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不同倍性西瓜基因组DNA甲基化水平与模式的MSAP分析 被引量：29
1
作者 王春国 古瑜 +3 位作者 陈成彬 焦定量 薛振毅 宋文芹 《分子细胞生物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第2期118-126,共9页
DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式之一,在基因表达调控中发挥重要作用。本研究以不同倍性(2x、3x、4x)西瓜为试材,采用基于DNA甲基化敏感酶的扩增多态性分析(Methyla-tion-Sensitive Amplification Polymorphism,MSAP)方法,在全基因... DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式之一,在基因表达调控中发挥重要作用。本研究以不同倍性(2x、3x、4x)西瓜为试材,采用基于DNA甲基化敏感酶的扩增多态性分析(Methyla-tion-Sensitive Amplification Polymorphism,MSAP)方法,在全基因组水平上探究西瓜同源多倍化过程中DNA序列中CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征。研究中选用23对选扩引物,共检测到1883个基因位点。二倍体、三倍体、四倍体中检测到的位点数分别为647、655和581;其中发生甲基化的位点数分别为181、150和159,相应的扩增总甲基化率分别为28.0%、22.9%和27.4%;全甲基化位点数分别为121、80和82,相应的全甲基化率分别为18.7%、12.2%和14.1%。进一步对不同倍性西瓜DNA甲基化模式的变化特征进行分析,结果显示:四倍体西瓜与二倍体西瓜相比有超过半数的位点(54.4%)DNA甲基化模式发生了变化,其与三倍体西瓜相比也有近一半的位点(45.4%)DNA甲基化模式发生了变化,并且变化趋势都以四倍体西瓜甲基化程度升高为主;而三倍体西瓜与二倍体西瓜相比,虽然也有41.6%的位点DNA甲基化模式发生了改变,但变化趋势以三倍体西瓜甲基化程度降低略占优势;与之相似,三倍体西瓜与四倍体相比较,甲基化的变化趋势也是以三倍体西瓜甲基化程度降低为主。以上结果表明:不同倍性西瓜中DNA甲基化事件虽均有发生,但不论是从总甲基化率还是全甲基化率来看,DNA甲基化水平与倍性高低关系不大,三倍体西瓜表现出较为显著的低甲基化水平特征。DNA甲基化模式的分析也表明,与二倍体及四倍体西瓜相比,三倍体西瓜DNA甲基化模式的调整主要以去甲基化为主。显示出三倍体西瓜基因组独特的DNA甲基化特征。本研究为进一步从表观遗传学的角度探讨西瓜的三倍体优势及西瓜同源多倍化的机制奠定了基础。 展开更多
关键词 西瓜 同源多倍体 msap DNA甲基化
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应用MSAP方法检测鸡不同组织基因组的甲基化状态 被引量：17
2
作者 徐青 张沅 +3 位作者 孙东晓 王雅春 唐绍青 赵萌 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期620-626,共7页
以白洛克肉鸡和白来航蛋鸡及其杂交F1代基因组为实验材料,应用甲基敏感扩增片段多态性方法(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)检测了鸡肌肉、心脏、肝脏和肾脏4个不同组织基因组在CCGG位点的甲基化状态,分析了不同组... 以白洛克肉鸡和白来航蛋鸡及其杂交F1代基因组为实验材料,应用甲基敏感扩增片段多态性方法(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)检测了鸡肌肉、心脏、肝脏和肾脏4个不同组织基因组在CCGG位点的甲基化状态,分析了不同组织的DNA甲基化水平及组织特异性甲基化模式。研究发现:肌肉组织的甲基化水平约为29.7%,肝脏组织约为27.5%,心脏组织约为27.5%,肾脏组织约为26.1%;在鸡3个不同群体及其中3个不同组织间,基因组甲基化程度差异显著(P<0.05);在检测的4个组织中,CCGG序列的全甲基化位点少于半甲基化位点,与植物的相关研究不一致;分离及鉴定了2个组织特异的甲基化片段。结果表明:鸡不同组织基因组的甲基化状态是不同的,同一组织的甲基化水平在不同的群体是不同的,而不同组织甲基化水平的排序在不同的群体是不一致的。这些结果揭示遗传效应可能影响个体的组织甲基化水平。 展开更多
关键词 鸡 基因组 甲基化 msap 群体
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运用MSAP研究镉胁迫对拟南芥幼苗基因甲基化的影响 被引量：19
