为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148...为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.27kb,平均每4.99kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究。其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.390。根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(III和IV)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系。此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增。本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。展开更多
[目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PC...[目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数.[结果]200对引物中97对呈单态性,80对呈多态性.单碱基序列重复引物有20对,10对具多态性,其重复基元是A(50%)和T(50%).二碱基序列重复引物有36对,15对具多态性,其碱基重复类型有7种(AG最多,TC、GC和GA次之,CA、TA和AC最少).三碱基序列重复引物有144对,55对具多态性,其碱基重复类型有24种(GGC、GCG和GCC最多,GAA、GCT和CGC等次之,ACC、AGG、CAG、CGT、AAG、AAC、TCG、CGA、ATT、CAA和CCA最少).就引物分辨率(Rp)值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.67-4.67(平均2.07)、1.33-4.33(平均2.73)和0.67-4.00(平均1.83).基于Rp值分析SSR分布频次,发现80个标记分布在5个区间:0-1、1-2、2-3、3-4和4-5,分别包含17(21.25%)、36(45.00%)、11(13.75%)、14(17.50%)和2个(2.50%).就Rp值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.33-0.67(平均0.51)、0.40-0.78(平均0.59)和0.33-0.83(平均0.59).单碱基序列重复标记共检测到22个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.2000),其中8个和2个位点分别具2和3个变异;二碱基序列重复标记共检测到38个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.5333),其中7个和8个位点分别具2和3个变异;三碱基重复标记共检测到136个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.4727),其中29个和26个位点分别具2和3个变异.就多态性信息含量而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.3750-0.5355(平均0.4293)、0.2392-0.7438(平均0.4293)和0.2392-0.7438(平均0.3989).就多样性指数而言,1-3碱基序列重复分别为0.6365-1.0776(平均0.7497)、0.5623-1.0986(平均0.8339)和0.5623-1.0889(平均0.8312).[结论]基于转录组测序结果,检测200对SSR引物的多态性,发现177对(88.5%)可以扩增出完整条带,其中80对具多态性,多态率为40%.展开更多
采用EST-SSR标记对59份甜瓜（Cucumis melo L.）种质资源的遗传多样性进行研究.结果表明,46对EST-SSR标记中有23对扩增出多态性,EST-SSR标记的多态性信息含量（Polymorphic information content,PIC）值的分布范围为0.239～0.588,平均值...采用EST-SSR标记对59份甜瓜（Cucumis melo L.）种质资源的遗传多样性进行研究.结果表明,46对EST-SSR标记中有23对扩增出多态性,EST-SSR标记的多态性信息含量（Polymorphic information content,PIC）值的分布范围为0.239～0.588,平均值为0.386;46个标记共检测到54个多态性位点,种质两两之间的简单匹配（Simple matching,SM）系数范围为0～0.981;聚类结果表明,在相似系数为0.19处,59份甜瓜种质可以分为2类.展开更多
PLL-PEG-PLL was synthesized by deprotection of the amino group of PLL(Z)-PEG-PLL(Z). The properties of the polyion complex (PIC) micelles comprising of PLL-PEG-PLL and DNA were investigated. The results showed that th...PLL-PEG-PLL was synthesized by deprotection of the amino group of PLL(Z)-PEG-PLL(Z). The properties of the polyion complex (PIC) micelles comprising of PLL-PEG-PLL and DNA were investigated. The results showed that the core of PIC was formed by PLL and DNA through electrostatic interactions, and PEG was shell of PIC, so PIC micelles in aque- ous medium were homogenous with no precipitation even under the neutral condition, and PIC had the characteristic of stability, which were very important in gene therapy. At the same time, the results showed PLL-PEG-PLL could condense DNA, longer PLL blocks were generally more effective at condensation, and the nuclease resistance of DNA was increased remarkably. PIC was spherical with diameter of 10―35 nm, which could be easily taken up by cells. Transfection experiments in vitro showed that the DNA encapsulated could be expressed in the cell line SF9.展开更多
文摘为加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequencetags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。在所有的3328条芝麻EST序列中共确认得到1785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.27kb,平均每4.99kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究。其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.390。根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(III和IV)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系。此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增。本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。
文摘[目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数.[结果]200对引物中97对呈单态性,80对呈多态性.单碱基序列重复引物有20对,10对具多态性,其重复基元是A(50%)和T(50%).二碱基序列重复引物有36对,15对具多态性,其碱基重复类型有7种(AG最多,TC、GC和GA次之,CA、TA和AC最少).三碱基序列重复引物有144对,55对具多态性,其碱基重复类型有24种(GGC、GCG和GCC最多,GAA、GCT和CGC等次之,ACC、AGG、CAG、CGT、AAG、AAC、TCG、CGA、ATT、CAA和CCA最少).就引物分辨率(Rp)值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.67-4.67(平均2.07)、1.33-4.33(平均2.73)和0.67-4.00(平均1.83).基于Rp值分析SSR分布频次,发现80个标记分布在5个区间:0-1、1-2、2-3、3-4和4-5,分别包含17(21.25%)、36(45.00%)、11(13.75%)、14(17.50%)和2个(2.50%).就Rp值而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.33-0.67(平均0.51)、0.40-0.78(平均0.59)和0.33-0.83(平均0.59).单碱基序列重复标记共检测到22个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.2000),其中8个和2个位点分别具2和3个变异;二碱基序列重复标记共检测到38个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.5333),其中7个和8个位点分别具2和3个变异;三碱基重复标记共检测到136个等位变异,每个位点为2-3个(平均2.4727),其中29个和26个位点分别具2和3个变异.就多态性信息含量而言,1-3碱基序列重复引物分别为0.3750-0.5355(平均0.4293)、0.2392-0.7438(平均0.4293)和0.2392-0.7438(平均0.3989).就多样性指数而言,1-3碱基序列重复分别为0.6365-1.0776(平均0.7497)、0.5623-1.0986(平均0.8339)和0.5623-1.0889(平均0.8312).[结论]基于转录组测序结果,检测200对SSR引物的多态性,发现177对(88.5%)可以扩增出完整条带,其中80对具多态性,多态率为40%.
文摘PLL-PEG-PLL was synthesized by deprotection of the amino group of PLL(Z)-PEG-PLL(Z). The properties of the polyion complex (PIC) micelles comprising of PLL-PEG-PLL and DNA were investigated. The results showed that the core of PIC was formed by PLL and DNA through electrostatic interactions, and PEG was shell of PIC, so PIC micelles in aque- ous medium were homogenous with no precipitation even under the neutral condition, and PIC had the characteristic of stability, which were very important in gene therapy. At the same time, the results showed PLL-PEG-PLL could condense DNA, longer PLL blocks were generally more effective at condensation, and the nuclease resistance of DNA was increased remarkably. PIC was spherical with diameter of 10―35 nm, which could be easily taken up by cells. Transfection experiments in vitro showed that the DNA encapsulated could be expressed in the cell line SF9.
