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长牡蛎(Crassostrea gigas)中ChIP-seq方法的建立 被引量：1
1
作者 展望 王文 施威扬 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1557-1563,共7页
染色质免疫共沉淀技术(Ch IP)作为研究DNA结合蛋白与DNA相互作用最有力的工具,越来越受到重视。但目前该技术在牡蛎等贝类中的应用尚未见相关报道。为了研究长牡蛎早期胚胎发育过程中表观遗传信息的变化模式,本文在长牡蛎胚胎中探索并... 染色质免疫共沉淀技术(Ch IP)作为研究DNA结合蛋白与DNA相互作用最有力的工具,越来越受到重视。但目前该技术在牡蛎等贝类中的应用尚未见相关报道。为了研究长牡蛎早期胚胎发育过程中表观遗传信息的变化模式,本文在长牡蛎胚胎中探索并建立了一套完整的染色质免疫共沉淀方法,构建了高质量的高通量测序文库,首次获得了牡蛎全基因组水平的组蛋白H3K4me3修饰分布,从而为研究牡蛎的表观遗传调控奠定了基础。 展开更多
关键词 长牡蛎(Crassostrea gigas) CHip-seq 高通量测序 组蛋白修饰
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基于乳腺癌ChIP-seq数据的p53抑癌机制研究 被引量：2
2
作者 王立山 祝鹏飞 +3 位作者 祁福娟 曹鑫恺 孔艳 臧卫东 《生物信息学》 2014年第4期257-262,共6页
采用生物信息学方法分析野生型p53乳腺癌MCF7细胞的Ch IP-seq(染色质免疫共沉淀-测序)数据,以揭示p53的抑癌分子机制。从NCBI下载的编号为GSE47041的Ch IP-seq数据来源于三组试验,分别为:未经处理的乳腺癌MCF7细胞对照(NS_input),Nutlin... 采用生物信息学方法分析野生型p53乳腺癌MCF7细胞的Ch IP-seq(染色质免疫共沉淀-测序)数据,以揭示p53的抑癌分子机制。从NCBI下载的编号为GSE47041的Ch IP-seq数据来源于三组试验,分别为:未经处理的乳腺癌MCF7细胞对照(NS_input),Nutlin-3a(一种MDM2拮抗剂)处理的MCF7细胞对照(S_input)和Nutlin-3a刺激MCF7细胞后加入p53抗体的实验组(S_p53)。Ch IP获得的DNA数据的测序平台为Illumina Hi Seq 2000。利用Bowtie参照人基因组hg19进行序列比对;利用MACS进行峰信号检测,并利用自定义软件筛选p53可能的靶基因;利用DAVID在线工具对靶基因进行通路富集分析;最后利用STRING构建蛋白互作网络。研究共得到50个p53的靶基因,其中8个靶基因(CDKN1A、BBC3、BAX、DDB2、MDM2、CCNG1、XPC和PCNA)分别富集到p53信号转导通路和核苷酸切除修复通路两个通路上。在得到的由19个靶基因构成的蛋白质相互作用网络中,连通度最高的前5个基因分别是PCNA、MDM2、REV3L、CDKN1A和BAX。研究中采用的分析Ch IP-seq数据的方法能有效揭示野生型p53乳腺癌MCF7细胞中Nutlin-3a激活的p53的抑癌分子机制。 展开更多
关键词 野生型p53乳腺癌MCF7细胞 P53 CH ip-seq数据 通路富集分析 蛋白互作网络
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RNA中6-甲基腺嘌呤的研究进展 被引量：11
3
作者 李语丽 于军 宋述慧 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1340-1351,共12页
RNA酶促共价修饰研究,尤其是m6A(6-甲基腺嘌呤),是RNA生物学研究的一个新兴领域。m6A是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种转录后修饰形式,由包含3个独立组分的复合物mRNA:m6A甲基转移酶催化生成。最新研究发现肥胖相关蛋白FTO可以脱掉... RNA酶促共价修饰研究,尤其是m6A(6-甲基腺嘌呤),是RNA生物学研究的一个新兴领域。m6A是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种转录后修饰形式,由包含3个独立组分的复合物mRNA:m6A甲基转移酶催化生成。最新研究发现肥胖相关蛋白FTO可以脱掉m6A上的甲基,表明该甲基化过程是可逆的。抑制或敲除m6A甲基转移酶会引起重要的表型变化,但是由于过去的检测方法受限,m6A确切的作用机制目前为止还不甚清楚。二代测序技术结合免疫沉淀方法为大规模检测m6A修饰并研究其作用机制提供了可能。文章主要综述了m6A的发现史、生成机制、组织和基因组分布、检测方法、生物学功能等及其最新研究进展,并通过比较3种IP-seq技术和数据分析的异同及优缺点,对m6A这种RNA表观修饰研究中尚未解决的问题进行了讨论。 展开更多
关键词 RNA修饰 6-甲基腺嘌呤 ip-seq
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一种新的真核DNA表观遗传标记——6mA 被引量：4
4
作者 祁婧 涂艳阳 《转化医学电子杂志》 2018年第12期85-89,共5页
DNA中的m6A(6-甲基腺嘌呤)成为表观遗传学研究的一个新兴领域。m6A是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种转录后修饰形式。最新研究发现肥胖相关蛋白FTO可以脱掉m6A上的甲基,表明该甲基化过程是可逆的。抑制或敲除m6A甲基转移酶会引起... DNA中的m6A(6-甲基腺嘌呤)成为表观遗传学研究的一个新兴领域。m6A是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种转录后修饰形式。最新研究发现肥胖相关蛋白FTO可以脱掉m6A上的甲基,表明该甲基化过程是可逆的。抑制或敲除m6A甲基转移酶会引起重要的表型变化,但是由于过去的检测方法受限,m6A确切的作用机制目前为止还不甚清楚。二代测序技术结合免疫沉淀方法为大规模检测m6A修饰并研究其作用机制提供了可能。本文主要综述了m6A的相关机制、组织和基因组分布、生物学功能等及其最新研究进展。 展开更多
关键词 DNA修饰 6-甲基腺嘌呤 ip-seq
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基于TCP协议的网络数据实时篡改 被引量：4
5
作者 金瓯 施勇 薛质 《信息安全与通信保密》 2010年第4期74-77,共4页
首先对网络数据实时篡改作了定义,指出攻击者介入通信双方是实行实时篡改的前提,并提出了数种攻击者介入通信的方式。随后从基于"替换-转发"现有数据包的机制到赋予攻击者主动发包能力的模拟TCP协议栈方式,层层递进,不断提出... 首先对网络数据实时篡改作了定义,指出攻击者介入通信双方是实行实时篡改的前提,并提出了数种攻击者介入通信的方式。随后从基于"替换-转发"现有数据包的机制到赋予攻击者主动发包能力的模拟TCP协议栈方式,层层递进,不断提出各种方法,同时指出其局限性,并针对性地修正和完善了实时数据篡改的实现手段。该部分的末尾对先前提出的方法作出了总结。最后从不同的方面提出了对于数据实时篡改的防御措施。 展开更多
关键词 实时 篡改 TCP/IP协议 TCP序列号/确认号 替换-转发
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