在爆破振动监测过程中,为解决低频趋势成分干扰所引起的基线漂移问题,提出了一种基于鲁棒局部均值分解(robust local mean decomposition, RLMD)和均值判比(mean ratio, MR)方法的爆破振动信号基线校正方法。首先,利用RLMD对包含趋势项...在爆破振动监测过程中,为解决低频趋势成分干扰所引起的基线漂移问题,提出了一种基于鲁棒局部均值分解(robust local mean decomposition, RLMD)和均值判比(mean ratio, MR)方法的爆破振动信号基线校正方法。首先,利用RLMD对包含趋势项的振动信号进行自适应分解,生成一系列乘积函数(product functions, PF);随后,通过MR方法筛选出低频趋势项分量,去除这些成分并重构剩余信号,以校正基线漂移。仿真信号分析结果表明,与传统的最小二乘拟合法(ordinary least squares, OLS)和局部均值分解(local mean decomposition, LMD)相比,RLMD方法在提取趋势项方面具有更高的准确性和稳定性,有效避免了模态混叠现象。现场爆破振动监测试验结果显示,与远区振动信号相比,近区实测爆破振动信号受到低频趋势项的干扰更为严重。通过RLMD-MR方法进行基线校正后,信号波形能够有效恢复至基线中心附近,解决了基线漂移问题。展开更多
基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool,BLAST)是核酸或蛋白质序列相似性分析最常用的工具之一。因为程序涉及参数较多,一些学生和研究者有时不根据实际情况也不阅读说明书就直接选择默认参数,可能会得出错误结论。BL...基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool,BLAST)是核酸或蛋白质序列相似性分析最常用的工具之一。因为程序涉及参数较多,一些学生和研究者有时不根据实际情况也不阅读说明书就直接选择默认参数,可能会得出错误结论。BLAST可以进行核酸、蛋白质序列及其相互间的比对,一些低年级学生会有困惑,不知如何进行程序的选择等问题。鉴于这些情况,笔者尝试用2020年初网络的热议话题"新冠病毒极有可能源于实验室"作为引子吸引学生注意力,通过复现并从理论上初步分析其错误,以及产生错误的原因来达到让本科生快速熟悉BLAST的使用及易错点,达到BLAST理论教学的目的。在实验课中,虚构恐龙基因,即一个小组在基因中插入"密码",由另一小组解开"密码",通过小组间利用BLAST工具进行加密与解密的趣味活动,从而加深对程序正确选择的理解,同时巩固了理论教学内容。此教学设计利用当下新冠病毒起源的热点话题不仅提高了学生的学习兴趣,同时也帮助他们利用该工具解决实际问题,培养了学生利用专业知识进行言论分辨的能力。希望此文能对BLAST工具的正确使用和新医科背景下生物医学教学有所启发和帮助。展开更多
Soybean is a major crop in the world, and it is a main source of plant proteins and oil. A lot of soybean genetic maps and physical maps have been constructed, but there are no integrated map between soybean physical ...Soybean is a major crop in the world, and it is a main source of plant proteins and oil. A lot of soybean genetic maps and physical maps have been constructed, but there are no integrated map between soybean physical map and genetic map. In this study, soybean genome sequence data, released by JGI （US Department of Energy＇s Joint Genome Institute）, had been downloaded. With the software Blast 2.2.16, a total of 161 super sequences were mapped on the soybean public genetic map to construct an integrated map. The length of these super sequences accounted for 73.08% of all the genome sequence. This integrated map could be used for gene cloning, gene mining, and comparative genome of legume.展开更多
文摘在爆破振动监测过程中,为解决低频趋势成分干扰所引起的基线漂移问题,提出了一种基于鲁棒局部均值分解(robust local mean decomposition, RLMD)和均值判比(mean ratio, MR)方法的爆破振动信号基线校正方法。首先,利用RLMD对包含趋势项的振动信号进行自适应分解,生成一系列乘积函数(product functions, PF);随后,通过MR方法筛选出低频趋势项分量,去除这些成分并重构剩余信号,以校正基线漂移。仿真信号分析结果表明,与传统的最小二乘拟合法(ordinary least squares, OLS)和局部均值分解(local mean decomposition, LMD)相比,RLMD方法在提取趋势项方面具有更高的准确性和稳定性,有效避免了模态混叠现象。现场爆破振动监测试验结果显示,与远区振动信号相比,近区实测爆破振动信号受到低频趋势项的干扰更为严重。通过RLMD-MR方法进行基线校正后,信号波形能够有效恢复至基线中心附近,解决了基线漂移问题。
文摘基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool,BLAST)是核酸或蛋白质序列相似性分析最常用的工具之一。因为程序涉及参数较多,一些学生和研究者有时不根据实际情况也不阅读说明书就直接选择默认参数,可能会得出错误结论。BLAST可以进行核酸、蛋白质序列及其相互间的比对,一些低年级学生会有困惑,不知如何进行程序的选择等问题。鉴于这些情况,笔者尝试用2020年初网络的热议话题"新冠病毒极有可能源于实验室"作为引子吸引学生注意力,通过复现并从理论上初步分析其错误,以及产生错误的原因来达到让本科生快速熟悉BLAST的使用及易错点,达到BLAST理论教学的目的。在实验课中,虚构恐龙基因,即一个小组在基因中插入"密码",由另一小组解开"密码",通过小组间利用BLAST工具进行加密与解密的趣味活动,从而加深对程序正确选择的理解,同时巩固了理论教学内容。此教学设计利用当下新冠病毒起源的热点话题不仅提高了学生的学习兴趣,同时也帮助他们利用该工具解决实际问题,培养了学生利用专业知识进行言论分辨的能力。希望此文能对BLAST工具的正确使用和新医科背景下生物医学教学有所启发和帮助。
基金Supported by the Projects of the National Science and Technology Programs (2006AA10Z1F4)Heilongjiang Postdoctoral Science-Research Foundation (LHK-04014 & LRB06-126)+1 种基金Heilongjiang "11th Five-Year Plan" Science and Technology Research Projects (GA06B101-2-6)Heilongjiang Young Academic Supporting Project (1152G007)
文摘Soybean is a major crop in the world, and it is a main source of plant proteins and oil. A lot of soybean genetic maps and physical maps have been constructed, but there are no integrated map between soybean physical map and genetic map. In this study, soybean genome sequence data, released by JGI （US Department of Energy＇s Joint Genome Institute）, had been downloaded. With the software Blast 2.2.16, a total of 161 super sequences were mapped on the soybean public genetic map to construct an integrated map. The length of these super sequences accounted for 73.08% of all the genome sequence. This integrated map could be used for gene cloning, gene mining, and comparative genome of legume.
