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普通油茶IQD基因家族鉴定及果形候选基因挖掘
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作者 赵松子 马莉燕 赵攀 《四川林业科技》 2025年第3期1-11,共11页
IQD基因家族编码一类植物特有的钙调素结合蛋白,其部分家族成员对果实形状具有重要影响,对该家族的研究有助于油茶(Camellia oleifera)的果形改善与产量提高。基于基因组、转录组及单细胞转录组数据,对油茶IQD基因进行鉴定及蛋白理化性... IQD基因家族编码一类植物特有的钙调素结合蛋白,其部分家族成员对果实形状具有重要影响,对该家族的研究有助于油茶(Camellia oleifera)的果形改善与产量提高。基于基因组、转录组及单细胞转录组数据,对油茶IQD基因进行鉴定及蛋白理化性质与系统发育分析,并对基因在不同组织及成熟子房不同细胞亚群的表达情况进行分析。油茶基因组中含有48个CoIQD基因;系统进化树分析表明,CoIQD可以分为4个亚家族、9个分支,分布在I-1及II-3分支的CoIQD参与油茶果形调控的可能性最高,II-1与IV-2分支次之。基因表达分析表明,I-1分支CoIQD45/-47、II-3分支的CoIQD7/-14、II-1分支的CoIQD27等5个基因在成熟子房及果皮均有表达,是油茶的果形候选基因,CoIQD7/-14/-47等3个基因可能是参与油茶子房高度调控的关键候选基因。 展开更多
关键词 普通油茶 iqd 果实形状 子房 基因表达
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植物钙调素结合蛋白IQD的研究概况 被引量:6
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作者 尹倩倩 李明 +5 位作者 丁博 彭凌霄 张欣 宋晓培 牛浩 谢晓东 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期3224-3231,共8页
Ca^(2+)信号通路是调节植物生长和响应环境约束必不可少的。钙调素和钙调素样类蛋白质(Ca M/CML)是植物中主要的Ca^(2+)传感器,调控下游众多具有调控特性的靶蛋白的生化活动。IQD(IQ67-domain containing protein)基因家族蛋白质构成了... Ca^(2+)信号通路是调节植物生长和响应环境约束必不可少的。钙调素和钙调素样类蛋白质(Ca M/CML)是植物中主要的Ca^(2+)传感器,调控下游众多具有调控特性的靶蛋白的生化活动。IQD(IQ67-domain containing protein)基因家族蛋白质构成了一大类植物特有的CAM/CML结合靶蛋白,其特征是具有67个氨基酸构成的IQ67保守结构域,即IQ67结构域,其共享了以串联方式排列的多个不同的Ca M基序。对拟南芥和番茄基因的研究揭示了IQ蛋白的首要作用是与基础防御反应和植物生长发育有关。本研究总结了植物中IQD蛋白的结构、系统发育分析、亚细胞定位研究以及环境胁迫的应答等生物学功能研究进展,并由此展望了今后的研究进展。 展开更多
关键词 CA2+ 钙调素 iqd基因 结构 生物学功能
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茶树CsIQD基因家族的鉴定和表达模式分析 被引量:1
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作者 练珊珊 张宝会 +1 位作者 姚新转 吕立堂 《特产研究》 2021年第5期26-34,共9页
IQD蛋白家族是一类钙调素结合靶蛋白,在植物的生物防御和发育调节中都发挥着重要的作用。为探明茶树中CsIQD基因家族的基本特征,揭示CsIQD基因在茶树中的表达模式,本研究基于茶树基因组数据,利用生物信息学软件对茶树CsIQD家族成员的基... IQD蛋白家族是一类钙调素结合靶蛋白,在植物的生物防御和发育调节中都发挥着重要的作用。为探明茶树中CsIQD基因家族的基本特征,揭示CsIQD基因在茶树中的表达模式,本研究基于茶树基因组数据,利用生物信息学软件对茶树CsIQD家族成员的基因结构、进化关系、保守域及染色体定位等进行分析,并通过Xia等的茶树转录组数据明确了CsIQD在茶树不同组织部位以及PEG诱导的干旱和盐胁迫下的基因表达情况。结果表明,从茶树基因组中共鉴定到38个CsIQD基因,它们在不同的染色体上不均匀地分布排列,按其亲缘关系可分为Ⅳ个蛋白簇,相同亚家族的基因结构和保守结构域相似;分析CsIQD基因在茶树不同组织和胁迫下的表达模式发现,CsIQD基因在芽和嫩叶中有较高的表达,部分基因在花和茎中也有较高表达,在PEG诱导的干旱和盐胁迫下,CsIQD间存在基因的表达差异,因此,CsIQD基因参与了茶树的整个生长过程,同时也是激发茶树非生物胁迫能力的重要调控因子。本研究初步解析了茶树CsIQD基因家族的基本特征和功能,为进一步研究茶树的生长发育调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 茶树 iqd基因家族 生物信息学分析
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结球甘蓝IQD基因家族全基因组鉴定与分析
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作者 王腾辉 葛雯冬 +3 位作者 范震宇 曹宇 张江 王玉书 《高师理科学刊》 2023年第5期71-77,共7页
IQ67-DOMAIN(IQD)蛋白家族是一类钙调素靶点互作蛋白,其特征是有67个保守氨基酸残基组成的特异性中心结构域,简称IQ67结构域,在各种生物和非生物胁迫中发挥重要作用,通过鉴定分析该家族的结构特征来预测其功能.利用生物信息学方法从甘... IQ67-DOMAIN(IQD)蛋白家族是一类钙调素靶点互作蛋白,其特征是有67个保守氨基酸残基组成的特异性中心结构域,简称IQ67结构域,在各种生物和非生物胁迫中发挥重要作用,通过鉴定分析该家族的结构特征来预测其功能.利用生物信息学方法从甘蓝基因组中鉴定结球甘蓝IQD基因,分析其保守结构域、基因结构、分子进化和转录组数据等信息.共鉴定出28个IQD基因,命名为Bo IQD1~BoIQD28,其不均匀地分布在9条染色体上.预测23个IQD蛋白亚细胞定位于细胞核中.系统发育树分析将结球甘蓝IQD蛋白分为4个类群(Ⅰ~Ⅳ),每个类群又可分为2个亚组.共线性分析表明,甘蓝和拟南芥之间有较高的同源性,大部分BoIQD基因在进化中受到纯化选择.转录组数据表明,Bo IQD基因具有组织表达特异性,大部分在叶片中的表达量最高;所有的Bo IQD蛋白都有一个共同的IQ域基序;21个BoIQD基因与拟南芥呈共线性关系. 展开更多
