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Exploring Genome-wide DNA Methylation Profiles Altered in Kashin-Beck Disease Using Infinium Human Methylation 450 Bead Chips 被引量:5
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作者 SHI Xiao Wei SHI Bo Hui +3 位作者 LYU Ai Li ZHANG Feng ZHOU Tian Tian GUO Xiong 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2016年第7期539-543,共5页
To understand how differentially methylated genes(DMGs)might affect the pathogenesis of Kashin-Beck disease(KBD).Genome-wide methylation profiling of whole blood from 12matched KBD and controls pairs was performed... To understand how differentially methylated genes(DMGs)might affect the pathogenesis of Kashin-Beck disease(KBD).Genome-wide methylation profiling of whole blood from 12matched KBD and controls pairs was performed using a high-resolution Infinium 450 K methylation array.In total,97 CpG sites were differentially 展开更多
关键词 KBD Exploring Genome-wide DNA Methylation Profiles Altered in Kashin-Beck Disease Using infinium Human Methylation 450 Bead Chips DNA
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Infinium LabsPhantom家用游戏服务器
2
《新潮电子》 2004年第6期136-136,共1页
关键词 infinium Labs公司 PHANTOM 家用游戏服务器 性能
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双相障碍患者DNA甲基化水平分析 被引量:1
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作者 佟钙玉 赵宗峰 +2 位作者 邹韶红 贾丽娜 徐向东 《神经疾病与精神卫生》 2017年第6期392-395,F0003,共5页
目的 探讨双相障碍患者全血样本基因组 DNA甲基化水平的改变。方法 采用 Illumina 公司人类 450K甲基化芯片分析 10例双相障碍患者和 5名健康对照样本全血基因组 DNA甲基化水平。采用 R软件 minfi包进行数据预处理,应用 R软件 IMA包筛... 目的 探讨双相障碍患者全血样本基因组 DNA甲基化水平的改变。方法 采用 Illumina 公司人类 450K甲基化芯片分析 10例双相障碍患者和 5名健康对照样本全血基因组 DNA甲基化水平。采用 R软件 minfi包进行数据预处理,应用 R软件 IMA包筛选样本分组间的甲基化位点。采用 GCBI在线分析软件对差异候选基因进行 Gene ontology、Pathway分析。结果 双相障碍患者和对照组相比, SLC6A3、 ARNTL、MAGI2、FAM111A、ZNF578、FAM196A基因甲基化率明显上调,SMPD1、ZEB2、KCNQ5、FAM41C、 RGS18基因甲基化率明显下调。结论 双相障碍与 DNA甲基化水平改变有关。 展开更多
关键词 DNA甲基化 双相障碍 人类450K甲基化芯片
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上海农村地区颈动脉内中膜增厚人群的表观遗传分子标志物研究
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作者 张懿 郭吉平 王艳 《脑与神经疾病杂志》 CAS 2022年第3期138-145,共8页
目的 通过甲基化芯片筛选颈动脉内中膜增厚相关基因的异常甲基化位点,探讨颈动脉增厚人群的遗传基础,预期筛选新型表观遗传标志物。方法选取2016年5月-2016年7月于上海市奉贤区青村镇体检者28例,所有研究对象均进行问卷调查和体检且完... 目的 通过甲基化芯片筛选颈动脉内中膜增厚相关基因的异常甲基化位点,探讨颈动脉增厚人群的遗传基础,预期筛选新型表观遗传标志物。方法选取2016年5月-2016年7月于上海市奉贤区青村镇体检者28例,所有研究对象均进行问卷调查和体检且完成颈总动脉内中膜厚度(common carotid artery intima-media thickness,CCA-IMT)超声检测,根据CCA-IMT厚度分为颈动脉内中膜增厚组和对照组,同时收集研究对象一般资料,进行体格检查及生化指标检测,收集静脉血冻存备用。利用Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChip (850K芯片)对8例颈动脉增厚患者和8例健康对照的外周血全基因组甲基化水平进行检测,利用数据库GO分析(Gene Ontology Analysis,GO)、京都基因与基因组百科全书通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)进行生物信息学分析,筛选DNA甲基化水平显著变化的基因CpG位点,并对目的区域进行焦磷酸测序验证,以期筛选出颈动脉内中膜增厚相关的DNA甲基化分子标志物。结果通过芯片数据筛选及GO/KEGG pathway功能富集分析,差异甲基化位点共19073个,具有甲基化差异的基因共311个(|Δβ|> 0.2,P<0.05),涉及生物过程的674个功能条目,分子功能的111个功能条目,细胞组分的131个功能条目。经焦磷酸测序验证,与颈动脉内中膜相关的候选基因溶酶体氨基酸载体蛋白(human member 9 of the solute carrier family,SLC38A9)、前蛋白转化酶枯草溶菌素2 (proprotein convertase subtilisin/kexin type 2,PCSK2)启动子区的CpG岛在颈动脉内中膜增厚患者较健康对照组甲基化程度显著降低(P<0.05)。结论上海农村地区颈动脉内中膜增厚人群与健康人群相比外周血全基因组呈现显著低甲基化,SLC38A9启动子区的cg00279662以及PCSK2启动子区的cg1 1048863可能是影响颈动脉内中膜厚度的DNA甲基化分子标志物。 展开更多
关键词 DNA甲基化芯片 焦磷酸测序 颈动脉内中膜厚度 分子标志物
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结直肠腺瘤基因低甲基化谱分析及其标记物的筛选研究 被引量:2
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作者 何纯刚 黄沁园 +3 位作者 钟世彪 陈利生 肖和卫 李雷 《结直肠肛门外科》 2018年第1期1-5,共5页
目的分析结直肠腺瘤基因组低甲基化谱,并筛选低甲基化基因标记物。方法分别提取9例结直肠腺瘤组织和20例正常结直肠黏膜组织DNA,采用全基因组甲基化芯片(Infinium Human Methylation 450 Bead Chips)进行检测并分析其低甲基化谱,结合GO... 目的分析结直肠腺瘤基因组低甲基化谱,并筛选低甲基化基因标记物。方法分别提取9例结直肠腺瘤组织和20例正常结直肠黏膜组织DNA,采用全基因组甲基化芯片(Infinium Human Methylation 450 Bead Chips)进行检测并分析其低甲基化谱,结合GO分析、KEGG_pathyway分析筛选差异低甲基化基因标记物。结果在结直肠腺瘤中共发现40071(61.14%)个差异低甲基化标位点,其中66.3%的低甲基化位点主要分布于Cp G岛以外的区域,在基因结构分析中,40%、37%、33%的低甲基化位点分别分布于基因间隔区域、基因内区域及启动子区。根据Δβ≤-0.4,在所有被研究的Cp G甲基化位点中共发现912个差异低甲基化标记物,包含584个差异低甲基化基因。GO分析、KEGG_pathyway分析表明,差异低甲基化基因在多种功能群落及信号转导通路中出现富集,提示可能通过这些通路参与结直肠腺瘤的发生发展。进一步按腺瘤组中平均甲基化程度β≤0.2以及结合GO、KEEG_pathway分析筛选出15个低甲基化基因标记物。结论在结直肠腺瘤中运用全基因组甲基化芯片筛选出来的低甲基化基因有可能用于结直肠腺瘤的早期诊断,并有可能为进一步探讨其发病机制提供依据。 展开更多
关键词 甲基化 结直肠腺瘤 infinium 450K甲基化芯片
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