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基于ITS2序列的兔耳草属植物分子鉴别和遗传多样性研究
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作者 李风琴 胡水清 +3 位作者 杨梦婷 王宏璇 吴乐琦 吴波 《南方林业科学》 2025年第3期6-10,17,共6页
【目的】为准确、高效鉴别兔耳草属植物,保障药材质量,提高临床用药安全,对兔耳草属多种植物的遗传多样性进行研究。【方法】广泛收集青海省、云南省、四川省、西藏自治区等涉藏地区高海拔地区的9份短筒兔耳草和短穗兔耳草资源,采用PCR... 【目的】为准确、高效鉴别兔耳草属植物,保障药材质量,提高临床用药安全,对兔耳草属多种植物的遗传多样性进行研究。【方法】广泛收集青海省、云南省、四川省、西藏自治区等涉藏地区高海拔地区的9份短筒兔耳草和短穗兔耳草资源,采用PCR技术扩增其ITS2区段,并测序;从GenBank数据库中获取另外21份兔耳草属植物ITS2 DNA序列,使用MEGA5.5软件,寻找SNP位点,计算K-2p遗传距离,采用最大相似度法构建系统进化树。【结果】(1)短筒兔耳草和短穗兔耳草的ITS2序列中存在3个特异性变异位点。(2)短筒兔耳草、短穗兔耳草、狭苞兔耳草、紫叶兔耳草等兔耳草属12种植物的K-2p遗传距离为0.005~0.078,其中克什米尔兔耳草与亚中兔耳草的遗传距离最小,为0.005;裂叶兔耳草和倾卧兔耳草与匍匐兔耳草的遗传距离最大,均为0.078。(3)系统发育树分为两个部分,其中第一部分分为两个分支,全部的短筒兔耳草和短穗兔耳草亲缘关系很近,自展值为86,聚类于第一分支;来源于亚美尼亚的裂唇革叶兔耳草和来源于哈萨克斯坦的匍匐兔耳草自展值为93,聚类于第二分支。第二部分也分为两个分支,全部的紫叶兔耳草自展值为95,聚于一个分支;狭苞兔耳草、裂叶兔耳草、亚中兔耳草、倾卧兔耳草、小兔耳草、大筒兔耳草和克什米尔兔耳草自展值为90,聚于另一个分支。【结论】我国特有的短筒兔耳草和短穗兔耳草的亲缘关系较为接近,采用ITS2 DNA条形码可以有效地区分兔耳草属植物各物种。高海拔寒冷环境使兔耳草属物种形态变异较碱基变异明显,导致遗传分化较为强烈。 展开更多
关键词 兔耳草属 its2序列 分子鉴别 遗传多样性
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基于ITS2鉴定中药材天花粉中混伪成分的初步探究
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作者 马天宇 张晓军 +1 位作者 魏继承 张昊 《分子植物育种》 北大核心 2025年第20期6778-6783,共6页
中药材天花粉与同科属其他物种存在混用现象,为保证安全用药,本实验尝试利用ITS2分析对中药材天花粉中混伪成分进行鉴定。以10个样地的天花粉为供试材料,通过基因组DNA提取,PCR扩增后对ITS2进行克隆并测序,运用BLASTn对所获天花粉ITS2... 中药材天花粉与同科属其他物种存在混用现象,为保证安全用药,本实验尝试利用ITS2分析对中药材天花粉中混伪成分进行鉴定。以10个样地的天花粉为供试材料,通过基因组DNA提取,PCR扩增后对ITS2进行克隆并测序,运用BLASTn对所获天花粉ITS2与核酸数据库中的序列进行比对分析。结果表明,在10个样地的供试材料中,1个样地的天花粉中可确定存在混伪品,5个样地的天花粉中可确定不存在混伪成分,其余4个样地的天花粉中不能确定是否存在混伪品。因此,应用ITS2作为鉴定天花粉中混伪成分的条形码,其适用性有限。 展开更多
关键词 天花粉 its2 混伪品 筛选与鉴定
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重楼综合形态学、显微学真伪鉴别研究进展及ITS2序列分析研究
3
作者 杨志城 汲虹 +2 位作者 孙彩虹 叶亮 叶冠 《中医药学报》 2025年第7期116-124,F0003,共10页
基于性状、显微、理化及DNA序列等鉴定技术,综述分析正品重楼及其混伪品差异,为重楼及其混伪品鉴伪提供参考。基于文献总结正品重楼及其混伪品种类及原植物形态、显微特征差别,下载公开重楼及其混伪品ITS2序列并基于隐马尔科夫原则标准... 基于性状、显微、理化及DNA序列等鉴定技术,综述分析正品重楼及其混伪品差异,为重楼及其混伪品鉴伪提供参考。基于文献总结正品重楼及其混伪品种类及原植物形态、显微特征差别,下载公开重楼及其混伪品ITS2序列并基于隐马尔科夫原则标准化后进行序列比对、二级结构、发育树聚类分析。正品重楼主要混用品有球药隔重楼、宽叶重楼、黑籽重楼、长柱重楼等,伪品主要为拳参、珠芽蓼、禹白附等,在植物形态学及显微鉴定方面,正品与混伪品之间茎、叶、花、果实种子差异明显,而药材性状及微观结构差异较小。DNA序列鉴定方面正品与混用品之间ITS2序列差异较小,与伪品之间差异较大。正品与混伪品之间可通过植株形态进行有效区分,而仅有药材时ITS2序列及其二级结构可快速准确鉴别伪品,本研究为中药材重楼临床的安全运用和质量评价提供参考,也可为其他药材鉴别提供参考。 展开更多
