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苹果金属硫蛋白基因MdFjMT2克隆及生物信息学分析 被引量：8
1
作者 樊连梅 刘更森 +1 位作者 刘成连 原永兵 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期782-789,共8页
以红富士苹果(Malus domesticaCV Red Fuji)浓红型芽变和其条红母株为试材,构建抑制性差减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)文库,差异筛选SSH-cDNA文库,经过大量测序构建成红富士苹果EST序列本地数据库,对本地数据库进... 以红富士苹果(Malus domesticaCV Red Fuji)浓红型芽变和其条红母株为试材,构建抑制性差减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)文库,差异筛选SSH-cDNA文库,经过大量测序构建成红富士苹果EST序列本地数据库,对本地数据库进行Blastn检索,得到42条金属硫蛋白基因MdFjMT2的cDNA片段,通过序列拼接和逆转录PCR(RT-PCR)方法,获得了红富士苹果金属硫蛋白基因MdFjMT2全长cDNA序列(Gen-bank登录号为HQ730757),该基因全长684bp,其中5′非翻译区97bp,3′非翻译区347bp,编码区(Coding sequence,CDS)为240bp,编码79个氨基酸,推测蛋白分子量为7.7938kDa,理论等电点为4.75。该基因具有金属硫蛋白基因的典型结构域特征,编码的氨基酸序列中含有14个半胱氨酸残基Cys(C),Cys残基的排列特征是以CC、CXC和CXXC集中分布在肽链的N端和C端。系统进化分析表明MdFjMT2与砂梨(Pyrus pyrifo-lia)、苹果(Malus domestica)和小金海棠(M.xiaojinensis)等植物金属硫蛋白具有较近的亲缘关系,与扁桃(Prunus dulcis)、旱柳(Salixmatsudana)、美味猕猴桃(Actinidia deliciosa)等植物的亲缘关系较远。生物信息学分析结果表明,MdFjMT2主要位于叶绿体中,没有信号肽,是非跨膜亲水性蛋白,其蛋白质二级结构的主要元件是无规则卷曲,没有功能结构域。这些结果为Md-FjMT2的结构与功能挖掘提供一定的参考。本研究结果有助于研究该基因在苹果着色中的作用,阐明苹果着色的分子机制。 展开更多
关键词 红富士苹果 金属硫蛋白 mdfjmt2 基因克隆 生物信息
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