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题名基于转录组数据探究MEF2D在癫痫中的作用机制
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作者
韩登峰
焦腾飞
热娜·阿不都萨拉木
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机构
新疆医科大学第一附属医院神经内科
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出处
《山西医科大学学报》
CAS
2024年第10期1314-1323,共10页
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基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2022D01C759)。
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文摘
目的 探究肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)在癫痫(epilepsy, EP)致病中的作用机制。方法选取小鼠海马神经元细胞(HT22)作为研究对象,对MEF2D选取3个基因位点(686、912、1283)进行慢病毒敲低转染,实验分为sh686组、sh912组、sh1283组以及空白载体对照(shNC)组,通过qRT-PCR和Western blot筛选出敲低成功的细胞,并对筛选出的细胞进行凋亡检测和RNA测序(RNA-seq),通过转录组数据筛选差异表达基因(DEG),检测发生的可调控选择性剪接事件(RASE)并得到可调控选择性剪接基因(RASG)。对DEG和RASG进行基因本论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 qRT-PCR和Western blot结果显示,sh912组MEF2D敲低成功。流式细胞术检测发现,sh912组早期凋亡率明显高于shNC组(P<0.05)。对转录组数据分析共得到638个DEG;GO富集分析显示,DEG的生物学过程主要富集在糖酵解、糖代谢、氧化还原反应的调节等方面,KEGG通路主要富集在Nod样受体信号传导通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号传导途径、缺氧诱导因子(HIF)-1信号传导途径、IL-17信号传导途径等通路。在之后的AS分析中,共检出1 265个差异性且受调控的选择性剪接事件(RASE),其中最主要的RASE为内含子保留(IR),其次为可变的5′剪切位点(A5SS)、可变的3′剪切位点(A3SS);GO富集分析显示,RASG的生物学过程主要富集在DNA修复、RNA剪切、蛋白质转运,KEGG功能通路富集在Rap1信号传导、PI3K/Akt信号传导、磷脂酰肌醇信号传导等通路;DEG和RASG的重叠基因共28个。结论 敲低MEF2D可以促进海马神经元细胞的凋亡;内含子保留是敲低MEF2D后发生的主要选择性剪切事件;MEF2D可能通过影响细胞的糖酵解、氧化还原反应等功能参与细胞凋亡反应。
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关键词
癫痫
MEF2D
差异表达基因
选择性剪切
内含子保留
细胞凋亡
RNA测序
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Keywords
epilepsy
MEF2D
differentially expressed gene
alternative splicing
intronr
apoptosis
RNA sequence
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分类号
R742.1
[医药卫生—神经病学与精神病学]
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