3
作者 李照令 王鹤潼 +5 位作者 陈瑞娟 贾春云 李晓军 台培东 李培军 刘宛 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期28-36,共9页
DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,并在环境胁迫响应中起重要作用。运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术研究0、0.5、1.5、5.0 mg·L-1Cd2+处理对拟南芥幼苗全基因组DNA甲基... DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,并在环境胁迫响应中起重要作用。运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术研究0、0.5、1.5、5.0 mg·L-1Cd2+处理对拟南芥幼苗全基因组DNA甲基化水平的影响,结果表明:(1)不同浓度镉处理19 d后,叶片数、地上部鲜重无明显变化,但根长受到显著抑制;(2)选取10对引物扩增DNA酶切产物,所得三个镉处理造成的拟南芥基因组MSAP%均高于对照(35%);(3)随着镉处理的增大,拟南芥基因组甲基化(M)型条带依次减少,去甲基化(D)型条带逐渐增加,并且条带亮度也有所变化;(4)将特异性条带克隆测序后发现,mRNA、假设蛋白、表达蛋白、用于编码假定蛋白的mRNA序列V型质子ATP酶亚组、叶绿体中光合体系II CP47基因、叶绿体DNA、rRNA重复单元、核糖体蛋白等多种序列均存在甲基化修饰现象。这些特异序列可为我们寻找镉胁迫的生物标记物及胁迫响应的机理研究提供一定的依据。 展开更多
关键词 拟南芥 基因组甲基化 镉胁迫 msap
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氮胁迫下高羊茅基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量：19
4
作者 王小利 王茜 +3 位作者 舒健虹 蔡一鸣 刘彬 吴佳海 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2362-2371,共10页
高羊茅是一种重要的禾本科牧草,尽管其具有良好的耐寒耐热性,但其生长发育过程受外界氮素浓度的直接影响。DNA甲基化作为一种表观遗传调控方式在植物抵御逆境胁迫中起到至关重要的作用。本研究以高羊茅为试验材料,经无氮胁迫15 d后,以... 高羊茅是一种重要的禾本科牧草,尽管其具有良好的耐寒耐热性,但其生长发育过程受外界氮素浓度的直接影响。DNA甲基化作为一种表观遗传调控方式在植物抵御逆境胁迫中起到至关重要的作用。本研究以高羊茅为试验材料,经无氮胁迫15 d后,以未经氮胁迫为对照,对基因组DNA甲基化的变化进行甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析。结果表明:无氮处理15 d后,植株生长受到强烈地抑制,且叶片大面积发黄;MSAP分析选用12对选扩引物,共检测到725个基因位点,其中发生甲基化和去甲基化的位点占16.4%;对照组和氮胁迫组总甲基化水平分别是65.56%和65.47%,显示氮胁迫15 d高羊茅基因组DNA总的甲基化水平未发生显著变化。对15条标记带进行克隆并测序,成功获得14条不同变化类型的序列,这些序列与禾本科植物具有较高的同源性,推测氮胁迫下的高羊茅基因组甲基化可能发生在编码区域。综上,高羊茅对环境的适应性调节可能与氮胁迫诱导的甲基化的变化有关。 展开更多
关键词 高羊茅 氮胁迫 DNA甲基化 msap
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叶锈菌胁迫下的小麦基因组MSAP分析 被引量：21
5
作者 付胜杰 王晖 +3 位作者 冯丽娜 孙一 杨文香 刘大群 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期297-304,共8页
内源DNA甲基化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分,在真核生物的基因表达调控中具有重要的作用。生物胁迫为植物提供一种内在的表观遗传进化动力。研究生物胁迫下DNA甲基化的变异模式,有助于全面理解DNA甲基化的表观调控生物学功能... 内源DNA甲基化是真核生物表观遗传调控的重要组成部分,在真核生物的基因表达调控中具有重要的作用。生物胁迫为植物提供一种内在的表观遗传进化动力。研究生物胁迫下DNA甲基化的变异模式,有助于全面理解DNA甲基化的表观调控生物学功能。小麦近等基因系TcLr19、TcLr41及其感病亲本Thatcher在苗期对叶锈菌生理小种THTT、TKTJ分别表现为小种特异性抗病反应和感病反应。文章利用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了小麦的甲基化水平,同时比较了苗期在生物胁迫前后基因组DNA胞嘧啶甲基化模式。用60对MSAP引物对接种前后的小麦DNA进行全基因组筛选,没有直接分离得到接菌前后的甲基化模式的差异,结果初步表明,叶锈菌并没有诱导稳定且特异的植物基因组DNA胞嘧啶位点的甲基化模式变化,但发现TcLr41及其感病亲本Thatcher之间存在表观遗传学差异。 展开更多
