目的分析深圳市人源布鲁菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variablenumber tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨布鲁菌在该地区的遗传变异情况及溯源调查,为制定有效的预防控制策略提供科学依据。方法基于全...目的分析深圳市人源布鲁菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variablenumber tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨布鲁菌在该地区的遗传变异情况及溯源调查,为制定有效的预防控制策略提供科学依据。方法基于全基因测序数据,采用MLVA分型方法,收集2005—2024年深圳市保存的191株人源布鲁菌分离株进行基因型分析,并使用BioNumerics v 7.6软件进行聚类分析,同时计算辛普森指数。结果基于MLVA-8分型,将191株菌株划分为13个基因型,羊种菌10种(42、43、45、58、63、114、115、196及2种未知型),猪种菌1种(4型)及牛种菌2种(36、113型),其中羊种42、43、63型占总数的89.01%。基于MLVA-11分型,分为14种,羊种布鲁菌均为“东地中海”组。基于MLVA-16分型对191株菌进行聚类分析结果显示,深圳市所有菌株分为3个群,123个基因型,呈现基因型别的多样性。辛普森指数0.000~0.900,Panel 1和Panel 2A多样性均低于Panel 2B。结论MLVA能有效进行布鲁菌的种属鉴定、菌株遗传多样性分析及分子流行病学溯源。深圳市人源布鲁菌MLVA分型显示,高度基因多态性及基因型共享,深圳市人感染布鲁菌病流行呈现散发病例及由共同来源引起的多种暴发事件,可能涉及跨区域传播和本地续发。因此,减少布鲁菌感染源在不同区域间的频繁流动,可能是控制人源布鲁菌病流行的有效措施。展开更多
目的建立铜绿假单胞菌的多位点可变数目串联重复序列(multiple locus variable number of tandem repeats a-nalysis,MLVA)基因分型技术,初步用于耐药监测和院内感染的监测。方法选择11个位点对50株临床分离菌株进行PCR扩增和凝胶电泳,...目的建立铜绿假单胞菌的多位点可变数目串联重复序列(multiple locus variable number of tandem repeats a-nalysis,MLVA)基因分型技术,初步用于耐药监测和院内感染的监测。方法选择11个位点对50株临床分离菌株进行PCR扩增和凝胶电泳,用R 2.14.1软件进行聚类分析。SPSS13.0统计软件进行统计分析。结果 11个位点中,ms216多态性最低,为0.619,ms212多态性最高,为0.838。50株铜绿假单胞菌被分为4大基因群,且均为单菌株基因型。前9个位点与11个位点的组合对菌株的分辨能力相同(HGDI=1.0000);前7个位点与前8个位点组合的分辨能力相同(HGDI=0.9984,成簇率为4.0%);前5个位点与前6个位点组合的分辨能力相同(HGDI=0.9935,成簇率为10.0%)。结论前5个VNTR位点组合有良好分辨能力,可用于大规模分子流行病学调查;前7个VNTR位点具有更高的分辨能力,可用于精确分析。展开更多
目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)对福建地区宋内志贺菌的分型能力,为了解宋内志贺菌分子流行病学特征及疫情暴发时病原的溯源提供分析方法和基础数据。方法选择8...目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)对福建地区宋内志贺菌的分型能力,为了解宋内志贺菌分子流行病学特征及疫情暴发时病原的溯源提供分析方法和基础数据。方法选择8个VNTR(Variable Number of Tandem Repeats)位点对68株临床分离株宋内志贺菌进行PCR扩增和毛细管电泳,利用BioNumerics软件进行聚类分析并构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),结合流行病学资料分析分型结果。结果 68株宋内志贺菌经MLVA分型后遗传关联度在20.647%~100%之间,按照100%的相似水平可分为66个MLVA型,呈遗传多态性,分辨系数为0.9986;有6个优势基因群(G1~G6),表现出时间地区聚集性。在最小生成树中,芗城分离株显示不同程度的亲缘关系,形成本土流行的优势克隆群;新罗分离株来源分散,存在少数优势基因簇。结论福建临床分离株宋内志贺菌具有基因多态性,MLVA方法对该菌有较好的分型能力,可用于研究菌株间的亲缘关系。展开更多
