小鼠胚泡着床期LongSAGE文库中双标签的制备研究 被引量：2

1

作者 徐以民 何俊琳 +3 位作者 刘学庆 丁裕斌 陈雪梅 王应雄 《西南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2006年第1期45-48,共4页

研究探讨小鼠胚胎着床期LongSAGE文库构建过程中总RNA提取、cDNA合成及双标签(D itags)制备方法,优化PCR扩增中双标签PCR的最佳模板稀释度及扩增循环次数。

关键词 小鼠 胚泡 着床 longsage文库 双标签

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运用3′RACE验证LongSAGE文库构建后白念珠菌不同菌相的差异表达基因 被引量：1

2

作者 张宝军 叶庆佾 +3 位作者 何凤田 王鲁 周村建 郝飞 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期1009-1011,共3页

目的　鉴定从LongSAGE文库筛选到的白念珠菌不同菌相表达基因差异表达标签JMD8和JSW10所代表基因。方法　诱导白念珠菌菌丝相的表达后,运用3′RACE技术扩增白念珠菌差异表达基因标签基因片段,纯化回收后,T/A连接,经氯化钙法转化大肠杆菌... 目的　鉴定从LongSAGE文库筛选到的白念珠菌不同菌相表达基因差异表达标签JMD8和JSW10所代表基因。方法　诱导白念珠菌菌丝相的表达后,运用3′RACE技术扩增白念珠菌差异表达基因标签基因片段,纯化回收后,T/A连接,经氯化钙法转化大肠杆菌,X gal/IPTG诱导表达,在阳性菌株中抽提质粒后酶切、测序。结果　两个片段均能在GenBank中找到同源序列,Score值小于40 ,Evalue小于0 5。结论　鉴定了白念珠菌LongSAGE标签JMD8和JSW 10代表的基因分别为EFT2和SHMII。 展开更多

关键词 白念珠菌 longsage 3’RACE 菌相转换

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小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库构建 被引量：2

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作者 徐以民 何俊琳 +3 位作者 刘学庆 刘孝云 陈雪梅 王应雄 《细胞生物学杂志》 CSCD 2006年第3期463-467,共5页

按照LongSAGE文库构建原理,先后经子宫内膜总RNA提取、cDNA合成、130bp双标签的产生、PCR扩增、34bp双标签形成、连接成串联体、与载体连接、转化大肠杆菌等相关步骤构建小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库。经证实所构建文库的阳... 按照LongSAGE文库构建原理,先后经子宫内膜总RNA提取、cDNA合成、130bp双标签的产生、PCR扩增、34bp双标签形成、连接成串联体、与载体连接、转化大肠杆菌等相关步骤构建小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库。经证实所构建文库的阳性克隆率达100%,克隆中插入的串联体长度介于400￣500bp之间,成功构建了小鼠胚泡着床期子宫内膜LongSAGE基因文库。 展开更多

关键词 小鼠 子宫内膜 着床 longsage文库

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家蚕黄茧限性品种不同性别LongSAGE文库的构建与分析

4

作者 甘丽萍 刘仁华 +3 位作者 牛艳山 席建 司马杨虎 徐世清 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第6期2634-2641,共8页

为了调查家蚕丝物质生产过程中雌雄之间差异表达基因,本研究构建了家蚕黄茧色限性品种Ysh不同性别的丝腺与中肠LongSAGE文库,按照P<0.05和差异倍数大于2倍的标准,筛选出差异标签,借助家蚕全基因组公共数据库,通过参考文库、GLGI等方... 为了调查家蚕丝物质生产过程中雌雄之间差异表达基因,本研究构建了家蚕黄茧色限性品种Ysh不同性别的丝腺与中肠LongSAGE文库,按照P<0.05和差异倍数大于2倍的标准,筛选出差异标签,借助家蚕全基因组公共数据库,通过参考文库、GLGI等方法对这些标签进行注释。结果表明,雌性和雄性SAGE文库分别获得了96 713和98 126个标签次数,共筛选出了202个差异标签,其中108个标签在雌性中上调表达,94个标签在雄性中上调表达,最后有76个标签得到了基因注释,认为是家蚕5龄期幼虫雌雄之间差异表达的基因。本SAGE文库中提供的大量性别差异标签对于进一步阐明限性黄茧品种雌雄差异性状机理具有一定的参考价值。 展开更多

