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玉米纯度高通量InDel快速检测体系的建立
1
作者 胡丽萍 彭飞飞 +5 位作者 许理文 田红丽 张茗起 葛建镕 王蕊 王凤格 《玉米科学》 北大核心 2025年第4期42-48,共7页
为实现玉米品种纯度高效准确鉴定,通过建立快速DNA提取方案常温研磨法及适配的多重扩增体系,构建玉米纯度高通量InDel快速检测方案。结果表明,与对照碱煮法相比,常温研磨法提取的DNA在琼脂糖凝胶电泳中显示清晰条带,玉米纯度InDel引物... 为实现玉米品种纯度高效准确鉴定,通过建立快速DNA提取方案常温研磨法及适配的多重扩增体系,构建玉米纯度高通量InDel快速检测方案。结果表明,与对照碱煮法相比,常温研磨法提取的DNA在琼脂糖凝胶电泳中显示清晰条带,玉米纯度InDel引物单重和多重扩增效果稳定。经人工掺混样品验证,本体系的纯度检测结果与国家标准方法所得结果一致。 展开更多
关键词 玉米 indel标记 高通量 快速 纯度
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基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发 被引量：1
2
作者 贺涵 刘传和 +7 位作者 喻梦凡 袁梦萍 魏岳荣 杨敏 邝瑞彬 周陈平 吴夏明 徐泽 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期65-76,共12页
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物... 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。 展开更多
关键词 菠萝 重测序 indel标记 遗传多样性分析
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兼容双平台的玉米糯质基因InDel功能标记开发与应用
3
作者 朱维佳 王蕊 +11 位作者 薛英杰 田红丽 范亚明 王璐 李松 徐丽 卢柏山 史亚兴 易红梅 陆大雷 杨扬 王凤格 《作物学报》 北大核心 2025年第9期2330-2340,共11页
为了实现糯玉米中糯质基因变异类型的快速鉴定、了解其在现代糯玉米育种中的应用情况,本研究针对wx-D7、wx-D10、wx-124、wx-hAT等4种常见的糯质基因InDel变异开发功能标记,以普通玉米、糯玉米、甜玉米和甜糯玉米为研究对象,通过多种分... 为了实现糯玉米中糯质基因变异类型的快速鉴定、了解其在现代糯玉米育种中的应用情况,本研究针对wx-D7、wx-D10、wx-124、wx-hAT等4种常见的糯质基因InDel变异开发功能标记,以普通玉米、糯玉米、甜玉米和甜糯玉米为研究对象,通过多种分子检测平台验证糯质功能标记的特异性和有效性。结果显示,4种Waxy功能标记在KASP平台和荧光毛细管电泳平台均能够实现特异性基因分型,且能够有效区分普通玉米与糯质玉米,并确定糯玉米中Waxy基因的变异类型。针对玉米自交系,当检出特异性糯质功能标记时,可依据4种糯质变异类型确定待测样品的糯质基因单倍型并判断其糯质表型,对于未检测到4种糯质变异的玉米种质则为非糯性或糯质稀有突变。当待测样本为玉米杂交种时,可能存在隐性纯合基因型、隐性等位糯性杂合基因型、糯/非糯杂合基因型及显性纯合基因型等4种情况,依据糯质单倍型结果判定。在检测出的糯玉米中85%以上为wx-D7变异类型,表明wx-D7为我国当前糯玉米育种中主要的应用类型。同时,在糯玉米杂交种中发现有D7/D10两种糯质变异类型同时存在的现象,但糯质自交系中仅存在单一的糯质变异类型,意味着在糯玉米杂交育种中可通过聚合不同类型的糯质变异实现遗传改良。本研究为糯质基因设计了一套适用于多种分子检测平台的功能标记组合,为鉴定、筛选玉米糯质性状提供了有效的方案。 展开更多
关键词 糯玉米 糯质基因 功能标记 indel KASP 荧光毛细管电泳
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海岛棉纤维强度QTL紧密连锁InDel分子标记开发及效应评价
4
作者 吕涛 孙国清 +5 位作者 郭栋材 陈全家 蔡永生 樊标星 曲延英 郑凯 《中国农业科学》 北大核心 2025年第9期1684-1701,I0001-I0012,共30页
