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Exploring the Effects of Gap-Penalties in Sequence-Alignment Approach to Polymorphic Virus Detection 被引量:1
1
作者 Vijay Naidu Jacqueline Whalley Ajit Narayanan 《Journal of Information Security》 2017年第4期296-327,共32页
Antiviral software systems (AVSs) have problems in identifying polymorphic variants of viruses without explicit signatures for such variants. Alignment-based techniques from bioinformatics may provide a novel way to g... Antiviral software systems (AVSs) have problems in identifying polymorphic variants of viruses without explicit signatures for such variants. Alignment-based techniques from bioinformatics may provide a novel way to generate signatures from consensuses found in polymorphic variant code. We demonstrate how multiple sequence alignment supplemented with gap penalties leads to viral code signatures that generalize successfully to previously known polymorphic variants of JS. Cassandra virus and previously unknown polymorphic variants of W32.CTX/W32.Cholera and W32.Kitti viruses. The implications are that future smart AVSs may be able to generate effective signatures automatically from actual viral code by varying gap penalties to cover for both known and unknown polymorphic variants. 展开更多
关键词 POLYMORPHIC Malware Variants Gap Penalties Syntactic Approach Pairwise SEQUENCE ALIGNMENT Multiple SEQUENCE ALIGNMENT Automatic Signature Generation Smith-Waterman Algorithm JS. Cassandra virus W32.CTX/W32.Cholera virus W32.Kitti virus
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JS-K对HBV阳性肝癌鸡胚移植瘤生长影响的实验研究 被引量:1
2
作者 廖晏蔺 刘正芸 +3 位作者 文娟 陈国丽 于万 王欢 《川北医学院学报》 CAS 2024年第8期1014-1017,共4页
目的:在乙型肝炎病毒(HBV)阳性肝癌鸡胚移植模型中,探讨一氧化氮供体JS-K对肿瘤细胞生长的影响。方法:将HBV阳性肝癌细胞HepG2.2.15接种于9日龄受精鸡胚中,按照处理方式不同分为5组:阴性对照组,JS-K低、中、高剂量组(1、5、10μg/个),... 目的:在乙型肝炎病毒(HBV)阳性肝癌鸡胚移植模型中,探讨一氧化氮供体JS-K对肿瘤细胞生长的影响。方法:将HBV阳性肝癌细胞HepG2.2.15接种于9日龄受精鸡胚中,按照处理方式不同分为5组:阴性对照组,JS-K低、中、高剂量组(1、5、10μg/个),索拉非尼(Sora)组(400μg/个),每组各3只。2 d后按分组给药,给药采用直接滴加于移植瘤上的方式,1次/d,连续8 d。实验结束后取出鸡胚移植瘤,观察各组移植瘤大小,拍照并称重,采用HE染色法观察各组JS-K对肿瘤细胞的影响;采用免疫印迹法检测肿瘤组织中迁移相关蛋白Vimentin及N-Cadherin的表达情况。结果:与对照组相比,不同剂量JS-K作用后,鸡胚移植瘤体积均明显减小,其中JS-K高剂量组肿瘤体积最小(P<0.05);HE染色可见JS-K作用后瘤细胞数量明显减少;JS-K低剂量组鸡胚移植瘤波形蛋白Vimentin表达水平高于其他组,N-cadherin表达水平低于其他组(P<0.05)。结论:JS-K对HBV阳性肝癌鸡胚移植瘤具有抑瘤作用,该效应可能与抑制鸡胚移植瘤细胞迁移有关。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 肝癌 JS-K 鸡胚 肿瘤迁移
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伪狂犬病毒变异株(JS-2012)对仔猪的致病性研究 被引量:37
