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基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义 被引量:6
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作者 宋秀道 马锦 《生命科学研究》 CAS CSCD 2019年第2期100-107,共8页
为了研究miRNA-195-5p在肝癌(liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析miRNA-195... 为了研究miRNA-195-5p在肝癌(liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA-195与肝癌患者预后的相关性;利用miRWalk 2.0数据库获取预测的与实验数据支持的miRNA-195-5p的靶基因,同时采用DAVID 6.8数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析,以Cytoscape 3.6.1软件构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选PPI网络中的核心基因;通过公开访问的数据库进一步验证筛选出的核心基因。TCGA数据库分析结果显示, miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达水平显著低于正常组织。Kaplan-Meier生存分析显示, miRNA-195低表达LIHC患者的总生存时间明显低于高表达患者。GO分析显示,miRNA-195-5p的靶基因主要显著富集到蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物学过程。KEGG分析显示, miRNA-195-5p的靶基因显著富集于癌症相关通路。miRNA-195-5p潜在靶基因所编码蛋白质之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是PPI网络中的核心基因。6个核心基因中,仅MAPK3的蛋白质与m RNA表达水平在LIHC组织中均显著上调。Kaplan-Meier生存分析进一步显示, MAPK3 m RNA水平升高预示LIHC患者总生存时间缩短。以上生物信息学分析结果初步表明, miRNA-195-5p表达下调在肝癌相关的生物学过程中起到重要调控作用,可能与其潜在靶基因MAPK3表达上调有关,这为肝癌的生物标志物研究提供了线索。 展开更多
关键词 肝癌(lihc) miRNA-195-5p 靶基因 生物信息学 总生存时间
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激光-感应复合熔覆Cu-Fe合金涂层的结构与性能 被引量:4
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作者 周圣丰 戴晓琴 +2 位作者 熊征 张天佑 吴超 《中国有色金属学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1812-1816,共5页
采用激光-感应复合熔覆方法,在黄铜基材表面制备Cu-Fe合金涂层,研究涂层的显微组织与性能特征。结果表明,当激光扫描速度为3000 mm/min、粉末流量为110 g/min时,在黄铜基材上获得表面较光滑、无气孔与裂纹的Cu-Fe合金涂层。另外,Cu-Fe... 采用激光-感应复合熔覆方法,在黄铜基材表面制备Cu-Fe合金涂层,研究涂层的显微组织与性能特征。结果表明,当激光扫描速度为3000 mm/min、粉末流量为110 g/min时,在黄铜基材上获得表面较光滑、无气孔与裂纹的Cu-Fe合金涂层。另外,Cu-Fe合金在激光-感应复合熔覆过程中发生液相分离,在涂层底部,过饱和的金属基体α-Fe呈平面状与柱状枝晶生长;在涂层中上部,直径不等的球状颗粒α-Fe镶嵌在过饱和的金属基体ε-Cu内,许多细小的白色粒状物ε-Cu在球状颗粒α-Fe内均匀弥散析出,涂层的平均显微硬度相对于基材的提高约2.8倍。 展开更多
关键词 Cu-Fe合金涂层 黄铜基材 激光-感应复合熔覆 显微结构
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A Bioinformatics Analysis of FAM3A to Identify its Potential Role as a Biomarker in Liver Hepatocellular Cancer
3
作者 Syed Hussain Raza 《Proceedings of Anticancer Research》 2024年第4期87-97,共11页
Liver hepatocellular cancer(LIHC)is positioned as the third cancer with the highest mortalities worldwide,and high mortalities are associated with late diagnosis and recurrence.This study advances bioinformatics analy... Liver hepatocellular cancer(LIHC)is positioned as the third cancer with the highest mortalities worldwide,and high mortalities are associated with late diagnosis and recurrence.This study advances bioinformatics analysis of FAM3A expression in LIHC to evaluate its potential as a prognostic,diagnostic and therapeutic biomarker.Bioinformatics tools such