【目的】海岛棉具有优异的纤维品质,纤维断裂比强度是棉花纤维品质的一个重要指标。开发In Del分子标记,通过RIL群体和资源材料进行验证,并分析其有效性,为选育优异纤维品质海岛棉新品种提供一定的理论依据。【方法】以前期构建的213份P... 【目的】海岛棉具有优异的纤维品质,纤维断裂比强度是棉花纤维品质的一个重要指标。开发In Del分子标记,通过RIL群体和资源材料进行验证,并分析其有效性,为选育优异纤维品质海岛棉新品种提供一定的理论依据。【方法】以前期构建的213份Pima S-7和5917 F_(5:6)重组自交系(RIL)群体为材料,进行QTL定位,获得调控海岛棉纤维强度数量性状基因座位点q FS-chr17-1,根据亲本全基因组测序(WGS)数据开发设计In Del标记,并在亲本间筛选多态性标记。根据表型数据选取40份极端家系材料初步验证所开发的多态性标记。在213份RIL群体和213份海岛棉资源材料中进行基因分型,并结合多年纤维品质数据验证标记的有效性。【结果】利用开发的2个In Del标记在RIL群体与海岛棉资源材料进行基因分型检测,结果表明,2个标记能够与纤维强度表型数据紧密连锁,所区分材料间纤维强度性状具有显著差异。通过组合2个标记基因型检测结果,发现4种组合类型的纤维强度呈现上升趋势,且携带Hap3(B/A)与Hap4(B/B)基因型的材料纤维强度显著强于Hap1(A/A)与Hap2(A/B)。In Del-3L2标记与纤维长度、纤维整齐度和纺纱一致性指数等纤维品质性状显著相关,所区分材料表型趋势与相关性分析结果一致。根据多年环境下两试验点的纤维品质数据分析,发现不同环境间的纤维品质有差异,结合气温数据,发现所开发的分子标记受环境影响小。通过对213份海岛棉资源材料纤维品质数据进行聚类分析,并结合分子标记分型结果,共筛选出8份优异纤维品质材料。【结论】针对海岛棉纤维强度QTL位点(q FS-chr17-1)开发出2个与纤维强度紧密连锁的In Del分子标记,将两标记分型结果组合后仍具有有效性。In Del-3L2可以与纤维长度、纤维整齐度和纺纱一致性指数连锁。开发的In Del标记可以高效准确地检测海岛棉纤维高强度资源材料,可以用于海岛棉纤维品质改良育种。还筛选出8份优异纤维品质材料。 展开更多
关键词 海岛棉 纤维强度 indel标记 种质资源 组合分子标记
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不同白粉病抗性的甜瓜转录组SNP/InDel位点的挖掘及其功能注释
5
作者 曹燕燕 刁倩楠 +2 位作者 姚东伟 陆世钧 张永平 《分子植物育种》 北大核心 2025年第14期4599-4611,共13页
为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转... 为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转录组数据共鉴定到32980个SNP和2431个InDel位点,在所有变异类型中,以C/T和A/G发生频率最高;分别有2956、4073和2997条SNP/InDel-unigenes序列的功能在GO、KOG和KEGG数据库得到注释,注释到“代谢途径”的SNP/InDel-unigenes最多,其次依次为“次级代谢产物的生物合成”、“核糖体”、“氨基酸的生物合成”和“碳代谢”;KEGG注释分析显示共246条SNP/InDel-unigenes注释到“植物激素信号转导”通路、“植物-病原菌互作”通路、“植物MAPK信号”通路以及“苯丙烷类生物合成”通路。本研究为发掘甜瓜白粉病抗病相关SNP/InDel位点及抗病相关基因提供了新的数据来源。 展开更多
关键词 甜瓜 白粉病 转录组 SNP/indel 功能注释
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基于重测序紫花苜蓿高蛋白、高产关联InDel分子标记开发
6
作者 冯雅琪 陈嘉慧 +5 位作者 张静妮 隋超 陈基伟 刘志鹏 周强 刘文献 《草业学报》 北大核心 2025年第4期137-149,共13页
随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)... 随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)多态性标记因其分布广泛、密度高、遗传稳定以及重复性强等优点而受到关注,然而目前其在紫花苜蓿中的研究及应用仍十分有限。本研究基于国内外80份紫花苜蓿材料的基因组重测序数据,通过与紫花苜蓿“中苜1号”参考基因组序列比对挖掘InDel变异位点,开发与高蛋白和高产性状相关的InDel标记。结果表明,在全基因组范围内设计的40个标记中,经聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)验证后,成功开发出29个多态性标记,多态性比率达到72.5%。其中,已开发的InDel_25和InDel_39标记可分别用于高产和优质紫花苜蓿材料的鉴定。本研究开发的InDel标记可结合传统育种方法,有望加速高产、优质紫花苜蓿新品种的培育。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 indel分子标记 产量 品质
