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不同白粉病抗性的甜瓜转录组SNP/InDel位点的挖掘及其功能注释
1
作者 曹燕燕 刁倩楠 +2 位作者 姚东伟 陆世钧 张永平 《分子植物育种》 北大核心 2025年第14期4599-4611,共13页
为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转... 为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转录组数据共鉴定到32980个SNP和2431个InDel位点,在所有变异类型中,以C/T和A/G发生频率最高;分别有2956、4073和2997条SNP/InDel-unigenes序列的功能在GO、KOG和KEGG数据库得到注释,注释到“代谢途径”的SNP/InDel-unigenes最多,其次依次为“次级代谢产物的生物合成”、“核糖体”、“氨基酸的生物合成”和“碳代谢”;KEGG注释分析显示共246条SNP/InDel-unigenes注释到“植物激素信号转导”通路、“植物-病原菌互作”通路、“植物MAPK信号”通路以及“苯丙烷类生物合成”通路。本研究为发掘甜瓜白粉病抗病相关SNP/InDel位点及抗病相关基因提供了新的数据来源。 展开更多
关键词 甜瓜 白粉病 转录组 snp/indel 功能注释
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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
2
作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR snp indel
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依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征
3
作者 张浩 田金红 +1 位作者 王大玮 李菊彩 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2025年第2期52-57,74,共7页
依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76... 依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76981个SSR位点,其发生频率为30.18%。在各种不同的重复基元种类里,重复出现频次最高的为单碱基重复基元,频次最低的是六碱基重复基元。就所有基元而言,A/T基元的出现频率最高,占总SSR位点数量的38.09%;其次是AG/GT,占总SSR位点数量的27.63%。各类重复基元的重复次数介于5~15次,SSR序列长度为10~66 bp。15个样品中,SNP位点数量介于202602~278026个,平均每个样品包含253064个SNP,且每个样品的转换类型与颠换类型数量比都在6∶4左右。InDel位点数量介于35609~48977个,平均每个样品中含有44642个InDel位点。云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间,转录组中的SSR、SNP、InDel位点丰富,且具有较高的多态性。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 种子萌发至成苗期间 转录组 SSR snp indel
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艾草转录组SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：1
4
作者 阴志刚 陈培育 +3 位作者 周晓静 曹双 鞠乐 粱慧珍 《种子》 北大核心 2025年第6期51-57,共7页
为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点2198... 为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点21980个,发生频率为8.04%,SSR重复基元类型以单碱基重复位点数量最丰富,五碱基重复基元类型最少,优势重复基元为A/T、AC/GT、GA/TC,其中A/T为最主要的基元类型,出现频率为3.547%。SSR各类重复基元重复次数在4~75次之间,且以单碱基重复次数最为广泛,SSR序列长度在12~99 bp之间。12个转录组样品中,有228066~275556个SNP位点,平均每个样品含有247114个SNP位点,转换、颠换类型比值均在1.78左右,InDel位点数量介于30729~41330个之间,每个样品平均含有33967个InDel位点。艾草转录组分子标记位点丰富,为艾草分子标记开发、品种鉴定、遗传多样性分析、抗旱功能基因的筛选提供数据支撑。 展开更多
关键词 艾草 转录组 SSR snp indel
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基于二代测序平台的103-plex InDel-SNP复合标记检测体系的建立
5
作者 杨成文 许欣 王新杰 《中国法医学杂志》 2025年第1期75-82,共8页
目的建立基于Ion Torrent PGM/S5测序平台、目标片段长度<175 bp的103-plex InDel-SNP复合标记扩增体系,为法医学个体识别及亲权鉴定提供一种高效的分析工具。方法以人类基因组GRCh38为参考序列,使用dbSNP数据库以东亚人群为目标人群... 目的建立基于Ion Torrent PGM/S5测序平台、目标片段长度<175 bp的103-plex InDel-SNP复合标记扩增体系,为法医学个体识别及亲权鉴定提供一种高效的分析工具。方法以人类基因组GRCh38为参考序列,使用dbSNP数据库以东亚人群为目标人群,对22对常染色体及性染色体筛选适合中国人群的InDel-SNP复合标记基因座;调查267名山东汉族无关个体的群体遗传学数据,并用16例真三联家系进行遗传关系验证。结果本研究构建的基于二代测序平台的103-plex InDel-SNP复合标记检测体系,具有灵敏度高、稳定性好、特异性强、常规检材适用性好的特点,并能有效获得降解、混合样本的分型结果。结论16组父母子三联体亲子对均符合孟德尔遗传规律,未发现等位基因丢失、突变等现象。该检测体系在法医个体识别和亲权鉴定方面有很高的应用价值。 展开更多
