KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包...KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包括KEGG通路图,BRITE等级分类以及KEGG modules。其次,建立并完善跨物种注释步骤KO,把基因组同分子网络联系起来。文章主要介绍KEGG数据库的最新进展以及KEGG在生物信息学中的应用。KEGG特有的图形代谢通路以及KO注释,对于重构代谢网络以及跨物种的代谢网络分析提供了很好的信息,KEGG数据库在生物合成以及药物设计方面将会得到越来越广泛的应用。展开更多
研究利用超滤技术和Tricine-SDS-PAGE电泳将人乳与牛乳中天然存在的小分子蛋白肽进行分离。蛋白条带经质谱鉴定发现,人乳小分子蛋白肽含有28种,牛乳小分子蛋白肽含有24种,二者存在18种相同蛋白肽。Gene Ontology(GO)功能注释分析发现,...研究利用超滤技术和Tricine-SDS-PAGE电泳将人乳与牛乳中天然存在的小分子蛋白肽进行分离。蛋白条带经质谱鉴定发现,人乳小分子蛋白肽含有28种,牛乳小分子蛋白肽含有24种,二者存在18种相同蛋白肽。Gene Ontology(GO)功能注释分析发现,在生物过程中,人乳小分子蛋白肽发挥的作用要高于牛乳小分子蛋白肽,尤其体现在免疫过程中的作用;在分子功能上,二者主要分子功能是结合作用,其中人乳小分子蛋白肽的结合作用强,而牛乳小分子蛋白肽参与的转运活性的分子功能大于人乳小分子蛋白肽;在细胞组成上,二者均参与了细胞与细胞膜的组成。通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路分析可知,人乳小分子蛋白肽参与酪氨酸和抗原的加工和呈递2个代谢通路,而牛乳小分子蛋白肽仅参与系统性红斑狼疮代谢通路。对人乳和牛乳中的小分子蛋白肽组成进行研究,不仅为揭示人乳蛋白和牛乳蛋白的差异及其生理功能提供了理论依据,而且为婴幼儿食品、母乳化制品达到母乳水平提供有益探索。展开更多
通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳清蛋白进行分离并结合液质联用技术鉴定,在人初乳乳清蛋白中鉴定出477种蛋白质,牛初乳乳清蛋白中鉴定...通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳清蛋白进行分离并结合液质联用技术鉴定,在人初乳乳清蛋白中鉴定出477种蛋白质,牛初乳乳清蛋白中鉴定出325种蛋白质,其中人初乳中有343种特异性表达蛋白质,牛初乳中有191种特异性表达蛋白质,两者有134种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳清蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在应激反应功能上;在分子功能上,人初乳乳清蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳清蛋白相比,人初乳乳清蛋白参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞外区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳清蛋白中有23种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。展开更多
通过十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳脂肪球膜蛋白进行分离并结合液一质联用技术鉴定,在人初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出1076种蛋白质,牛...通过十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳脂肪球膜蛋白进行分离并结合液一质联用技术鉴定,在人初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出1076种蛋白质,牛初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出682种蛋白质,其中人初乳中有757种特异性表达蛋白质,牛初乳中有363种特异性表达蛋白质,两者有319种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳脂肪球膜蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在细胞组成组织功能上;在分子功能上,人初乳乳脂肪球膜蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳脂肪球膜蛋白相比人初乳乳脂肪球膜参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞内区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳脂肪球膜蛋白中有15种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。展开更多
文摘KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库作为整合了基因、酶、化合物及代谢网络信息的综合性数据库,在生物信息学研究中提供了非常重要的平台。首先,人工获得实验数据并将其组织为计算格式,构建成一个系统功能知识体系:包括KEGG通路图,BRITE等级分类以及KEGG modules。其次,建立并完善跨物种注释步骤KO,把基因组同分子网络联系起来。文章主要介绍KEGG数据库的最新进展以及KEGG在生物信息学中的应用。KEGG特有的图形代谢通路以及KO注释,对于重构代谢网络以及跨物种的代谢网络分析提供了很好的信息,KEGG数据库在生物合成以及药物设计方面将会得到越来越广泛的应用。
文摘研究利用超滤技术和Tricine-SDS-PAGE电泳将人乳与牛乳中天然存在的小分子蛋白肽进行分离。蛋白条带经质谱鉴定发现,人乳小分子蛋白肽含有28种,牛乳小分子蛋白肽含有24种,二者存在18种相同蛋白肽。Gene Ontology(GO)功能注释分析发现,在生物过程中,人乳小分子蛋白肽发挥的作用要高于牛乳小分子蛋白肽,尤其体现在免疫过程中的作用;在分子功能上,二者主要分子功能是结合作用,其中人乳小分子蛋白肽的结合作用强,而牛乳小分子蛋白肽参与的转运活性的分子功能大于人乳小分子蛋白肽;在细胞组成上,二者均参与了细胞与细胞膜的组成。通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路分析可知,人乳小分子蛋白肽参与酪氨酸和抗原的加工和呈递2个代谢通路,而牛乳小分子蛋白肽仅参与系统性红斑狼疮代谢通路。对人乳和牛乳中的小分子蛋白肽组成进行研究,不仅为揭示人乳蛋白和牛乳蛋白的差异及其生理功能提供了理论依据,而且为婴幼儿食品、母乳化制品达到母乳水平提供有益探索。
文摘通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳清蛋白进行分离并结合液质联用技术鉴定,在人初乳乳清蛋白中鉴定出477种蛋白质,牛初乳乳清蛋白中鉴定出325种蛋白质,其中人初乳中有343种特异性表达蛋白质,牛初乳中有191种特异性表达蛋白质,两者有134种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳清蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在应激反应功能上;在分子功能上,人初乳乳清蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳清蛋白相比,人初乳乳清蛋白参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞外区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳清蛋白中有23种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。
文摘通过十二烷基硫酸钠一聚丙烯酰氨凝胶电泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,SDSPAGE)将人初乳与牛初乳中乳脂肪球膜蛋白进行分离并结合液一质联用技术鉴定,在人初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出1076种蛋白质,牛初乳乳脂肪球膜蛋白中鉴定出682种蛋白质,其中人初乳中有757种特异性表达蛋白质,牛初乳中有363种特异性表达蛋白质,两者有319种相同表达蛋白质。通过基因本体(gene ontolpgy,GO)功能注释分析发现,人初乳乳脂肪球膜蛋白在生物过程中发挥的作用高于牛初乳,尤其表现在细胞组成组织功能上;在分子功能上,人初乳乳脂肪球膜蛋白主要体现在结合作用方面;在细胞组成上,与牛初乳乳脂肪球膜蛋白相比人初乳乳脂肪球膜参与的细胞组成均较多,其中在细胞胞内区的组成上参与最多。通过京都基因与基因组百科全书系统(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)代谢通路分析可知,人初乳乳脂肪球膜蛋白中有15种蛋白参与了与消化吸收相关的KEGG通路-酶酵解。