关键词 结球甘蓝 iqd基因家族 全基因组鉴定 转录组分析
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Calcium to the rescue: The calcium/calmodulin-binding protein IQD22 enhances fermentation capacity under hypoxia
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作者 Alessandro Siragusa Francesco Licausi 《Molecular Plant》 2026年第1期13-15,共3页
Flooding events pose an increasing threat to crop plants as climate change exacerbates their frequency and intensity.Submergence deprives plant tissues of oxygen(hypoxia),severely impairing cellular respiration and le... Flooding events pose an increasing threat to crop plants as climate change exacerbates their frequency and intensity.Submergence deprives plant tissues of oxygen(hypoxia),severely impairing cellular respiration and leading to energy shortages that limit the capacity to meet growth and developmental demands.This stress is further intensified by the co-occurrence of additional factors under submergence,including biotic and abiotic factors(Fukao et al.,2019).In such conditions,survival depends on the plants’ability to sense hypoxia and react with adaptive responses within minutes,before tissue damage is irreversible.All land plants share a conserved response to hypoxia,involving the induction of genes coding for glycolytic and fermentative enzymes to sustain ATP synthesis(Bui et al.,2019). 展开更多
关键词 crop plants CALCIUM calcium calmodulin binding protein cellular respiration energy shortages biotic abiotic factors fukao iqd flooding events
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林木基因组高杂合度对等位基因表达及功能的影响——以银腺杨84K中IQD基因家族为例
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作者 李书媛 易刚 +3 位作者 樊育彤 崔祺禛 李雨霏 饶国栋 《林业科学》 2026年第3期133-145,共13页
【目的】针对林木基因组高杂合度的典型特征,以银腺杨84K为例,从系统进化、蛋白结构、表达调控3个维度全面解析IQD(IQ67-domain)基因家族等位基因的分化模式,为理解林木复杂性状的遗传基础和等位基因间的协同互补提供新视角。【方法】统... 【目的】针对林木基因组高杂合度的典型特征,以银腺杨84K为例,从系统进化、蛋白结构、表达调控3个维度全面解析IQD(IQ67-domain)基因家族等位基因的分化模式,为理解林木复杂性状的遗传基础和等位基因间的协同互补提供新视角。【方法】统计PagIQD等位基因的序列杂合度,结合系统进化分析与染色体定位确定基因分布和进化关系。预测蛋白理化性质、跨膜结构和亚细胞定位,开展Motif特征分析、三维结构建模和钙调蛋白对接,比较等位基因蛋白特性差异。利用顺式作用元件分析与转录因子结合位点预测,结合表达量数据,解析等位基因特异性表达(ASE)的组织和胁迫响应模式,并评估其表达协同性。应用基因编辑靶点筛选评估等位基因特异性编辑效率。【结果】在系统发育上,PagIQDs成员数量出现轻度收缩,编码区、基因全长、蛋白质和启动子序列杂合度均值高于基因组整体水平(2.1%)。84K中部分IQD基因与参考银白杨基因组的位置对应并不完全一致,且等位基因对在系统发育树中呈现出6种不同的分支模式,提示这些等位基因可能来源于不同的祖先或古老多态性的保留。在蛋白特性上,部分等位基因在蛋白理化性质上表现出显著差异,尤其在稳定性和疏水性方面,个别等位基因在跨膜预测区域和亚细胞定位上也出现分歧。约14%的等位基因对在Motif数量或排列上呈现多样化,部分等位基因在二级结构比例和IQ67核心结构域空间构型上有所不同,可能影响其与钙调蛋白(CaM)的结合模式及结合能。在表达调控上,等位基因间顺式作用元件及转录因子结合位点存在明显差异,导致普遍的等位基因特异性表达:约88.5%的基因对在至少一个组织中表达存在偏倚,且具有显著组织特异性。胁迫条件下等位基因对在响应程度上存在差异甚至呈现相反的表达趋势,进一步对等位基因对的整体分析揭示出协同响应、表达缓冲和稳态维持3种表达互作模式。基因编辑靶点分析显示,等位基因间的序列差异会显著影响编辑策略的设计和效率。【结论】通过对IQD基因家族的深入解析,证明高杂合度基因组背景下等位基因在多维度的分化是一种普遍现象,提示在科学研究中需将等位基因视作具有潜在分化的功能单元,在高杂合林木功能解析、表达分析及基因编辑设计中同时考虑2个等位基因,这对精准解析林木性状遗传机制及指导遗传改良具有重要意义。 展开更多