as UALCAN,GEPIA2,KM plotter,TIMER2 and cBioPortal are employed to conduct analysis.Initially,the expression analysis revealed up-regulation of FAM3A in LIHC based on various variables.Further,the study observed that FAM3A methylation regulates expression as variation in methylation level of FAM3A was assessed in LIHC.Moreover,this over-expression of FAM3A results in poor overall survival(OS)in LIHC patients.All of these proposed that FAM3A has a role in the progression and development of LIHC.While examined association of FAM3A expression and infiltration level of CD8+T cells in LIHC patients using TIMER2 revealed that FAM3A has a positive correlation with purity in LIHC that highlights the molecular landscape.Analysis of genetic alteration revealed minute role of FAM3A in LIHC still provides valuable insight.Overall,our findings reveal that FAM3A has potential as diagnostic,therapeutic and prognostic biomarkers in LIHC. 展开更多
关键词 Liver hepatocellular cancer(lihc) FAM3A expression Bioinformatics analysis BIOMARKER
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基于生物信息学分析CENPN在肝癌中的预后价值和作用机制 被引量:2
4
作者 周艳琳 刘俊 +2 位作者 李勇莉 李林玉 赵冰(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第13期1590-1596,共7页
目的:基于生物信息学方法分析着丝粒蛋白N(CENPN)在肝细胞癌(LIHC)中的表达及预后价值,并预测其调控LIHC的可能机制。方法:基于TIMER2.0和GEPIA2数据库分析CENPN在TCGA LIHC组织中的表达。基于GEPIA2数据库,通过Cox和Logistic方法分析CE... 目的:基于生物信息学方法分析着丝粒蛋白N(CENPN)在肝细胞癌(LIHC)中的表达及预后价值,并预测其调控LIHC的可能机制。方法:基于TIMER2.0和GEPIA2数据库分析CENPN在TCGA LIHC组织中的表达。基于GEPIA2数据库,通过Cox和Logistic方法分析CENPN表达与LIHC患者病理分期和预后的关系。基于LinkedOmics数据库,通过Spearman方法分析CENPN在TCGA-LIHC中的共表达基因。基于DAVID数据库对Top 500差异性共表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,并在KEGG网站中可视化细胞周期通路。基于cBioPortal数据库,通过Spearman和Pearson方法分析CENPN表达与甲基化的关系。基于TIMER数据库,通过Spearman方法分析CENPN表达与6种肿瘤浸润免疫细胞的关系。结果:CENPN在LIHC组织中的表达显著高于正常组织。此外,随着肿瘤分期进展,CENPN表达明显增多,在LIHC患者中,CENPN高表达患者总体生存期明显低于低表达患者,CENPN高表达患者无病生存期明显低于低表达患者。与CENPN表达存在相互作用的差异表达基因有TK1、C16orf61、KARS、COX4NB、COG4等,其主要富集于细胞裂解、蛋白质结合、细胞周期等生物过程。LIHC中CENPN的高表达与甲基化有关。CENPN的表达与6种肿瘤免疫细胞变化均相关。结论:CENPN可作为LIHC预后不良的标志物,其在LIHC中的高表达与甲基化有关,可能通过细胞周期和影响免疫细胞浸润相关通路调控LIHC的发生与发展。 展开更多
关键词 肝细胞癌 着丝粒蛋白N 预后标志物 细胞周期 肿瘤免疫
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基于TCGA数据库分析PFKFB4在肝细胞癌的临床意义及分子机制 被引量:3
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作者 段怡平 陈梁玥 +5 位作者 柳家翠 黄奔 程庆元 马甜甜 朱翠雯 秦菲 《分子诊断与治疗杂志》 2021年第1期25-29,共5页