关键词 家蚕 黄茧限性品种 longsage

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用5’LongSAGE标签分析蜜蜂Yps基因转录起始位点的多样性

5

作者 孙亮先 谢宪兵 +3 位作者 桑庆亮 陈怀宇 陈朝阳 黄周英 《泉州师范学院学报》 2009年第2期82-86,共5页

使用5’LongSAGE标签序列确定了一个新的西方蜜蜂Ypsilon Schachtel(Yps)基因的转录起始位点,并进而预测了该基因的启动子序列.5’LongSAGE标签的蜜蜂基因组定位结果表明:在成年雄蜂的头部中,蜜蜂Yps基因存在23个转录起始位点,其中优势... 使用5’LongSAGE标签序列确定了一个新的西方蜜蜂Ypsilon Schachtel(Yps)基因的转录起始位点,并进而预测了该基因的启动子序列.5’LongSAGE标签的蜜蜂基因组定位结果表明:在成年雄蜂的头部中,蜜蜂Yps基因存在23个转录起始位点,其中优势转录起始位点有4个,其起始频率分别为27.9%、23.1%、13.5%和11.5%.Yps基因TSS的碱基组成分析发现,此23个TSS第一个碱基为A、G、T、C的概率分别为52%、39%、4%、4%.这些结果暗示RNA聚合酶和调控因子在Yps基因启动子的一个较宽范围内的互作控制着不同转录本的起始效率. 展开更多

关键词 5' longsage Yps基因 西方蜜蜂 转录起始位点 启动子

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从LongSAGE标签获取cDNA长片段的3'-RACE方法的建立 被引量：1

6

作者 黄德培 何俊琳 +3 位作者 刘学庆 陈雪梅 董艳玲 王应雄 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期149-152,共4页

长标签基因表达系列分析和末端快速扩增都是目前人类基因组研究中的重要方法.该文介绍了一种我们改良以后的末端快速扩增方法(3'-RACE),用于从LongSAGE标签扩增基因3'端序列.实验证明该方法技术稳定、重复性好,所获得的3'端... 长标签基因表达系列分析和末端快速扩增都是目前人类基因组研究中的重要方法.该文介绍了一种我们改良以后的末端快速扩增方法(3'-RACE),用于从LongSAGE标签扩增基因3'端序列.实验证明该方法技术稳定、重复性好,所获得的3'端cDNA纯度高、完整性好,表明该方法切实可行. 展开更多

关键词 longsage标签 3'-末端快速扩增 全长cDNA扩增

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利用5'LongSAGE标签分析蜜蜂肌球蛋白调节性轻链基因MLC-2选择性转录起始位点

7

作者 周沫玲 孙亮先 +3 位作者 陈培山 谢宪兵 黄周英 倪辉 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期149-152,共4页

使用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的肌球蛋白调节性轻链基因MLC-2的标签序列,在蜜蜂全基因组序列上定位了该基因的转录起始位点(TSS),并进而预测了其启动子的结构。结果显示:蜜蜂MLC-2基因存在17个TSS,其中16个定位于MLC-2基因开... 使用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的肌球蛋白调节性轻链基因MLC-2的标签序列,在蜜蜂全基因组序列上定位了该基因的转录起始位点(TSS),并进而预测了其启动子的结构。结果显示:蜜蜂MLC-2基因存在17个TSS,其中16个定位于MLC-2基因开放阅读框上游100bp的范围内。MLC-2基因的各TSS的使用效率不同,其中有3个优势TSS,由之起始的转录本分别占该基因总转录本数量的9.76%、54.47%和11.38%。从碱基组成来看,蜜蜂MLC-2基因TSS的第1个碱基为A、G、T、C的概率分别为58.8%、29.4%、0和11.8%。MLC-2基因的启动子结构预测结果表明,在TSS上游的300bp区域内有3个核心启动子元件。研究结果对研究蜜蜂MLC-2基因的表达调控与确定其全长cDNA序列具有重要意义。 展开更多

关键词 5’longsage 标签 MLC-2基因 西方蜜蜂 转录起始位点 启动子

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西方蜜蜂表皮蛋白基因apd-like转录起始位点的定位及cDNA序列的分析 被引量：5

8

作者 孙亮先 黄周英 +1 位作者 郑华军 游燕琳 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期224-231,共8页

