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题名基于全基因组序列的两个小麦品种遗传差异分析
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作者
黄峰
杜晓宇
邹少奎
王丽娜
占二勇
韩玉林
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机构
周口市农业科学院
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出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2024年第18期5935-5943,共9页
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基金
河南省现代农业产业技术体系建设专项(HARS-22-1-Z7)资助。
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文摘
‘8762’和‘科遗5214’是一个双单倍体(DH)小麦群体的两个亲本材料,两个品种在农艺、产量等主要性状上存在较高的表型差异。为了从全基因组序列水平上解析其遗传构成的差异,本研究采用Illumina公司Hi Seq2500测序平台对以上两个亲本材料进行了全基因组测序(测序深度为‘8762’:5.07×,‘科遗5214’:5.4×),并系统地比较了两个亲本材料拷贝数变异(CNV)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失(InDel)的序列差异。与‘中国春’参考基因组(IWGSC RefSeq v1.0)序列相比,两个亲本材料基因组上总的CNV deletion差异区间为834 Mb,而相同的仅为229 Mb。基因组上总的CNV duplication差异区间为94 Mb,而相同的仅为9 Mb;‘8762’和‘科遗5214’间存在10200637个差异SNP位点和758113个差异InDel位点。两亲本间SNP序列差异区间远远高于序列相似区间,这些差异区间主要集中在3A、3B、4A、5A和7A染色体上。本研究为利用重测序数据进行全基因组序列的小麦品种遗传差异分析方法提供了重要参考,同时揭示了‘8762’和‘科遗5214’在全基因组上的遗传相似区间和差异区间,为了解构成群体的两个亲本的遗传差异、进一步的产量QTL定位及标记开发提供了理论依据和新的视角。
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关键词
小麦
8762
科遗5214
全基因组重测序
SNP
CNV
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Keywords
Wheat
8762
keyi5214
Whole-genome resequencing
SNP
CNV
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分类号
S512.1
[农业科学—作物学]
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