目的研究6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶4(PFKFB4)在肝细胞肝癌(LIHC)中表达和甲基化与预后的关系,分析PFKFB4在LIHC恶性进展中的作用机制。方法从TCGA数据库下载LIHC的RNA-seq数据和临床信息,分析比较PFKFB4在LIHC样本和正常样... 目的研究6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酶4(PFKFB4)在肝细胞肝癌(LIHC)中表达和甲基化与预后的关系,分析PFKFB4在LIHC恶性进展中的作用机制。方法从TCGA数据库下载LIHC的RNA-seq数据和临床信息,分析比较PFKFB4在LIHC样本和正常样本中的表达差异,利用卡方检验分析PFKFB4与患者临床特征的关系。通过Kaplan-Meier法和Cox风险回归分析PFKFB4在LIHC中的预后价值。利用基因富集分析(GSEA)探索PFKFB4参与的分子通路,并通过MethSurv和TCGA Wanderer等在线数据库分析PFKFB4与LIHC发展有关的甲基化位点。结果PFKFB4在LIHC样本中的表达水平显著上调,差异有统计学意义(P<0.05),其表达与患者的Stage分期呈显著负相关(P<0.05),PFKFB4高表达组的患者总体生存率(OS)比低表达组更差(P<0.05),可作为LIHC的独立预后因子(HR=1.908,95%CI:1.332~2.733,P<0.05)。GSEA分析结果提示,PFKFB4可能参与糖酵解、细胞自噬和P53等信号通路,并通过PFKFB4的去甲基化调控PFKFB4的表达,影响预后。结论PFKFB4的低甲基化水平使PFKFB4在LIHC中显著上调,可通过多条分子通路调控LIHC的发生发展,是LIHC的独立预后因子。 展开更多
关键词 肝细胞癌 PFKFB4 TCGA GSEA 甲基化
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数据挖掘鉴定PRIM1与肝细胞癌不良预后相关
6
作者 丁庆林 魏艳红 胡康洪 《湖北工业大学学报》 2022年第1期71-76,共6页
对DNA引物酶亚基1(DNA primase polypeptide 1,PRIM1)与肝细胞癌(Liver Hepatocellular Carcinoma,LIHC)不良预后的相关性进行生物信息学研究。作为关键的酶促成分,PRIM1对DNA的合成至关重要。在TIMER数据库中发现,PRIM1在多种癌症中失... 对DNA引物酶亚基1(DNA primase polypeptide 1,PRIM1)与肝细胞癌(Liver Hepatocellular Carcinoma,LIHC)不良预后的相关性进行生物信息学研究。作为关键的酶促成分,PRIM1对DNA的合成至关重要。在TIMER数据库中发现,PRIM1在多种癌症中失调,且在LIHC中显著上调,提示其可能参与人类癌症发生发展进程。基因表达综合数据库的LIHC相关数据集以及细胞系和组织证实了PRIM1高表达。经对UALCAN数据库亚组分析,不同种族和亚型的LIHC患者中PRIM1的表达均上调,可辅助判断患者临床病例特征。从cBioPortal数据库中发现PRIM1出现基因组改变,包括拷贝数扩增和意义不明的错义突变和截断突变可能与LIHC发展有关。对PRIM1共表达基因进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析,结果揭示了其涉及的生物学过程和功能。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析PRIM1的预后价值表明,高PRIM1表达与LIHC不良预后显著相关。数据挖掘揭示了PRIM1在LIHC中表达和突变的数据,且与LIHC不良预后相关。 展开更多
关键词 DNA引物酶亚基1 肝细胞癌 疾病预后
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腺苷酸琥珀酸合成酶2对肝癌细胞迁移作用的研究 被引量:1
7
作者 成睿 赵琴 蒋玉辉 《医学研究杂志》 2021年第8期107-112,共6页
目的探讨腺苷酸琥珀酸合成酶2(adenylosuccinate synthetase isozyme 2,ADSS)在肝癌发生、发展中的作用。方法使用公共数据库及肝癌细胞对ADSS在肝癌中的表达及其对肝癌患者5年生存率的影响进行分析;在HepG 2及LM3细胞中沉默ADSS基因;... 目的探讨腺苷酸琥珀酸合成酶2(adenylosuccinate synthetase isozyme 2,ADSS)在肝癌发生、发展中的作用。方法使用公共数据库及肝癌细胞对ADSS在肝癌中的表达及其对肝癌患者5年生存率的影响进行分析;在HepG 2及LM3细胞中沉默ADSS基因;使用细胞划痕实验及Transwell实验研究ADSS对肝癌细胞的迁移的影响;使用蛋白印迹法检测ADSS沉默细胞中上皮间质转化标志物的表达;检测LM3-Sh-ADSS2基因及代谢产物回补后上皮间质转化标志物及迁移能力改变。结果ADSS在肝癌中表达上调且与患者5年生存率呈负相关;ADSS促进肝癌细胞的迁移;ADSS参与了肝癌细胞的上皮间质转化过程。结论ADSS基因在肝癌中表达量增高并且可能通过参与上皮间质转化过程促进肝癌细胞的转移。 展开更多
关键词 腺苷酸琥珀酸合成酶2 肝癌 细胞迁移 上皮间质转化
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基于TCGA数据库构建肝癌Ten-miRNAs风险评估模型及预后分析 被引量:1
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作者 陈俊光 《生物化工》 2020年第6期36-41,共6页
目的:寻找可作为肝癌生物标记物的miRNAs,构建肝癌风险评估模型。方法:利用TCGA数据库的肝癌患者高通量测序数据和临床数据集进行肿瘤组织和正常组织之间miRNAs的差异分析。使用Cox单因素回归分析评估和不良预后相关的miRNAs,筛选差异... 目的:寻找可作为肝癌生物标记物的miRNAs,构建肝癌风险评估模型。方法:利用TCGA数据库的肝癌患者高通量测序数据和临床数据集进行肿瘤组织和正常组织之间miRNAs的差异分析。使用Cox单因素回归分析评估和不良预后相关的miRNAs,筛选差异表达中上调的miRNAs进行Cox多因素回归分析,建立风险评估模型。结果:与周围正常组织差异表达的miRNAs有247个,其中228个上调,19个下调;进一步分析显示,有23个miRNAs的过表达和不良预后相关(P<0.05),从中筛选出10个miRNAs作为预测肝癌不良预后的生物标志物组合。结论:Ten-miRNAs特征模型在预测肝癌患者存活风险方面具有良好的灵敏度和特异性。 展开更多
关键词 肝癌 TCGA 差异表达 COX回归分析 风险评估
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