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苍山贝母ITS鉴定及3个生物碱合成关键基因的克隆 被引量：1
1
作者 孟衡玲 梁燕燕 +2 位作者 王丽姿 闻彩仙 薛春丽 《分子植物育种》 北大核心 2025年第13期4314-4319,共6页
为合理开发利用苍山贝母及其鉴定,本研究以苍山贝母鳞茎的DNA和cNDA为模板,克隆ITS序列及MCT(2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase,2-C-甲基-D-赤藻醇-4-磷酸胱氨酰转移酶)、DXS(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate ... 为合理开发利用苍山贝母及其鉴定,本研究以苍山贝母鳞茎的DNA和cNDA为模板,克隆ITS序列及MCT(2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase,2-C-甲基-D-赤藻醇-4-磷酸胱氨酰转移酶)、DXS(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶)、FPS(farnesyl pyrophosphate synthase,法尼基焦磷酸合酶成)3个基因的全长序列并进行生物信息分析。结果发现苍山贝母的ITS1和ITS2序列与川贝母的6种基源植物未聚为一个分支,说明苍山贝母与川贝母及其基源植物的亲缘关系相对较远。克隆到的MCT基因全长900 bp,编码299个氨基酸(GenBank登录号:MZ420557)。DXS基因序列包含了完整的开放阅读框2166 bp,编码721个氨基酸(GenBank登录号:MZ420559)。FPS基因包含1059 bp的ORF核苷酸序列,编码352个氨基酸(GenBank登录号:MZ420558)。本研究结果为苍山贝母的鉴定及探究生物碱合成机制与调控表达提供依据。 展开更多
关键词 苍山贝母 itS 生物碱 基因克隆 生物信息学分析
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艾种质ITS和matK遗传多样性及近缘种分析
2
作者 许兰杰 安素妨 +5 位作者 董薇 吴晓慧 谭政委 李春明 梁慧珍 余永亮 《种子》 北大核心 2025年第9期75-80,共6页
为探究艾(Artemisia argyi)的遗传多样性及其与近缘种艾蒿(Artemisia anomala)的遗传分化,基于16份艾种质和1份艾蒿的ITS和matK序列,利用Genious11.0和MEGA11.0等分析其序列特征、遗传距离及系统发育。结果表明,16份艾种质的ITS序列保... 为探究艾(Artemisia argyi)的遗传多样性及其与近缘种艾蒿(Artemisia anomala)的遗传分化,基于16份艾种质和1份艾蒿的ITS和matK序列,利用Genious11.0和MEGA11.0等分析其序列特征、遗传距离及系统发育。结果表明,16份艾种质的ITS序列保守长度为225 bp、GC含量为55.11%~59.44%,含3处碱基置换;matK长度为723~724 bp、GC含量为34.58%~34.85%,含2处碱基置换和1处碱基插入。将艾蒿的ITS和matK序列与16份艾种质进行比较分析,发现艾蒿的ITS长度为225 bp、GC含量为56.44%,具12处碱基置换;matK长度为760 bp、GC含量为34.56%,含2处碱基置换和2处碱基插入。16份艾种质ITS和matK遗传距离分别为0~0.014、0~0.003,其遗传距离较近;而艾蒿与16份艾种质的遗传距离分别为0.043~0.059、0~0.004,遗传距离相对较远。系统发育树分析表明,ITS序列将16份艾种质与艾蒿分为两大支系,而matK序列未能区分艾与艾蒿。研究表明,ITS序列因变异率和单倍型多样性更高,在分析种内遗传多样性及区分近缘种(如艾与艾蒿)时更为有效;而高度保守的matK序列对种内或种间分化的信息量较低,更适用于高阶系统发育重建。 展开更多
关键词 艾 itS MATK 遗传多样性
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基于DNA条形码ITS序列的杜鹃兰与山慈菇其他基原药材及混伪品分子鉴定 被引量：1
3
作者 张金玲 肖秋肖 +7 位作者 王倩 周思佳 龙亚丽 黄勇 郑林 巩仔鹏 金阳 李月婷 《中国中医药信息杂志》 2025年第6期142-146,共5页
目的利用DNA条形码ITS序列区分杜鹃兰、云南独蒜兰、独蒜兰及其混伪品山兰和丽江山慈菇,探讨杜鹃兰种质资源的遗传多样性。方法选取山慈菇3种基原药材杜鹃兰、云南独蒜兰、独蒜兰及其混伪品山兰和丽江山慈菇,采用改良CTAB法提取基因组D... 目的利用DNA条形码ITS序列区分杜鹃兰、云南独蒜兰、独蒜兰及其混伪品山兰和丽江山慈菇,探讨杜鹃兰种质资源的遗传多样性。方法选取山慈菇3种基原药材杜鹃兰、云南独蒜兰、独蒜兰及其混伪品山兰和丽江山慈菇,采用改良CTAB法提取基因组DNA,通过PCR技术对ITS序列进行扩增、测序及序列拼接操作。采用Kimura双参数(K2P)模型计算遗传距离,借助邻接法(NJ)构建系统发育树进行亲缘关系分析。结果丽江山慈菇BLAST检索未发现相应物种,其余样品的BLAST比对结果均高于95%,系统发育树显示杜鹃兰与云南独蒜兰、独蒜兰分别聚为一支,且与其混伪品分别聚为一支。结论利用DNA条形码ITS序列能够准确区分杜鹃兰、云南独蒜兰、独蒜兰及其混伪品山兰和丽江山慈菇。 展开更多