关键词 重楼 混伪品 形态鉴别 性状鉴别 显微鉴别 its2序列
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基于ITS2序列的香薷属药用植物鉴别
4
作者 李晓晗 熊超 徐燃 《武汉轻工大学学报》 2025年第2期50-55,共6页
通过DNA条形码中的内转录间隔区2(Internal eranscribed spacer,ITS2)序列鉴定香薷(Elsholtzia ciliata)及其同属近缘植物种,建立鉴定香薷属药用植物的有效方法。采集14份不同产地香薷属药用植物,并对其ITS2序列扩增和测序,在GenBank上... 通过DNA条形码中的内转录间隔区2(Internal eranscribed spacer,ITS2)序列鉴定香薷(Elsholtzia ciliata)及其同属近缘植物种,建立鉴定香薷属药用植物的有效方法。采集14份不同产地香薷属药用植物,并对其ITS2序列扩增和测序,在GenBank上下载同属物种的21条ITS2序列,共得到35条ITS2序列。基于Kimura-2-parameter(K2P)模型计算种内种间遗传距离,邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,通过ITS2数据库预测ITS2序列的二级结构。结果表明香薷属药用植物的ITS2序列长度为219~233 bp;香薷属药用植物种间遗传距离大于种内遗传距离,存在明显的barcoding gap;NJ系统发育树显示,不同物种得到良好的区分;ITS2二级结构中香薷与其他物种在4个螺旋区中的臂长,内环大小和数量存在明显差异。本研究基于ITS2序列的DNA条形码技术能成功鉴定香薷及其同属近缘植物种。 展开更多
关键词 香薷 香薷属 DNA条形码 its2序列 分子鉴定
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基于ITS2序列的苗药金果榄及其混伪品分子鉴定
5
作者 刘安莉 罗君 +3 位作者 于佳 李云超 万明香 李玲 《中国医药导报》 2025年第28期59-64,共6页
目的 利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定研究,评价ITS2序列鉴定金果榄的能力。方法 采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其ITS2序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner软... 目的 利用DNA条形码技术对苗药金果榄原植物青牛胆及其混伪品进行分子鉴定研究,评价ITS2序列鉴定金果榄的能力。方法 采用试剂盒法提取青牛胆及其近缘品种、易混品种的总DNA,PCR扩增其ITS2序列并进行双向测序,利用CodonCode Aligner软件拼接,Clustal X 2.1对序列进行多重比对,Gene Doc中生成多重序列比对图,利用MEGA 11计算并分析种内和种间遗传变异及构建系统发育树。结果 共分析出9个物种42条ITS2序列(实验获取序列青牛胆5条、易混品种4条,另从NCBI下载相关序列33条),PCR实验获取序列扩增和测序成功率均为100%,引物通用性较好;青牛胆与该属其他植物序列之间存在部分的插入、缺失、转换和颠换现象;最大种内遗传距离0.040 0远远小于最小种间遗传距离0.282 6;Barcoding gap图中表明种间、种内遗传距离无重叠,具有明显的Barcoding gap存在。构建的NJ系统发育树中能有效将青牛胆与研究中其他物种聚类区分开。结论 ITS2序列可作为鉴别金果榄及其混伪品的有效辅助手段。 展开更多
关键词 金果榄 青牛胆 its2 DNA条形码技术 分子鉴定
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基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别五味子和华中五味子 被引量:2
6
作者 杨楚楚 任广喜 +6 位作者 齐玉鑫 徐庆一 田俊强 程豪杰 陈晓洲 姜丹 刘春生 《中国现代中药》 2025年第1期43-51,共9页
