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MMP1、MMP9基因与慢性牙周炎的因果关系:基于两样本孟德尔随机化研究
1
作者 杨春桃 左玉 《山东大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第11期87-97,共11页
目的采用两样本孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法探索MMP1/MMP8/MMP9基因与慢性牙周炎是否存在因果关系。方法使用FinnGen R10(于2023年12月公开发布)慢性牙周炎(K11_PERIODON_CHRON)全基因组关联研究(genome-wide associa... 目的采用两样本孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法探索MMP1/MMP8/MMP9基因与慢性牙周炎是否存在因果关系。方法使用FinnGen R10(于2023年12月公开发布)慢性牙周炎(K11_PERIODON_CHRON)全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)汇总数据,选择与暴露基因(MMP1/MMP8/MMP9)显著相关且符合标准的单核苷酸多态性作为工具变量,以MMP1/MMP8/MMP9基因作为暴露变量,慢性牙周炎作为结局变量。采用MR-Egger回归、加权中位数、逆方差加权、简单模式、加权模式进行MR分析。用Cochranʼs Q检验和MR-Egger回归进行异质性检测。用MR-Egger截距和MR-PRESSO分析方法评估水平多效性。并用leave-one-out分析方法评估MR分析结果的整体稳定性。使用比值比(odds ratio,OR)和95%置信区间(confidence interval,CI)来量化MMP1/MMP8/MMP9基因对慢性牙周炎的因果关系。结果在数据集ebi-a-GCST90012033(P=0.005,OR=0.955,95%CI=0.924~0.986)和数据集eqtl-a-ENSG00000196611(P=0.048,OR=0.912,95%CI=0.832~0.999)中,基于逆方差加权分析的结果提示MMP1基因预测的表达水平与慢性牙周炎风险之间存在显著的因果关系。在数据集prot-a-1920(P=0.087,OR=0.993,95%CI=0.985~1.001)和数据集eqtl-a-ENSG00000118113(P=0.883,OR=0.992,95%CI=0.887~1.109)中,基于逆方差加权分析的结果提示MMP8基因预测的表达水平与慢性牙周炎风险之间不存在显著的因果关系。在数据集prot-a-1921(P=0.450,OR=0.985,95%CI=0.948~1.024)中,基于逆方差加权分析的结果提示MMP9基因预测的表达水平与慢性牙周炎风险之间不存在显著的因果关系。但在数据集eqtl-a-ENSG00000100985(P=2.405×10^(-5),OR=1.123,95%CI=1.064~1.184)中,基于逆方差加权分析的结果提示MMP9基因预测的表达水平与慢性牙周炎风险之间存在显著的因果关系。结论从遗传学层面,MR分析结果支持MMP1、MMP9基因在慢性牙周炎发病机制中可能发挥致病作用。从病因学层面,MMP1、MMP9基因只是慢性牙周炎的致病因素之一。 展开更多
关键词 mmp1基因 MMP8基因 MMP9基因 慢性牙周炎 孟德尔随机化 单核苷酸多态性 因果关系
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HIF-1α siRNA对非小细胞肺癌A549细胞TIMP1、MMP1表达的影响 被引量：5
2
作者 王良梅 司进 +1 位作者 周萍 李丽霞 《中华全科医学》 2018年第3期339-342,359,共5页
目的探讨HIF-1α基因沉默对非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞基质金属蛋白酶1(matrix metalloproteinase 1,MMP1)、基质金属蛋白酶抑制剂1(matrix metalloproteinase inhibitor,TIMP1)表达的影响。方法将siRNAHIF-1α质粒载体稳定转染至A54... 目的探讨HIF-1α基因沉默对非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞基质金属蛋白酶1(matrix metalloproteinase 1,MMP1)、基质金属蛋白酶抑制剂1(matrix metalloproteinase inhibitor,TIMP1)表达的影响。方法将siRNAHIF-1α质粒载体稳定转染至A549细胞中,于缺氧环境下培养。