关键词 高杂合基因组 iqd基因家族 等位基因特异性表达 功能分化 基因编辑
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The plant-specific protein IQD22 interacts with calcium sensors to activate anaerobic respiration during hypoxia in Arabidopsis
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作者 Shanshan Zhao Qin-Fang Chen +7 位作者 Li Chen Ying Zhou Ke Liao Fengzhu Wang Xue Zhang Moxian Chen Ruo-Han Xie Shi Xiao 《Molecular Plant》 2025年第8期1330-1350,共21页
Louis Pasteur first reported that living cells switch from aerobic to anaerobic metabolism under low-oxygen conditions,but the underlying regulatory mechanism remains to be fully elucidated.ALCOHOL DEHYDROGENASE 1(ADH... Louis Pasteur first reported that living cells switch from aerobic to anaerobic metabolism under low-oxygen conditions,but the underlying regulatory mechanism remains to be fully elucidated.ALCOHOL DEHYDROGENASE 1(ADH1)encodes a key enzyme in ethanolic fermentation and is upregulated under hypoxia.In this study,we searched for Arabidopsis thaliana mutants with defects in hypoxia-induced ADH1 expression and identified the IQ DOMAIN containing protein 22(IQD22)as a crucial regulator of ADH1-mediated hypoxia tolerance.The iqd22 mutant plants were hypersensitive to submergence and hypoxic stress as compared with the wild-type plants,whereas IQD22 overexpressors were more tolerant.We showed that under hypoxia,IQD22 enhances the interaction between the calcium-dependent protein kinase CPK12 and the ETHYLENE RESPONSE FACTOR(ERF)-VII-type transcription factor RELATED TO AP2.12(RAP2.12)to upregulate hypoxia-responsive genes,including ADH1.Moreover,we found that IQD22 interacts with calmodulins(CaMs)in vivo and facilitates their association with ADH1,stimulating its abundance in response to hypoxia.Metabolic profiling revealed that hypoxia causes significant increase in glycolytic metabolites but greatly lower ethanol accumulation in the iqd22-2 mutant.Genetic analysis showed that disruption of ADH1 suppresses the improved hypoxia-tolerance phenotype of IQD22 overexpressors.Taken together,these results indicate that IQD22 functions in the CaM-ADH1 and CPK12-RAP2.12 regulatory modules,which coordinately mediate calcium-dependent activation of anaerobic respiration to control metabolic flux during hypoxia. 展开更多
关键词 ADH1 anaerobic respiration calcium sensors hypoxia tolerance iqd22 metabolic reprogramming
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植物具IQ基序的钙调素结合蛋白的研究进展 被引量:19
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作者 田长恩 周玉萍 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期447-460,共14页