关键词 杜鹃兰 山慈菇 itS序列 DNA条形码 分子鉴定
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基于ISSR和ITS分子标记的海南砂仁种质资源遗传多样性评价 被引量：1
4
作者 罗凡 瞿云苹 +3 位作者 陈振夏 杨涛 范宇光 潘坤 《核农学报》 北大核心 2025年第5期886-896,I0001,共12页
为了对海南砂仁资源进行保护和管理,利用简单序列重复区间(ISSR)和核糖体RNA基因转录间隔区(ITS)技术,使用NTSYS、POPGENE、BioEdit和Clustalx等软件,分析了12个海南砂仁地理居群,共118份种质材料的遗传多样性和遗传分化程度。结果发现,... 为了对海南砂仁资源进行保护和管理,利用简单序列重复区间(ISSR)和核糖体RNA基因转录间隔区(ITS)技术,使用NTSYS、POPGENE、BioEdit和Clustalx等软件,分析了12个海南砂仁地理居群,共118份种质材料的遗传多样性和遗传分化程度。结果发现,ISSR引物筛选共获得25条多态性较高的引物,扩增获得132个位点,其中多态性位点93个,多态性比率达70.45%。通过对观测到的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、居群内Nei’s基因多样性(H)、Shannon多样性信息指数(I)和基因流(Nm)统计,其平均值分别为1.164、1.103、0.059、0.087和0.271。基于海南砂ITS序列比对信息,检测出了11个单倍型,但在不同的居群中这些单倍型的分布不均匀,多个居群中仅检测出一种单倍型。上述结果表明,居群内的遗传多样性较低,不同地理居群的海南砂基因交流较少、遗传分化明显,居群间的遗传变异是其总遗传多样性的来源,由于居群间基因交流匮乏,已经导致海南砂居群内出现近交衰退。本研究可为海南砂种质资源的保护、利用和可持续开发提供科学依据。 展开更多
关键词 海南砂仁 遗传多样性 遗传分化 ISSR itS 单倍型
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陕西省榆林地区鸡异刺线虫的流行情况调查及其核糖体ITS区、线粒体cox1基因的序列分析 被引量：1
5
作者 郑星星 李中波 尹会方 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期84-92,101,共10页
为了解陕西省榆林地区鸡异刺线虫的流行情况及其核糖体ITS区、线粒体cox1基因序列进化特征,试验于2022年4—10月份采集榆林市榆阳区、横山区、佳县、米脂县、靖边县、定边县和神木县7个区(县)养鸡场的新鲜鸡粪样本536份(笼养鸡和放养鸡... 为了解陕西省榆林地区鸡异刺线虫的流行情况及其核糖体ITS区、线粒体cox1基因序列进化特征,试验于2022年4—10月份采集榆林市榆阳区、横山区、佳县、米脂县、靖边县、定边县和神木县7个区(县)养鸡场的新鲜鸡粪样本536份(笼养鸡和放养鸡粪便各268份),采用饱和盐水漂浮法富集虫卵,并通过形态学检测鸡异刺线虫虫卵,统计不同区(县)笼养鸡和放养鸡粪便鸡异刺线虫阳性样本数量和阳性率;每个区(县)随机挑选出5只粪检呈鸡异刺线虫阳性的放养鸡(编号为YLHG1~YLHG35),取盲肠内容物提取基因组DNA后对鸡异刺线虫核糖体ITS区、线粒体cox1基因进行PCR扩增与测序,分析核糖体ITS区、线粒体cox1基因序列的碱基组成与遗传差异性,并分别基于鸡异刺线虫核糖体ITS区、线粒体cox1基因构建系统发育树以分析榆林地区鸡异刺线虫的系统发育关系。结果表明:检测到的鸡异刺线虫虫卵外观整体呈淡灰褐色、长椭圆形、轮廓清晰,卵壳光滑且分为明显的内外两层,内含单个尚未分裂的胚细胞;536份新鲜鸡粪样本中共有300份样本检出鸡异刺线虫虫卵,总阳性率为55.97%。其中55份来自笼养鸡,阳性率为20.52%;245份来自放养鸡,阳性率为91.42%。榆林市7个区(县)鸡异刺线虫总阳性率由高到低依次为靖边县(64.10%)、定边县(63.41%)、神木县(57.89%)、佳县(55.81%)、米脂县(51.14%)、横山区(50.0%)、榆阳区(46.77%),笼养鸡阳性率由高到低依次为定边县(31.71%)、靖边县(30.77%)、神木县(23.68%)、佳县(18.60%)、米脂县(15.91%)、榆阳区(9.68%)、横山区(9.38%),放养鸡阳性率由高到低依次为靖边县(97.44%)、定边县(95.12%)、佳县(93.02%)、神木县(92.10%)、横山区(90.62%)、米脂县(86.36%)、榆阳区(83.87%)。PCR扩增出鸡异刺线虫的核糖体ITS区、线粒体cox1基因大小分别为969 bp和1325 bp。鸡异刺线虫核糖体ITS区基因序列碱基A、T、G、C含量百分比分别为24.6%~25.3%、30.5%~31.5%、24.6%~25.8%和18.6%~19.1%,其中A+T的含量为55.1%~56.8%,G+C的含量为43.2%~44.9%,呈现明显的AT偏好性;鸡异刺线虫线粒体cox1基因序列碱基A、T、G、C含量分别为23.4%~23.5%、42.9%~43.3%、21.2%~21.4%和11.9%~12.4%,其中A+T的含量为66.3%~66.8%,G+C的含量为33.1%~33.8%,呈现明显的AT偏好性。