KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包...KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包括KEGG通路图,BRITE等级分类以及KEGG modules。其次,建立并完善跨物种注释步骤KO,把基因组同分子网络联系起来。文章主要介绍KEGG数据库的最新进展以及KEGG在生物信息学中的应用。KEGG特有的图形代谢通路以及KO注释,对于重构代谢网络以及跨物种的代谢网络分析提供了很好的信息,KEGG数据库在生物合成以及药物设计方面将会得到越来越广泛的应用。展开更多
研究利用超滤技术和Tricine-SDS-PAGE电泳将人乳与牛乳中天然存在的小分子蛋白肽进行分离。蛋白条带经质谱鉴定发现,人乳小分子蛋白肽含有28种,牛乳小分子蛋白肽含有24种,二者存在18种相同蛋白肽。Gene Ontology(GO)功能注释分析发现,...研究利用超滤技术和Tricine-SDS-PAGE电泳将人乳与牛乳中天然存在的小分子蛋白肽进行分离。蛋白条带经质谱鉴定发现,人乳小分子蛋白肽含有28种,牛乳小分子蛋白肽含有24种,二者存在18种相同蛋白肽。Gene Ontology(GO)功能注释分析发现,在生物过程中,人乳小分子蛋白肽发挥的作用要高于牛乳小分子蛋白肽,尤其体现在免疫过程中的作用;在分子功能上,二者主要分子功能是结合作用,其中人乳小分子蛋白肽的结合作用强,而牛乳小分子蛋白肽参与的转运活性的分子功能大于人乳小分子蛋白肽;在细胞组成上,二者均参与了细胞与细胞膜的组成。通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路分析可知,人乳小分子蛋白肽参与酪氨酸和抗原的加工和呈递2个代谢通路,而牛乳小分子蛋白肽仅参与系统性红斑狼疮代谢通路。对人乳和牛乳中的小分子蛋白肽组成进行研究,不仅为揭示人乳蛋白和牛乳蛋白的差异及其生理功能提供了理论依据,而且为婴幼儿食品、母乳化制品达到母乳水平提供有益探索。展开更多
通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳清蛋白进行分离并结合液质联用技术鉴定,在人初乳乳清蛋白中鉴定出477种蛋白质,牛初乳乳清蛋白中鉴定...通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳清蛋白进行分离并结合液质联用技术鉴定,在人初乳乳清蛋白中鉴定出477种蛋白质,牛初乳乳清蛋白中鉴定出325种蛋白质,其中人初乳中有343种特异性表达蛋白质,牛初乳中有191种特异性表达蛋白质,两者有134种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳清蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在应激反应功能上;在分子功能上,人初乳乳清蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳清蛋白相比,人初乳乳清蛋白参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞外区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳清蛋白中有23种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。展开更多
通过十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳脂肪球膜蛋白进行分离并结合液一质联用技术鉴定,在人初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出1076种蛋白质,牛...通过十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳脂肪球膜蛋白进行分离并结合液一质联用技术鉴定,在人初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出1076种蛋白质,牛初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出682种蛋白质,其中人初乳中有757种特异性表达蛋白质,牛初乳中有363种特异性表达蛋白质,两者有319种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳脂肪球膜蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在细胞组成组织功能上;在分子功能上,人初乳乳脂肪球膜蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳脂肪球膜蛋白相比人初乳乳脂肪球膜参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞内区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳脂肪球膜蛋白中有15种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。展开更多