关键词 法医物证学 二代测序 indel-snp复合标记 遗传多态性
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伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：3
6
作者 孙利娜 林茂 +4 位作者 黄旭光 陈尔 杨舒婷 王华新 龚建英 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期745-753,共9页
【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行... 【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。 展开更多
关键词 伊丽莎白安格斯三角梅 转录组 SSR snp indel
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基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量：1
7
作者 张震 许彦明 +9 位作者 彭映赫 王瑞 陈永忠 何之龙 张英 寻成峰 马玉申 王湘南 龙玲 杨小胡 《绿色科技》 2024年第18期200-204,共5页
基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,... 基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。 展开更多
关键词 油茶 转录组测序 SSR snp indel
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基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析 被引量：3
8
作者 贺彩霞 李长忠 +8 位作者 金文杰 保长虹 简生龙 李昭楠 王丽楠 严青春 王振吉 王国杰 陈艳霞 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期48-56,共9页
为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SS... 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。 展开更多
关键词 花斑裸鲤 转录组 分子标记 SSR snp indel
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萝卜SNP和InDel分子标记开发及与表型性状关联分析 被引量：2
9
作者 李亚东 罗小波 +5 位作者 彭潇 杨光乾 金月月 祖贵东 田欢 张万萍 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期1055-1066,共12页
为了挖掘与萝卜表型性状显著相关的分子标记,对60份萝卜的14个表型数据进行鉴定,筛选出具有多态性的分子标记29个(其中12个SNP标记和17个InDel标记)进行遗传多样性分析,并利用TASSEL5.0软件的广义线性模型(general linear mode, GLM)对... 为了挖掘与萝卜表型性状显著相关的分子标记,对60份萝卜的14个表型数据进行鉴定,筛选出具有多态性的分子标记29个(其中12个SNP标记和17个InDel标记)进行遗传多样性分析,并利用TASSEL5.0软件的广义线性模型(general linear mode, GLM)对萝卜的14个表型数据进行关联分析。研究结果表明,29个分子标记的等位基因(Na)数范围在2~3个,平均为2.14个;主等位基因频率(MAF)为0.53~0.94个,平均为0.68个;每个标记的期望杂合度(He)范围为0.12~0.93,平均为0.63。每个位点的多态性信息含量(PIC)值范围在0.11~0.37,平均为0.32;在12个表型性状中关联到17个显著相关的分子标记位点(其中7个SNP标记和10个InDel标记)(P≤0.01),贡献率在7.24%~23.25%。 展开更多
关键词 萝卜 snp indel 聚类分析 关联分析
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云南栘[木衣]果实转录组SSR、SNP、InDel特征分析 被引量：3
10
作者 舒国荣 田金红 +1 位作者 杨林 王大玮 《西部林业科学》 CAS 北大核心 2024年第5期84-91,99,共9页
对云南栘[木衣]果实转录组中的简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(InDel)位点的特征进行分析,为开发特异性分子标记、遗传多样性分析和分子标记辅助育种奠定理论基础。基于7个不同发育时期的云南栘[木衣]果实转... 对云南栘[木衣]果实转录组中的简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(InDel)位点的特征进行分析,为开发特异性分子标记、遗传多样性分析和分子标记辅助育种奠定理论基础。基于7个不同发育时期的云南栘[木衣]果实转录组数据对SSR、SNP和InDel位点进行挖掘,并对其位点特征进行分析。结果显示:在云南栘[木衣]果实转录组中共发现25 796个SSR位点,分布于39 185条转录本(Unigenes)上,发生频率为22.88%;共发现249种SSR重复基元类型,单碱基重复数量最多,六碱基重复数量最少,出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的37.47%;各类型基元的重复次数均集中在5~11次,SSR序列长度为10~48 bp。21个样品检测到的SNP位点数为255 301~361 860个,平均每个样品含有311 094个SNP位点,转换与颠换比值平均为1.56,且分布在外显子区的位点最多,发生错义突变的位点数量最多。InDel位点数则为36 135~54 655个,平均每个样品包含45 921个,插入型位点数大于缺失型,在内含子区分布最多,发生移码插入的位点最多。研究结果表明:云南栘[木衣]果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点丰富,并且具有较高的多态性,为后续的特异性分子标记开发提供数据支撑。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 转录组 SSR snp indel
