2光学遥感影... 为提高基于遥感数据提取侵蚀沟信息的精度,提出了基于多源数据融合和面向对象影像分析的侵蚀沟提取模型,用以提取吉林省德惠市侵蚀沟的分布信息,以期对侵蚀沟的产生起到预警作用。研究融合了Sentinel-1雷达数据、Sentinel-2光学遥感影像和研究区地形数据,采用多尺度分割方法对研究区地物进行分割。基于多尺度分割结果,提取强度、纹理、光谱、指数、地形和几何特征用以构建多维特征集,利用随机森林基尼指数对特征贡献度进行评估和筛选,获取最优特征集。构建基于面向对象影像分析的随机森林提取模型对研究区的侵蚀沟信息进行提取,采用生成随机点并对其目视解译的方法对提取精度进行评估。为进一步探究多源数据融合对侵蚀沟提取精度的影响,基于相同的样本数据集,针对不同数据源对研究区侵蚀沟进行提取并比较其精度。研究结果表明,基于多源数据融合的侵蚀沟提取总体精度为94.03%,Kappa系数为0.839,表明该模型具有较好的性能。相较于单一的数据源,多源数据融合具有更高的提取精度,可为随机森林模型提供大量有效的特征值。结果表明,德惠市侵蚀沟主要分布在中部和西南部,侵蚀沟整体呈东北-西南带状展布,多位于居民地周边并与一定的水系相连,对其侵蚀灾害需加以重视。 展开更多
关键词 侵蚀沟 随机森林 多源数据 面向对象影像分析 特征优选
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基于85例病例分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者舌诊特征与相关疾病关联
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作者 张伟 原晶晶 +5 位作者 张琦 陈嘉鑫 聂立聪 陈金欣 李桂宝 刘勇刚 《世界睡眠医学杂志》 2025年第5期980-984,988,共6页
目的:通过分析阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患者PSG的监测指标与舌诊特征的相关性,研究OSAHS患者的中医证型特征,以此推导OSAHS相关风险因素/疾病,并探讨因果关系。方法:回顾性分析85例OSAHS病例,整理PSG监测指标,如:AHI、LpS... 目的:通过分析阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)患者PSG的监测指标与舌诊特征的相关性,研究OSAHS患者的中医证型特征,以此推导OSAHS相关风险因素/疾病,并探讨因果关系。方法:回顾性分析85例OSAHS病例,整理PSG监测指标,如:AHI、LpSO 2、RDI等,整理舌诊特征,如:舌形、舌裂纹、舌苔色等。双人分析录入excel表,Logistic回归分析PSG监测指标与舌诊特征相关性,总结OSAHS的舌诊特征和中医证型,推导相关危险因素/疾病。查询GWAS公共数据库相关危险因素/疾病和OSAHS的信息,利用R工具的双样本双向MR分析,计算相关危险因素/疾病和OSAHS的P值,P<0.05存在显著性差异。结果:PSG主要指标AHI与舌形大小、舌裂纹、舌苔色、杓间水肿显著相关,舌体胖大、舌苔无裂纹、黄苔、杓间无水肿增加了严重OSAHS的风险,胖大舌、舌苔主要位置在中、下焦增加了严重LpSO 2的风险,胖大舌、舌苔主要位置在中、下焦、杓间无水肿增加了严重RDI的风险。与舌诊相关的危险因素/疾病中,哮喘、肥胖症、心力衰竭、胃食管反流等与OSAHS存在因果关系,其中哮喘、肥胖症与其存在双向因果关系。结论:舌诊是判断OSAHS证型和严重度的重要依据,可以为OSAHS相关危险因素/疾病提供筛查价值。研究为舌诊的现代医学应用提供了循证依据,为舌诊结合现代医学手段的疾病诊疗模式提供新的参考。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停 多导睡眠监测 舌诊 中医证型 相关风险因素/疾病 因果关系 双样本双向孟德尔随机化分析 循证依据
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寻找腹主动脉瘤的潜在治疗靶点:基于汇总数据的孟德尔随机化及基因表达综合数据库的研究
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作者 郭宇杰 《实用医技杂志》 2025年第9期663-669,I0001,共8页
目的 通过基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)研究,探究可能参与腹主动脉瘤(AAA)发生发展的致病性遗传位点,从而为该疾病的治疗提供新的诊疗思路。方法 本研究采用SMR方法筛选与AAA密切相关的遗传位点,随后将这些位点与从基因表达综合数据... 目的 通过基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR)研究,探究可能参与腹主动脉瘤(AAA)发生发展的致病性遗传位点,从而为该疾病的治疗提供新的诊疗思路。方法 本研究采用SMR方法筛选与AAA密切相关的遗传位点,随后将这些位点与从基因表达综合数据库(GEO)中获取的差异表达基因进行比对,最终确定核心基因。将核心基因与AAA的全基因组数据进行SMR分析,以进一步证实核心基因的有效性。最后,对核心基因进行基因集富集分析(GSEA),以深入了解其病理生理机制。结果 通过SMR分析筛选出7个与AAA密切相关的基因。将这些基因与GEO数据库中的差异表达基因整合分析后,最终确定核心基因为纤溶酶原激活物,尿激酶受体基因(PLAUR)。后续SMR检验进一步证实该基因与AAA的关联性及其促进疾病发展的作用[OR值(95%CI)=1.45(1.01,2.07),P=0.043]。GSEA分析提示,该基因可能通过溶酶体通路发挥作用。结论 本SMR研究提示PLAUR与AAA之间存在潜在因果关联。 展开更多