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基于转录组测序数据的蚕豆InDel标记开发和应用
7
作者 周瑶 周恩强 +10 位作者 姚梦楠 赵娜 李宗迪 朱宇翔 王永强 李波 王学军 缪亚梅 汪凯华 顾春燕 魏利斌 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第8期35-41,共7页
我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种... 我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种质资源,拟开展7份蚕豆材料的转录组测序,并对测序数据间存在的插入/缺失(InDel)位点进行特征分析。结果表明,成功挖掘出2666个InDel位点,其中插入、缺失位点分别有841、1825个,且单碱基的插入/缺失位点类型占比最大。此外,根据InDel位点信息,从插入/缺失碱基长度大于5 bp的序列中随机挑选25条序列进行InDel标记开发。利用开发的标记对国内141份蚕豆资源进行扩增,共筛选到有效InDel标记20对,多态性信息含量均值为0.32,平均每对标记中检测到2.85个等位基因,香农指数均值为0.62。聚类分析结果表明,江苏、浙江、湖北等省份的资源呈交叉分布,可能因为近年来各省份的蚕豆资源相互借鉴、利用,从而打破了地域限制,增加了彼此间的联系。基于转录组测序数据首次开发蚕豆InDel标记并成功将其应用于蚕豆种质资源的遗传多样性分析,不仅丰富了目前蚕豆的分子标记类型,而且对于今后蚕豆的基础研究和育种研究具有一定意义。 展开更多
关键词 蚕豆 转录组 indel 分子标记 遗传多样性
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玉米氮吸收性状相关NPF家族基因挖掘及InDel分子标记开发
8
作者 罗春梅 赵晨旭 +2 位作者 余海兵 赵涵 周玲 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第3期445-456,共12页
玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环... 玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环保高效的解决方法。本研究对硝态氮吸收转运相关的NPF家族进行分析,通过全基因组关联分析挖掘出与玉米氮吸收性状紧密关联的15个候选基因,根据已报道的功能位点设计插入缺失(InDel)分子标记,以期设计出与玉米硝酸盐含量积累性状显著关联的功能标记。共设计了69对InDel分子标记,经过亲本多态性检验,发现特异性良好的有32对标记。在609份玉米自交系组成的自然群体中对这些InDel分子标记进行功能验证,结果表明,在玉米ZmNPF6.2、ZmNPF6.4、ZmNPF6.8、ZmNPF8.12、ZmNPF8.14基因附近的7对InDel分子标记与氮素吸收性状紧密关联。本研究开发的氮高效吸收相关InDel分子标记可为分子标记辅助育种提供理论基础,为培育氮高效利用的玉米新品种指引了方向。 展开更多
关键词 玉米 氮高效吸收 功能标记 indel分子标记
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利用InDel分子标记鉴定新乡小包23大白菜种子纯度
9
作者 徐世静 王晓玲 +3 位作者 肖艳 原让花 杨晨 姬可盈 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第7期49-53,共5页
为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定... 为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定。结果表明,有3对引物表现出共显性,其中1对引物能够将新乡小包23与另外3个相似品种有效区分开。将该引物在108个杂交后代中进行验证,纯度鉴定结果为93.5%,与田间鉴定结果基本一致。综上,研究筛选的InDel标记BrID90105可用于新乡小包23种子纯度的快速鉴定,促进种业良性发展。 展开更多
