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棉铃虫para同源基因III-IV接头DNA片段序列分析 被引量:1
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作者 芮昌辉 赵建周 《农药学学报》 CAS CSCD 1999年第2期31-35,共5页
利用反转录 PCR技术 ,用一对特异性寡核苷酸引物 ,分离获得棉铃虫 para同源基因 III- IV接头约30 0 bp DNA片段 ,发现在 Bao D- R和 Bao D- S品系间存在 4个核苷酸差异 ,但在推导的氨基酸组成上没有差别。对比分析表明 ,分离获得的棉铃... 利用反转录 PCR技术 ,用一对特异性寡核苷酸引物 ,分离获得棉铃虫 para同源基因 III- IV接头约30 0 bp DNA片段 ,发现在 Bao D- R和 Bao D- S品系间存在 4个核苷酸差异 ,但在推导的氨基酸组成上没有差别。对比分析表明 ,分离获得的棉铃虫 III- IV接头氨基酸组成与烟芽夜蛾 hscp片段同一区域有 98.1%的氨基酸相同 ,与德国蜚蠊 CSMA的氨基酸有 93.5%相同 ,与果蝇 para基因有 88. 展开更多
关键词 棉铃虫 拟除虫菊酯类农药 抗性基因点突变 para同源基因 Ⅲ-Ⅳ接头序列 反转录PCR 抗性机制
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连接肽在融合蛋白设计中的选择及应用 被引量:14
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作者 于健 Sarra Setrerrahmane 徐寒梅 《药物生物技术》 CAS 2016年第3期260-263,共4页
融合蛋白的设计中,经常需要用链接肽将不同功能的蛋白进行连接融合。连接肽的设计和选择对融合蛋白的表达、稳定性及功能活性至关重要。文章将常见的两种连接肽分为柔性(Flexibility)和刚性(Rigidity)进行比较说明。其中柔性连接... 融合蛋白的设计中,经常需要用链接肽将不同功能的蛋白进行连接融合。连接肽的设计和选择对融合蛋白的表达、稳定性及功能活性至关重要。文章将常见的两种连接肽分为柔性(Flexibility)和刚性(Rigidity)进行比较说明。其中柔性连接肽即成柔软线性的一类易弯折的氨基酸序列,常见为(GGGGS)。重复序列(n=3—4);刚性连接肽即成稳固螺旋结构的一类长度固定的氨基酸序列,常见为(EAAAK)。重复序列(n=2~5)。设计连接肽时应考虑长度、氨基酸成分、亲水性、构象、柔韧性及电荷等因素。连接肽中的氨基酸组成对柔性连接肽影响较大,而氨基酸排列影响着刚性连接肽的结构。文章结合近年来融合蛋白设计中两种最常用连接肽的相关报道进行阐述,为连接肽的研究提供参考。 展开更多
关键词 融合蛋白 重组蛋白 连接肽 接头序列 柔性连接肽 刚性连接肽
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侧翼序列克隆方法评价 被引量:19
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作者 洪登峰 万丽丽 杨光圣 《分子植物育种》 CAS CSCD 2006年第2期280-288,共9页
克隆已知序列的侧翼DNA区域是基因操作实验中经常面临的任务之一。自PCR技术发明以来,以其为基础克隆侧翼序列的方法不断开发,如反向PCR(inversePCR)、捕捉PCR(capturePCR)、VectorettePCR、抑制PCR(suppressionPCR)、T接头PCR(T-linker... 克隆已知序列的侧翼DNA区域是基因操作实验中经常面临的任务之一。自PCR技术发明以来,以其为基础克隆侧翼序列的方法不断开发,如反向PCR(inversePCR)、捕捉PCR(capturePCR)、VectorettePCR、抑制PCR(suppressionPCR)、T接头PCR(T-linkerPCR)、多功能接头PCR(versatilecassettePCR)、AluPCR、热不对称交错PCR(thermalasymmetricinterlacedPCR)和DNA步行—复性控制引物(DNAwalking-an-nealingcontrolprimerTM)等。本文对上述方法的原理进行了简要的概括和总结,据此将其归为三大策略,即连接成环PCR、外源接头介导PCR和半随机引物PCR。对不同的策略和同一策略中不同的方法的优缺点亦进行了比较,进而讨论和展望了它们的主要应用领域和潜力,以期对实际操作起到借鉴作用。 展开更多
关键词 侧翼序列 连接成环PCR 外源接头介导PCR 半随机引物PCR T接头PCR 热不对称交错PCR DNA步行-复性控制引物
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卷积神经网络在核小体定位识别中的应用 被引量:1
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作者 崔颖 施丹丹 +2 位作者 徐泽龙 张兆功 李建中 《哈尔滨工程大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第5期751-758,共8页
为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行... 为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价。结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4%、90.2%和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性。在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83%,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱。ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导。 展开更多
关键词 计算生物学 卷积神经网络 Z曲线理论 核小体 DNA序列 连接区
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基于接头序列“GSGGSG”的细粒棘球蚴病重组多表位疫苗EgG1Y162-2(4)的制备及鉴定 被引量:2
