【目的】利用生物信息学方法对大豆‘天隆1号’Glycine max ‘Tianlong 1’ IGT基因家族进行全基因组鉴定,探究IGT基因家族在大豆中的潜在功能。【方法】通过对大豆‘天隆1号’IGT蛋白结构域进行BLASTP搜索,确定GmIGTs;以生物信息学方...【目的】利用生物信息学方法对大豆‘天隆1号’Glycine max ‘Tianlong 1’ IGT基因家族进行全基因组鉴定,探究IGT基因家族在大豆中的潜在功能。【方法】通过对大豆‘天隆1号’IGT蛋白结构域进行BLASTP搜索,确定GmIGTs;以生物信息学方法分析其进化关系、基因结构、保守基序、顺式作用元件、共线性关系,以及在不同组织部位表达模式。【结果】共鉴定出17个GmIGT基因,并根据其系统发育关系将其分为4个分支:TAC、IGT-like、DRO和LAZY。蛋白质保守基序分析发现:‘天隆1号’IGT蛋白均含有Motif2。染色体定位和共线性分析显示:GmIGT不均匀地定位在11条染色体上,并且片段复制可能在GmIGT基因的扩张中发挥了重要作用。顺式作用元件分析表明:GmIGT的表达可能与光响应、生理响应、植物激素响应和胁迫等相关。此外,实时荧光定量聚合酶链式反应分析表明:GmIGT基因具有明显的组织特异表达特点,GmIGT4在所有组织中表达量都相对较高,GmIGT4、GmIGT10与GmIGT17在茎与叶柄中高度表达。【结论】GmIGT基因可能在塑造大豆‘天隆1号’株型中发挥某些潜在作用,GmIGT4、GmIGT10与GmIGT17可能为该过程中的核心基因。展开更多
文摘【目的】利用生物信息学方法对大豆‘天隆1号’Glycine max ‘Tianlong 1’ IGT基因家族进行全基因组鉴定,探究IGT基因家族在大豆中的潜在功能。【方法】通过对大豆‘天隆1号’IGT蛋白结构域进行BLASTP搜索,确定GmIGTs;以生物信息学方法分析其进化关系、基因结构、保守基序、顺式作用元件、共线性关系,以及在不同组织部位表达模式。【结果】共鉴定出17个GmIGT基因,并根据其系统发育关系将其分为4个分支:TAC、IGT-like、DRO和LAZY。蛋白质保守基序分析发现:‘天隆1号’IGT蛋白均含有Motif2。染色体定位和共线性分析显示:GmIGT不均匀地定位在11条染色体上,并且片段复制可能在GmIGT基因的扩张中发挥了重要作用。顺式作用元件分析表明:GmIGT的表达可能与光响应、生理响应、植物激素响应和胁迫等相关。此外,实时荧光定量聚合酶链式反应分析表明:GmIGT基因具有明显的组织特异表达特点,GmIGT4在所有组织中表达量都相对较高,GmIGT4、GmIGT10与GmIGT17在茎与叶柄中高度表达。【结论】GmIGT基因可能在塑造大豆‘天隆1号’株型中发挥某些潜在作用,GmIGT4、GmIGT10与GmIGT17可能为该过程中的核心基因。
