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基于GEO数据库筛选多发性硬化症关键基因Kcnc1、Kcnc2的分析研究
被引量:
3
1
作者
张贵斌
张闫斌
+1 位作者
许涵
朱生东
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1600-1604,共5页
目的:筛选多发性硬化症(MS)的关键基因,探讨其发病机制并寻找潜在的治疗靶点。方法:从基因芯片数据库(GEO)搜索MS在皮层的基因表达数据,并分析与正常皮层组织的差异表达基因(DEGs);利用DAVID在线软件对挑选出的DEGs进行GO富集分析。基于...
目的:筛选多发性硬化症(MS)的关键基因,探讨其发病机制并寻找潜在的治疗靶点。方法:从基因芯片数据库(GEO)搜索MS在皮层的基因表达数据,并分析与正常皮层组织的差异表达基因(DEGs);利用DAVID在线软件对挑选出的DEGs进行GO富集分析。基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,利用MCODE与Cytohubaa分析其关键基因簇并筛选出有交集的关键基因,最后在动物模型中加以验证。结果:共纳入两套MS基因芯片数据,选出有交集的DEGs 74个,其中上调基因2个,下调基因72个。DEGs GO富集分析发现钾离子跨膜转运等生物学过程与MS的发生发展相关。Cytoscape软件筛选出10个关键基因,从中选出Kcnc1、Kcnc2两个下调基因,并在小鼠EAE模型中得到验证。结论:利用生物信息学方法有效筛选出参与MS发生的Kcnc1、Kcnc2基因,为MS的治疗提供潜在的治疗靶点和策略。
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关键词
多发性硬化症
生物信息学分析
关键基因
Kcnc1
kcnc2
暂未订购
急性睡眠剥夺对大脑皮层蛋白表达谱的影响
2
作者
李雪清
刘佳慧
+4 位作者
胡洁
李昕莹
孙晋铃
赵玉晗
米佳
《滨州医学院学报》
2026年第1期1-8,共8页
目的探究急性睡眠剥夺对大脑皮层蛋白谱的影响,揭示其导致小鼠认知功能障碍的分子机制,为睡眠相关认知障碍提供理论依据与潜在靶点。方法8周龄雄性C57BL/6J小鼠随机分为对氯苯丙氨酸(parachlorophenylalanine,PCPA)诱导急性睡眠剥夺组...
目的探究急性睡眠剥夺对大脑皮层蛋白谱的影响,揭示其导致小鼠认知功能障碍的分子机制,为睡眠相关认知障碍提供理论依据与潜在靶点。方法8周龄雄性C57BL/6J小鼠随机分为对氯苯丙氨酸(parachlorophenylalanine,PCPA)诱导急性睡眠剥夺组和对照组(NC组),连续2 d分别腹腔注射PCPA 300 mg/kg和同等剂量生理盐水,通过翻正反射实验验证模型有效性。采用蛋白质组学分析两组小鼠大脑皮层差异蛋白,利用GO/KEGG富集分析关键通路;筛选并用Western blot验证关键差异蛋白电压门控钾离子通道C亚家族成员2(potassium voltage-gated channel subfamily C member 2,KCNC2),利用GeneNetwork数据库及基因-基因、基因-表型的皮尔逊相关性分析构建KCNC2基因-认知表型关联网络。结果与NC组相比,急性睡眠剥夺组小鼠睡眠潜伏期延长,睡眠时间缩短(P<0.001);两组小鼠大脑皮层共鉴定出304种差异蛋白(P<0.05),包含36种显著差异蛋白(fold change≥2,P<0.05),差异蛋白主要富集于突触组织、阿尔茨海默病及帕金森氏病;其中KCNC2为差异最显著蛋白(fold change=0.066,P<0.001),急性睡眠剥夺组小鼠大脑皮层中KCNC2蛋白表达显著下调。Western blot进一步验证,与NC组小鼠相比,急性睡眠剥夺组小鼠大脑皮层KCNC2表达水平显著下调(P<0.05)。基因-表型关联分析显示KCNC2的表达水平与水迷宫探索时间(r=0.692,P=2.528e-5)等350个认知表型显著相关。与KCNC2表达相关的前2000种基因显著富集在突触组织,与谷氨酸突触通路密切相关。结论PCPA诱导的急性睡眠剥夺可导致大脑皮层KCNC2表达下调,并通过干扰谷氨酸突触信号通路导致小鼠认知功能障碍。
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关键词
对氯苯丙氨酸
睡眠剥夺
认知障碍
蛋白质组学
kcnc2
暂未订购
题名
基于GEO数据库筛选多发性硬化症关键基因Kcnc1、Kcnc2的分析研究
被引量:
3
1
作者
张贵斌
张闫斌
许涵
朱生东
机构
甘肃省妇幼保健院