应用MMT法和Transwell试验分别检测转染细胞的增殖、迁移和侵袭能力。应用qRT-PCR和蛋白免疫印迹分别检测转染细胞内TIMP1、MMP1 mRNA和蛋白表达水平。结果与Control组相比,A549组HIF-1αmRNA和蛋白表达显著增加(均P<0.05)。与Blank组和si-NC组相比,si-HIF-1α组HIF-1αmRNA表达水平显著降低(P<0.05)。与Blank组相比,si-HIF-1α组在转染24、48和72 h后细胞增殖率均显著降低(均P<0.05)。与Blank组相比,si-HIF-1α组A549细胞在转染24 h后的迁移和侵袭数量均显著降低(P<0.05)。与Blank组相比,si-HIF-1α组细胞内MMP1表达水平显著降低,而TIMP1表达水平显著增加(均P<0.05)。结论在缺氧状态下,HIF-1αsiRNA靶向沉默HIF-1α在A549细胞内的表达,并可以通过下调MMP1表达和上调TIMP1的表达而抑制细胞的增殖、迁移和侵袭。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌细胞株A549 缺氧诱导因子-1α 基因沉默 基质金属蛋白酶1 基质金属蛋白酶抑制剂1
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MMP1基因在头颈部鳞状细胞癌的表达及预后相关性 被引量：10
3
作者 刘龙庆 陈志伟 易世杰 《临床耳鼻咽喉头颈外科杂志》 CAS 北大核心 2018年第4期287-291,共5页
目的:研究MMP1基因表达水平在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者中的表达情况及预后相关性,并探究可能的作用机制。方法:在TCGA公共数据库中下载HNSCC的RNA测序数据及相关临床数据,对样本中的MMP1基因表达数据及其对应的临床信息进行回顾性分... 目的:研究MMP1基因表达水平在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者中的表达情况及预后相关性,并探究可能的作用机制。方法:在TCGA公共数据库中下载HNSCC的RNA测序数据及相关临床数据,对样本中的MMP1基因表达数据及其对应的临床信息进行回顾性分析;采用数据库基因芯片数据验证MMP1基因与HNSCC发生的相关性;生存分析MMP1与HNSCC患者预后指标(无病生存期与总生存期)的关系;采用基因集富集分析方法探讨MMP1基因在HNSCC中可能的作用机制。结果:332例HNSCC患者RNA测序样本中,MMP1基因表达与淋巴管浸润、肿瘤分级明显相关(P<0.01),表达越高,患者越易发生淋巴结转移,恶性程度越高;数据库基因芯片数据证实HNSCC组织中MMP1表达水平明显高于正常黏膜组织(t=12.622,P<0.05);MMP1基因高表达组HNSCC患者的预后(无病生存期、总生存期)明显差于低表达组(P<0.05)。基因富集分析提示MMP1基因高表达可能在上皮间充质转化、TGF-β信号通路、组织缺氧、血管再生、Noth信号通路、上调KRAS基因信号通路影响肿瘤的生物学进程。结论:MMP1基因高表达与HNSCC患者的发生及发展相关,可作为其独立危险因素,具有较大的临床意义。 展开更多
关键词 头颈部肿瘤 鳞状细胞癌 基质金属蛋白酶1 基因表达 预后
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基质金属蛋白酶介导的人肿瘤坏死因子α融合蛋白的构建和表达 被引量：1
4
作者 赵乔佳杰 侯敢 +1 位作者 黄迪南 陈书勇 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第3期534-537,共4页
为了提高人肿瘤坏死因子α(hTNF-α)靶向性,同时降低其在体内的毒副作用,应用现代基因工程技术对hTNF-α进行改造,构建融合蛋白成为新的途径。本文利用基因工程的方法成功构建hTNF-α与基质金属蛋白酶-1(MMP1)f、oldon序列的重组质粒,... 为了提高人肿瘤坏死因子α(hTNF-α)靶向性,同时降低其在体内的毒副作用,应用现代基因工程技术对hTNF-α进行改造,构建融合蛋白成为新的途径。本文利用基因工程的方法成功构建hTNF-α与基质金属蛋白酶-1(MMP1)f、oldon序列的重组质粒,将该质粒转化至Rosetta2(DE3),在一定条件下,经异丙基--βD-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导融合蛋白可溶性表达,后用谷胱甘肽(GST)树脂纯化试剂盒进行纯化,得到融合蛋白的纯化产物。为以后的科研和临床应用打下基础。 展开更多
关键词 人肿瘤坏死因子-Α 基质金属蛋白酶-1 基因工程 融合蛋白
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