3
作者 童武 郑浩 +8 位作者 单同领 刘飞 梁超 李国新 姜一峰 于海 高飞 周艳君 童光志 《中国动物传染病学报》 CAS 2014年第5期10-14,共5页
本实验室2012年从江苏省太仓市某发病猪场分离到1株变异的伪狂犬病毒,命名为JS-2012。为了研究该分离株对仔猪的致病性,将12头15日龄的伪狂犬病毒阴性仔猪随机分为3组,其中2组(每组5头猪)分别通过肌肉注射和滴鼻接种JS-2012毒,第3组2头... 本实验室2012年从江苏省太仓市某发病猪场分离到1株变异的伪狂犬病毒,命名为JS-2012。为了研究该分离株对仔猪的致病性,将12头15日龄的伪狂犬病毒阴性仔猪随机分为3组,其中2组(每组5头猪)分别通过肌肉注射和滴鼻接种JS-2012毒,第3组2头猪做空白对照。接种病毒的仔猪在攻毒后24 h体温均开始升高,4 d后开始死亡,死亡率为100%。临床观察发现,滴鼻组仔猪发病死亡明显快于肌肉注射组。对病死猪进行剖解,均可见大脑血管扩张并出血等典型的伪狂犬病病理变化。病理切片显示猪的脑蛛网膜下腔严重出血,其他各脏器也均有严重病理变化。结果表明该变异株JS-2012为伪狂犬强毒毒株。 展开更多
关键词 伪狂犬病毒 JS-2012 仔猪 致病性
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鸡传染性法氏囊病毒JS株毒力测定 被引量:6
4
作者 许小琴 刘红梅 +3 位作者 秦爱建 周小进 郜平光 Mohammed Kouadir 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期1020-1022,共3页
35日龄SPF鸡半数致死量(LD50)和9日龄SPF鸡胚半数致死量(ELD50)试验结果显示,传染性法氏囊病毒(IBDV)JS株的LD50为10-3.60.1 mL/只,ELD50为10-5.20.1 mL/胚;1~6周龄SPF鸡及商品鸡的致病性试验结果显示,IBDV JS株对SPF鸡和商品鸡3周龄后... 35日龄SPF鸡半数致死量(LD50)和9日龄SPF鸡胚半数致死量(ELD50)试验结果显示,传染性法氏囊病毒(IBDV)JS株的LD50为10-3.60.1 mL/只,ELD50为10-5.20.1 mL/胚;1~6周龄SPF鸡及商品鸡的致病性试验结果显示,IBDV JS株对SPF鸡和商品鸡3周龄后的致病率为100%,最高致死率分别为93.75%和75%;应用RT-PCR方法从IBDV JS株中扩增的VP2基因,经序列测定分析结果显示,IBDV JS株的VP2基因与香港HK46、日本OKYM、英国UK661等国际超强毒株的氨基酸序列的同源性达99%以上。表明IBDV JS株为超强毒株。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病毒JS株 致病性 VP2基因 超强毒株
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口蹄疫病毒Asia1/JS/China/2005株基因组全长感染性克隆的构建 被引量:4
5
作者 李平花 白兴文 +6 位作者 卢曾军 孙普 郭建宏 曹伟军 刘湘涛 殷宏 刘在新 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期706-711,共6页
利用长距离RT-PCR技术扩增病毒基因组3′端覆盖口蹄疫病毒Asia1/JS/China/2005株近全长的3个片段(共约7.5 kb),并利用单一酶切位点将其分别克隆到pBluescriptSK+载体上。利用融合PCR扩增到基因组5′端含有15个C碱基的基因片段(约700 bp)... 利用长距离RT-PCR技术扩增病毒基因组3′端覆盖口蹄疫病毒Asia1/JS/China/2005株近全长的3个片段(共约7.5 kb),并利用单一酶切位点将其分别克隆到pBluescriptSK+载体上。利用融合PCR扩增到基因组5′端含有15个C碱基的基因片段(约700 bp),并将其连接至pGEM-T载体。最后将这4个片段的阳性克隆装配至剔除T7启动子的低拷贝载体pcDNA3.1/Zeo(+)中构建该病毒株的全长cDNA克隆。以构建的FMDV Asia1/JS/China/2005株全长cDNA为模板,使用T7RNA聚合酶在体外转录得到病毒RNA,通过脂质体将其导入BHK细胞获得拯救病毒。对收获的病毒分别用RT-PCR、间接免疫荧光、电子显微镜观察和乳鼠致病性分析结果证实,通过体外转录获得了具有感染性的口蹄疫病毒。该株感染性克隆的构建为深入研究口蹄疫病毒的致病机制及研制新型疫苗等奠定了基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 Asia1/JS/China/2005株 全长CDNA 转录物RNA 病毒拯救
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NO前体药物JS-K体外对乙肝病毒HBsAg和HBeAg的影响 被引量:2
6
作者 王欢 周艳萌 +3 位作者 勾英 刘正芸 惠景 刘杰 《合肥医学院学报》 2015年第3期226-229,共4页