目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利... 目的:基于核内转录间隔区2(ITS2)和psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对五味子和华中五味子进行序列比对分析,建立快速、准确的分子鉴定方法,筛选最佳DNA条形码序列用于鉴别五味子和华中五味子真伪。方法:以五味子和华中五味子为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取五味子和华中五味子的总DNA,对ITS2序列和psbA-trnH序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN 6.0软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA 5.0软件对数据进行分析比对,计算Kimura 2-parameter遗传距离,通过数据库预测二级结构,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果:五味子和华中五味子ITS2序列片段长度为231 bp,鉴别位点为腺嘌呤(A)-胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)-T、T-A;在psbA-trnH序列中,存在7个稳定的鉴别位点,分别为GA、T-G、胞嘧啶(C)-A、T-A、缺失-T、A-T、G-T,五味子和华中五味子ITS2序列二级结构存在明显差异,能将两者进行区分。结论:ITS2和psbA-trnH条形码均可以用于区分五味子和华中五味子,但psbA-trnH条形码种内遗传更稳定,种间鉴别位点更多,研究为五味子和华中五味子的快速、准确鉴定和用药安全提供科学依据。 展开更多
关键词 五味子 华中五味子 DNA条形码 内转录间隔区2序列 叶绿体基因间隔区序列
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ITS/ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的应用 被引量:23
7
作者 侯典云 宋经元 +2 位作者 杨培 周红 姚辉 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期534-538,共5页
目的评价ITS/ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的准确性与稳定性。方法以多基原药材花椒为研究对象,采用改良的试剂盒法提取药材基因组DNA,PCR扩增ITS序列,利用基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法获得ITS2序列。通过分析花椒药材及... 目的评价ITS/ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的准确性与稳定性。方法以多基原药材花椒为研究对象,采用改良的试剂盒法提取药材基因组DNA,PCR扩增ITS序列,利用基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法获得ITS2序列。通过分析花椒药材及其同属混伪品的种内、种间变异,利用中药材DNA条形码鉴定系统和NJ系统聚类树对花椒药材进行鉴定分析。结果花椒药材的ITS序列长度为618~620bp,ITS2序列长度为224bp,两种基原物种花椒和青椒的ITS/ITS2序列种内平均K2P遗传距离均远小于其与混伪品的种间K2P遗传距离;中药材DNA条形码鉴定系统和NJ树均可以准确区分花椒药材及其同属混伪品。结论ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别花椒药材。 展开更多
关键词 花椒药材 ITS its2 DNA条形码 分子鉴定
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基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较 被引量:23
8
作者 宋明 张雅琴 +6 位作者 林韵涵 凃媛 马孝熙 孙伟 向丽 焦文静 刘霞 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2227-2232,共6页
为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离... 为考察ITS2序列和psbA-trnH序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树。结果显示,车前和平车前的ITS2序列长度分别为199,200 bp;两者的ITS2序列种内最大K2P遗传距离均小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于ITS2序列构建的NJ树中,车前、平车前及其混伪品都表现出良好单系性,都能相互明显区分。表明ITS2序列能将车前子药材与混伪品进行很好的区分。车前和平车前的psbA-trnH序列长度均为340 bp,两者的psbA-trnH序列种内最大K2P遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;基于psbA-trnH序列构建的NJ树结果显示,除大车前外,车前子药材与其余混伪品可以明显区分。因此,ITS2序列作为DNA条形码,车前子及其混伪品具有良好的鉴别能力,对保障车前子用药安全具有重要意义。 展开更多