目的利用基因芯片技术研究肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常及胚胎肺组织中的基因表达差异,并利用代谢通路数据库分析这些基因与代谢通路相关性信息。方法分别抽取肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常和胚胎肺组织的总RNA并纯化mRNA,用逆转录的方...目的利用基因芯片技术研究肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常及胚胎肺组织中的基因表达差异,并利用代谢通路数据库分析这些基因与代谢通路相关性信息。方法分别抽取肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常和胚胎肺组织的总RNA并纯化mRNA,用逆转录的方法,将各mRNA的两种荧光Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,并与含有1152条人类全长基因芯片上进行杂交。用计算机处理和分析。将实验所得基因映射到(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路数据库的基因表达调控通路上,检测同一基因表达调控通路内基因的共表达趋势。结果4例肺腺癌组织和癌旁正常组织比较共表达差异基因25个;3例肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较共表达差异基因8个;1例胚胎肺组织和癌旁正常组织比较差异表达基因316个,且与肺腺癌组织和癌旁正常组织比较16个基因有共同表达差异。在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中的基因与疾病组织中的基因显著相关(P<0.05),而与癌旁组织和淋巴结组织中的基因无关(P>0.05)。结论肺腺癌组织与癌旁正常组织比较、肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较均存在共表达差异基因,这些基因可能与肺腺癌的发生、发展有关。代谢通路分析结果提示,在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中存在着肺腺癌疾病相关的基因,且在同一通路中的基因有共表达趋势。展开更多
采用宏基因组学技术对8种中日酒曲中微生物群落结构进行解析。研究表明,邛崃米曲MB和清香型小曲QX中主要有根霉属(Rhizopus);2种黄酒麦曲TH和FHC物种组成相对丰富,主要为糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和横梗霉属(Lichtheimia)等;4种日...采用宏基因组学技术对8种中日酒曲中微生物群落结构进行解析。研究表明,邛崃米曲MB和清香型小曲QX中主要有根霉属(Rhizopus);2种黄酒麦曲TH和FHC物种组成相对丰富,主要为糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和横梗霉属(Lichtheimia)等;4种日本酒曲(NP_MS、NP_SJR、NP_SJW和NP_SY)均主要为曲霉属(Aspergillus,均>91%),其中主要为米曲霉(Aspergillus oryzae)、黄曲霉(Aspergillus flavus)、白曲霉(Aspergillus kawachii)和黑曲霉(Aspergillus niger)。8种中日酒曲理化指标检测结果显示,日本酒曲的平均糖化力、液化力和还原糖含量均高于中国酒曲,中国酒曲的平均发酵力略高于日本酒曲。8种中日酒曲理化指标与其微生物种群结构具有明显相关性。此外,根据8种中日酒曲KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能注释发现,中日酒曲内部微生物代谢活动均较为活跃,其中有关碳水化合物代谢和氨基酸代谢的相关基因表达量占比最高,且碳水化合物代谢在8种中日酒曲之间具有显著性差异。研究结果揭示了8种中日酒曲之间微生物种群结构的差异,为后续解析中日酒曲中微生物代谢机理,并筛选特定功能微生物,开发功能型强化酒曲提供了理论基础。展开更多
文摘KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包括KEGG通路图,BRITE等级分类以及KEGG modules。其次,建立并完善跨物种注释步骤KO,把基因组同分子网络联系起来。文章主要介绍KEGG数据库的最新进展以及KEGG在生物信息学中的应用。KEGG特有的图形代谢通路以及KO注释,对于重构代谢网络以及跨物种的代谢网络分析提供了很好的信息,KEGG数据库在生物合成以及药物设计方面将会得到越来越广泛的应用。
文摘研究利用超滤技术和Tricine-SDS-PAGE电泳将人乳与牛乳中天然存在的小分子蛋白肽进行分离。蛋白条带经质谱鉴定发现,人乳小分子蛋白肽含有28种,牛乳小分子蛋白肽含有24种,二者存在18种相同蛋白肽。Gene Ontology(GO)功能注释分析发现,在生物过程中,人乳小分子蛋白肽发挥的作用要高于牛乳小分子蛋白肽,尤其体现在免疫过程中的作用;在分子功能上,二者主要分子功能是结合作用,其中人乳小分子蛋白肽的结合作用强,而牛乳小分子蛋白肽参与的转运活性的分子功能大于人乳小分子蛋白肽;在细胞组成上,二者均参与了细胞与细胞膜的组成。通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路分析可知,人乳小分子蛋白肽参与酪氨酸和抗原的加工和呈递2个代谢通路,而牛乳小分子蛋白肽仅参与系统性红斑狼疮代谢通路。对人乳和牛乳中的小分子蛋白肽组成进行研究,不仅为揭示人乳蛋白和牛乳蛋白的差异及其生理功能提供了理论依据,而且为婴幼儿食品、母乳化制品达到母乳水平提供有益探索。