关键词 DNA甲基化 小麦叶锈菌 甲基化敏感扩增多态性(msap) 抗病性
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不同生理年龄毛竹DNA甲基化的MSAP分析 被引量：20
6
作者 郭广平 顾小平 +1 位作者 袁金玲 吴晓丽 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期794-800,共7页
为分析竹子年龄变化与基因组DNA甲基化之间的相关性,以5年、31年和>60年起源(从种子萌发年龄算起)的毛竹当年生叶片为材料,采用35对引物对其进行MSAP检测。结果表明:3个年龄段的总甲基化率和全甲基化率分别为24.44%、28.21%、32.12%... 为分析竹子年龄变化与基因组DNA甲基化之间的相关性,以5年、31年和>60年起源(从种子萌发年龄算起)的毛竹当年生叶片为材料,采用35对引物对其进行MSAP检测。结果表明:3个年龄段的总甲基化率和全甲基化率分别为24.44%、28.21%、32.12%和16.57%、19.41%、21.23%;发生DNA甲基化的变异位点为52.3%,去甲基化变异位点为10.3%。可以看出,随着年龄的增加,毛竹基因组DNA甲基化敏感多态性呈上升趋势。总甲基化率单因素方差分析的结果表明相同年龄的毛竹个体间没有差异(P=0.307>0.05),而不同年龄间的差异达极显著水平(P<0.001)。同时,对所用引物组合进行分析后发现有6对引物(E3/HM2、E3/HM6、E3/HM7、E4/HM5、E4/HM6和E5/HM5)扩增出的位点与总趋势显著相关,为进一步开展深入研究奠定基础。 展开更多
关键词 毛竹 生理年龄 DNA甲基化 msap
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丹参MSAP分子标记技术体系的优化及其应用 被引量：12
7
作者 褚会娟 张今今 +2 位作者 王喆 武艳 张逸 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期920-928,共9页
以陕西省野生丹参为材料利用正交设计对MSAP预扩增和选择性扩增体系中关键因素优化筛选,以建立适合丹参的MSAP反应体系,并用于5个野生丹参居群表观遗传多样性分析.结果表明:25μL MSAP双酶切反应体系中加入EcoRⅠ和MspⅠ各10 U,37℃酶切... 以陕西省野生丹参为材料利用正交设计对MSAP预扩增和选择性扩增体系中关键因素优化筛选,以建立适合丹参的MSAP反应体系,并用于5个野生丹参居群表观遗传多样性分析.结果表明:25μL MSAP双酶切反应体系中加入EcoRⅠ和MspⅠ各10 U,37℃酶切8 h,酶切较充分;最佳预扩增反应体系25μL,包含连接产物2.5μL,Mg2+(25 mmol/L)1.0μL,dNTPs(2.5 mmol/L)2.0μL,Taq酶(5 U/μL)0.4μL,上下游引物E00/HM00(50ng/μL)各1.0μL;最佳选择性扩增反应体系25μL,包含稀释100倍的预扩增产物1.5μL,Mg2+(25 mmol/L)2.0μL,dNTPs(2.5 mmol/L)2.0μL,Taq酶(5 U/μL)0.1μL,上下游引物E-ACG/HM-CAA(50 ng/μL)各0.8μL.选用5对引物组合对5个野生丹参居群的50个单株进行表观遗传多样性分析,平均DNA甲基化多态性谱带为95.48%;UPGMA聚类分析结果表明,50个丹参单株在相似性系数0.58处可分为3大类. 展开更多
关键词 丹参 msap分子标记 正交优化 遗传多样性
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盐胁迫下红花基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量：13
8
作者 李慧 彭立新 +3 位作者 于玮玮 冯涛 林木强 阎国荣 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期116-120,共5页