鸡异刺线虫核糖体ITS区基因序列种内差异为0~3.8%,种间差异为20.4%~31.0%;线粒体cox1基因序列种内差异为0~0.9%,种间差异为8.6%~14.6%。基于鸡异刺线虫核糖体ITS区基因构建的系统发育树分为3个分支(分支Ⅰ~Ⅲ)。分支Ⅰ由达荷美异刺线虫(JX845277)、泡状异刺线虫(LC389877)和等矛异刺线虫(KM212953)共同聚类而成;分支Ⅱ由贝拉异刺线虫(LC592733)与印度异刺线虫(LC592806)共同聚类而成;分支Ⅲ由本研究获得的35株鸡异刺线虫(YLHG1~YLHG35)与鸡异刺线虫虫株MPM(LC777441)、HJL10F(LC592784)、HHL19F(LC592776)共同聚类而成,其中鸡异刺线虫虫株YLHG1、MPM(LC777441)、YLHG32~YLHG35聚类成第1个小分支,虫株YLHG30与YLHG31聚类成第2个小分支,其余鸡异刺线虫虫株聚类成第3个小分支。基于鸡异刺线虫线粒体cox1基因构建的系统发育树分为2个分支(分支Ⅰ、Ⅱ)。分支Ⅰ由贝拉异刺线虫(KU529972)、印度异刺线虫(LC592869)与异形异刺线虫(MK024389)共同聚类而成,分支Ⅱ由本研究获得的35株鸡异刺线虫(YLHG1~YLHG35)与鸡异刺线虫虫株YA1(KP308308)、XC1(KP308317)、MY1(KP308325)共同聚类而成。说明陕西省榆林地区鸡群感染鸡异刺线虫情况较为普遍,且7个区(县)鸡群感染的虫株之间存在一定程度的遗传差异性。 展开更多
关键词 鸡异刺线虫 核糖体itS区基因 线粒体cox1基因 序列特征 基因变异 遗传多样性 系统发育关系
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基于ITS序列和HPLC指纹图谱法结合重金属元素定量评价忍冬茶藨子叶状层菌的质量 被引量：1
6
作者 孙颖 张龙霏 +4 位作者 邱荣英 张欣 熊乐文 张贵民 张永清 《中草药》 北大核心 2025年第13期4789-4798,共10页
目的基于ITS序列进行分子鉴定,采用指纹图谱、重金属元素定量与化学计量法相结合的方法,评价不同产地忍冬茶藨子叶状层菌Phylloporia lonicerae的质量,为其进一步开发利用提供依据。方法分别提取采自4个不同产地的忍冬茶藨子叶状层菌的... 目的基于ITS序列进行分子鉴定,采用指纹图谱、重金属元素定量与化学计量法相结合的方法,评价不同产地忍冬茶藨子叶状层菌Phylloporia lonicerae的质量,为其进一步开发利用提供依据。方法分别提取采自4个不同产地的忍冬茶藨子叶状层菌的基因组DNA,扩增ITS序列后测序,并构建系统发育树;采用HPLC法,流动相为0.1%冰乙酸-乙腈进行梯度洗脱,柱温30℃,体积流量0.8 mL/min,检测波长280 nm,对12批忍冬茶藨子叶状层菌建立指纹图谱及铜、砷、镉、汞、铅5种重金属元素含量测定,运用聚类分析(hierarchical cluster analysis,HCA)、主成分分析(principal component analysis,PCA)和正交偏最小二乘法-判别分析(orthogonal partial least squares-discriminant analysis,OPLS-DA)对忍冬茶藨子叶状层菌进行化学计量分析。结果构建了基于ITS序列的系统发育树,12批忍冬茶藨子叶状层菌属于同一个种;建立了12批忍冬茶藨子叶状层菌的指纹图谱,相似度为0.829~0.992,共标定15个共有峰,指认了5个成分,ICP-MS测定结果表明不同产地忍冬茶藨子叶状层菌中重金属元素含量存在明显差异;HCA分析12批忍冬茶藨子叶状层菌明显分为2类;PCA得到4个主成分的累积方差贡献率为86.751%;OPLS-DA表明铜、砷可作为忍冬茶藨子叶状层菌的特征元素。忍冬茶藨子叶状层菌中共有峰2、3和13(原儿茶醛)可能是影响药材质量的差异标志物。结论建立的忍冬茶藨子叶状层菌HPLC指纹图谱及5个重金属元素含量测定方法的专属性强,且准确、可靠,结合化学计量法可用于忍冬茶藨子叶状层菌的药材鉴别和质量控制。 展开更多
关键词 忍冬茶藨子叶状层菌 itS序列 指纹图谱 重金属元素 化学计量法 质量评价 鸟苷 尿苷 腺苷 原儿茶酸 原儿茶醛
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基于ITS片段和cpDNA片段的具鳞水柏枝谱系地理学分析
7
作者 汪明金 刘浩宇 +4 位作者 袁伟博 余黎明 左文明 刘力宽 李锦萍 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2025年第1期152-167,共16页
【目的】研究具鳞水柏枝的遗传多样性、遗传结构和谱系地理分布格局,为具鳞水柏枝品种改良、种质资源保护和合理利用奠定理论基础。【方法】利用ITS序列和叶绿体DNA片段(基因rps16和基因间隔区pet A-psb J、psb E-pet L)对具鳞水柏枝54... 【目的】研究具鳞水柏枝的遗传多样性、遗传结构和谱系地理分布格局,为具鳞水柏枝品种改良、种质资源保护和合理利用奠定理论基础。【方法】利用ITS序列和叶绿体DNA片段(基因rps16和基因间隔区pet A-psb J、psb E-pet L)对具鳞水柏枝54个居群共278个个体进行谱系地理学研究,分析其遗传多样性。【结果】基于cpDNA联合片段和ITS片段分别发现具鳞水柏枝的41个单倍型和33个基因型,遗传多样性较高,总遗传多样性远高于居群内遗传多样性。