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作者 郑佳 张东军 +4 位作者 赵商岐 李艳敏 周彦霞 周文涛 周晓涛 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期378-382,416,共6页
目的对细粒棘球蚴病重组多表位疫苗Eg G1Y162-2(4)进行原核表达并初步鉴定。方法利用免疫信息学方法对基于接头序列“GSGGSG”的细粒棘球蚴病重组多表位疫苗Eg G1Y162-2(4)进行三维结构建模,分析其结构变化并评估该疫苗抗原性。通过Eco ... 目的对细粒棘球蚴病重组多表位疫苗Eg G1Y162-2(4)进行原核表达并初步鉴定。方法利用免疫信息学方法对基于接头序列“GSGGSG”的细粒棘球蚴病重组多表位疫苗Eg G1Y162-2(4)进行三维结构建模,分析其结构变化并评估该疫苗抗原性。通过Eco R I和SalⅠ双酶切构建p ET30a-EgG1Y162-2(4)重组质粒,将重组质粒转化入感受态细胞,利用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl-β-D-thiogalactoside,IPTG)诱导蛋白表达,Western blotting鉴定原核表达蛋白产物,并应用细粒棘球蚴病患者及健康人血清分析重组蛋白抗原性。结果构建的重组疫苗EgG1Y162-2(4)三维结构串联的4个Eg G1Y162-2蛋白均能独立、有效表达且具有良好抗原性。重组质粒pET30a-EgG1Y162-2(4)在0.2 mmol/L IPTG37℃诱导4 h条件下,上清中目的蛋白表达量最高,使用60 mmol/L咪唑洗脱的蛋白成分较纯。Western blotting分析发现,重组多表位蛋白HIS-EgG1Y162-2(4)在约39 k Da位置处出现条带,且该蛋白可被细粒棘球蚴病患者血清识别。结论成功构建了细粒棘球蚴重组疫苗EgG1Y162-2(4),为研究细粒棘球蚴病重组多表位疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴病 接头序列 多表位疫苗 EgG1Y162-2(4) 原核表达 鉴定
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用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状
6
作者 姜玉 谭连江 +3 位作者 殷燕 沈玉梅 龚兵 邵志峰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第1期58-66,共9页
DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标... DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标记的核苷酸,作为能够参与DNA链延伸的循环可逆终端。已有文献报道的可逆终端结构主要包括单位点修饰(MRT)和双位点修饰(DRT)两种类型。DRT类型可逆终端的最大优势是DNA聚合酶容易识别且合成路线简单,能够较好地应用于DNA合成测序。在此过程中可断裂连接单元将核苷酸和荧光素连接起来,它的性质直接决定了测序的效率、读长等关键指标。本文主要对目前用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状进行介绍,并对其发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 DNA合成测序 循环可逆终端 可断裂连接单元
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四色荧光标记二硫键可逆终端的合成及在DNA合成测序中的应用
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作者 汤道年 江敏 +6 位作者 李小卫 康亚妮 伍新燕 龚兵 邵志峰 赵小东 沈玉梅 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2346-2352,共7页
分别以5-碘-2'-脱氧尿苷、5-碘-2'-脱氧胞苷、7-去氮-7-碘-2'-脱氧腺苷及7-去氮-7-碘-2'-脱氧鸟苷为原料,以二硫键为可裂解连接单元,通过多步反应合成了四色荧光标记不同碱基的脱氧核糖核苷酸;研究了该类荧光标记核苷... 分别以5-碘-2'-脱氧尿苷、5-碘-2'-脱氧胞苷、7-去氮-7-碘-2'-脱氧腺苷及7-去氮-7-碘-2'-脱氧鸟苷为原料,以二硫键为可裂解连接单元,通过多步反应合成了四色荧光标记不同碱基的脱氧核糖核苷酸;研究了该类荧光标记核苷酸作为可逆终端在DNA合成测序中的应用.所得产物结构经1H NMR,31P NMR及HRMS表征,并对其进行了DNA高通量测序的测试.结果表明,该类荧光标记核苷酸作为DNA合成测序的可逆终端能够满足高通量测序的生化反应要求,具有较好的应用前景. 展开更多
关键词 DNA合成测序 可逆终端 可裂解连接单元 四色荧光标记
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一种基于改进Segal模型的核小体定位方法
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作者 黄星 王加俊 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2014年第1期141-145,共5页
核小体预测是目前遗传学研究的重要内容,但现有的预测算法大部分仅依据核小体的统计特性,定位准确性很受局限。另一方面,经研究发现,DNA连接序列作为两个核小体的连接纽带,存在一定的统计特性。基于此事实,本文对Segal模型做了改进,通... 核小体预测是目前遗传学研究的重要内容,但现有的预测算法大部分仅依据核小体的统计特性,定位准确性很受局限。另一方面,经研究发现,DNA连接序列作为两个核小体的连接纽带,存在一定的统计特性。基于此事实,本文对Segal模型做了改进,通过核小体和连接序列的二核苷酸位置频率建立了核小体和连接序列两组得分函数,并以其差值作为核小体的定位依据。利用该算法模型对酵母染色体中核小体进行定位预测,发现定位准确性得到明显提高。 展开更多
关键词 核小体定位 二核苷酸位置频率 连接DNA序列 核心DNA序列
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酵母核小体中心序列与连接序列的差异分析