以红花幼苗为研究材料,经200mmol.L-1 NaCl溶液分别处理4、8、12h,以未经盐胁迫处理为对照(CK),对DNA甲基化变化特征进行MSAP(甲基化敏感扩增多态性)分析。选用13对选扩引物,共检测到3 140个基因位点。甲基化水平分析表明,CK,4、8、12h... 以红花幼苗为研究材料,经200mmol.L-1 NaCl溶液分别处理4、8、12h,以未经盐胁迫处理为对照(CK),对DNA甲基化变化特征进行MSAP(甲基化敏感扩增多态性)分析。选用13对选扩引物,共检测到3 140个基因位点。甲基化水平分析表明,CK,4、8、12h处理样本中总甲基化率分别为31.8%、27.1%、31.0%和31.3%。进一步对不同处理时间红花基因组DNA甲基化模式的变化特征进行分析表明,NaCl处理4h后DNA的去甲基化模式调整占优势,而处理8h及12h后DNA甲基化水平恢复到CK水平,甲基化及去甲基化模式调整基本一致。上述结果显示,盐胁迫条件下红花基因组DNA甲基化状态发生了一定变化,并且这种变化与盐胁迫程度相关,推测DNA甲基化修饰可能参与了红花的盐胁迫应答。 展开更多
关键词 DNA甲基化 msap 盐胁迫 红花
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野生和“黄海1号”中国明对虾不同组织基因组DNA的MSAP分析 被引量：14
9
作者 杜盈 何玉英 +3 位作者 李健 刘磊 孙铭 王清印 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期536-543,共8页
为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种"黄海1号"不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分别对... 为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种"黄海1号"不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分别对野生群体组中国明对虾和"黄海1号"肌肉、鳃、血液3种组织样品基因组DNA的CCGG甲基化水平进行对比分析,试图从表观遗传学角度探讨影响中国明对虾生长性状的分子机制。采用30对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide Gel Electrophoresis,PAGE)带型结果显示,野生群体组中国明对虾肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为23.1%,22.3%和19.7%;而"黄海1号"肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为21.4%、19.6%和18.9%。野生群体组中国明对虾和"黄海1号"同一组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平不同,肌肉、鳃和血液不同组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平亦不同。DNA甲基化多态性带型分析显示,鳃组织的甲基化水平和多态性水平在野生群体组中国明对虾和"黄海1号"间变化趋势最大,肌肉最稳定。本研究旨为甲基化修饰与中国明对虾生长性状间的相关性研究提供依据。 展开更多
关键词 中国明对虾 “黄海1号” DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap)
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刺参(Apostichopus japonicus)不同组织基因组甲基化状态MSAP分析 被引量：14
10
作者 郭婷婷 孙国华 +2 位作者 杨建敏 赵强 李雪燕 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期77-82,共6页
利用MSAP技术分析成体刺参的呼吸树、肠、肌肉和体壁等组织的基因组DNA甲基化水平,获得了四个组织基因组甲基化率。甲基化水平由高到低依次是呼吸树、体壁、肌肉和肠,分别是35.77%、33.51%、32.72%和28.0%,其中全甲基化位点各占19.46%、... 利用MSAP技术分析成体刺参的呼吸树、肠、肌肉和体壁等组织的基因组DNA甲基化水平,获得了四个组织基因组甲基化率。甲基化水平由高到低依次是呼吸树、体壁、肌肉和肠,分别是35.77%、33.51%、32.72%和28.0%,其中全甲基化位点各占19.46%、18.39%、19.18%和15.97%。统计学分析结果显示肠组织的甲基化水平与其它组织的差异显著(P<0.05),其余三个组织间差异不显著(P>0.05),但呼吸树与肌肉的半甲基化水平差异显著(P<0.05)。由MSAP分析差异位点克隆得到四个甲基化特异性片段,经测序分析功能未知,推测为刺参基因足非编码区或新功能基因序列。 展开更多
关键词 刺参 基因组 甲基化 msap