变异主要发生于居群间(ITS,54.75%;cpDNA,60.53%),具有较高的遗传分化程度(ITS:F_(ST)=0.54745,P<0.001。cpDNA:F_(ST)=0.60525,P<0.001)和中等的基因流(ITS:N_(m)=0.410。cpDNA:N_(m)=0.326)。存在较为显著的谱系地理结构(ITS:N_(ST)=0.624>G_(ST)=0.438,P<0.05。cpDNA:N_(ST)=0.458>G_(ST)=0.424,P<0.05)。Mantel检验显示,其遗传距离与地理距离呈显著正相关(ITS:r=0.341,P=0.001。cpDNA:r=0.209,P=0.001),说明地理隔离是其遗传分化的重要因素。【结论】具鳞水柏枝群体整体发展平稳,近期未经历较明显的扩张或收缩,处于动态平衡状态,推测巴颜喀拉山西南部和阿尼玛卿山南部为其主要冰期避难所。生态位模拟结果显示,自末次间冰期以来其适生区范围无较大程度变化,一定程度验证了群体历史动态分析结果。 展开更多
关键词 具鳞水柏枝 谱系地理学 itS序列 CPDNA 遗传多样性
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基于ITS和cpDNA片段探讨国兰DNA条形码鉴定和聚类分析
8
作者 沈宝明 刘丽娜 +2 位作者 申爱荣 谭云 谭著明 《分子植物育种》 北大核心 2025年第10期3398-3409,共12页
国兰具有重要的观赏价值和经济价值。其品种依靠形态特征鉴别的方法,易受花期、培养条件等诸多因素干扰。分子鉴定技术可弥补形态特征识别的不足。为筛选适合鉴定国兰品种的DNA条形码,本研究采用核基因ITS序列以及psbA-trnH、matK、trnL... 国兰具有重要的观赏价值和经济价值。其品种依靠形态特征鉴别的方法,易受花期、培养条件等诸多因素干扰。分子鉴定技术可弥补形态特征识别的不足。为筛选适合鉴定国兰品种的DNA条形码,本研究采用核基因ITS序列以及psbA-trnH、matK、trnL-trnF、rbcL和trnS-trnG等5条叶绿体基因组片段组合,对春兰[Cymbidium goeringii(Rchb.f.)Rchb.F.]、建兰[Cymbidium ensifolium(L.)Sw.]以及蕙兰(Cymbidium faberi Rolfe)等3种国兰32个不同品种进行鉴别和聚类分析。结果表明:ITS序列可作为国兰种水平区分的重要条形码,但无法单独区分所有供试国兰种类;叶绿体DNA中的matK和psbA-trnH基因片段用于种水平以下分类单元鉴定有较好效果,但rbcL片断鉴定的效果较差;以上6条序列组合成的条形码在一定程度上可区分春兰和建兰所有供试品种及蕙兰部分品种,但分支自展支持率低,即各品种间遗传距离较小。这表明国兰种下不同品种间遗传背景高度相似,依靠ITS序列和供试的5个叶绿体基因片段组合作为条形码难以区分国兰种下分类单元。因此,基于DNA条形码技术建立国兰种下多品种鉴定体系需要全面解析各品种全基因组序列。 展开更多
关键词 国兰 DNA条形码 叶绿体DNA itS序列 聚类分析
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基于COX1和ITS-2基因的市售猫犬的肝吸虫感染调查分析
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作者 黄玉碧 蒋智华 +4 位作者 唐雯茜 韦尧宝 吕国丽 胡莉萍 方钟燎 《医学动物防制》 2025年第8期778-783,共6页
目的探索广西壮族自治区市售猫犬感染的肝吸虫虫种及其遗传进化特征,进一步了解广西壮族自治区肝吸虫分子流行情况,为肝吸虫病的防控提供科学依据。方法2022年12月至2024年1月从广西壮族自治区不同方位收集猫、犬的肝脏,收集肝吸虫成虫... 目的探索广西壮族自治区市售猫犬感染的肝吸虫虫种及其遗传进化特征,进一步了解广西壮族自治区肝吸虫分子流行情况,为肝吸虫病的防控提供科学依据。方法2022年12月至2024年1月从广西壮族自治区不同方位收集猫、犬的肝脏,收集肝吸虫成虫样本,提取成虫DNA,PCR扩增COX1基因和ITS-2基因并测序。采用BioEdit测序结果进行分析,与GenBanK数据库基因比对,采用最大似然法构建基于COX1和ITS-2基因序列的系统进化树。结果不同县市共收集44份狗肝样本,55份猫肝样本,狗肝未发现肝吸虫感染,猫肝肝吸虫成虫感染率为23.6%。COX1和ITS-2基因的PCR扩增产物长度分别约为328bp和366bp。基于COX1和ITS-2基因序列构建系统进化树,结果显示,这些序列均与华支睾吸虫聚为一支,基于COX1基因序列构建的进化树显示,其与越南、广西壮族自治区、广东省分离株的亲缘关系较近,基于ITS-2基因序列构建的进化树与越南分离株和广西壮族自治区南宁市分离株亲缘关系较近。结论广西壮族自治区猫间所流行的肝吸虫虫种为华支睾吸虫,在人群华支睾吸虫感染率低的地区也有华支睾吸虫感染,其基因序列主要与越南分离株亲缘关系较近。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 保虫宿主 PCR COX1基因 itS-2基因 调查 分析
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黄鳝胃瘤线虫ITS序列的多态性研究
10
作者 杨日华 田焕福 +3 位作者 邹林森 王松柏 李德亮 刘伟 《寄生虫与医学昆虫学报》 2025年第1期60-64,共5页
