目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通...目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用“结合态miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)”初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3序贯检测法)的优势。结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50位。miR-320在小鼠肺组织中可作用于26类靶基因,其中19类为已知基因(18类为mRNA以及1类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8~-21.8 kcal·mol^(-1)之间;Alphafold3预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26类靶基因为miR-320作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的“CSCT+Alphafold3序贯检测法”对于靶基因谱的检测准确率更高。这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用。结论:清肺排毒汤所含miR-320在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的“CSCT+Alphafold3”法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术。展开更多
背景:目前发现miR-196b-5p在细胞增殖、迁移及抑制瘢痕增生中发挥作用,但在创面愈合过程中是否发挥作用缺乏相关研究。目的:探讨脂肪干细胞源性外泌体中miR-196b-5p对烧伤创面愈合的影响。方法:构建SD大鼠皮肤深Ⅱ度烧伤模型,随机分为4...背景:目前发现miR-196b-5p在细胞增殖、迁移及抑制瘢痕增生中发挥作用,但在创面愈合过程中是否发挥作用缺乏相关研究。目的:探讨脂肪干细胞源性外泌体中miR-196b-5p对烧伤创面愈合的影响。方法:构建SD大鼠皮肤深Ⅱ度烧伤模型,随机分为4组:空白对照组、外泌体组、agomiR-196b-5p组和外泌体+antagomiR-196b-5p组,每组10只,根据不同分组于创周注射PBS、脂肪干细胞源性外泌体、miR-196b-5p激动剂和miR-196b-5p抑制剂,伤后即刻和伤后7,14,21 d观察创面愈合情况,伤后7 d苏木精-伊红染色观察创面炎症表达,伤后14 d Masson染色观察创面胶原表达及免疫组化染色观察创面CD31表达,伤后7 d Western blot检测创面中α-平滑肌肌动蛋白、Ⅰ型胶原蛋白表达。结果与结论:①agomiR-196b-5p组创面愈合较快,空白对照组和外泌体+antagomiR-196b-5p组愈合较慢;②与空白对照组和外泌体+antagomiR-196b-5p组相比,外泌体组和agomiR-196b-5p组创面炎性细胞浸润较少,CD31表达明显增加(P<0.01);③与空白对照组和外泌体+antagomiR-196b-5p组相比,外泌体组和agomiR-196b-5p组中α-平滑肌肌动蛋白、Ⅰ型胶原蛋白表达升高(P<0.05)。结果表明,脂肪干细胞源性外泌体中miR-196b-5p能促进大鼠烧伤创面愈合。展开更多
文摘目的:构建中草药来源的目标微小RNA(microRNA,miR)在小鼠肺组织中的靶基因谱检测方法,利用该方法检测清肺排毒汤所含miR-320—靶基因谱及其生物学功能,为清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的分子机制补充miR维度的数据支撑。方法:采用二代高通量测序测定目标miR(miR-320)在清肺排毒汤中的表达情况,利用“结合态miR—靶基因抓取测序技术(capturing and sequencing of miRNA-target complex technology,CSCT)”初步检测其在小鼠肺组织中的靶基因谱,并采用Alphafold3验证检测结果,取其交集作为目标miR的靶基因谱;进而分析靶基因谱的功能,阐释清肺排毒汤通过miR-320在小鼠肺组织中的调控功能;此外,将检测结果与TargetScan的预测结果进行比对,验证本检测方法(CSCT+Alphafold3序贯检测法)的优势。结果:高通量测序结果表明清肺排毒汤中富含miR-320,其表达含量居前50位。miR-320在小鼠肺组织中可作用于26类靶基因,其中19类为已知基因(18类为mRNA以及1类为转录增强子),其主要通过miR经典作用模式识别靶基因,与26类靶基因具有良好的碱基互补性,最小自由能在-35.8~-21.8 kcal·mol^(-1)之间;Alphafold3预测的靶基因的iPTM和PTM之和最小值为1.1,位于高置信度区域,100%验证了CSCT的检测结果,据此确证26类靶基因为miR-320作用谱;与TargetScan相比,本研究构建的“CSCT+Alphafold3序贯检测法”对于靶基因谱的检测准确率更高。这些靶基因具有多种功能,主要富集于白介素介导的免疫信号通路,在抗原处理与提呈、免疫因子或细胞介导的细胞凋亡、淋巴细胞增殖与活化等生物学过程中发挥作用。结论:清肺排毒汤所含miR-320在小鼠肺组织内主要富集于免疫调节相关通路,这可能是清肺排毒汤治疗病毒性肺炎的miR分子机制之一;本研究构建的“CSCT+Alphafold3”法对于miR靶基因谱的检测具有较高的可靠性和准确性,可作为中药汤剂中miR—靶基因互作谱检测技术。
文摘背景:目前发现miR-196b-5p在细胞增殖、迁移及抑制瘢痕增生中发挥作用,但在创面愈合过程中是否发挥作用缺乏相关研究。目的:探讨脂肪干细胞源性外泌体中miR-196b-5p对烧伤创面愈合的影响。方法:构建SD大鼠皮肤深Ⅱ度烧伤模型,随机分为4组:空白对照组、外泌体组、agomiR-196b-5p组和外泌体+antagomiR-196b-5p组,每组10只,根据不同分组于创周注射PBS、脂肪干细胞源性外泌体、miR-196b-5p激动剂和miR-196b-5p抑制剂,伤后即刻和伤后7,14,21 d观察创面愈合情况,伤后7 d苏木精-伊红染色观察创面炎症表达,伤后14 d Masson染色观察创面胶原表达及免疫组化染色观察创面CD31表达,伤后7 d Western blot检测创面中α-平滑肌肌动蛋白、Ⅰ型胶原蛋白表达。结果与结论:①agomiR-196b-5p组创面愈合较快,空白对照组和外泌体+antagomiR-196b-5p组愈合较慢;②与空白对照组和外泌体+antagomiR-196b-5p组相比,外泌体组和agomiR-196b-5p组创面炎性细胞浸润较少,CD31表达明显增加(P<0.01);③与空白对照组和外泌体+antagomiR-196b-5p组相比,外泌体组和agomiR-196b-5p组中α-平滑肌肌动蛋白、Ⅰ型胶原蛋白表达升高(P<0.05)。结果表明,脂肪干细胞源性外泌体中miR-196b-5p能促进大鼠烧伤创面愈合。