目的观察一氧化氮前体药物JS-K体外对乙肝病毒HBs Ag和HBe Ag的影响。方法以携带有HBV基因组的Hep G2.2.15细胞作为研究工具,MTT法检测JS-K(0、1、2、5、10μM)对细胞的毒性作用;荧光染色检测JS-K作用于细胞后一氧化氮的释放情况;ELISA... 目的观察一氧化氮前体药物JS-K体外对乙肝病毒HBs Ag和HBe Ag的影响。方法以携带有HBV基因组的Hep G2.2.15细胞作为研究工具,MTT法检测JS-K(0、1、2、5、10μM)对细胞的毒性作用;荧光染色检测JS-K作用于细胞后一氧化氮的释放情况;ELISA及免疫荧光结合激光共聚焦显微镜检测的方法,检测不同浓度JS-K对细胞中HBs Ag和HBe Ag表达的影响。结果包括最高浓度组(10μM)在内的各浓度JS-K对细胞均无统计学意义(P>0.05);JS-K作用于细胞24 h后,细胞内一氧化氮的释放明显增多;随着JS-K浓度的增高,HBs Ag的表达明显降低,HBe Ag的表达有一定的减少。结论一氧化氮前体药物JS-K在体外对乙肝病毒的抗原有一定的抑制作用。 展开更多
关键词 一氧化氮 JS-K 乙型肝炎病毒
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国内不同基因型Asia1型口蹄疫病毒RT-PCR检测方法的建立
7
作者 于长勇 金宁一 +11 位作者 王春凤 鲁会军 胡博 刘昊 张丹 牟伟锋 丛艳昭 谷长维 常巧呈 刘存霞 颜雯 叶明 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2009年第11期1132-1135,共4页
目的建立口蹄疫病毒(FMDV)Asia1型江苏/05谱系及新疆/03谱系毒株的二联RT-PCR检测方法。方法在比较大量国内外FMDV流行毒株序列的基础上,设计检测不同基因型Asia1型FMDV江苏/05谱系及新疆/03谱系毒株的二联PCR引物,优化单项和二联RT-PC... 目的建立口蹄疫病毒(FMDV)Asia1型江苏/05谱系及新疆/03谱系毒株的二联RT-PCR检测方法。方法在比较大量国内外FMDV流行毒株序列的基础上,设计检测不同基因型Asia1型FMDV江苏/05谱系及新疆/03谱系毒株的二联PCR引物,优化单项和二联RT-PCR反应条件,并进行特异性及相关病毒检测。结果优化的单项和二联RT-PCR特异性均良好,检测9份FMDV,病料的结果与其基因序列测定结果完全一致。结论已建立了FMDVAsia1型江苏/05谱系和新疆/03谱系毒株的二联RT-PCR检测方法,为FMDV的诊断、流行病学调查及疫苗应用奠定了基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 Asia1型 江苏/05谱系 新疆/03谱系 RT-PCR
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Asia1型口蹄疫病毒基因组的测序分析 被引量:2
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作者 王琳萱 陈思敏 +1 位作者 张印红 孙东杰 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期290-296,共7页
对中国口蹄疫病毒Asia1/JS/2005毒株的全基因组进行了分段扩增并测序。结果表明,该毒株的基因组全长为8 174 nt,其中5’UTR为1 092 nt;ORF为6 990 nt;3’UTR为92 nt。利用DNAstar软件对该毒株和Asia1型其他24毒株基因组序列进行同源性... 对中国口蹄疫病毒Asia1/JS/2005毒株的全基因组进行了分段扩增并测序。结果表明,该毒株的基因组全长为8 174 nt,其中5’UTR为1 092 nt;ORF为6 990 nt;3’UTR为92 nt。利用DNAstar软件对该毒株和Asia1型其他24毒株基因组序列进行同源性分析表明,该毒株的非结构蛋白和5’UTR比较保守。研究还发现了可能与生物学功能相关的新的保守和变异区域。系统树分析表明Asia1/JS/2005,Asia1/1/YZ/2006,Asia1/WHN/2006,Asia1/HN/2006和Asia1/YS/2005属于同一分支,表明这些毒株间有着紧密的遗传关系,其中与其亲缘关系最为密切的是Asia1/YS/2005。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 Asia1 JS 2005 基因组
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发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒规模化生产培养工艺的建立
9
作者 杨骏宇 姜东林 +3 位作者 陈小芳 承静 刘培生 金坚 《微生物学免疫学进展》 2013年第6期7-11,共5页
目的通过对发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(简称“新布尼亚病毒”)进行规模化生产培养工艺研究,为新布尼亚病毒规模化生产提供有力支持。方法采用细胞工厂培养Vero细胞,待其长成致密单层后,取工作种子批新布尼亚病毒毒种接种细... 目的通过对发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒(简称“新布尼亚病毒”)进行规模化生产培养工艺研究,为新布尼亚病毒规模化生产提供有力支持。方法采用细胞工厂培养Vero细胞,待其长成致密单层后,取工作种子批新布尼亚病毒毒种接种细胞,采用连续收获或细胞病变充分时收获培养液上清的方法收获病毒,并以病毒滴度、抗原含量作为评价指标选择基础培养基、培养基pH、人血白蛋白添加浓度、接种细胞日龄、接种病毒MOI以及病毒培养温度。结果按0.01-0.001MOI接种3-4日龄Vero细胞,病毒培养液选择含0.3%人血白蛋白pH7.6-7.8的DMEM溶液,35℃培养7d收获,病毒收获液病毒滴度7.87LgCCID50/mL、抗原含量170.1μ/mL。结论初步建立了新布尼亚病毒规模化生产培养工艺,为后续工业化生产提供了数据支持。 展开更多