Apidermin蛋白家族是根据蜜蜂表皮蛋白apidermin1-3(APD1-3)而命名的一个新型的昆虫结构性表皮蛋白家族。为了鉴定西方蜜蜂Apis mellifera基因组序列上毗邻基因簇apd1-3的一个预测基因座LOC727145是否为一个新的apd基因,本研究在用5′Lo... Apidermin蛋白家族是根据蜜蜂表皮蛋白apidermin1-3(APD1-3)而命名的一个新型的昆虫结构性表皮蛋白家族。为了鉴定西方蜜蜂Apis mellifera基因组序列上毗邻基因簇apd1-3的一个预测基因座LOC727145是否为一个新的apd基因,本研究在用5′LongSAGE标签定位该基因的转录起始位点(TSS)的基础上,利用其中的3条5′LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT-PCR方法克隆了该基因的cDNA序列(GenBank登录号:GU358197,GU358199,GU358198)。生物信息学分析发现,基因座LOC727145含有2个外显子和1个"GT-AG"型内含子,其cDNA序列富含GC(70%),可编码一条长152aa残基的高度疏水性多肽。此多肽序列的氨基酸组成与蜜蜂APD1-3表皮蛋白类似,富含Ala,Gly,Pro,Leu和Val5种氨基酸(占77%),其中Ala残基含量最高(29%)。该多肽序列与蜜蜂APD-1表皮蛋白序列的相似性为50%,且其N末端的预测信号肽序列与APD蛋白的信号肽序列类似。5′LongSAGE标签的基因组定位结果显示,基因座LOC727145在雄蜂头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从6个不同的TSS上以不同效率起始转录,其中由一个优势TSS上起始了90%的转录。本研究为apidermin表皮蛋白家族增添了一个新成员,命名为apidermin-like(apd-like)。 展开更多

关键词 西方蜜蜂 5′longsage 表皮蛋白 apd-like基因 转录起始位点(TSS)

原文传递

西文蜜蜂LOC724521基因座的cDNA序列克隆及TSS的分析

9

作者 孙亮先 黄周英 郑华军 《泉州师范学院学报》 2010年第4期42-46,共5页

5’LongSAGE标签得自于全长mRNA分子的5’末端的前19 nt.该研究利用定位在西方蜜蜂基因组中的一个预测基因座LOC724521的2条5’LongSAGE标签序列作为5’引物,通过RT-PCR克隆了该预测基因座的2条长335 bp和337 bp的cDNA序列(GenBank登录... 5’LongSAGE标签得自于全长mRNA分子的5’末端的前19 nt.该研究利用定位在西方蜜蜂基因组中的一个预测基因座LOC724521的2条5’LongSAGE标签序列作为5’引物,通过RT-PCR克隆了该预测基因座的2条长335 bp和337 bp的cDNA序列(GenBank登录号:GU358205,GU358204).此cDNA编码一条长88个氨基酸残基的多肽.用所克隆的cDNA序列对基因座LOC724521进行功能注释发现,该基因含有3个外显子和2个"GT-AG"型内含子.5’LongSAGE标签序列的基因组定位结果显示:基因座LOC724521在雄蜂的头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从5个转录起始位点(TSS)上以不同效率起始转录,该基因的59%和31%的转录是从2个优势TSS上起始.有趣的是,有一条5’LongSAGE标签序列被定位在内含子区,暗示该基因存在外显子的可变性选择现象.该研究结果不仅在转录水平上证实了软件预测的基因座LOC724521确实存在,同时揭示了该基因存在可变性转录起始位点和可变性外显子选择等转录调控机制. 展开更多

关键词 西方蜜蜂 5’longsage 转录起始位点(TSS) RT-PCR CDNA

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西方蜜蜂一个新表皮蛋白基因的克隆和结构分析

10

作者 欧阳昊 葛清秀 +1 位作者 孙亮先 梁勤 《泉州师范学院学报》 2011年第6期1-6,共6页

利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的cDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构.分析结果显示:... 利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的cDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构.分析结果显示:该基因的DNA序列长1 253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基(23.67%,20.12%)多肽序列.BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47.54%,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族.该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高. 展开更多

关键词 西方蜜蜂 5’longsage 表皮蛋白 转录起始位点 基序

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江西农业大学学报第1～6期总目次 被引量：1

11

《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期J0001-J0012,共12页

关键词 江西农业大学学报 ping Jun 生物技术工程 毛竹林 作物科学 园艺科学 动物科学 生长发育 东乡野生稻 非挥发性有机酸 longsage 目次

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