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胆管癌中m7G甲基化调节因子相关预后风险模型的构建及临床意义
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作者 王卓 王敏 +5 位作者 刘莹 吕丹丹 屈园园 谌慧君 洪流 周威 《生物医学工程与临床》 CAS 2024年第2期254-264,共11页
目的表观遗传重编程在胆管癌(CCA)进展中起关键作用,m7G甲基化修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一,其通过调节肿瘤相关基因的表达在增殖、侵袭和转移等多种肿瘤相关的生物学活动中发挥着巨大作用。实验研究是探索m7G甲基化调... 目的表观遗传重编程在胆管癌(CCA)进展中起关键作用,m7G甲基化修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一,其通过调节肿瘤相关基因的表达在增殖、侵袭和转移等多种肿瘤相关的生物学活动中发挥着巨大作用。实验研究是探索m7G甲基化调节因子构建的相关修饰模式及其对CCA临床预后及治疗效果的评估。方法分析基于癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中27个m7G甲基化调节因子[Argonaute2蛋白(AGO2),细胞质脆性X智力迟钝蛋白1(FMR1)相关蛋白1(CYFIP1),脱帽mRNA2(DCP2)、清道夫脱帽酶(DCPS),真核翻译起始因子3(EIF3)亚基D(EIF3D),真核翻译起始因子4A1(EIF4A1),真核翻译起始因子4E(EIF4E),真核翻译起始因子4E家族成员1B(EIF4E1B),真核翻译起始因子4E家族成员2(EIF4E2),真核翻译起始因子4E家族成员3(EIF4E3),真核翻译起始因子4伽玛3(EIF4G3),宝石核细胞器相关蛋白5(GEMIN5),干扰素诱导蛋白5(IFIT5),La核糖核蛋白1(LARP1),Sm样蛋白(LSM1),甲基转移酶1(METTL1),核帽结合蛋白(NCBP)1,NCBP2,NCBP2样蛋白(NCBP2L),NOP2/Sun RNA甲基转移酶家族成员2(NSUN2),Nudix水解酶(NUDT)10,NUDT3,NUDT4,营养素1(SNUPN),WD重复结构域4(WDR4)]的表达水平,利用CCA患者临床数据进行生存分析。对所有患者数据进行共识聚类分析并筛选预后相关的差异表达基因(DEG),为了检测m7G甲基化调节因子及其DEG的影响进行共识聚类分析,进一步建立m7G甲基化评分系统,评估m7G甲基化评分与CCA患者预后的相关性。结果约48%(12/25)的m7G甲基化调节因子DNA拷贝数增加,其中AGO2的拷贝数增加程度最高;约56%(14/25)的m7G甲基化调节因子DNA拷贝数减少,其中EIF4G3的拷贝数减少程度最高,并且与患者预后密切相关;除IFIT5外,其余调节因子之间存在复杂且密切的相互作用关系。17个与CCA患者预后相关的m7G甲基化调节基因,其中LARP1、NUDT3、SNUPN、NCBP2、EIF4E1B、NUDT11、NSUN2、EIF4A1、GEMIN5和CYFIP1的高表达与患者预后正相关,EIF4E3、WDR4、EIF4E2、NUDT4、NCBP1、EIF4E和DCP2的高表达与患者预后不良相关(P<0.05)。通过对m7G甲基化分型之间取交集DEG,DEG主要富集于血管内皮细胞增殖与新生血管生成等。筛选预后相关基因,得到2个具有预后差异的m7G甲基化基因特征亚组,m7G甲基化评分高低两组分型之间差异有统计学意义,即m7G甲基化低评分组患者预后相对较好。结论研究表明,m7G甲基化修饰异常与CCA的发生发展密切相关,并且在肿瘤调控网络的形成中起着重要作用,评估肿瘤中的m7G甲基化修饰模式将有助于指导制定更有效的治疗策略。 展开更多
关键词 胆管癌 m7g甲基化 预后 m7g甲基化评分
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直肠癌中m7G调控因子构建的修饰模式探索
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作者 周威 李婷 +4 位作者 宋健 张慧敏 席娇娜 李桂香 洪流 《医学研究杂志》 2023年第10期23-30,70,共9页
目的构建基于N7-甲基鸟嘌呤(N7-methylguanosine,m7G)相关基因的直肠癌(rectal cancer,RC)预后预测模型。方法本研究从TCGA和GEO数据库中收集了292例直肠癌患者资料,综合分析了26个m7G调控因子的表达水平、突变情况及与患者预后的关系... 目的构建基于N7-甲基鸟嘌呤(N7-methylguanosine,m7G)相关基因的直肠癌(rectal cancer,RC)预后预测模型。方法本研究从TCGA和GEO数据库中收集了292例直肠癌患者资料,综合分析了26个m7G调控因子的表达水平、突变情况及与患者预后的关系。笔者定义了两种m7G修饰模式并使用主成分分析(PCA)构建了m7G评分系统。结果与邻近正常组织比较,m7G调节因子在直肠癌中普遍存在差异表达,并且多数与患者预后相关。笔者进一步在RC样本中确定了两种不同的m7G修饰模式,发现不同m7G分型之间存在临床特征和总生存期差异,并且证明m7G评分系统可以判断患者的预后。结论m7G甲基化修饰异常与直肠癌的发生密切相关,对大量直肠癌样本中不同m7G模式的分析增进了对肿瘤调控网络的理解,m7G评分系统的构建可以为患者的预后评估和个性化治疗策略提供新的思路。 展开更多
关键词 直肠癌 m7g甲基化 预后 m7g评分
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