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作者 尼玛达瓦 李宏 +2 位作者 周德良 郑燕 杨小希 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第2期168-176,共9页
基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对... 基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对数增序的方式排列模体,得到两类序列k-mer相对频率对数比的分布.结果显示模体长度越长两类序列的使用差异越明显,当k>7以后差异分布逐渐稳定.按照中心序列8-mer相对频率增序的方式排列模体,发现在相对频率小于0.5的区域,两类序列的8-mer使用差异显著.分别计算了7个抽样点附近中心序列偏好的8-mer和连接序列偏好的8-mer的G+C含量和二核苷含量.结果显示两类序列模体的G+C含量随着相对频率的增大而逐步减小,中心序列更加偏好GC和CG二核苷,而连接序列更加偏好GG二核苷和CC二核苷.这些主要的差异特征与实验分析结果一致. 展开更多
关键词 酵母基因组 核小体中心序列 核小体连接序列 k-mer相对使用频率 差异分析
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Preparation and Identification of scFv and bsFv against Transferrin Receptor
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作者 刘静 肖代雯 +7 位作者 周小鸥 文雪 代红 王志华 沈昕 代维 杨道锋 沈关心 《Journal of Huazhong University of Science and Technology(Medical Sciences)》 SCIE CAS 2008年第6期621-625,共5页
To obtain single chain variable fragment (scFv) and bivalent single chain variable fragment (bsFv) against transferrin receptor, up-stream and down-stream primers were designed according to the complementary seque... To obtain single chain variable fragment (scFv) and bivalent single chain variable fragment (bsFv) against transferrin receptor, up-stream and down-stream primers were designed according to the complementary sequences of FR1 region of variable heavy (VH) and FR4 of variable light (VL), respectively, which contained inter-linker G4S and the restriction endonuclease SfiI, AscI and NotI. Two pieces of scFv fragments were first amplified through PCR and then inserted into plasmid pAB1, which could express scFv protein once induced by IPTG in the host bacteria. To express scFv and bsFv, E. coli TG1 was cultured in LB broth and was induced by IPTG. The restriction enzyme digestion map and DNA sequencing demonstrated that scFv and bsFv genes were successfully inserted into the expression plasmid. SDS-PAGE and Western blotting revealed the protein band at 35kD and 60kD, which were consistent with the molecular weight of scFv and bsFv respectively. Flow cytometry showed that scFv and bsFv harbored the specific binding activity with TfR expressed in various tumor cells, and the avidity of bsFv was higher than that of the parent scFv. 展开更多
关键词 gene sequence G4S linker SCFV bsFv transferrin receptor
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基于机器学习的灵活链接肽位点预测方法研究
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作者 邢倩 巩嘉贝 《科学技术创新》 2023年第8期221-224,共4页
灵活链接肽是固有无序蛋白和固有无序片段所具有的重要分子功能之一。为了对灵活链接肽这一功能位点进行预测,提出了以序列保守性和溶剂可及性为特征的支持向量机算法进行训练和预测的方法。从蛋白质的一级序列出发,以序列上邻近残基的... 灵活链接肽是固有无序蛋白和固有无序片段所具有的重要分子功能之一。为了对灵活链接肽这一功能位点进行预测,提出了以序列保守性和溶剂可及性为特征的支持向量机算法进行训练和预测的方法。从蛋白质的一级序列出发,以序列上邻近残基的信息作为输入特征,采用支持向量机方法构建预测模型,来预测灵活链接肽的功能位点,预测精度AUC值达到0.7181。实验结果表明:蛋白质序列作为输入信息,结合支持向量机算法进行蛋白质灵活链接肽的功能位点预测是有效的。 展开更多
关键词 灵活链接肽 功能位点 序列保守性 支持向量机 预测
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