关键词 车前子 混伪品 DNA条形码 its2 psbA—trnH
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基于代谢组学技术和ITS2序列的恒山黄芪与川黄芪差异性研究 被引量:20
9
作者 何盼 李震宇 +3 位作者 范圣此 张福生 秦雪梅 杜国军 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1595-1601,共7页
为了比较恒山黄芪和川黄芪在分子水平上的差异,首先采用基于1H NMR的代谢组学技术对恒山黄芪和川黄芪进行化学分析,并找出其差异性,然后对药典规定的黄芪甲苷和毛蕊异黄酮葡糖苷含量进行测定,再对二者的ITS2片段进行测序。结果共指认出... 为了比较恒山黄芪和川黄芪在分子水平上的差异,首先采用基于1H NMR的代谢组学技术对恒山黄芪和川黄芪进行化学分析,并找出其差异性,然后对药典规定的黄芪甲苷和毛蕊异黄酮葡糖苷含量进行测定,再对二者的ITS2片段进行测序。结果共指认出代谢产物23种,主成分分析显示,恒山黄芪和川黄芪可以明显区分开,恒山黄芪中的天冬氨酸、γ-氨基丁酸和柠檬酸以及黄芪甲苷和毛蕊异黄酮葡糖苷含量较高,而川黄芪中的苏氨酸、丙氨酸、乙酸、胆碱、精氨酸、果糖和蔗糖含量较高,几乎检测不到黄芪甲苷;二者的ITS2序列差异较大,共有8处碱基不同。从化学成分和DNA分子遗传来看,恒山黄芪和川黄芪差异很大。 展开更多
关键词 恒山黄芪 川黄芪 1HNMR 代谢组学 its2
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藏药臭蒿及其近缘种药材的ITS2 DNA条形码鉴别 被引量:18
10
作者 任瑶瑶 江南屏 +3 位作者 刘睿颖 宋良科 谭睿 顾健 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1395-1400,共6页
臭蒿Artemisia hedinii有清热凉血,退黄,消炎的功能,在藏药中占有重要地位。蒿属植物种类繁多,在青藏高原分布广泛,且其外形较为相似,传统鉴定方法难以准确快速鉴定。文章以ITS2序列为DNA条形码,建立了一种快速准确鉴定臭蒿及其易混蒿... 臭蒿Artemisia hedinii有清热凉血,退黄,消炎的功能,在藏药中占有重要地位。蒿属植物种类繁多,在青藏高原分布广泛,且其外形较为相似,传统鉴定方法难以准确快速鉴定。文章以ITS2序列为DNA条形码,建立了一种快速准确鉴定臭蒿及其易混蒿属藏药植物的方法。从青藏高原采集蒿属藏药21个样品,分别提取样品DNA,对ITS2目标序列进行PCR扩增、测序,获得其ITS2序列信息;并从Gen Bank上下载同属序列11条;运用MEGA 6.0对所有32条ITS2序列进行对比,计算种间种内遗传距离,构建Neighbor Joining(NJ)系统进化树,并比较样本ITS2序列间的二级结构差异。结果显示:臭蒿、牛尾蒿、黄花蒿、艾蒿的遗传距离较近,但四者种间最小距离均远大于种内最大距离,NJ树显示4种蒿属植物种内之间各单独形成一个分支,ITS2序列二级结构也显示出差异。以ITS2序列作为DNA条形码,可达到对臭蒿及其近缘蒿属藏药植物进行准确、快速的识别和鉴定的目的,准确地弄清物种之间的系统进化关系的目的,为该属药用植物的质量控制、安全用药及合理开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 臭蒿 藏药 DNA条形码 its2 二级结构 鉴定 资源利用
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木香、川木香、土木香、青木香和红木香药材的ITS2条形码分子鉴定 被引量:18
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作者 马晓冲 姚辉 +3 位作者 邬兰 向丽 陈晓辰 宋经元 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2169-2175,共7页
通过分析木香、川木香、土木香、青木香、红木香药材的ITS2(internal transcribed spacer 2)条形码序列,探讨木香类药材鉴定新方法。对60份样品提取基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEG... 通过分析木香、川木香、土木香、青木香、红木香药材的ITS2(internal transcribed spacer 2)条形码序列,探讨木香类药材鉴定新方法。对60份样品提取基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离(K2P),构建邻接树(neighbor-joing tree,NJ Tree)。结果表明,无论是菊科的木香、川木香、土木香,还是马兜铃科的青木香和五味子科的红木香,ITS2序列种内变异均小于种间变异,ITS2序列所有单倍型比对后长度为272 bp,变异位点达到162个;遗传距离显示物种种内平均K2P远远小于种间平均K2P;NJ树结果显示木香、川木香、土木香、青木香和红木香药材可明显区分,且能鉴别川木香的2个基原物种。因此,ITS2序列可用于鉴定木香、川木香、土木香、青木香、红木香药材,为临床安全用药提供依据。 展开更多