关键词 主动脉瘤 孟德尔随机化 汇总数据 尿激酶受体基因
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基于随机性分析的虚假趋势时间序列判别
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作者 李建勋 马美玲 +1 位作者 郭建华 严峻 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2019年第10期2955-2959,共5页
针对符合一定数据模式或规律的虚假数据识别问题,提出一种基于随机性分析的虚假趋势时间序列判别方法。该方法在分析时间序列组成的基础上,首先探索虚假趋势时间序列的简单伪造和复杂伪造方式,并将其分解为虚假趋势和虚假随机两部分;然... 针对符合一定数据模式或规律的虚假数据识别问题,提出一种基于随机性分析的虚假趋势时间序列判别方法。该方法在分析时间序列组成的基础上,首先探索虚假趋势时间序列的简单伪造和复杂伪造方式,并将其分解为虚假趋势和虚假随机两部分;然后通过基函数逼近进行时间序列虚假趋势部分的提取,采用随机性理论开展虚假随机部分的分析;最终借助单比特频数和块内频数对虚假随机部分是否具备随机性进行检测,为具有一定趋势特征的虚假时间序列的判别提供了一个解决方案。实验结果表明:该方法能够有效地分解虚假时间序列和提取虚假趋势部分,实现简单伪造数据和复杂伪造数据的判别,支持对通过观测手段或者检测设备所获取的数值型数据的真伪分析,进一步提高了虚假数据可判别范围,平均判别正确率可达74.7%。 展开更多
关键词 虚假数据 时间序列 趋势性 随机性分析 基函数
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急性痛风性关节炎患者的中西医结合循证治疗 被引量:2
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作者 杨智杰 胡家才 《中国中医骨伤科杂志》 CAS 2010年第10期36-38,共3页
目的:借助循证医学的方法为1例急性痛风性关节炎患者制定循证治疗方案。方法:在充分评估患者的情况后,提出临床问题,检索Medline(1990年1月-2009年10月)、Cochrane图书馆(2009年第3期)及CBMWeb(1990年1月-2009年10月)。检索主... 目的:借助循证医学的方法为1例急性痛风性关节炎患者制定循证治疗方案。方法:在充分评估患者的情况后,提出临床问题,检索Medline(1990年1月-2009年10月)、Cochrane图书馆(2009年第3期)及CBMWeb(1990年1月-2009年10月)。检索主题词:中西医结合疗法(TCM-WMtherapy);急性(acute);痛风性关节炎(Gouty arthritis);治疗(treat ment ORtherapy);随机对照试验(RCT);Meta-分析(Meta-analysis);系统评价(systematic review);人类(human)。结果:检索发现,关于急性痛风型关节炎132篇RCT,0篇SR,通过分析检索结果、结合临床经验及患者实际情况,为患者制定了循证治疗方案。通过半年随访证实,该方案适合患者。结论:对急性痛风性关节炎患者,采用循证治疗的方法,可有效提高治疗效果,改善患者的预后。 展开更多
关键词 痛风性关节炎 急性 循证治疗 随机对照试验
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不同环境因子联接和预测模型的滑坡易发性建模不确定性 被引量:57
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作者 李文彬 范宣梅 +3 位作者 黄发明 武雪玲 殷坤龙 常志璐 《地球科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第10期3777-3795,共19页