关键词 发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒 JS-2007-001病毒株 病毒滴度 抗原含量
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Generating Rule-Based Signatures for Detecting Polymorphic Variants Using Data Mining and Sequence Alignment Approaches
10
作者 Vijay Naidu Jacqueline Whalley Ajit Narayanan 《Journal of Information Security》 2018年第4期265-298,共34页
Antiviral software systems (AVSs) have problems in detecting polymorphic variants of viruses without specific signatures for such variants. Previous alignment-based approaches for automatic signature extraction have s... Antiviral software systems (AVSs) have problems in detecting polymorphic variants of viruses without specific signatures for such variants. Previous alignment-based approaches for automatic signature extraction have shown how signatures can be generated from consensuses found in polymorphic variant code. Such sequence alignment approaches required variable length viral code to be extended through gap insertions into much longer equal length code for signature extraction through data mining of consensuses. Non-nested generalized exemplars (NNge) are used in this paper in an attempt to further improve the automatic detection of polymorphic variants. The important contribution of this paper is to compare a variable length data mining technique using viral source code to the previously used equal length data mining technique obtained through sequence alignment. This comparison was achieved by conducting three different experiments (i.e. Experiments I-III). Although Experiments I and II generated unique and effective syntactic signatures, Experiment III generated the most effective signatures with an average detection rate of over 93%. The implications are that future, syntactic-based smart AVSs may be able to generate effective signatures automatically from malware code by adopting data mining and alignment techniques to cover for both known and unknown polymorphic variants and without the need for semantic (run-time) analysis. 展开更多
关键词 NNge Classifier Gap PENALTIES js.cassandra virus POLYMORPHIC virus Automatic Signature Generation Sequence Alignment SYNTACTIC Exploration
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