钙调素作为细胞内主要的Ca2+传感蛋白,通过与不同的钙调素结合蛋白的结合传递钙信号,调控细胞生理和生长发育过程。IQ基序(IQxxxRGxxxR,Pfam00612)是少数几个钙调素与钙调素结合蛋白结合的结构域之一。植物具IQ基序的钙调素结合蛋白包括... 钙调素作为细胞内主要的Ca2+传感蛋白,通过与不同的钙调素结合蛋白的结合传递钙信号,调控细胞生理和生长发育过程。IQ基序(IQxxxRGxxxR,Pfam00612)是少数几个钙调素与钙调素结合蛋白结合的结构域之一。植物具IQ基序的钙调素结合蛋白包括IQM、IQD、CAMTA、CNGC和myosin5个家族及少数其它蛋白。该文综述了植物具IQ基序的钙调素结合蛋白的类型、结构特点和功能等方面的研究进展,并对今后的研究进行了展望。 展开更多
关键词 IQ基序 钙调素结合蛋白 钙调素 植物 IQM iqd CAMTA CNGC MYOSIN
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IQ67 DOMAIN protein 21 is critical for indentation formation in pavement cell morphogenesis 被引量:1
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作者 Xinhua Feng Shujuan Pan +9 位作者 Haifu Tu Junjie Huang Chuanlei Xiao Xin Shen Lei You Xinyan Zhao Yongqiang Chen Danyun Xu Xiaolu Qu Honghong Hu 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2023年第3期721-738,共18页
In plants, cortical microtubules anchor to the plasma membrane in arrays and play important roles in cell shape. However, the molecular mechanism of microtubule binding proteins, which connect the plasma membrane and ... In plants, cortical microtubules anchor to the plasma membrane in arrays and play important roles in cell shape. However, the molecular mechanism of microtubule binding proteins, which connect the plasma membrane and cortical microtubules in cell morphology remains largely unknown. Here, we report that a plasma membrane and microtubule duallocalized IQ67 domain protein, IQD21, is critical for cotyledon pavement cell(PC) morphogenesis in Arabidopsis. iqd21 mutation caused increased indentation width, decreased lobe length, and similar lobe number of PCs, whereas IQD21 overexpression had a different effect on cotyledon PC shape. Weak overexpression led to increased lobe number, decreased indentation width, and similar lobe length, while moderate or great overexpression resulted in decreased lobe number, indentation width, and lobe length of PCs. Live-cell observations revealed that IQD21 accumulation at indentation regions correlates with lobe initiation and outgrowth during PC development. Cell biological and genetic approaches revealed that IQD21 promotes transfacial microtubules anchoring to the plasma membrane via its polybasic sites and bundling at the indentation regions in both periclinal and anticlinal walls. IQD21 controls cortical microtubule organization mainly through promoting Katanin 1-mediated microtubule severing during PC interdigitation. These findings provide the genetic evidence that transfacial microtubule arrays play a determinant role in lobe formation, and the insight into the molecular mechanism of IQD21 in transfacial microtubule organization at indentations and puzzle-shaped PC development. 展开更多
关键词 iqd21 KTN1 lobe outgrowth pavement cell interdigitation transfacial microtubules
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