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毛泡桐二倍体及其同源四倍体的AFLP和MSAP分析 被引量：8
11
作者 翟晓巧 张晓申 +2 位作者 范国强 赵振利 曹喜兵 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期89-93,共5页
分别用AFLP和MSAP分子标记技术,研究了毛泡桐二倍体及其同源四倍体幼苗DNA碱基序列及其甲基化的变化。结果表明,毛泡桐二倍体及其同源四倍体DNA碱基序列在AFLP水平上没有发生变化;在MSAP扩增电泳凝胶上,毛泡桐二倍体及其同源四倍体分别... 分别用AFLP和MSAP分子标记技术,研究了毛泡桐二倍体及其同源四倍体幼苗DNA碱基序列及其甲基化的变化。结果表明,毛泡桐二倍体及其同源四倍体DNA碱基序列在AFLP水平上没有发生变化;在MSAP扩增电泳凝胶上,毛泡桐二倍体及其同源四倍体分别检测到2 262和2 180个扩增位点,DNA甲基化位点占总扩增位点的比例分别为35.32%和38.58%,其中DNA全甲基化比例则为12.86%和14.13%;毛泡桐同源四倍体DNA甲基化和去甲基化频率高于其二倍体,总DNA甲基化多态性低于二倍体。 展开更多
关键词 毛泡桐 二倍体 同源四倍体 DNA甲基化 AFLP msap
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银杏基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析 被引量：22
12
作者 李际红 邢世岩 +2 位作者 王聪聪 张倩 付茵茵 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1429-1436,共8页
利用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于银杏基因组的甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测银杏DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息。结果显示,从54对... 利用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于银杏基因组的甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测银杏DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息。结果显示,从54对MSAP选扩引物中,选出16对MSAP引物组合,共扩增产生454条清晰可辨且可重复的DNA条带,平均每对引物扩增获得28.38条带。在全部扩增位点中,检测到甲基化位点200个,CCGG/GGCC位点甲基化修饰比例为44%。部分银杏基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了18条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLASTn比对分析表明,银杏基因组中包括转录调控因子、反转录转座子、通道蛋白、启动子结合蛋白、蛋白激酶等在内的多种类型的DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。 展开更多
关键词 银杏 表观遗传学 DNA甲基化 msap
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虾夷扇贝选育群体与野生群体基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量：9
13
作者 吴彪 杨爱国 +5 位作者 董迎辉 郑利兵 刘志鸿 周丽青 孙秀俊 郑言鑫 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期976-982,共7页
基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sen... 基因组DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要手段之一,在水产科学领域得到越来越广泛的应用。为从表观遗传学角度探讨虾夷扇贝选育群体-"玉贝"和普通虾夷扇贝群体的DNA甲基化差异,本文运用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术分析了两群体的DNA序列中CCGG位点的甲基化情况。结果表明,筛选得到11对引物组合能够在两个群体中得到稳定扩增、清晰且多态性丰富的片段;11对引物在"玉贝"和对照群体中分别共检测到1432和1442个位点,其中发生甲基化的位点分别为306和341个,总甲基化率分别为21.5%和23.65%,"玉贝"总甲基化率下降2.15%;全甲基化位点分别为152和236个,全甲基化率为10.68%和16.37%,"玉贝"全甲基化率下降5.69%;半甲基化位点分别为154和105个,半甲基化率为10.82%和7.28%,"玉贝"半甲基化率上升3.54%;"玉贝"群体的甲基化多态性条带所占比例高于对照群体,分别为31%和29.167%,尤其是B类型条带链,"玉贝"群体明显高于对照群体。这说明,通过对虾夷扇贝生长和耐热性状的累代选育导致了DNA甲基化水平和模式的改变,本研究为进行虾夷扇贝抗逆基因的筛查提供了参考数据,丰富了表观遗传学在扇贝中的研究资料。 展开更多