关键词 大白菜 新乡小包23 indel分子标记 种子纯度鉴定
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承德无角山羊SNP和InDel位点的变异分析
10
作者 丁虹 孙洪新 +4 位作者 刘月 赵志强 董玉玲 杨威 袁立新 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第4期148-154,共7页
承德无角山羊作为优良地方种质资源,具有适应性强、抗病力强等特性。本研究基于全基因组重测序解析承德无角山羊的遗传特征,挖掘和分析承德无角山羊的SNP和InDel突变位点。结果显示,基因间隔区SNP和InDel变异最多,其次位于内含子区,而在... 承德无角山羊作为优良地方种质资源,具有适应性强、抗病力强等特性。本研究基于全基因组重测序解析承德无角山羊的遗传特征,挖掘和分析承德无角山羊的SNP和InDel突变位点。结果显示,基因间隔区SNP和InDel变异最多,其次位于内含子区,而在CDS区的变异位点较少。共鉴定出134068个非同义突变SNP和4051个编码区InDel位点;进一步分析发现,非同义突变SNP所在基因主要富集在嗅觉转导、单纯疱疹病毒1感染、补体和凝血级联、ECM与受体的相互作用和造血细胞系等途径;CDS区的InDel位点主要富集在蛋白偶联受体信号、嗅觉感知、质膜和自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路。本研究为承德无角山羊重要经济性状候选基因预测及遗传进化分析提供了理论基础,有利于进一步保护和利用该种质资源。 展开更多
关键词 承德无角山羊 SNP indel
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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
11
作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR SNP indel
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赣南野生山金柑全基因组InDel标记开发及应用 被引量：3
12
作者 罗嗣芳 严翔 +4 位作者 谢丽芳 孙静贤 郭紫晶 张祖铭 陈兆星 《园艺学报》 北大核心 2025年第2期267-278,共12页
为探究赣南野生山金柑InDel特征,选取99份赣南野生山金柑进行全基因组重测序,进而筛选InDel变异位点以开发InDel标记。获得590.58 Mb有效片段数据,共检测到211470个InDel,包括98043个插入和113427个缺失。从8760条插入/缺少碱基数大于10... 为探究赣南野生山金柑InDel特征,选取99份赣南野生山金柑进行全基因组重测序,进而筛选InDel变异位点以开发InDel标记。获得590.58 Mb有效片段数据,共检测到211470个InDel,包括98043个插入和113427个缺失。从8760条插入/缺少碱基数大于10的InDel标记中选择出180条在染色体上均匀分布的多态性标记,并开发了58对扩增条带良好的InDel引物。InDel标记聚类与全基因组重测序聚类结果一致,99份赣南野生山金柑分为既存在关联性又具有特异性的4个分支;根据每份种质含有的核心InDel标记位点数和等位基因数,确定了29份赣南野生山金柑为核心种质,基因组覆盖度达99.7%,其中夹湖、余坑和蔡坊是种质核心区域;结合全基因组重测序数据和核心InDel标记构建了种质的DNA指纹图谱,图谱信息包含植株编号、基因型、变异位点和农艺性状数据。研究明确了赣南野生山金柑InDel特征,筛选的InDel标记能够应用在群体结构分析、核心种质筛选以及DNA指纹图谱构建等方面。 展开更多
关键词 山金柑 indel标记 遗传多样性 核心种质 DNA指纹图谱
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依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征
13
作者 张浩 田金红 +1 位作者 王大玮 李菊彩 《东北林业大学学报》 CAS 北大核心 2025年第2期52-57,74,共7页