关键词 DNA条形码 物种鉴定 its2序列 菊科 马兜铃科 五味子科
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基于ITS2序列的羌活及其混伪品的DNA条形码鉴定 被引量:31
12
作者 孙稚颖 陈士林 +1 位作者 姚辉 宋经元 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期568-571,共4页
目的对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建邻接(NJ)树。利用已建立的I... 目的对羌活及其混伪品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法利用PCR测序法,对样品进行核基因ITS2片段扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,并构建邻接(NJ)树。利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果羌活与宽叶羌活ITS2序列长度均为228 bp,二者种内平均K2P(Kimura-2-parameter)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;由所构建的系统聚类树图可以看出,羌活与宽叶羌活均表现出了单系性,而同时又与其他混伪品明显分开;比较ITS2二级结构发现,羌活基原植物与其混伪品在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别羌活及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。 展开更多
关键词 羌活 DNA条形码 its2 分子鉴定 遗传距离
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不同花纹文蛤(Meretrix meretrix)的ITS2分析 被引量:28
13
作者 李太武 张安国 +4 位作者 苏秀榕 李成华 刘保忠 林志华 柴雪良 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期132-137,共6页
采用分子生物学方法,进行了江苏和广西两个地区不同花纹文蛤群体的核糖体DNA转录间隔区(ITS2)的序列分析研究。结果表明,广西的文蛤群体和江苏的群体相比较,仅发现江苏群体在333—336bp处发生了缺失,江苏群体内不同花纹文蛤个体间的ITS... 采用分子生物学方法,进行了江苏和广西两个地区不同花纹文蛤群体的核糖体DNA转录间隔区(ITS2)的序列分析研究。结果表明,广西的文蛤群体和江苏的群体相比较,仅发现江苏群体在333—336bp处发生了缺失,江苏群体内不同花纹文蛤个体间的ITS2也发生了变化。聚类分析结果证实了序列分析结果,广西文蛤群体和江苏文蛤群体间发生了遗传变异,江苏文蛤群体内部也发生了遗传分化。 展开更多
关键词 文蛤 花纹 its2
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ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物 被引量:16
14
作者 陈倩 刘义梅 +2 位作者 刘震 陈士林 陈科力 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1107-1113,共7页
目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest... 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 its2 ITS RBCL PSBA-TRNH 马鞭草科
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基于ITS2序列鉴别道地药材岷县当归及其混伪品 被引量:15
15
作者 刘新星 欧巧明 +4 位作者 石有太 辛天怡 宋经元 罗俊杰 崔文娟 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第20期4877-4883,共7页