关键词 虾夷扇贝 “玉贝” DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(msap)
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大花蕙兰子房授粉前后基因组DNA胞嘧啶甲基化状态的MSAP分析 被引量：9
14
作者 陈小强 王春国 +2 位作者 李秀兰 宋文芹 陈瑞阳 《云南植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期464-470,共7页
应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了大花蕙兰(Cymbidium hybridium)授粉前后子房DNA甲基化状态的变化(甲基化水平和甲基化差异模式)。采用72对引物进行选择性扩增,共得到5892条带... 应用甲基化敏感扩增多态性(Methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术分析了大花蕙兰(Cymbidium hybridium)授粉前后子房DNA甲基化状态的变化(甲基化水平和甲基化差异模式)。采用72对引物进行选择性扩增,共得到5892条带,其中748条带为甲基化多态性带。结果显示DNA甲基化在大花蕙兰子房发育过程中发生频繁,从授粉前后子房的总扩增位点甲基化水平(14%和11.4%)和全甲基化率(9.5%和7.8%)来看,授粉后都略低于未授粉子房,表明子房在授粉后的发育过程中在某些位点发生了去甲基化。除甲基化水平有变化外,大花蕙兰子房授粉前后的DNA甲基化模式也存在较大差异,共检测到14种带型,分为两大类(Ⅰ和Ⅱ型)。其中,授粉前后DNA甲基化状态保持不变的位点较少,只占25.6%,归为Ⅰ型;大部分检测位点(占74.4%,归为Ⅱ型)的DNA甲基化模式在授粉前后存在显著差异。上述结果表明,大花蕙兰子房发育过程中以DNA甲基化为代表的表观遗传调控起重要作用。本研究的开展将促进对与大花蕙兰子房发育相关的甲基化差异片段及受DNA甲基化调控的关键基因的克隆,进而为从表观遗传学这一新角度揭示大花蕙兰子房发育的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 DNA甲基化 大花蕙兰 甲基化敏感扩增多态性(msap) 子房发育
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黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析 被引量：15
15
作者 张勇 邓科君 +3 位作者 张韬 彭金华 周建平 任正隆 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期559-564,共6页
为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymor-phism,MSAP)分析体系,在全基... 为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymor-phism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测黑麦DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点226个,"CCGG/GGCC"位点甲基化修饰比例为51.72%。对部分黑麦基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了22条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLAST比对分析结果表明,黑麦基因组中包括转座子序列、散在重复序列以及单拷贝蛋白质编码序列在内的多种类型DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。同时发现,在甲基化检出序列中都存在明显的"CpG"二核苷酸成簇富集现象,这些区域分布与MSAP分析结果相一致。在此基础上,对应用MSAP技术分离黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及黑麦基因组序列中DNA甲基化修饰潜在位点分布特征和生物意义进行了讨论。 展开更多