依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76... 依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76981个SSR位点,其发生频率为30.18%。在各种不同的重复基元种类里,重复出现频次最高的为单碱基重复基元,频次最低的是六碱基重复基元。就所有基元而言,A/T基元的出现频率最高,占总SSR位点数量的38.09%;其次是AG/GT,占总SSR位点数量的27.63%。各类重复基元的重复次数介于5~15次,SSR序列长度为10~66 bp。15个样品中,SNP位点数量介于202602~278026个,平均每个样品包含253064个SNP,且每个样品的转换类型与颠换类型数量比都在6∶4左右。InDel位点数量介于35609~48977个,平均每个样品中含有44642个InDel位点。云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间,转录组中的SSR、SNP、InDel位点丰富,且具有较高的多态性。 展开更多
关键词 云南栘[木衣] 种子萌发至成苗期间 转录组 SSR SNP indel
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基于InDel标记的辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子纯度鉴定
14
作者 高升华 周克贵 +8 位作者 尹延旭 李宁 徐凯 王小迪 詹晓慧 陈卫芳 袁伟玲 姚明华 王飞 《蔬菜》 2025年第4期26-32,共7页
辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5... 辣椒杂交一代优良组合THI-P-10×P5114具有中熟、椒条顺直、肉厚、味辣、兼抗多种病害和品质佳等特性。为了提高该杂交组合种子纯度鉴定效率,建立基于插入缺失长度多态性(InDel)标记的种子纯度鉴定方法,以杂交组合THI-P-10×P5114及其母本THI-P-10、父本P5114为材料,利用THI-P-10、P5114基因组重测序数据筛选具有多态性明显、条带清晰且PCR扩增稳定的InDel标记,利用筛选出的InDel标记对杂交组合THI-P-10×P5114种子进行纯度鉴定,并结合田间形态鉴定验证分子标记鉴定的准确性。结果表明:InDel标记InDel-Chr02-12和InDel-Chr11-09在亲本间具有多态性,在杂交后代中兼具双亲条带,属于共显性标记;利用开发的标记对164个THI-P-10×P5114杂交种子进行纯度鉴定,种子纯度鉴定结果为92.07%,与传统田间形态学纯度鉴定结果完全吻合。综上,辣椒杂交组合THI-P-10×P5114种子可以利用新开发的2个InDel标记快速、准确地进行纯度鉴定,能为该杂交组合的制种和推广提供技术支持。 展开更多
关键词 辣椒 indel 分子标记 种子纯度 鉴定 杂交一代 基因组
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艾草转录组SSR、SNP和InDel特征分析 被引量：1
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作者 阴志刚 陈培育 +3 位作者 周晓静 曹双 鞠乐 粱慧珍 《种子》 北大核心 2025年第6期51-57,共7页
为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点2198... 为了解艾草转录组中分子标记分布特征,开发艾草特异性分子标记,基于艾草叶、根转录组数据,使用Micros Atellite、STAR软件对其SSR、SNP、InDel分子标记位点进行发掘和特征分析。结果表明,从249554条Unigenes中发掘出各种类型SSR位点21980个,发生频率为8.04%,SSR重复基元类型以单碱基重复位点数量最丰富,五碱基重复基元类型最少,优势重复基元为A/T、AC/GT、GA/TC,其中A/T为最主要的基元类型,出现频率为3.547%。SSR各类重复基元重复次数在4~75次之间,且以单碱基重复次数最为广泛,SSR序列长度在12~99 bp之间。12个转录组样品中,有228066~275556个SNP位点,平均每个样品含有247114个SNP位点,转换、颠换类型比值均在1.78左右,InDel位点数量介于30729~41330个之间,每个样品平均含有33967个InDel位点。艾草转录组分子标记位点丰富,为艾草分子标记开发、品种鉴定、遗传多样性分析、抗旱功能基因的筛选提供数据支撑。 展开更多