拟深入探讨滑坡与其环境因子间的非线性联接计算以及不同数据驱动模型等因素,对滑坡易发性预测建模不确定性的影响规律.以江西省瑞金市为例共获取370处滑坡和10种环境因子,通过概率统计(probability statistics,PS)、频率比(frequency r... 拟深入探讨滑坡与其环境因子间的非线性联接计算以及不同数据驱动模型等因素,对滑坡易发性预测建模不确定性的影响规律.以江西省瑞金市为例共获取370处滑坡和10种环境因子,通过概率统计(probability statistics,PS)、频率比(frequency ratio,FR)、信息量(information value,IV)、熵指数(index of entropy,IOE)和证据权(weight of evidence,WOE)等5种联接方法分别耦合逻辑回归(logistic regression,LR)、BP神经网络(BP neural networks,BPNN)、支持向量机(support vector machines,SVM)和随机森林(random forest,RF)模型共构建出20种耦合模型,同时构建无联接方法直接将原始数据作为输入变量的4种单独LR、BPNN、SVM和RF模型,预测出总计24种工况下的滑坡易发性;最后分别使用ROC曲线、均值、标准差和差异显著性等指标分析上述24种工况下易发性结果的不确定性.结果表明:(1)基于WOE的耦合模型预测滑坡易发性的平均精度最高且不确定性较低,基于PS的耦合模型预测精度最低且不确定性最高,基于FR、IV和IOE的耦合模型介于两者之间;(2)单独数据驱动模型易发性预测精度略低于耦合模型,且未能计算出环境因子各子区间对滑坡发育的影响规律,但其建模效率高于耦合模型;(3)RF模型预测精度最高且不确定性较低,其次分别为SVM、BPNN和LR模型.总之WOE是更优秀的联接法且RF模型预测性能最优,WOE-RF模型预测的滑坡易发性不确定性较低且更符合实际滑坡概率分布特征. 展开更多
关键词 滑坡易发性预测 不确定性分析 联接方法 数据驱动 证据权 随机森林 工程地质学
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基于贝叶斯估计的空间函数型自回归模型及其应用
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作者 杨炜明 李明杰 《重庆工商大学学报(自然科学版)》 2024年第3期104-112,共9页
目的为了研究函数型数据中响应变量的空间相关性,根据现有研究方法,对具有空间依赖性的函数型数据进行研究,并提出其模型的贝叶斯估计方法。方法以典型空间自回归模型为基础,根据函数响应变量的空间依赖性,假设响应变量和解释变量间存... 目的为了研究函数型数据中响应变量的空间相关性,根据现有研究方法,对具有空间依赖性的函数型数据进行研究,并提出其模型的贝叶斯估计方法。方法以典型空间自回归模型为基础,根据函数响应变量的空间依赖性,假设响应变量和解释变量间存在内生关系,生成空间函数型自回归模型,通过主成分分析将模型中函数型部分变为离散型,然后在给定先验情况下计算模型中参数的完全条件后验分布,使用贝叶斯MCMC方法进行估计。结果使用联合Gibbs采样和随机游动的Metropolis-Hastings算法对模型中参数进行估计,通过模拟研究发现:不同参数下模型的函数型系数以及其他参数的估计偏差和均方误差较小,由此验证了贝叶斯估计方法的有效性,同时将空间函数型模型用于重庆市主城区新房平均价格的实证分析,结果表明所提出模型的贝叶斯估计方法是有效的。结论使用贝叶斯估计方法对模型中参数进行估计,在不同情况下函数型解释变量的估计效果一直都比较好,并且随着样本量的增大,其估计效果也越来越好,可以认为使用贝叶斯估计方法对空间函数型自回归模型进行估计是有效且可行的,同时通过实证分析说明重庆市主城区新房平均价格具有空间自相关性,而且会受到二手房挂牌量的影响。 展开更多
关键词 函数型数据分析 贝叶斯估计 GIBBS采样 随机游动的Metropolis-Hastings算法
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基于优化分割分类层次体系的土地覆被分类制图方法探讨 被引量:1
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作者 刘立 刘勇 《遥感技术与应用》 CSCD 北大核心 2019年第1期79-89,共11页
随着高分辨率卫星的广泛应用,基于对象的影像分析方法逐渐成为提取土地覆被信息的主要方法。分割优化是基于对象的影像分析方法中的一个基本步骤。不同土地覆被类型通常具有不同的优化分割参数,如何充分利用多尺度最优分割建立分割分类... 随着高分辨率卫星的广泛应用,基于对象的影像分析方法逐渐成为提取土地覆被信息的主要方法。分割优化是基于对象的影像分析方法中的一个基本步骤。不同土地覆被类型通常具有不同的优化分割参数,如何充分利用多尺度最优分割建立分割分类层次体系,从高分辨率影像中提取各种土地覆被类型,实现高精度土地覆被制图,是面向对象影像分析方法中有待解决的一个难题。在获取不同土地覆被类别各自最优的分割参数基础上,探索了一种基于参考数据集的最小分割单元与决策树的分割分类层次体系构建方法。实验表明:该方法可以有效地降低设置分割分类层次体系时对操作者个人经验的依赖,提高分类精度,满足自动制图要求。 展开更多
关键词 面向对象影像分析 数据挖掘 分割分类层次体系 分割优化 随机森林
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面向对象的覆膜农田信息遥感表征方法 被引量:5