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基于基因组重测序发掘金针菇InDel、SV及丰度SNP标记 被引量：4
11
作者 贾定洪 王波 +1 位作者 何晓兰 刘询 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期39-50,共12页
以金针菇白色单核菌株wm14基因组为参考基因组,以双核菌株15W、16W、18W、19W、20Y、21Y、22Y和25Y基因组重测序数据为研究对象,以自备的4个金针菇基因组为blast检验数据库,采用VCFtools-0.1.16软件进行数据过滤,发掘可靠且多态性强的SN... 以金针菇白色单核菌株wm14基因组为参考基因组,以双核菌株15W、16W、18W、19W、20Y、21Y、22Y和25Y基因组重测序数据为研究对象,以自备的4个金针菇基因组为blast检验数据库,采用VCFtools-0.1.16软件进行数据过滤,发掘可靠且多态性强的SNP、InDel及SV位点信息。使用Primer3软件设计引物,通过标记引物的blastn特异性及通用性检测,实验获得了InDel/SV标记26个;它们可以直接扩增,根据电泳条带的大小差异检测菌株的遗传差异,获得了丰度SNP标记区域63个,成功设计出通用性引物16对作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标序列的有益补充。本研究拟开发更多可用于金针菇遗传分析的分子标记,希望可以从全基因组扫描明晰研究菌株的遗传背景,为后续金针菇分子辅助育种、功能基因发掘与机理探索等研究提供助力。 展开更多
关键词 金针菇 插入与缺失标记 结构变异标记 单核苷酸多态性标记 引物设计
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芝麻SNP和InDel标记遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析 被引量：16
12
作者 魏利斌 苗红梅 +3 位作者 李春 段迎辉 徐芳芳 张海洋 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期3070-3079,共10页
为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关... 为了利用关联分析发掘芝麻种质资源中所携带的优异等位基因,并了解其对目标性状的贡献值。本研究利用随机分布于芝麻基因组中的206对多态性分子标记(167对SNP标记和39对In Del标记),对101份来自国内外的芝麻材料进行遗传多样性、亲缘关系、群体结构及连锁不平衡分析。206对标记共检测到413个等位基因;标记位点的基因多样性范围在0.01~0.53,平均为0.35;多态性信息含量(PIC)变幅为0.01~0.46,平均为0.28。供试芝麻材料间的遗传距离变幅为0.08~0.88,平均为0.43。聚类结果显示101份芝麻材料被划分为两大亚群:中国绝大部分(93.42%)芝麻材料被划分为第一大亚群,国外绝大部分(80.0%)芝麻材料被划分为第二大亚群。中国北方区(NR)与美洲区(AMR)的材料遗传距离最远(0.36);中国北方区(NR)与中部区(CR)的遗传距离最近(0.04)。群体结构分析显示供试芝麻群体由2个亚群组成,该结果与聚类分析以及主坐标分析结果一致。另外,绝大多数芝麻材料(>84%)间的亲缘关系较远(亲缘关系值<0.2)。连锁不平衡分析显示不同位点组合间存在一定程度的LD。利用SNP和InDel标记成功分析了101份芝麻品种的遗传多样性、亲缘关系、群体结构和连锁不平衡程度,本研究结果为后期芝麻杂交组合的配置以及利用关联分析准确挖掘芝麻有利基因提供了依据。 展开更多
关键词 芝麻 snp indel 遗传多样性 群体结构 连锁不平衡
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中国部分鸡种B-G基因SNP和Indel 被引量：5
13
作者 吴允 毕榆林 +8 位作者 张扬 郭晓敏 李志腾 万方 朱鹏飞 徐璐 常国斌 徐琪 陈国宏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第8期1338-1342,共5页
鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B-G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B-G基因序列为参考,利用M... 鸡的MHC基因家族中B-G基因与鸡抗病性有关,通过研究与抗病有关的B-G基因的多态性可以从根本上提高鸡抵抗疾病的能力,进而为抗病育种奠定基础。试验对25个鸡种基因组DNA进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的B-G基因序列为参考,利用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,分析B-G基因外显子和内含子中的SNPs和Indels以及氨基酸的变化,最后制作进化树。结果表明,25个鸡种中外显子存在8个SNPs、19个Indels,内含子有67个SNPs、327个Indels;同时氨基酸序列也呈现出相应的多态性,中国地方鸡种也表现出丰富的遗传多样性。来航鸡、仙居鸡、隐性白羽鸡的B-G基因存在丰富的多态性;来航鸡在进化树上单独为一类,藏鸡、文昌鸡由于地理位置因素也分别为单独一类;现代肉鸡中罗斯与隐性白羽鸡聚为一类;不同类型的中国地方鸡种间同源性较小。中国地方鸡种B-G基因存在多源性进化以及丰富的遗传多样性,进而产生抗病性差异。 展开更多