目的利用核糖体r RNA基因内转录间隔区(ITS2)序列,对甘肃道地药材岷县当归(岷归)及其混伪品和近缘属药材进行鉴定分析。方法对供试材料ITS2序列进行PCR并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比... 目的利用核糖体r RNA基因内转录间隔区(ITS2)序列,对甘肃道地药材岷县当归(岷归)及其混伪品和近缘属药材进行鉴定分析。方法对供试材料ITS2序列进行PCR并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,并应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。结果经PCR扩增测序,15份甘肃栽培当归与标准样品岷归1号序列比对无差异,序列长度230 bp,GC含量为55.46%,37份当归混伪品与近缘属药材ITS2序列长度为228~233 bp,GC含量为51.53%~65.65%。岷归与混伪品、近缘属药材共53条序列中共检测到变异位点220个,保守位点10个,信息位点213个。根据K2P遗传距离计算,岷县当归种内遗传距离明显小于种间遗传距离,基于ITS2序列构建的NJ树和网站预测的ITS2二级结构,均能将岷归与其混伪品和近缘属药材区分。结论 ITS2序列可作为当归鉴定的DNA条形码,为当归市场的健康可持续发展提供有效的技术手段。 展开更多
关键词 当归 SSR 分子标记 its2 核糖体rRNA
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中药材锁阳的ITS2条形码分子鉴定研究 被引量:16
16
作者 侯典云 宋经元 +3 位作者 石林春 杨培 陈士林 姚辉 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第23期4028-4032,共5页
目的:应用DNA条形码技术准确、快速鉴定中药材锁阳及其混伪品。方法:采用试剂盒法提取药材的基因组DNA,PCR扩增其核糖体DNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)并进行双向测序,应用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图... 目的:应用DNA条形码技术准确、快速鉴定中药材锁阳及其混伪品。方法:采用试剂盒法提取药材的基因组DNA,PCR扩增其核糖体DNA的内转录间隔区(internal transcribed spacer 2,ITS2)并进行双向测序,应用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,比较ITS2序列的GC含量,采用MEGA 5.0计算种内、种间Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离,通过中药材DNA条形码鉴定系统比对和构建NJ系统聚类树进行鉴定分析。结果:锁阳药材的ITS2序列长度为229 bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.003,锁阳药材及其混伪品的种间平均K2P遗传距离为0.760,种间最小K2P遗传距离明显大于锁阳种内的最大K2P遗传距离。中药材DNA条形码鉴定系统比对和NJ树鉴定结果均表明ITS2序列可区分锁阳及其混伪品。结论:ITS2条形码可有效鉴定中药材锁阳及其混伪品,且具有较好的稳定性和准确性,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 锁阳 DNA条形码 its2 分子鉴定
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基于ITS2条形码鉴定柴胡与大叶柴胡 被引量:25
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作者 于俊林 赵莎 +2 位作者 任明波 钱齐妮 庞晓慧 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2160-2163,共4页
为准确鉴定柴胡与大叶柴胡,该研究共48份柴胡、大叶柴胡药材,扩增ITS2序列并进行测序,采用CodonCode Aligner软件进行序列拼接,用软件MEGA5.0分析比对确定不同的单倍型,并基于K2P模型进行遗传距离等分析。采用相似性搜索法、最近距离法... 为准确鉴定柴胡与大叶柴胡,该研究共48份柴胡、大叶柴胡药材,扩增ITS2序列并进行测序,采用CodonCode Aligner软件进行序列拼接,用软件MEGA5.0分析比对确定不同的单倍型,并基于K2P模型进行遗传距离等分析。采用相似性搜索法、最近距离法、构建邻接树(NJ树)法对柴胡与大叶柴胡进行鉴定。结果显示柴胡与大叶柴胡种间最小K2P距离为0.049,远远大于柴胡种内最大K2P距离0.013。NJ树显示大叶柴胡独自聚为一支,可明显与柴胡区分。因此应用ITS2条形码可以准确鉴定柴胡及大叶柴胡。 展开更多
关键词 大叶柴胡 柴胡 its2 DNA条形码
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不同产地川芎种质与藁本、辽藁本的ITS2序列分析 被引量:14