目的研究河北省鼠疫菌株多位点可变数串联重复序列(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型特征,分析其流行病学意义。方法采用MLVA(14+12)分型策略设计引物。利用聚合酶链式反应(PCR)、毛细管电泳方法和Bio ...目的研究河北省鼠疫菌株多位点可变数串联重复序列(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型特征,分析其流行病学意义。方法采用MLVA(14+12)分型策略设计引物。利用聚合酶链式反应(PCR)、毛细管电泳方法和Bio Numerics软件,对河北分离的鼠疫菌进行聚类分析。结果在选取的鼠疫菌26个可变数串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)位点中,8个VNTR位点对河北省鼠疫菌具有遗传多态性分析意义。河北省鼠疫疫源地分离到的128株鼠疫菌可分为2个群,15个基因型。结论通过MLVA分析显示河北鼠疫菌株具有多态性,基因遗传变异相对稳定,对于未来鼠疫疫情暴发溯源和鼠疫菌种群的研究具有指导意义。展开更多
文摘目的分析深圳市人源布鲁菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variablenumber tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨布鲁菌在该地区的遗传变异情况及溯源调查,为制定有效的预防控制策略提供科学依据。方法基于全基因测序数据,采用MLVA分型方法,收集2005—2024年深圳市保存的191株人源布鲁菌分离株进行基因型分析,并使用BioNumerics v 7.6软件进行聚类分析,同时计算辛普森指数。结果基于MLVA-8分型,将191株菌株划分为13个基因型,羊种菌10种(42、43、45、58、63、114、115、196及2种未知型),猪种菌1种(4型)及牛种菌2种(36、113型),其中羊种42、43、63型占总数的89.01%。基于MLVA-11分型,分为14种,羊种布鲁菌均为“东地中海”组。基于MLVA-16分型对191株菌进行聚类分析结果显示,深圳市所有菌株分为3个群,123个基因型,呈现基因型别的多样性。辛普森指数0.000~0.900,Panel 1和Panel 2A多样性均低于Panel 2B。结论MLVA能有效进行布鲁菌的种属鉴定、菌株遗传多样性分析及分子流行病学溯源。深圳市人源布鲁菌MLVA分型显示,高度基因多态性及基因型共享,深圳市人感染布鲁菌病流行呈现散发病例及由共同来源引起的多种暴发事件,可能涉及跨区域传播和本地续发。因此,减少布鲁菌感染源在不同区域间的频繁流动,可能是控制人源布鲁菌病流行的有效措施。
文摘目的建立铜绿假单胞菌的多位点可变数目串联重复序列(multiple locus variable number of tandem repeats a-nalysis,MLVA)基因分型技术,初步用于耐药监测和院内感染的监测。方法选择11个位点对50株临床分离菌株进行PCR扩增和凝胶电泳,用R 2.14.1软件进行聚类分析。SPSS13.0统计软件进行统计分析。结果 11个位点中,ms216多态性最低,为0.619,ms212多态性最高,为0.838。50株铜绿假单胞菌被分为4大基因群,且均为单菌株基因型。前9个位点与11个位点的组合对菌株的分辨能力相同(HGDI=1.0000);前7个位点与前8个位点组合的分辨能力相同(HGDI=0.9984,成簇率为4.0%);前5个位点与前6个位点组合的分辨能力相同(HGDI=0.9935,成簇率为10.0%)。结论前5个VNTR位点组合有良好分辨能力,可用于大规模分子流行病学调查;前7个VNTR位点具有更高的分辨能力,可用于精确分析。
文摘目的评价多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)对福建地区宋内志贺菌的分型能力,为了解宋内志贺菌分子流行病学特征及疫情暴发时病原的溯源提供分析方法和基础数据。方法选择8个VNTR(Variable Number of Tandem Repeats)位点对68株临床分离株宋内志贺菌进行PCR扩增和毛细管电泳,利用BioNumerics软件进行聚类分析并构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),结合流行病学资料分析分型结果。结果 68株宋内志贺菌经MLVA分型后遗传关联度在20.647%~100%之间,按照100%的相似水平可分为66个MLVA型,呈遗传多态性,分辨系数为0.9986;有6个优势基因群(G1~G6),表现出时间地区聚集性。在最小生成树中,芗城分离株显示不同程度的亲缘关系,形成本土流行的优势克隆群;新罗分离株来源分散,存在少数优势基因簇。结论福建临床分离株宋内志贺菌具有基因多态性,MLVA方法对该菌有较好的分型能力,可用于研究菌株间的亲缘关系。
文摘目的研究河北省鼠疫菌株多位点可变数串联重复序列(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型特征,分析其流行病学意义。方法采用MLVA(14+12)分型策略设计引物。利用聚合酶链式反应(PCR)、毛细管电泳方法和Bio Numerics软件,对河北分离的鼠疫菌进行聚类分析。结果在选取的鼠疫菌26个可变数串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)位点中,8个VNTR位点对河北省鼠疫菌具有遗传多态性分析意义。河北省鼠疫疫源地分离到的128株鼠疫菌可分为2个群,15个基因型。结论通过MLVA分析显示河北鼠疫菌株具有多态性,基因遗传变异相对稳定,对于未来鼠疫疫情暴发溯源和鼠疫菌种群的研究具有指导意义。