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作者 哈斯图亚 陈仲新 +1 位作者 李彩 刘顺喜 《测绘科学》 CSCD 北大核心 2021年第3期140-146,共7页
为解决复杂土地利用背景下覆膜农田信息遥感提取方法缺乏的问题,该文以河套灌区为研究区,以Sentinel-2A卫星数据为基础,结合面向对象影像分析和随机森林算法,开展了复杂土地利用背景下灌水与无灌水覆膜农田信息遥感同步提取研究。首先... 为解决复杂土地利用背景下覆膜农田信息遥感提取方法缺乏的问题,该文以河套灌区为研究区,以Sentinel-2A卫星数据为基础,结合面向对象影像分析和随机森林算法,开展了复杂土地利用背景下灌水与无灌水覆膜农田信息遥感同步提取研究。首先进行遥感影像尺度分割研究,优选出最佳分割尺度。在此基础上,提取光谱特征、纹理特征、几何特征,获取优化特征子集,并采用随机森林机器学习算法表征覆膜农田信息。研究表明,结合利用Sentinel-2A数据与OBIA方法能够有效表征覆膜农田信息,总体精度达93.03%,Kappa系数为0.91;其中,灌水覆膜农田用户精度为91.35%,制图精度为88.57%;无灌水覆膜农田用户精度为97.10%,制图精度为98.63%。研究证明了Sentinel-2A卫星数据和OBIA方法和机器学习算法在覆膜农田信息遥感表征中的应用潜力,能够为地物信息遥感表征研究中提供参考依据。 展开更多
关键词 灌水覆膜农田 无灌水覆膜农田 Sentinel-2A数据 面向对象影像分析 随机森林
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基于孟德尔随机化方法的纵向中介分析 被引量:1
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作者 朱学智 张洪 《中山大学学报(自然科学版)(中英文)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期159-170,共12页
工具变量法广泛应用于中介分析,能够有效避免传统因果推断方法面临的难题,即由于未观测到的混淆因素和逆向因果造成的对因果效应的估计偏差.现有的工具变量方法大多服务于横断面研究,但纵向数据相较于截面数据能更好地反映因果路径。现... 工具变量法广泛应用于中介分析,能够有效避免传统因果推断方法面临的难题,即由于未观测到的混淆因素和逆向因果造成的对因果效应的估计偏差.现有的工具变量方法大多服务于横断面研究,但纵向数据相较于截面数据能更好地反映因果路径。现有的文献中没有针对纵向中介分析的工具变量方法.为此本文开发了一种新的工具变量法用来估计纵向中介效应,同时建立了新方法的大样本性质,包括相合性和渐近正态性.另外,一系列模拟研究的结果展示了新方法的有限样本性质. 展开更多
关键词 因果推断 孟德尔随机化 中介分析 纵向数据
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定喘汤联合西药治疗支气管哮喘系统综述与Meta分析 被引量:8
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作者 宋玮洋 曲妮妮 《实用中医内科杂志》 2015年第6期1-4,共4页
[背景]定喘汤联合西药治疗支气管哮喘疗效确切。[目的]评价定喘汤联合西药治疗支气管哮喘疗效与安全性。[检索策略]主题词与自由词结合检索CNKI、VIP、Wan Fang Data等数据库,检索时间:建库至2015年3月。同时追溯纳入文献参考文献。[纳... [背景]定喘汤联合西药治疗支气管哮喘疗效确切。[目的]评价定喘汤联合西药治疗支气管哮喘疗效与安全性。[检索策略]主题词与自由词结合检索CNKI、VIP、Wan Fang Data等数据库,检索时间:建库至2015年3月。同时追溯纳入文献参考文献。[纳入标准]中文随机对照试验(RCT)文献。1研究对象:符合诊断标准,不限年龄和性别,是否采用盲法及有无退出、失访。2干预措施:试验组:定喘汤及加减联合西药;对照组:西药。3结局指标:有效率、不良反应发生率、肺功能等。[数据收集与分析]2名评价员独立对纳入文献进行数据提取,意见不一致双方讨论或第3位评价员协助解决。采用资料提取表,提取内容:样本量、性别、年龄、疗程、干预措施、结局指标等。[主要结果]初检相关文献2047篇,经逐层筛选,最终纳入文献18个,共1600例研究对象。1急性发作期:合并效应量OR值=3.46[95%CI(2.39,4.99)],总体效应检验Z=6.61,P<0.00001。2慢性缓解期:合并效应量OR值=3.49[95%CI(1.46,8.36)],总体效应检验Z=2.81,P=0.005。Meta分析显示:试验组疗效优于对照组。[结论]定喘汤联合西药治疗支气管哮喘具有一定疗效,优于单纯西药。[问题与展望]需要大样本量,高质量的随机对照试验进一步证实。 展开更多
关键词 支气管哮喘 定喘汤 西药 CNKI VIP WanFang data 随机对照试验 扶寿精方 系统综述 META分析 循证医学
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