关键词 艾草 转录组 SSR SNP indel
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应用SSR和InDel标记鉴定槟榔杂交子代的真实性
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作者 齐兰 黄丽云 +3 位作者 杨玉娟 尹永梅 张雨洁 刘帆 《分子植物育种》 北大核心 2025年第8期2663-2668,共6页
早期对杂交后代进行真实性鉴定,获得真杂种对槟榔杂交育种研究具有重要意义。本研究通过筛选亲本间有差异的SSR和InDel引物,对2个杂交后代F1群体的真实性进行鉴定。利用槟榔‘38-1’、‘97-7’为亲本杂交获得子代17株,‘G179’和‘G192... 早期对杂交后代进行真实性鉴定,获得真杂种对槟榔杂交育种研究具有重要意义。本研究通过筛选亲本间有差异的SSR和InDel引物,对2个杂交后代F1群体的真实性进行鉴定。利用槟榔‘38-1’、‘97-7’为亲本杂交获得子代17株,‘G179’和‘G192’为亲本杂交获得子代94株。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法在4个亲本中筛选扩增条带清晰、稳定并且在父本中出现特异性条带的引物,用于杂交子代鉴定。筛选出3对SSR引物和3对InDel引物用于‘38-1’ב97-7’杂交组合子代鉴定,真杂种比率为94.00%。筛选出3对InDel引物用于‘G179’בG192’杂交组合子代鉴定,真杂种比率为100.00%。结果表明,本研究筛选的SSR标记和InDel标记可有效地应用于槟榔杂交后代真实性鉴定,为槟榔杂种优势利用及遗传改良奠定基础。 展开更多
关键词 槟榔 SSR indel 分子标记 杂种鉴定
原文传递
杨梅种质资源InDel标记开发及与熟期的关联分析
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作者 焦云 高中山 +3 位作者 汪国云 陈方永 姚小映 周超超 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期575-588,共14页
InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的... InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的InDel变异频率介于1/11297~1/8903;其中,CM025856.1染色体上发生InDel变异频率最高。通过注释分析发现有1312个InDel分布在基因外显子区域,另有21055和6659个InDel分别分布在基因间区和内含子区域。经GO注释,上述InDel生物过程主要涉及细胞过程(Cellular process)和代谢过程(Metabolic process);分子功能主要包括结合(Binding)和催化活性(Catalyticactivity)。经KEGG通路分析发现,InDel所在的基因区域的功能主要为次生代谢、碳代谢和核质运输等。通过全基因组关联分析,获得20个与杨梅果实成熟期性状显著关联的InDel,其功能注释主要涉及线粒体、质体结构基因,三磷酸核苷水解酶和细胞分裂素信号蛋白等。进一步验证显示InDelEP-18标记对杨梅果实成熟期性状鉴定准确率较高,达89.25%;通过基因预测结果发现该位点注释为早期结瘤素家族(Early nodulin)基因。本研究筛选获得的InDel EP-18标记将为杨梅分子辅助育种提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 杨梅 indel 重测序 关联分析 成熟期
原文传递
基于二代测序技术的玉米InDel分子标记开发及品种鉴定
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作者 刘霁虹 包劲松 +2 位作者 朱碧云 颜韶兵 应逸宁 《核农学报》 北大核心 2025年第8期1630-1639,共10页
