目的:筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)潜在生物标志物并进行验证,探讨TNBC预后差、难治疗的遗传因素。方法:GEO与TCGA下载TNBC表达谱数据,使用GEO2R与R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs...目的:筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)潜在生物标志物并进行验证,探讨TNBC预后差、难治疗的遗传因素。方法:GEO与TCGA下载TNBC表达谱数据,使用GEO2R与R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);KEGG与GO富集分析;STRING数据库与Cytoscape软件绘制PPI网络并筛选核心基因;Kaplan-Meier数据库绘制生存曲线;利用bc-GenExMiner与UALCAN数据库验证以上结果;CIBERSORT算法与TIMER数据库分析预后相关基因对免疫细胞浸润及免疫检查点基因表达量的影响;qRT-PCR与Western Blot鉴定目的基因在TNBC与非三阴性乳腺癌(non-triple-negative breast cancer,n-TNBC)间的表达差异;si-RNA敲减目的基因;划痕实验与Transwell实验对比目的基因敲减与否对癌细胞侵袭、迁移的影响。结果:共得到123个TNBC相关DEGs,主要与雌激素信号通路相关;MCODE聚类分析筛选出16个核心基因;KRT6B、CDH3与预后相关,其中KRT6B在TNBC中高表达;KRT6B能够减少γδT细胞浸润,使γδT细胞表面CD27与PTPRC(CD45)减少;KRT6B表达量与CD276(B7-H3)表达量呈正相关;qRT-PCR与Western Blot结果显示KRT6B在TNBC中高表达;KRT6B经敲减后TNBC细胞侵袭、迁移能力均明显减弱。结论:KRT6B在TNBC中高表达,可能通过抑制γδT细胞浸润、减少γδT细胞表面标志物的表达并下调免疫检查点CD276的表达,与TNBC不良预后相关,有望成为诊断与治疗的新靶点。展开更多
目的:通过生物信息学分析以及细胞生物学实验研究角蛋白6A(KRT6A)对胰腺导管腺癌(PDAC)诊断、预后判断、免疫微环境以及PDAC细胞PANC1增殖、凋亡等生物学行为的影响。方法:通过GEPIA平台整合TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库与GTEx(...目的:通过生物信息学分析以及细胞生物学实验研究角蛋白6A(KRT6A)对胰腺导管腺癌(PDAC)诊断、预后判断、免疫微环境以及PDAC细胞PANC1增殖、凋亡等生物学行为的影响。方法:通过GEPIA平台整合TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库与GTEx(Genotype-Tissue)数据库中的数据,分析KTRT6A在PDAC组织中的表达情况,并通过CIBERSORT工具分析KRT6A表达与PDAC组织中免疫细胞浸润的关系,然后通过GSEA方法研究与KRT6A基因表达相关的肿瘤信号通路。选取长海医院病理科保存的60例PDAC组织与癌旁组织标本进行免疫组化分析,验证KRT6A在肿瘤组织中表达情况;通过干扰RNA敲减PANC1细胞中KRT6A的表达,采用CCK-8实验以及流式细胞术检测敲减KRT6A对细胞的增殖、凋亡的影响。结果:利用TCGA与GTEx数据库数据分析发现,KRT6A在人PDAC组织中呈高表达,且与患者较差的生存期存在关联(P=0.015)。利用CIBERSORT软件以及GSEA分析发现,KRT6A高表达的PDAC组织中M2型巨噬细胞浸润性升高(P=0.034),且与Wnt通路(NES:1.7359272,P<0.05)、磷酸戊糖途径(PPP)(NES:1.5613053,P<0.05)等信号通路上调有关联(P<0.05或P<0.01);免疫组化结果进一步验证了KRT6A在PDAC组织中呈高表达(P<0.001)。增殖和凋亡实验发现,干扰KRT6A能够显著抑制PANC1细胞的增殖(P<0.05)以及凋亡(P<0.001)。结论:KRT6A在人PDAC组织中呈高表达,敲减其表达能够抑制PANC1细胞的增殖和凋亡,具有作为PDAC诊断与预后判断新靶标的潜力。展开更多
文摘目的:筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)潜在生物标志物并进行验证,探讨TNBC预后差、难治疗的遗传因素。方法:GEO与TCGA下载TNBC表达谱数据,使用GEO2R与R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);KEGG与GO富集分析;STRING数据库与Cytoscape软件绘制PPI网络并筛选核心基因;Kaplan-Meier数据库绘制生存曲线;利用bc-GenExMiner与UALCAN数据库验证以上结果;CIBERSORT算法与TIMER数据库分析预后相关基因对免疫细胞浸润及免疫检查点基因表达量的影响;qRT-PCR与Western Blot鉴定目的基因在TNBC与非三阴性乳腺癌(non-triple-negative breast cancer,n-TNBC)间的表达差异;si-RNA敲减目的基因;划痕实验与Transwell实验对比目的基因敲减与否对癌细胞侵袭、迁移的影响。结果:共得到123个TNBC相关DEGs,主要与雌激素信号通路相关;MCODE聚类分析筛选出16个核心基因;KRT6B、CDH3与预后相关,其中KRT6B在TNBC中高表达;KRT6B能够减少γδT细胞浸润,使γδT细胞表面CD27与PTPRC(CD45)减少;KRT6B表达量与CD276(B7-H3)表达量呈正相关;qRT-PCR与Western Blot结果显示KRT6B在TNBC中高表达;KRT6B经敲减后TNBC细胞侵袭、迁移能力均明显减弱。结论:KRT6B在TNBC中高表达,可能通过抑制γδT细胞浸润、减少γδT细胞表面标志物的表达并下调免疫检查点CD276的表达,与TNBC不良预后相关,有望成为诊断与治疗的新靶点。
文摘目的:通过生物信息学分析以及细胞生物学实验研究角蛋白6A(KRT6A)对胰腺导管腺癌(PDAC)诊断、预后判断、免疫微环境以及PDAC细胞PANC1增殖、凋亡等生物学行为的影响。方法:通过GEPIA平台整合TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库与GTEx(Genotype-Tissue)数据库中的数据,分析KTRT6A在PDAC组织中的表达情况,并通过CIBERSORT工具分析KRT6A表达与PDAC组织中免疫细胞浸润的关系,然后通过GSEA方法研究与KRT6A基因表达相关的肿瘤信号通路。选取长海医院病理科保存的60例PDAC组织与癌旁组织标本进行免疫组化分析,验证KRT6A在肿瘤组织中表达情况;通过干扰RNA敲减PANC1细胞中KRT6A的表达,采用CCK-8实验以及流式细胞术检测敲减KRT6A对细胞的增殖、凋亡的影响。结果:利用TCGA与GTEx数据库数据分析发现,KRT6A在人PDAC组织中呈高表达,且与患者较差的生存期存在关联(P=0.015)。利用CIBERSORT软件以及GSEA分析发现,KRT6A高表达的PDAC组织中M2型巨噬细胞浸润性升高(P=0.034),且与Wnt通路(NES:1.7359272,P<0.05)、磷酸戊糖途径(PPP)(NES:1.5613053,P<0.05)等信号通路上调有关联(P<0.05或P<0.01);免疫组化结果进一步验证了KRT6A在PDAC组织中呈高表达(P<0.001)。增殖和凋亡实验发现,干扰KRT6A能够显著抑制PANC1细胞的增殖(P<0.05)以及凋亡(P<0.001)。结论:KRT6A在人PDAC组织中呈高表达,敲减其表达能够抑制PANC1细胞的增殖和凋亡,具有作为PDAC诊断与预后判断新靶标的潜力。