文摘通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳清蛋白进行分离并结合液质联用技术鉴定,在人初乳乳清蛋白中鉴定出477种蛋白质,牛初乳乳清蛋白中鉴定出325种蛋白质,其中人初乳中有343种特异性表达蛋白质,牛初乳中有191种特异性表达蛋白质,两者有134种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳清蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在应激反应功能上;在分子功能上,人初乳乳清蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳清蛋白相比,人初乳乳清蛋白参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞外区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳清蛋白中有23种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。
文摘通过十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳脂肪球膜蛋白进行分离并结合液一质联用技术鉴定,在人初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出1076种蛋白质,牛初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出682种蛋白质,其中人初乳中有757种特异性表达蛋白质,牛初乳中有363种特异性表达蛋白质,两者有319种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳脂肪球膜蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在细胞组成组织功能上;在分子功能上,人初乳乳脂肪球膜蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳脂肪球膜蛋白相比人初乳乳脂肪球膜参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞内区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳脂肪球膜蛋白中有15种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。
文摘目的利用基因芯片技术研究肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常及胚胎肺组织中的基因表达差异,并利用代谢通路数据库分析这些基因与代谢通路相关性信息。方法分别抽取肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常和胚胎肺组织的总RNA并纯化mRNA,用逆转录的方法,将各mRNA的两种荧光Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,并与含有1152条人类全长基因芯片上进行杂交。用计算机处理和分析。将实验所得基因映射到(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路数据库的基因表达调控通路上,检测同一基因表达调控通路内基因的共表达趋势。结果4例肺腺癌组织和癌旁正常组织比较共表达差异基因25个;3例肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较共表达差异基因8个;1例胚胎肺组织和癌旁正常组织比较差异表达基因316个,且与肺腺癌组织和癌旁正常组织比较16个基因有共同表达差异。在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中的基因与疾病组织中的基因显著相关(P<0.05),而与癌旁组织和淋巴结组织中的基因无关(P>0.05)。结论肺腺癌组织与癌旁正常组织比较、肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较均存在共表达差异基因,这些基因可能与肺腺癌的发生、发展有关。代谢通路分析结果提示,在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中存在着肺腺癌疾病相关的基因,且在同一通路中的基因有共表达趋势。
文摘采用宏基因组学技术对8种中日酒曲中微生物群落结构进行解析。研究表明,邛崃米曲MB和清香型小曲QX中主要有根霉属(Rhizopus);2种黄酒麦曲TH和FHC物种组成相对丰富,主要为糖多孢菌属(Saccharopolyspora)和横梗霉属(Lichtheimia)等;4种日本酒曲(NP_MS、NP_SJR、NP_SJW和NP_SY)均主要为曲霉属(Aspergillus,均>91%),其中主要为米曲霉(Aspergillus oryzae)、黄曲霉(Aspergillus flavus)、白曲霉(Aspergillus kawachii)和黑曲霉(Aspergillus niger)。8种中日酒曲理化指标检测结果显示,日本酒曲的平均糖化力、液化力和还原糖含量均高于中国酒曲,中国酒曲的平均发酵力略高于日本酒曲。8种中日酒曲理化指标与其微生物种群结构具有明显相关性。此外,根据8种中日酒曲KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能注释发现,中日酒曲内部微生物代谢活动均较为活跃,其中有关碳水化合物代谢和氨基酸代谢的相关基因表达量占比最高,且碳水化合物代谢在8种中日酒曲之间具有显著性差异。研究结果揭示了8种中日酒曲之间微生物种群结构的差异,为后续解析中日酒曲中微生物代谢机理,并筛选特定功能微生物,开发功能型强化酒曲提供了理论基础。
