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甜瓜叶片三种DNA提取方法对KASP标记检测体系适用性的研究
1
作者 李武霖 马佳鑫 +4 位作者 贺玉花 唐伶俐 徐永阳 黄祥 赵光伟 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第12期30-35,44,共7页
为了探究适用于KASP标记检测体系的甜瓜叶片DNA提取方法,以甜瓜亲本B551、B22及其F1代(B551×B22)为材料,采用碱裂解法、CTAB法和商业试剂盒法(磁珠法)提取甜瓜叶片DNA,分析三种DNA提取方法对KASP标记检测体系的影响。DNA质量检测... 为了探究适用于KASP标记检测体系的甜瓜叶片DNA提取方法,以甜瓜亲本B551、B22及其F1代(B551×B22)为材料,采用碱裂解法、CTAB法和商业试剂盒法(磁珠法)提取甜瓜叶片DNA,分析三种DNA提取方法对KASP标记检测体系的影响。DNA质量检测结果表明,商业试剂盒法可以有效去除甜瓜叶片中的蛋白质、多酚、多糖等杂质,进而使KASP检测准确率达100%;CTAB法的检测准确率为97.2%;碱裂解法的检测准确率为69.4%。综上所述,商业试剂盒法(磁珠法)最适合高通量KASP检测,CTAB法可用于小规模检测,碱裂解法不适用于KASP标记检测体系的甜瓜叶片DNA提取。 展开更多
关键词 甜瓜 kasp标记检测 DNA提取方法
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糙果苋KASP检测方法的建立 被引量：1
2
作者 李井干 伏建国 +6 位作者 郭静 虞赟 杨晓军 李洋 梁超 张浩 吴晶 《植物检疫》 2024年第1期47-51,共5页
检疫性杂草糙果苋(Amaranthus tuberculatus)与同属其他种的鉴别一直是个难点。本研究建立糙果苋的KASP(Kompetitive allele-specific PCR)检测方法,可用于糙果苋快速、准确的分子鉴定。提取11种23份苋属植物的DNA后,根据长芒苋(Amarant... 检疫性杂草糙果苋(Amaranthus tuberculatus)与同属其他种的鉴别一直是个难点。本研究建立糙果苋的KASP(Kompetitive allele-specific PCR)检测方法,可用于糙果苋快速、准确的分子鉴定。提取11种23份苋属植物的DNA后,根据长芒苋(Amaranthus palmeri)核基因组序列,设计引物AP4F和AP4R,通过序列扩增和比对,发现糙果苋有特异性SNP (Single nucleotide polymorphism)位点。利用引物设计软件Primer 5设计了用于鉴定糙果苋的KASP反应引物。结果表明,特异引物基于KASP技术扩增后,可以形成明显的基因分型,能将糙果苋与同属近缘种进行区分。该研究为进口粮谷中糙果苋的检测鉴定提供了新技术。 展开更多
关键词 糙果苋 kasp 鉴定方法
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濒危植物黑牡丹KASP鉴定方法的建立 被引量：1
3
作者 吴晶 刘晓宇 +5 位作者 伏建国 郭静 杨晓军 李洋 梁超 李井干 《安徽农业科学》 CAS 2024年第1期98-100,120,共4页
为了建立濒危植物黑牡丹的KASP鉴定方法,选取6种13份岩牡丹属植物样品为材料,根据磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)基因上的单核苷酸多态性(SNP)位点,设计黑牡丹特异性KASP引物,用于PCR扩增。结果表明,通过PEPC序列的SNP位点所设计的KASP... 为了建立濒危植物黑牡丹的KASP鉴定方法,选取6种13份岩牡丹属植物样品为材料,根据磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)基因上的单核苷酸多态性(SNP)位点,设计黑牡丹特异性KASP引物,用于PCR扩增。结果表明,通过PEPC序列的SNP位点所设计的KASP引物可以在黑牡丹与其近似种之间形成明显的基因分型,能够将其与同属近缘种及其他仙人掌科物种准确地区分开来,可用于黑牡丹的真假鉴定及进出境口岸濒危物种的查验鉴定。 展开更多
关键词 kasp 黑牡丹 鉴定方法
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基于Box-Behnken响应面法的烤后烟叶品种分子鉴定技术构建
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作者 田震 李媛 +6 位作者 毛静静 任民 熊党安 张兴伟 殷瑜东 李少鹏 刘国祥 《中国烟草科学》 北大核心 2025年第3期1-11,共11页