关键词 鸡 B-G基因 snpS indelS 进化树
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不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析 被引量：4
14
作者 陈博雯 郑圣晗 +5 位作者 张莘 王统苗 王志秀 张扬 陈国宏 常国斌 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期1087-1094,共8页
鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个... 鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个单核苷酸多态性(SNP),其中外显子上发现了108个SNP。这些外显子中SNP位点编码氨基酸166个,其中有58个氨基酸发生变异,氨基酸序列同源性高于核苷酸。外显子4和外显子1的SNP数量最多,占46%以上,第5、第6、第7、第8外显子属于保守区域。核苷酸序列缺失主要发生在外显子1和内含子5上。25个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为3大类。说明,BF1基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性,为鸡抗病育种提供了基础。 展开更多
关键词 鸡MHC BF1基因 snp indel
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苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选 被引量：14
15
作者 刘源霞 兰进好 +4 位作者 柏素花 孙晓红 刘春晓 张玉刚 戴洪义 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期215-222,共8页
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及1... 以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记,通过高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术筛选出与基因R_(gls)位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析,发现标记InDel4227和InDel4254表现出与R_(gls)基因位点共分离,将基因R_(gls)精细定位于标记InDel4199和SNP4299之间100 kb的物理距离内。对该基因位点两侧4.1~4.3Mb距离内的基因进行统计分析,表明在该区段内存在40个有功能注释的基因,涉及到细胞组成、分子功能和生物过程方面共19个GO分类。 展开更多
关键词 苹果 高分辨率熔解曲线 炭疽菌叶枯病 snp标记 indel标记 精细定位
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部分鸡种Brd2基因SNP和INDEL分析 被引量：3
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作者 吴允 毕榆林 +8 位作者 张扬 郭晓敏 李志腾 万方 朱鹏飞 徐璐 常国斌 徐琪 陈国宏 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期203-207,共5页
Brd2(bromodomain containing protein 2)基因位于MHC(major histocompatibility complex)基因家族中,探究不同鸡种Brd2基因的SNP和Indel位点具有重要意义。试验选取我国26个优良的地方鸡种,对Brd2基因进行目标捕获测序,以NCBI中原鸡(Ga... Brd2(bromodomain containing protein 2)基因位于MHC(major histocompatibility complex)基因家族中,探究不同鸡种Brd2基因的SNP和Indel位点具有重要意义。试验选取我国26个优良的地方鸡种,对Brd2基因进行目标捕获测序,以NCBI中原鸡(Gallus gallus)的Brd2基因序列为参照,筛选出Brd2基因外显子和内含子中的SNP和Indel以及氨基酸的改变位点,最后制作进化树。在26个鸡种中,Brd2基因的外显子筛选出25个SNP位点,没有检测到Indel位点;内含子筛选出30个Indel位点,没有筛选出SNP位点;外显子中氨基酸仅有4个发生错义突变,其余均发生同义突变。从进化树看出,26个鸡种分为3大类:安卡鸡、雪山草鸡、文昌鸡、北京油鸡和萧山鸡类聚在一起;泰和乌骨鸡、SPF-来航鸡、河南斗鸡和广西黄鸡类聚在一起;剩余的鸡种类聚在一起,但同源性相对较低。在我国优质鸡种中Brd2基因具有一定的保守性,不同鸡种同源性较低。 展开更多
关键词 鸡 Brd2基因 snp indel 进化树
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草鱼MyoD基因SNP和Indel标记的筛选及其与生长性状的关联分析 被引量：9
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作者 陈静 何吉祥 +5 位作者 樊佳佳 黄龙 吴本丽 宋光同 汪翔 武松 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期612-616,共5页