插入/缺失(InDel)标记具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,广泛应用于遗传分析、物种进化研究和基因定位等领域。为挖掘InDel位点和开发分子标记,加快杂交玉米品种鉴定进程,本研究基于12个玉米品种的二代测序结果,分... 插入/缺失(InDel)标记具有遗传稳定性高、分布广、多态性强、通用性强等优点,广泛应用于遗传分析、物种进化研究和基因定位等领域。为挖掘InDel位点和开发分子标记,加快杂交玉米品种鉴定进程,本研究基于12个玉米品种的二代测序结果,分析其单核苷酸多态性(SNP)和InDel,开发InDel分子标记,并用于杭糯玉21杂交玉米品种鉴定。结果表明,在12份玉米样品的共同测序标签上筛选出19539984个SNP位点和2124876个InDel位点。经过筛选,共得到36个覆盖玉米10条染色体的高质量InDel分子标记,并建立了6个InDel引物的多重组合。上述标记在12份玉米材料中的扩增结果显示,不同标记的主要等位基因频率(MAF)变化范围为0.417~0.875,平均值为0.708;多态性信息含量(PIC)变化范围为0.195~0.583,平均值为0.327。基于二代测序和开发的InDel标记位点的聚类分析可以将杭糯玉21与其他品种分开。本研究将基于二代测序技术开发的InDel标记与多重PCR技术结合并应用到玉米品种鉴定中,不仅提高了玉米品种检测的效率,也为今后杭糯玉21种质资源的合理利用和玉米遗传改良提供了科学依据。 展开更多
关键词 糯玉米 二代测序 indel 品种特异性 多重PCR
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基于基因组重测序技术开发特定地区黄鳝品系InDel标记
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作者 李目岩 赵一帆 +6 位作者 黄伟伟 袁泉 杨航 张禹宁 李名友 吕巍巍 周文宗 《上海农业学报》 2025年第5期9-15,共7页
黄鳝是我国重要的经济型淡水鱼类。以22个不同地理来源的255条野生黄鳝为样本,利用Illumina NovaSeq 6000平台开展全基因组重测序。结果表明:平均测序深度达5.52×,共获得了1073.87 GB的高质量数据。通过对比基因组数据挖掘插入缺失... 黄鳝是我国重要的经济型淡水鱼类。以22个不同地理来源的255条野生黄鳝为样本,利用Illumina NovaSeq 6000平台开展全基因组重测序。结果表明:平均测序深度达5.52×,共获得了1073.87 GB的高质量数据。通过对比基因组数据挖掘插入缺失(InDel)位点,结合引物设计与PCR验证,筛选出8对具有地域特异性的InDel分子标记,分别用于西南、两广与江西三大区域品系的分子鉴定。其中,西南地区4对标记条带差异为21~30 bp,两广地区2对标记条带差异为23~25 bp,江西地区2对标记条带差异为21~23 bp。电泳结果显示,这些标记具有良好的多态性、稳定性和实用性,可通过20~30 bp的条带差异(插入或缺失)实现不同地区黄鳝品系间的稳定判别。该研究可为黄鳝种质资源的区域鉴定、溯源管理和良种选育提供有力的技术支撑,为其他淡水鱼类基因组分型研究提供范例。 展开更多
关键词 黄鳝 重测序 indel标记 品系判别
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德州驴IGF1R基因InDel检测及其与生长性状的关联分析
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作者 郭佳俊 杨媛哲 +3 位作者 崔励柏 卢美轩 拓少华 党瑞华 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第8期12-17,共6页
为了探究德州驴生长性状与IGF1R InDel变异位点不同基因型之间的关系,对426头德州驴IGF1R基因的3个位点进行DNA测序和基因分型,随后进行群体遗传参数的计算以及表型和基因型的关联分析。结果表明:3个位点PIC(多态性信息含量)值位于0.25... 为了探究德州驴生长性状与IGF1R InDel变异位点不同基因型之间的关系,对426头德州驴IGF1R基因的3个位点进行DNA测序和基因分型,随后进行群体遗传参数的计算以及表型和基因型的关联分析。结果表明:3个位点PIC(多态性信息含量)值位于0.25和0.5之间,属于中度多态,且均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。P2-Del_(13bp)和P3-Del_(14bp)位点分别与德州驴尻长和胸宽、体高、胸围、管围显著相关(P<0.05)。该研究提示,IGF1R基因的多态与德州驴生长性状密切相关,可以作为潜在的分子标记用于家驴新品种的选育。 展开更多
关键词 IGF1R 德州驴 indel 生长性状
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