目的通过对黄鳝胃瘤线虫rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的多态性研究,进而开展对黄鳝体内胃瘤线虫的分子生物学鉴定以及为胃瘤线虫与其他线虫的种间遗传关系提供一定的参考数据。方法对从5条黄鳝体内采集到的5株胃... 目的通过对黄鳝胃瘤线虫rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的多态性研究,进而开展对黄鳝体内胃瘤线虫的分子生物学鉴定以及为胃瘤线虫与其他线虫的种间遗传关系提供一定的参考数据。方法对从5条黄鳝体内采集到的5株胃瘤线虫进行形态学鉴定,然后提取虫体DNA后通过PCR体外扩增技术对虫株核糖体ITS序列进行扩增、测序及分析,使用虫体ITS基因序列结合GenBank中其他线虫的ITS基因序列构建胃瘤线虫种系发育进化树。结果5株黄鳝胃瘤线虫分离株的ITS基因序列长度为933 bp,分离株之间的遗传差异性为0.00%~0.90%,同其他科属线虫基因遗传差异性为15.5%~18.20%,并保持有一定距离。结论黄鳝体内胃瘤线虫的ITS基因序列可以作为分子生物学遗传标记,支持胃瘤线虫的分子生物学鉴定,为今后胃瘤线虫疾病防控以及遗传鉴定奠定基础。 展开更多
关键词 黄鳝 胃瘤线虫 itS基因 种系发育关系
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椴属ITS序列特征及在物种鉴定中的应用
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作者 蔡人岳 邹奕巧 +4 位作者 邱文敏 尤誉杰 方芳 周瑾 孙曦 《福建林业科技》 2025年第2期109-113,共5页
通过核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析,旨在探究椴属物种的序列特征,并应用于天台山“菩提”王树物种鉴定。选取南京椴(Tilia miqueliana)样本,采用CTAB法提取DNA,并通过PCR扩增及测序获得ITS序列;利用DNAStar软件进行序列校对和拼接... 通过核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列分析,旨在探究椴属物种的序列特征,并应用于天台山“菩提”王树物种鉴定。选取南京椴(Tilia miqueliana)样本,采用CTAB法提取DNA,并通过PCR扩增及测序获得ITS序列;利用DNAStar软件进行序列校对和拼接,并通过MEGA-X软件构建系统发育树,分析南京椴及其近缘种之间的亲缘关系。结果表明,浙江省台州市天台县“菩提”王树的ITS序列与椴属其它物种具有显著差异,证实其为南京椴。此外,通过NCBI-BLAST对比分析,发现南京椴与其它椴属物种的ITS序列相似度在95.81%~97.97%之间,揭示了它们之间的亲缘关系。研究结果不仅为椴属系统分类提供了新的见解,也为理解佛教文化在不同地理环境下的适应和演变提供了重要线索。 展开更多
关键词 椴属 itS序列 物种鉴定 亲缘关系 系统发育分析
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基于ITS序列的16个茯苓菌株遗传多样性分析
12
作者 廖靖 张荣澳 +3 位作者 江天远 温家敏 李林峰 程飞 《食药用菌》 2025年第2期113-117,共5页
为明确我国不同栽培区域间茯苓(Wolfiporia hoelen)菌株的遗传关系,以16个茯苓菌株为试验材料,利用ITS基因序列分析技术进行遗传多样性分析,采用真菌通用引物ITS1和ITS4对提取的DNA进行PCR扩增,对测序获得的序列使用Clustal W和MEGA11.... 为明确我国不同栽培区域间茯苓(Wolfiporia hoelen)菌株的遗传关系,以16个茯苓菌株为试验材料,利用ITS基因序列分析技术进行遗传多样性分析,采用真菌通用引物ITS1和ITS4对提取的DNA进行PCR扩增,对测序获得的序列使用Clustal W和MEGA11.0软件进行比对和分析,构建系统发育进化树和遗传距离表。研究结果表明:16个菌株的ITS序列长度为1023~1239 bp,GC碱基含量在58.51%~59.82%之间,遗传距离范围在0.010~0.045,可大致分为6个类群,来自非洲的种源茯苓FL21(编号16)单独为一簇,且区域间的遗传距离大于区域内的遗传距离。本研究揭示了不同地域的茯苓菌株在进化过程中存在差异,但总体上显示出极小的遗传分化,这在一定程度上说明我国现有的茯苓种质资源具有相对狭窄的遗传背景。 展开更多
关键词 茯苓 亲缘关系 itS序列
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黑背胡狼源蜱的分子鉴定及pcox1、pnad5和ITS-1基因的遗传多样性分析
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作者 刘晓恒 戴伶 +7 位作者 王洪亮 杨辉 刘增再 谭笑若 陆试全 阳朝伟 邱启官 刘伟 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第8期31-36,共6页