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1600-1604,共5页
文摘
目的:筛选多发性硬化症(MS)的关键基因,探讨其发病机制并寻找潜在的治疗靶点。方法:从基因芯片数据库(GEO)搜索MS在皮层的基因表达数据,并分析与正常皮层组织的差异表达基因(DEGs);利用DAVID在线软件对挑选出的DEGs进行GO富集分析。基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,利用MCODE与Cytohubaa分析其关键基因簇并筛选出有交集的关键基因,最后在动物模型中加以验证。结果:共纳入两套MS基因芯片数据,选出有交集的DEGs 74个,其中上调基因2个,下调基因72个。DEGs GO富集分析发现钾离子跨膜转运等生物学过程与MS的发生发展相关。Cytoscape软件筛选出10个关键基因,从中选出Kcnc1、Kcnc2两个下调基因,并在小鼠EAE模型中得到验证。结论:利用生物信息学方法有效筛选出参与MS发生的Kcnc1、Kcnc2基因,为MS的治疗提供潜在的治疗靶点和策略。
关键词
多发性硬化症
生物信息学分析
关键基因
Kcnc1
kcnc2
Keywords
Multiple sclerosis
Bioinformatics analysis
Key genes
Kcnc1
kcnc2
分类号
R392.32 [医药卫生—免疫学]
暂未订购
题名
急性睡眠剥夺对大脑皮层蛋白表达谱的影响
2
作者
李雪清
刘佳慧
胡洁
李昕莹
孙晋铃
赵玉晗
米佳
机构
滨州医学院药学院
山东省分子靶向智能诊疗技术创新中心
滨州医学院第二临床医学院
出处
《滨州医学院学报》
2026年第1期1-8,共8页
基金
国家自然科学基金(32170989)。
文摘
目的探究急性睡眠剥夺对大脑皮层蛋白谱的影响,揭示其导致小鼠认知功能障碍的分子机制,为睡眠相关认知障碍提供理论依据与潜在靶点。方法8周龄雄性C57BL/6J小鼠随机分为对氯苯丙氨酸(parachlorophenylalanine,PCPA)诱导急性睡眠剥夺组和对照组(NC组),连续2 d分别腹腔注射PCPA 300 mg/kg和同等剂量生理盐水,通过翻正反射实验验证模型有效性。采用蛋白质组学分析两组小鼠大脑皮层差异蛋白,利用GO/KEGG富集分析关键通路;筛选并用Western blot验证关键差异蛋白电压门控钾离子通道C亚家族成员2(potassium voltage-gated channel subfamily C member 2,KCNC2),利用GeneNetwork数据库及基因-基因、基因-表型的皮尔逊相关性分析构建KCNC2基因-认知表型关联网络。结果与NC组相比,急性睡眠剥夺组小鼠睡眠潜伏期延长,睡眠时间缩短(P<0.001);两组小鼠大脑皮层共鉴定出304种差异蛋白(P<0.05),包含36种显著差异蛋白(fold change≥2,P<0.05),差异蛋白主要富集于突触组织、阿尔茨海默病及帕金森氏病;其中KCNC2为差异最显著蛋白(fold change=0.066,P<0.001),急性睡眠剥夺组小鼠大脑皮层中KCNC2蛋白表达显著下调。Western blot进一步验证,与NC组小鼠相比,急性睡眠剥夺组小鼠大脑皮层KCNC2表达水平显著下调(P<0.05)。基因-表型关联分析显示KCNC2的表达水平与水迷宫探索时间(r=0.692,P=2.528e-5)等350个认知表型显著相关。与KCNC2表达相关的前2000种基因显著富集在突触组织,与谷氨酸突触通路密切相关。结论PCPA诱导的急性睡眠剥夺可导致大脑皮层KCNC2表达下调,并通过干扰谷氨酸突触信号通路导致小鼠认知功能障碍。
关键词
对氯苯丙氨酸
睡眠剥夺
认知障碍
蛋白质组学
kcnc2
Keywords
parachlorophenylalanine
sleep deprivation
cognitive impairment
proteomics
kcnc2
分类号
R338.7 [医药卫生—人体生理学]
暂未订购
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于GEO数据库筛选多发性硬化症关键基因Kcnc1、Kcnc2的分析研究
张贵斌
张闫斌
许涵
朱生东
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
暂未订购
2
急性睡眠剥夺对大脑皮层蛋白表达谱的影响
李雪清
刘佳慧
胡洁
李昕莹
孙晋铃
赵玉晗
米佳
《滨州医学院学报》
2026
0
暂未订购
已选择
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