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题名锦鲤let-7家族系统进化、靶基因预测及表达分析
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作者
李泓
田月瑶
崔开明
秦楠
范道省
田雪
朱文锦
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机构
河南省水产科学研究院
河南师范大学水产学院
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出处
《河南农业科学》
北大核心
2025年第1期144-152,共9页
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基金
河南省教育厅重点科研项目(22A240001)
河南省农业科学院自主创新项目(2023ZC110)
+1 种基金
河南师范大学大学生创新创业项目(2023199)
河南优势特色农业产业科技支撑行动计划项目(202310010040)。
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文摘
对锦鲤let-7家族成员的前体序列进行比对和系统进化分析,检测锦鲤let-7家族成员表达量在体色形成过程中的变化,通过TargetScan和miRWalk对let-7j的靶基因进行预测,并对靶基因的本体特征和代谢通路进行富集分析,为了解let-7家族的进化历史及其在锦鲤及硬骨鱼类体色形成中的作用提供参考。结果表明,锦鲤let-7家族成员在鱼类中高度保守,且其前体序列的5'端保守性高于3'。锦鲤let-7家族成员表达量在体色形成的4个阶段均表现为逐步升高的趋势,在体色完全形成的孵化后47 d达到最高。利用TargetScan和miRWalk对let-7j的靶基因进行预测,其中571个靶基因在2个软件中均被预测到,这571个候选靶基因富集到了10个与体色形成相关的GO条目,包括色素沉积、发育过程的色素沉积、色素细胞分化、黑色素细胞分化、细胞色素沉积、黑色素小体转运、色素颗粒转运、色素代谢过程、黑色素小体定位的建立和黑色素小体定位;富集到与体色相关的KEGG调控通路主要有Wnt信号通路、ErbB信号通路和黑色素沉积通路。以上GO和KEGG通路中存在ltk、pmel、plin6、kitlga和pax7a等多个与色素细胞分化和迁移相关的基因。综上,let-7家族成员在鱼类进化过程中高度保守,可能靶向色素细胞分化相关的基因参与锦鲤红色体色的形成。
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关键词
锦鲤
let-7家族
系统进化
let-7j
靶基因
体色
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Keywords
Koi carp
let-7 family
Evolution
let-7j
Target genes
Coloration
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分类号
S965
[农业科学—水产养殖]
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