为鉴定黑背胡狼源蜱的种类并分析其遗传多样性,本试验于长沙市生态动物园黑背胡狼体表采集6只蜱虫,并对其线粒体部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1)、部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5)和核糖体内源转录间隔区1(ITS-1)基因... 为鉴定黑背胡狼源蜱的种类并分析其遗传多样性,本试验于长沙市生态动物园黑背胡狼体表采集6只蜱虫,并对其线粒体部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1)、部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5)和核糖体内源转录间隔区1(ITS-1)基因进行PCR扩增并测序,利用生物信息学软件分析基因序列的同源性、单倍型多样性、核苷酸多样性并构建系统进化树。结果显示,6只黑背胡狼源蜱pcox1、pnad5和ITS-1基因长度分别为780、510和1500 bp,与GenBank数据库上传的基因序列进行比对后显示基因序列同源性分别为99.9%~100%、99.4%~100%和98.2%~100%,分别检测到2、3和4个单倍型,单倍型多样性分别为0.333±0.046、0.733±0.024和0.800±0.02963,核苷酸多样性分别为0.00043±0.0000003、0.001±0.0000017和0.00778±0.0000038。系统发育树结果显示,6只黑背胡狼源蜱与已知的长角血蜱聚类形成同一分支,与其他血蜱属蜱位于同一大分支,与其他硬蜱属蜱,例如波斯锐缘蜱、特突钝缘蜱距离较远。结果表明,6只黑背胡狼源蜱为长角血蜱,pcox1、pnad5和ITS-1基因均可作为长角血蜱鉴定的遗传分子标记。本试验对黑背胡狼源蜱进行分子鉴定并分析其遗传进化关系,为长角血蜱的分类鉴定以及黑背胡狼蜱病的防治提供参考。 展开更多
关键词 长角血蜱 黑背胡狼 部分细胞色素c氧化酶亚基1(pcox1) 部分还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷脱氢酶亚基5(pnad5) 核糖体内源转录间隔区1(itS-1) 分子鉴定 遗传多样性
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基于nrDNA ITS序列分析狗枣猕猴桃遗传多样性
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作者 张跃新 李红莉 +4 位作者 逄宏扬 孙强 王澎 孙向辉 谢遵国 《分子植物育种》 北大核心 2025年第14期4744-4751,共8页
为探究黑龙江地区野生狗枣猕猴桃(Actinidia kolomikta)遗传多样性,本研究通过nrDNA ITS基因序列比对分析,对黑龙江地区分布的18份野生狗枣猕猴桃样品进行遗传多样性研究,结果表明:(1)18份狗枣猕猴桃nrDNA ITS序列共有661个保守位点和1... 为探究黑龙江地区野生狗枣猕猴桃(Actinidia kolomikta)遗传多样性,本研究通过nrDNA ITS基因序列比对分析,对黑龙江地区分布的18份野生狗枣猕猴桃样品进行遗传多样性研究,结果表明:(1)18份狗枣猕猴桃nrDNA ITS序列共有661个保守位点和16个变异位点,ITS1序列的变异位点多于ITS2的变异位点,5.8S序列无变异位点。(2)18份样本遗传距离在0~0.014之间,总体平均遗传距离为0.004。(3)系统发育分析表明,18份样本采集地与系统发育分支存在一定的相关性,如双鸭山的样本和鸡西的样本与其他15份样本遗传距离较远,牡丹江地区的7份样本中,6份样本聚为一大支;但也存在地理位置较远的伊春3份样本、佳木斯的1份样本以及对照组KR819509.1都聚类在一支中,说明部分地区的狗枣猕猴桃虽然地理位置较远,但在分子水平上没有太大的变异。 展开更多
关键词 黑龙江地区 狗枣猕猴桃(Actinidia kolomikta) nrDNAitS序列 遗传多样性
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丹顶鹤感染前殖吸虫的种类鉴定及其ITS序列分析
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作者 曹禹 李烨 +4 位作者 金振华 王丽坤 高忠燕 张显光 江波涛 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 北大核心 2025年第1期97-102,共6页
目的鉴定丹顶鹤感染前殖吸虫的种类并分析其核糖体DNA内转录间隔区(ITS)。方法从黑龙江省扎龙自然保护区丹顶鹤的泄殖腔采集前殖吸虫,PCR扩增前殖吸虫ITS序列并测序,测序结果在NCBI进行BLAST比对。采用基因重复序列计算器查找重复序列,M... 目的鉴定丹顶鹤感染前殖吸虫的种类并分析其核糖体DNA内转录间隔区(ITS)。方法从黑龙江省扎龙自然保护区丹顶鹤的泄殖腔采集前殖吸虫,PCR扩增前殖吸虫ITS序列并测序,测序结果在NCBI进行BLAST比对。采用基因重复序列计算器查找重复序列,MegAlign软件进行序列相似性分析,MEGA 7.0、Clustal X和Paup软件进行序列对齐,采用最大简约法构建系统进化树。结果在丹顶鹤体内共采集到5条前殖吸虫,PCR扩增共获得5条ITS序列,其中3条长1240 bp(GenBank登录号:PQ634967,PQ634968,PQ634969),与楔形前殖吸虫(Prosthogonimus cuneatus)(GenBank登录号:OQ344776)的序列相似性为98.2%,鉴定为楔形前殖吸虫;2条长为1183 bp(GenBank登录号:PP956934,PP956935),与透明前殖吸虫(P.pellucidus)(GenBank登录号:KP192732)的序列相似性为97.7%,鉴定为透明前殖吸虫。楔形前殖吸虫和透明前殖吸虫的5.8S和ITS2无重复序列,ITS1则分别有16、17个重复序列。系统进化树结果显示,本研究中的楔形前殖吸虫先与寄生于乌鸫、绿头鸭的楔形前殖吸虫(捷克)聚为一个小分支,再与本研究中的透明前殖吸虫聚为一个分支。结论扎龙自然保护区丹顶鹤体感染的前殖吸虫为楔形前殖吸虫和透明前殖吸虫,其ITS1分别有16、17个重复序列。楔形前殖吸虫和透明前殖吸虫与来自捷克的楔形前殖吸虫的亲缘关系较近。 展开更多