关键词 黑麦 表观遗传 DNA甲基化 msap
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干旱胁迫对老芒麦DNA表观遗传变化的MSAP分析 被引量：9
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作者 闫伟红 马玉宝 +3 位作者 陈云 王凯 孟庆伟 张晶然 《草原与草坪》 CAS CSCD 2016年第1期1-6,共6页
经田间旱作选育发现,老芒麦物候期较长、植株高大、叶量丰富、穗大、牧草产量高、抗逆性较强、适应北方干旱与半干旱气候条件生长。试验采用土壤模拟干旱胁迫方法,处理18号和153号优质老芒麦材料,并对其基因组DNA进行甲基化敏感扩增多... 经田间旱作选育发现,老芒麦物候期较长、植株高大、叶量丰富、穗大、牧草产量高、抗逆性较强、适应北方干旱与半干旱气候条件生长。试验采用土壤模拟干旱胁迫方法,处理18号和153号优质老芒麦材料,并对其基因组DNA进行甲基化敏感扩增多态性（MSAP）分析。结果表明：老芒麦基因组中约有58.2%-85.5%的CCGG位点发生了胞嘧啶甲基化;随着干旱处理强度的增加,基因组DNA发生甲基化变化的位点的比率持续上升;甲基化水平及状态变化存在材料差异性。由此推论,DNA去甲基化是植物耐旱机制的一部分。 展开更多
关键词 老芒麦 msap 干旱胁迫 DNA甲基化
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土霉素胁迫下拟南芥基因组DNA甲基化的MSAP分析 被引量：12
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作者 杜亚琼 王子成 李霞 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期2846-2853,共8页
以拟南芥(Arabidopsis thaliana)为材料,研究不同土霉素浓度下拟南芥幼苗生长发育及基因组DNA的甲基化水平和变化模式。结果表明,3、5、7、9μmol/L土霉素胁迫对拟南芥幼苗的根长和株高有显著抑制作用;但对拟南芥幼苗的侧根数量有显著... 以拟南芥(Arabidopsis thaliana)为材料,研究不同土霉素浓度下拟南芥幼苗生长发育及基因组DNA的甲基化水平和变化模式。结果表明,3、5、7、9μmol/L土霉素胁迫对拟南芥幼苗的根长和株高有显著抑制作用;但对拟南芥幼苗的侧根数量有显著促进作用。甲基化敏感扩增多态性(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析表明,经3、5、7、9μmol/L土霉素处理后基因组DNA甲基化比率分别为17.91%、12.50%、11.81%和14.62%,均低于对照(18.18%)。结果表明,拟南芥经土霉素胁迫后存在基于DNA甲基化水平和模式改变的表观遗传变异,5-甲基胞嘧啶百分含量的变化无统一趋势或规律。与对照相比,3、5、7、9μmol/L土霉素胁迫下拟南芥幼苗基因组DNA的甲基化和去甲基化分别为13.29%、9.22%、8.03%、12.59%和2.80%、4.26%、5.11%、4.90%。由此推测,DNA甲基化可能是植物适应土霉素胁迫机制的机制之一。 展开更多
关键词 拟南芥 DNA甲基化 msap 土霉素胁迫
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MSAP技术及其在植物上的应用 被引量：18
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作者 王子成 李忠爱 李锁平 《生物技术通报》 CAS CSCD 2006年第C00期195-196,共2页
DNA甲基化在植物的很多生命过程中具有重要作用,检测DNA甲基化的技术应运而生。依据对DNA甲基化敏感程度不同的同裂酶,在AFLP技术的基础上发展而来的MSAP技术可以方便的检测全基因组范围内胞嘧啶甲基化模式及程度。该文对MSAP技术的原... DNA甲基化在植物的很多生命过程中具有重要作用,检测DNA甲基化的技术应运而生。依据对DNA甲基化敏感程度不同的同裂酶,在AFLP技术的基础上发展而来的MSAP技术可以方便的检测全基因组范围内胞嘧啶甲基化模式及程度。该文对MSAP技术的原理、特点、基本程序及应用进行了阐述。 展开更多
关键词 DNA 甲基化 msap 植物
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马氏珠母贝外套膜不同区域基因组DNA甲基化MSAP分析 被引量：5