为探索MyoD基因多态性对草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状的影响,采用PCR产物直接测序的方法,检测草鱼MyoD基因上的突变位点,并分析其与草鱼生长性状的相关性。结果表明:在草鱼MyoD基因上筛选到4个多态性高、分型稳定的突变位点,... 为探索MyoD基因多态性对草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状的影响,采用PCR产物直接测序的方法,检测草鱼MyoD基因上的突变位点,并分析其与草鱼生长性状的相关性。结果表明:在草鱼MyoD基因上筛选到4个多态性高、分型稳定的突变位点,即M1(940后T碱基的插入)、M3(1630后重复单元AATAGCCT的缺失)、M4(G1669A)和M5(A1681T)。M1位点不同基因型个体间的体长、全长、尾柄长和尾柄高存在显著差异(P<0.05),纯合缺失基因型(DD)显著大于纯合插入基因型(TT);M3和M4位点不同基因型个体间的生长性状差异均不显著(P>0.05);M5位点不同基因型个体间的体质量、体宽、体高和眼间距存在显著差异(P<0.05),优势基因型为TT。MyoD基因的M1和M5突变位点可作为草鱼选育的候选分子标记。 展开更多
关键词 草鱼 MyoD基因 snp标记 indel标记 生长性状
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不同鸡种TAP1基因SNPs和INDEL比对分析 被引量：2
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作者 陈博雯 仇玲玲 +5 位作者 万方 王洪志 张扬 王志秀 陈国宏 常国斌 《中国家禽》 北大核心 2020年第5期24-29,共6页
为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析。结果显示:在29个鸡种中共有270个单核苷酸多态性(SNPs),其中TAP1基因外显子中共有116... 为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析。结果显示:在29个鸡种中共有270个单核苷酸多态性(SNPs),其中TAP1基因外显子中共有116个SNPs,主要发生在外显子9和外显子1上,分别占突变核苷酸总数的25%和24%;引起非同义突变的SNPs共有82个,突变最多的是A/G,氨基酸同源性高于核苷酸;所有29个鸡种中都存在SNPs,快大型青脚麻鸡和红色原鸡在外显子上具有最多的SNPs,发生碱基缺失的鸡种包括固始鸡、安卡鸡、斗鸡罗斯鸡杂交品种、绿壳蛋鸡、来航鸡,其中固始鸡缺失片段最长。TAP1基因在不同鸡种中存在高度变异性,说明这种多样性对于鸡抗病性具有重要作用,研究结果也为鸡的抗病育种提供了参考。 展开更多
关键词 鸡MHC TAP1基因 snpS indel
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基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析 被引量：10
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作者 孙倩 邹枚伶 +6 位作者 张辰笈 江思容 Eder Jorge de Oliveira 张圣奎 夏志强 王文泉 李有志 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期42-49,共8页
为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLI... 为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。 展开更多
关键词 木薯 snp indel 遗传多样性 群体结构
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基于转录组测序的椰心叶甲啮小蜂SSR、SNP和InDel位点分析 被引量：7
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作者 刘华伟 李朝绪 +3 位作者 李芬 吕朝军 吴少英 覃伟权 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2021年第10期2828-2833,共6页
椰心叶甲啮小蜂(Tetrastichus brontispae)是外来有害生物椰心叶甲(Brontispa longissima)的蛹期寄生蜂,分析其转录组序列中的SSR、SNP和InDel位点信息,可以为开发新的分子标记,深入研究其遗传多样性、种群遗传结构和历史动态等提供数... 椰心叶甲啮小蜂(Tetrastichus brontispae)是外来有害生物椰心叶甲(Brontispa longissima)的蛹期寄生蜂,分析其转录组序列中的SSR、SNP和InDel位点信息,可以为开发新的分子标记,深入研究其遗传多样性、种群遗传结构和历史动态等提供数据支撑。本研究基于转录组数据,利用MISA软件和Varscan软件对Unigene进行SSR、SNP和InDel位点进行搜索。在11802条Unigene中共获得29754个SSR位点,平均每1.72 kb含有1个SSR位点,发生率为39.96%。SSR片段为10~382 bp,长度具有显著差异,平均长度为23.91 bp。SSR片段中,单碱基重复最多(60.82%),其次是二碱基重复(27.69%),再次为三碱基重复(10.79%)。其中优势重复基元类型为A/T(59.32%),其次为AT/AT(15.28%)。在6895个Unigene中发掘出51334个SNP位点,转换位点37445个(72.94%),颠换位点13975个(27.22%),平均每条Unigene上含有7.45个SNP位点。还在6040个Unigene中筛选出15644个InDel位点,平均每条Unigene上有2.59个InDel位点。椰心叶甲啮小蜂转录组中SSR、SNP和InDel位点数量多,出现频率高,类型丰富,具有较高的多态性潜能。 展开更多
关键词 椰心叶甲啮小蜂 转录组 SSR snp indel
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