关键词 楔形前殖吸虫 透明前殖吸虫 内转录间隔区序列 丹顶鹤
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广西苦瓜白粉病菌优势生理小种鉴定及ITS序列分析 被引量：2
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作者 冯诚诚 陈小凤 +5 位作者 黄熊娟 琚茜茜 黄玉辉 梁家作 刘杏连 黄如葵 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期96-104,共9页
【目的】明确广西苦瓜主产区白粉病病原菌种类和生理小种,为苦瓜白粉病防治及抗病育种提供科学依据。【方法】2016—2021年,在广西南宁、柳州、桂林、北海、玉林、贺州、崇左和贵港8个苦瓜产区采集并分离白粉病病原菌246份,通过显微镜... 【目的】明确广西苦瓜主产区白粉病病原菌种类和生理小种,为苦瓜白粉病防治及抗病育种提供科学依据。【方法】2016—2021年,在广西南宁、柳州、桂林、北海、玉林、贺州、崇左和贵港8个苦瓜产区采集并分离白粉病病原菌246份,通过显微镜观察分生孢子形态及ITS序列分析构建系统进化树明确苦瓜白粉病菌种类,并采用国际通用的13个甜瓜白粉病菌生理小种鉴别寄主和鉴别标准体系对白粉病菌的生理小种进行鉴定;通过调查白粉病菌优势生理小种在广西苦瓜栽培品种桂农科6号、清脆277、翠华和海加仕183上的危害程度和致病力分析,明确广西苦瓜主产区白粉病菌种类及生理小种的分化。【结果】通过形态学与分子生物学相结合的方法确定广西苦瓜白粉病病原菌为单囊壳白粉菌(Sphaerotheca fuliginea),存在小种1和2F两个生理小种,其中,2016—2021年生理小种1的平均分离频率为95.72%,是广西苦瓜白粉病菌的优势小种,生理小种2F仅在贵港苦瓜种植基地发现,平均分离频率为4.29%。苦瓜白粉病菌优势小种致病力测定结果显示,4个广西苦瓜栽培品种的病情指数逐年增加,生理小种1致病力强度呈上升趋势,田间病害发生较严重。【结论】导致广西苦瓜白粉病的病原菌为单囊壳白粉菌,存在小种1和2F两个生理小种,其中生理小种1为广西苦瓜白粉病菌优势小种。广西苦瓜白粉病菌菌株的遗传进化与地域有一定关系,但差异不明显。 展开更多
关键词 苦瓜 白粉病 单囊壳白粉菌 生理小种 itS序列分析 广西
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苏皖产大戟属药用植物rDNA的ITS序列分析 被引量：22
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作者 蒋继宏 孟娜 +2 位作者 曹小迎 周守标 戴传超 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期900-902,共3页
目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据.方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNA ITS区碱基序列进行测定.结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255～262 bp,I... 目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据.方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNA ITS区碱基序列进行测定.结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255～262 bp,ITS2的长度范围为214～236 bp.运用Mega2软件进行的系统分析得到大戟属内6种植物的系统进化树.这一分析结果与来自形态学的研究结果相吻合.结论此法可用于大戟属植物种间及真伪品鉴别. 展开更多
关键词 药用植物 itS序列分析 rDNAitS区 大戟属植物 DNA分子 PCR技术 系统进化树 植物鉴定 碱基序列 itS1 itS2 系统分析 分析结果 伪品鉴别 长度 形态学
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北京再发黑热病利什曼原虫K26基因和ITS-1序列的多态性分析 被引量：1
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作者 孙玉兰 王小梅 +2 位作者 吴文婷 张代涛 何战英 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2024年第1期1-5,52,共6页
