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基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型 被引量:1
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作者 李绍智 梁维仁 +1 位作者 郭金友 郑家平 《浙江临床医学》 2022年第11期1585-1589,共5页
目目的探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物。方法收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达... 目目的探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物。方法收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达矩阵。对4,061个TME相关基因行Cox回归、Lasso回归等筛选TME相关关键基因并构建风险预测模型(TMEScore),在多个数据集中检验其预测性能。结果非负矩阵分解结果揭示HCC可以分成两个分子亚群。通过Lasso回归,两个关键的TME预后基因(CDCA8和CBX2)被过滤和筛选。基于这两个基因构建的风险模型能良好区分训练集、测试集、整个TCGA集和ICGC数据集中的患者预后。该TMEScore在亚组分析中也展现较好的预后价值。整合临床参数和TMEScore的列线图对预测患者的预后展现出良好的拟合性。TMEScore与免疫检查点、DNA复制、错配修复和上皮-间质转化相关基因呈正相关,且TMEScore与免疫细胞水平也明显相关。结论基于CDCA8和CBX2建立的TMEScore可以作为HCC的独立预后指标,且这两个基因可能是HCC治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 肝细胞癌 肿瘤微环境预后 癌症基因图谱 国际肿瘤基因组协作组
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铁代谢相关基因特征对肝细胞癌患者的影响及预后价值
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作者 张凤 王力 +3 位作者 曲家麟 姜曼 周娜 张晓春 《临床医学进展》 2021年第9期3969-3982,共14页
背景:铁是所有哺乳动物血红蛋白合成,DNA合成和能量代谢所必需的营养素。铁代谢涉及包括肝细胞癌(hepatocellular cancer, HCC)在内的多种类型的癌症。本研究的目的是确定基于铁代谢相关基因的预后模型,从而有效预测HCC患者的预后。方法... 背景:铁是所有哺乳动物血红蛋白合成,DNA合成和能量代谢所必需的营养素。铁代谢涉及包括肝细胞癌(hepatocellular cancer, HCC)在内的多种类型的癌症。本研究的目的是确定基于铁代谢相关基因的预后模型,从而有效预测HCC患者的预后。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库获得HCC患者的RNA微阵列和临床数据。我们通过一致性聚类分析确定了具有不同临床结果的HCC患者群,通过进行Cox回归分析筛选四种铁代谢相关基因(FLVCR1, FTL, HIF1A, HMOX1)的预后模型,利用国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium, ICGC)数据库验证了预后模型的有效性。同时,利用Oncomine数据库、Human Protein Atlas和Kaplan Meier-plotter检测FLVCR1、FTL、HIF1A、HMOX1的表达量。结果:TCGA队列和ICGC队列中低风险评分患者的预后均优于高风险评分患者。通过OS相关的ROC曲线,预后模型显示出比其他临床病理参数更好的预测HCC患者预后的性能。结论:基于铁代谢的生存模型可能是肝细胞癌患者的独立危险因素。 展开更多
关键词 铁代谢 预后模型 肝细胞癌 TCGA数据库 icgc数据库
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Immune prognostic implications of PSMD14 and its associated genes signatures in hepatocellular carcinoma 被引量:1
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作者 CHUAN TIAN MUBALAKE ABUDOUREYIMU +3 位作者 XINRONG LIN HAO ZHOU XIAOYUAN CHU RUI WANG 《BIOCELL》 SCIE 2021年第6期1527-1541,共15页
PSMD14 played a vital role in initiation and progression of hepatocellular carcinoma(HCC).However,PSMD14 and its-related genes for the immune prognostic implications of HCC patients have rarely been analyzed.Messenger... PSMD14 played a vital role in initiation and progression of hepatocellular carcinoma(HCC).However,PSMD14 and its-related genes for the immune prognostic implications of HCC patients have rarely been analyzed.Messenger RNA expression profiles and clinicopathological data were downloaded from The Cancer Genome Atlas(TCGA)and International Cancer Genome Consortium(ICGC)database-Liver Hepatocellular Carcinoma(LIHC).Additionally,we used multi-dimensional bioinformatics analysis to construct and validate a PSMD14-based immune prognostic signature(including RBM45,PSMD1,OLA1,CCT6A,LCAT and IVD)for HCC prognosis prediction.Patients in the high-risk group shown significantly poorer survival than patients in the low-risk group.Calibration curves confirmed the good consistency between the clinical nomogram prediction and the actual observation.Gene set enrichment analyses(GSEA)revealed several significantly enriched pathways,which might help explain the underlying mechanisms.Besides,the rt-PCR further validates the expression of seven immune genes in HCC cells.Our study identified a novel PSMD14-based signature for HCC prognosis prediction,it provided new potential prognostic biomarkers and therapeutic targets for immunotherapy of HCC. 展开更多
关键词 Hepatocellular carcinoma PSMD14 TCGA icgc PROGNOSIS Immune prognostic model
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