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作者 罗少杰 邓岳文 +2 位作者 郑哲 焦钰 王庆恒 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1227-1235,共9页
通过甲基化敏感多态性扩增(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术,检测马氏珠母贝(Pinctada martensii)外套膜的边缘膜区(mantle edge,Me)、套膜区(mantle pallial,Mp)和中央膜区(mantle central,Mc)的基因组DN... 通过甲基化敏感多态性扩增(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术,检测马氏珠母贝(Pinctada martensii)外套膜的边缘膜区(mantle edge,Me)、套膜区(mantle pallial,Mp)和中央膜区(mantle central,Mc)的基因组DNA甲基化修饰水平;回收具特异性的清晰甲基化修饰片段进行测序、比对分析并筛选基因;利用荧光定量PCR对筛选基因进行定量分析。结果显示:(1)利用15对引物进行扩增实验,平均每个个体外套膜3个区域能够产生(1163.25±124.34)条清晰可辨的条带,其中Me、Mp和Mc分别得到(401.00±40.37)条、(380.63±52.39)条和(381.63±53.57)条扩增条带,各组织甲基化总条数差异不显著(P>0.05);Me、Mp和Mc的基因组甲基化水平分别为(17.07±2.19)%、(15.48±2.34)%和(19.61±2.88)%,Mc和Mp具有显著性差异(P<0.05);组织间的基因组甲基化水平由高到低排列依次是Mc>Me>Mp。(2)对特异性片段进行回收、测序后,经在线及本地Blast比对,得到8条存在甲基化修饰的基因序列,其中3条有同源序列,基因注释为40S核糖体蛋白SA(40S ribosomal protein SA)、iHog(interference hedgehog)、锌指蛋白(zinc finger protein castor)。iHog仅在中央膜上具有全甲基化修饰,且E值较低,为筛选的目的基因。(3)荧光定量结果表明iHog在Me、Mp和Mc中均有表达,以Me表达量最高,Mc表达量最低,差异显著(P<0.05)。我们推测iHog的DNA序列的甲基化修饰抑制了该基因在Mc组织中的表达。综上研究结果表明,马氏珠母贝外套膜3个区域的甲基化修饰水平不一,且DNA甲基化在基因表达调控中具有作用,这对深入研究珍珠贝生物矿化和免疫反应机制具有一定的参考意义。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 外套膜 msap技术 DNA甲基化 表达调控
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人工合成甘蓝型油菜早期世代基因组变异的AFLP和MSAP标记 被引量：7
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作者 赵志刚 富贵 +1 位作者 邓昌蓉 杜德志 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1231-1239,共9页
为了揭示人工甘蓝型油菜早期世代遗传和表观遗传变异规律,以A组合(大黄油菜×中花芥蓝)S0世代、B组合(大黄油菜×中迟芥蓝)S0和S1世代人工甘蓝型油菜为材料,分别利用AFLP和MSAP技术检测基因组变化及甲基化模式变化情况。结果表... 为了揭示人工甘蓝型油菜早期世代遗传和表观遗传变异规律,以A组合(大黄油菜×中花芥蓝)S0世代、B组合(大黄油菜×中迟芥蓝)S0和S1世代人工甘蓝型油菜为材料,分别利用AFLP和MSAP技术检测基因组变化及甲基化模式变化情况。结果表明,16对引物在A组合S0扩增到523条带,其中4对引物扩增出9条变异带,包括7条亲本缺失带和2条新增带,分别占S0总条带的1.33%和0.38%;45对引物在B组合双亲植株扩增到1093条带,只有1对引物检测到1条父本带型在所有S0植株中缺失,约占S0总条带的0.09%;在B9子代F19-1～F19-16总共扩增得到1092条带,变异带有10条,占总条带的0.915%,其中包括9条缺失带和1条新增带,9条缺失带全部位于C基因组。MSAP检测发现,B组合S0植株中有3个位点发生了甲基化模式的改变,全部位于A基因组,甲基化模式改变位点占总检测位点的1.37%。研究还发现B组合S0世代一个植株出现可遗传的花色变异,推测该表型变异与B组合人工甘蓝型油菜中C基因组变异有关。 展开更多
关键词 人工合成甘蓝型油菜 基因组序列变异 AFLP msap
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