为解决烤后烟叶DNA降解严重、难以满足后续分子鉴定要求的问题,综合考虑分子标记所需DNA的浓度、质量以及提取效率、成本和安全等因素,本文基于SLS法,以加样量、离心时间、水浴时间为处理,以DNA浓度和A_(260)/A_(280)为响应值,采用单因... 为解决烤后烟叶DNA降解严重、难以满足后续分子鉴定要求的问题,综合考虑分子标记所需DNA的浓度、质量以及提取效率、成本和安全等因素,本文基于SLS法,以加样量、离心时间、水浴时间为处理,以DNA浓度和A_(260)/A_(280)为响应值,采用单因素试验及Box-Behnken响应面模型确定烤后烟叶基因组DNA的最佳提取方法。结果表明,烤后烟叶基因组DNA提取的最佳条件为加样量20 mg、离心时间10 min、水浴时间15 min,按照该方法提取的DNA浓度为588.16±27.09 ng/μL、A_(260)/A_(280)为1.75±0.03,与Design Expert 11软件预测结果相近,优化方法可靠。分子标记适用性检测结果表明,与优化前相比,以优化后SLS方法提取的DNA为模板,分别利用SSR、KASP引物进行PCR扩增后,毛细管电泳的目标片段出峰更明显,且KASP标记检测可得到明显的分型图,可用于不同品种烤后烟叶的SSR和KASP分子标记检测。优化后的SLS法及筛选出的13对SSR引物构建的烤后烟叶分子鉴定技术体系,可将供试的烤后烟叶品种进行有效区分,适用于烤后烟叶的品种鉴定。 展开更多
关键词 烤后烟叶 基因组DNA提取方法 响应面分析法 SSR kasp 分子鉴定技术
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叶绿体标记在玉米种质资源快速分组中的应用分析
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作者 王蕊 孙擘 +7 位作者 张云龙 张茗起 范亚明 田红丽 赵怡锟 易红梅 匡猛 王凤格 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1867-1876,共10页
叶绿体标记具有遗传保守性高且不受核基因重组干扰等特点,适于对玉米种质资源进行分类管理。本研究基于Maize6H-60K芯片对玉米叶绿体标记筛选获得叶绿体分组候选位点,使用上述位点对3549份玉米种质资源进行聚类分析,将玉米种质资源划分... 叶绿体标记具有遗传保守性高且不受核基因重组干扰等特点,适于对玉米种质资源进行分类管理。本研究基于Maize6H-60K芯片对玉米叶绿体标记筛选获得叶绿体分组候选位点,使用上述位点对3549份玉米种质资源进行聚类分析,将玉米种质资源划分为B、D、H、C、T共5个类群。通过基因型信息对比筛选出29个叶绿体分组特异标记(Varietal Chloroplast Panel,VCP)并设计KASP引物。开发兼容芯片、KASP平台的快速分组分析算法,算法结果与聚类分析一致。挑选5个类群特异位点利用序贯法对种质资源进行快速分组检测,构建玉米种质资源快速分组方法,减少了95%的检测量,为玉米种质资源提供一种新型高效的分组管理方法。 展开更多
关键词 玉米 种质资源 叶绿体标记 kasp 分组方案
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多胎基因FecB对德×寒×细三元杂交羊产羔性能的影响 被引量：6
6
作者 王伟霞 佟桂芝 +5 位作者 刘学峰 海龙 王嘉厚 郭立宏 张立春 李信涛 《畜牧与饲料科学》 2020年第4期32-35,59,共5页
为了研究FecB基因在德×寒×细三元杂交羊群体中的多态性分布及与产羔性能指标的相关性,该试验将以德国肉用美利奴羊(以下简称德肉美)为父本,以小尾寒羊公羊与东北细毛羊母羊级进杂交生产的F2代羊为母本(以下简称寒×细F2母... 为了研究FecB基因在德×寒×细三元杂交羊群体中的多态性分布及与产羔性能指标的相关性,该试验将以德国肉用美利奴羊(以下简称德肉美)为父本,以小尾寒羊公羊与东北细毛羊母羊级进杂交生产的F2代羊为母本(以下简称寒×细F2母羊),生产的三元杂交后代羊(以下简称德×寒×细三元杂交羊)作为研究对象,采用KASP方法分析FecB基因型并计算基因频率和基因型频率,分析FecB基因频率与德×寒×细三元杂交羊群体产羔性能的相关性。结果发现,德肉美并不含有FecB基因,德×寒×细三元杂交羊B等位基因频率增加明显且处于Hardy-weinberg不平衡状态,提示人工选择对杂交羊群体FecB基因富集影响较大。对寒×细F2代母羊和德×寒×细三元杂交羊群体不同基因型个体产羔数进行秩和检验分析发现,P值均小于0.01,平均产羔率均表现为++基因型小于B+和BB基因型(P<0.05),说明B等位基因对德×寒×细三元杂交羊群体产羔性能的提升发挥重要作用。该试验为利用FecB基因提升德×寒×细三元杂交羊群体产羔性能提供参考。 展开更多
关键词 FECB基因 kasp技术 产羔性能 德×寒×细三元杂交羊
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