目的了解北京市再发黑热病病例的病原分子遗传背景。方法使用PCR方法分别扩增其亲水性酰化表面蛋白B(K26)和核糖体DNA内转录间隔区Ⅰ(ITS-1),然后克隆测序,分析其多态性,构建系统发育树以确定患者感染原虫的虫种类型及其遗传关系。结果... 目的了解北京市再发黑热病病例的病原分子遗传背景。方法使用PCR方法分别扩增其亲水性酰化表面蛋白B(K26)和核糖体DNA内转录间隔区Ⅰ(ITS-1),然后克隆测序,分析其多态性,构建系统发育树以确定患者感染原虫的虫种类型及其遗传关系。结果K26基因扩增出626 bp大小片段,其长度与国内流行株差异明显,其氨基酸序列由14个氨基酸的基序重复排列组成,但个别位置发生氨基酸替代。K26序列的系统进化树分析显示,北京病例虫株与法国和西班牙的婴儿利什曼原虫相近,但与国内新疆、四川、河北等地的婴儿利什曼原虫虫株距离较远;ITS-1序列扩增出314 bp大小的片段,其系统发育分析显示与婴儿利什曼原虫Leishmania infantum属于同一分支。结论该病例感染的为婴儿利什曼原虫L.infantum,且与国内其他流行区的虫株有一定差异。 展开更多
关键词 黑热病 婴儿利什曼原虫 多态性 K26 itS-1 北京
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巴戟天与常见混伪品的rDNA-ITS序列分析及其分子鉴定 被引量：39
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作者 丁平 方琴 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期908-911,共4页
目的比较巴戟天与常见混伪品之间的rDNA-ITS碱基序列的差异及其规律,同时为巴戟天及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记.方法对巴戟天及其常见混伪品的rDNA-ITS进行了PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果测... 目的比较巴戟天与常见混伪品之间的rDNA-ITS碱基序列的差异及其规律,同时为巴戟天及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记.方法对巴戟天及其常见混伪品的rDNA-ITS进行了PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果测定了巴戟天及其混伪品的rDNA-ITS区序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列.巴戟天与假巴戟天、羊角藤在ITS1和ITS2区的差异性分别为2.9%～5.8%和2.9%～4.2%,而与虎刺在ITS1和ITS2区的差异性则为21.2%和18.9%.根据ITS序列特征构建的系统树,混伪品假巴戟天与羊角藤首先聚类,然后与巴戟天聚在一起,而虎刺则单独聚为一支.结论rDNA-ITS序列可作为巴戟天与混伪品的一种较好的分子指纹图谱的标记方法. 展开更多
关键词 rDNA-itS序列 巴戟天 混伪品 分子鉴定 分析及 itS2区 指纹图谱鉴别 itS区序列 itS1 PCR扩增 碱基序列 分子标记 序列分析 全长序列 序列特征 标记方法 差异性 羊角藤 18S 系统树 虎刺
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基于ITS和ITS2序列的药用石斛DNA条形码鉴定研究 被引量：10
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作者 张高曼 赵立佳 +1 位作者 刘光富 王正亮 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期575-587,共13页
目的探讨内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)片段作为DNA条形码鉴别我国41种药用石斛种类的可行性。方法通过PCR扩增测序结合GenBank公共序列筛选分别获得我国41种药... 目的探讨内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)片段作为DNA条形码鉴别我国41种药用石斛种类的可行性。方法通过PCR扩增测序结合GenBank公共序列筛选分别获得我国41种药用石斛的核基因ITS和ITS2序列433条和410条,以Kimura-2-parameter(K2P)模型计算种间和种内遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,并对ITS2二级结构进行预测分析。结果基于遗传距离和NJ树分析结果均显示,ITS和ITS2作为DNA条形码可分别有效区分待测的30和31种药用石斛,物种鉴定效率分别为73.2%和75.6%。联合系统发育树和ITS2序列二级结构分析,药用石斛种类的鉴定效率可提升至87.8%。结论ITS2作为DNA条形码对药用石斛的物种分辨率优于ITS,物种取样数量可显著影响DNA条形码对药用石斛的物种鉴定效率。结果丰富了我国石斛属植物的DNA条形码数据库,为保障药用石斛种质资源和药用安全提供了科学基础和技术支撑。 展开更多
关键词 石斛药材 石斛属 DNA条形码 itS itS2 物种鉴定
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