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作者 王丽芝 谭世强 +3 位作者 孙思杰 黄楠楠 孙秀岩 王海英 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期25-31,共7页
对6省9个不同地区川芎种质、藁本及辽藁本样品的ITS2序列进行分析,并采用NJ法构建分子系统树。结果显示:9个川芎种质、藁本与辽藁本的ITS2序列共有220个保守位点和8个变异位点,其中信息位点4个,单一变异位点4个。藁本、辽藁本与川芎间G... 对6省9个不同地区川芎种质、藁本及辽藁本样品的ITS2序列进行分析,并采用NJ法构建分子系统树。结果显示:9个川芎种质、藁本与辽藁本的ITS2序列共有220个保守位点和8个变异位点,其中信息位点4个,单一变异位点4个。藁本、辽藁本与川芎间GC含量相近,变异位点相似,平均K2P遗传距离分别为0.008,0.011,小于川芎种内遗传距离0.013。NJ进化树分析显示,各地川芎种质、藁本、辽藁本间有着极为亲密的亲缘关系。结合前人本草考证的结果,对川芎的起源、川芎种质间的亲缘关系进行了讨论,首次提出辽藁本也可能是非主栽川芎种质野生种源的观点。 展开更多
关键词 川芎种质 藁本 辽藁本 its2序列 亲缘关系分析
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基于ITS2序列SNP位点鉴定白及药材及其混伪品 被引量:15
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作者 赵丹 周涛 +2 位作者 江维克 肖承鸿 康传志 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第18期3573-3578,共6页
为建立白及药材的分子标记鉴定方法,该文提取白及及其混伪品药材的基因组DNA,利用PCR技术扩增r DNA ITS2片段,片段经双向测序、排序、比对,构建邻接树,查找SNP位点。结果显示,ITS2序列不仅能够有效地区分白及与其混伪品,而且存在可用作... 为建立白及药材的分子标记鉴定方法,该文提取白及及其混伪品药材的基因组DNA,利用PCR技术扩增r DNA ITS2片段,片段经双向测序、排序、比对,构建邻接树,查找SNP位点。结果显示,ITS2序列不仅能够有效地区分白及与其混伪品,而且存在可用作白及、黄花白及与其混伪药材鉴别的SNP位点。针对标记白及药材的SNP位点设计引物,通过筛选引物和优化特异性扩增条件后,获取引物BJ59-412F,BJ59-412R,HHBJ-225R在同一扩增条件下,可有效扩增白及、黄花白及,其产物长度分别约为350,520 bp,而混伪品则无PCR条带产生。该文所述引物和建立的反应条件可成功将白及、黄花白及与其混伪品药材进行同步鉴定,操作快速、简捷,结果可靠,可作为白及药材的快速分子鉴定方法。 展开更多
关键词 白及药材 RDNA its2 SNP位点 特异性PCR
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基于ITS2序列鉴定中药材升麻及其混伪品 被引量:11
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作者 任伟超 马孝熙 +2 位作者 于俊林 马伟 孙伟 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期2184-2188,共5页
该研究选用ITS2序列对升麻及其混伪品进行分子鉴定,从而确保用药安全。实验采用DNA条形码技术,对升麻及其混伪品的ITS2核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,利用MEGA 5.0软件对相关数据分析,构建邻接(NJ)系... 该研究选用ITS2序列对升麻及其混伪品进行分子鉴定,从而确保用药安全。实验采用DNA条形码技术,对升麻及其混伪品的ITS2核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,利用MEGA 5.0软件对相关数据分析,构建邻接(NJ)系统聚类树进行鉴定分析。结果表明升麻药材的3个基原物种:大三叶升麻Cimicifuga heracleifolia、升麻C.foetida、兴安升麻C.dahurica,其ITS2序列长度分别为217,219,219 bp,3个基原物种ITS2序列与混伪品的种间平均K2P距离大于其种内平均K2P距离,ITS2系统发育树显示,升麻的3个基原物种均各自聚为一单系分支,并与其他混伪品明显分开。ITS2序列能够有效准确地鉴别中药材升麻及其混伪品。 展开更多
关键词 DNA条形码 its2 升麻 鉴定
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