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SNP芯片数据系谱推断技术用于微量DNA检测研究
1
作者 杨澜 张科 +5 位作者 曾阔 李晶 钱倩 刘俊 刘京 李彩霞 《刑事技术》 2025年第4期349-356,共8页
法医SNP系谱推断技术可基于SNP芯片数据推断远亲缘关系。为明确基于SNP芯片数据的系谱推断技术对法医微量DNA的检测能力,本研究采用Illumina CGA芯片检测样本,基于DNA投入量、检出率、样本杂合度等指标对样本初步评估,使用IBS、IBD算法... 法医SNP系谱推断技术可基于SNP芯片数据推断远亲缘关系。为明确基于SNP芯片数据的系谱推断技术对法医微量DNA的检测能力,本研究采用Illumina CGA芯片检测样本,基于DNA投入量、检出率、样本杂合度等指标对样本初步评估,使用IBS、IBD算法进行系谱推断,通过与参考样本比较分型一致性,分析影响推断准确性的因素,确定该技术体系对不同投入量DNA的检测能力。最后通过数据分析的手段,基于信号比等指标筛选低质量数据中的准确SNP分型数据,以提升微量DNA检测数据的使用价值。研究结果发现当DNA投入量高于1.95 ng时,IBS算法推断1~5亲缘关系的平均置信区间准确率为94.33%,IBD可达91.96%;当DNA投入量为781~488 pg时,IBS算法对1~5亲缘关系平均置信区间准确率为23.11%,IBD算法为30.13%;当DNA投入量低于488 pg时,IBS、IBD两种算法均不能进行系谱推断。等位基因插入为影响系谱推断准确性的主要因素,当纯合子错误达到22.5%将使样本无法用于系谱推断。通过信号比筛选,去除信号比大于1.5的杂合子SNP位点,可提高低投入量样本的系谱推断能力。本研究基于Illumina CGA芯片真实家系数据,分析了样本投入量对系谱推断准确性的影响,通过信号比优化SNP数据,提高低投入量样本在系谱推断方面的应用价值。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 法医SNP系谱推断技术 亲缘关系 ibd算法 IBS算法
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应用自解卷积和增量Wiener滤波实现迭代盲图像复原 被引量：16
2
作者 温博 张启衡 张建林 《光学精密工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第12期3049-3055,共7页
提出了一种基于自解卷积和增量Wiener滤波的迭代盲图像复原算法(SDIWF-IBD)。将自解卷积点扩散函数估计法应用于迭代盲目反卷积,准确估计了点扩散函数频域;在图像估计时使用增量Wiener滤波,确保算法稳定收敛。为进一步控制算法收敛速度... 提出了一种基于自解卷积和增量Wiener滤波的迭代盲图像复原算法(SDIWF-IBD)。将自解卷积点扩散函数估计法应用于迭代盲目反卷积,准确估计了点扩散函数频域;在图像估计时使用增量Wiener滤波,确保算法稳定收敛。为进一步控制算法收敛速度,引入内迭代加速方法,有效减少了算法的外部迭代次数。实验结果表明,复原后图像细节明显增加且失真小,算法快速收敛于较小误差。该算法复原效果良好,收敛快速可控,有利于实时应用。 展开更多
关键词 迭代盲目反卷积 自解卷积 增量Wiener滤波 内迭代加速 算法收敛性
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图像盲复原问题的研究
3
作者 梁宏炜 《自动化与仪器仪表》 2014年第4期28-30,共3页
大气湍流、相对运动、散焦和噪声等诸多因素会导致获取的图像产生降质。图像盲复原的任务是在预定义的意义上改善退化模型未知的图像。本文深入分析图像的退化模型、噪声模型及复原算法后,基于迭代盲解卷积算法,对含高斯噪声的且由大气... 大气湍流、相对运动、散焦和噪声等诸多因素会导致获取的图像产生降质。图像盲复原的任务是在预定义的意义上改善退化模型未知的图像。本文深入分析图像的退化模型、噪声模型及复原算法后,基于迭代盲解卷积算法,对含高斯噪声的且由大气湍流或悬浮物散射造成的降质图像提出了一种复合的盲复原方法。同时分析了噪声抑制对改善病态性问题的影响。实验结果表明:该方法复原效果较迭代盲解卷积算法、MATLAB库函数deconvblind()方法更佳。 展开更多
关键词 图像盲复原 非局部均值算法 迭代盲解卷积
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基于高密度单核苷酸多态性的共祖远亲缘关系预测算法准确性研究 被引量：3
4
作者 刘京 李晶 +6 位作者 杨澜 管珊珊 魏以梁 赵雯婷 江丽 赵东 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CSCD 北大核心 2023年第12期2980-2990,共11页
目的研究构建基于共祖(identity-by-descent,IBD)片段算法预测远亲缘关系分析流程并评估预测准确性。方法采用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片对253份家系样本进行检测,研究基于IBD片段算法的分析流程进... 目的研究构建基于共祖(identity-by-descent,IBD)片段算法预测远亲缘关系分析流程并评估预测准确性。方法采用高密度单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片对253份家系样本进行检测,研究基于IBD片段算法的分析流程进行两两个体间亲缘关系预测,评估预测准确性。随机减少SNP位点,评估位点数对算法预测准确性的影响。结果IBD片段算法预测1~7级亲缘关系平均置信区间准确率为94.72%,预测可信度为99.77%,6级及以上亲缘关系预测时出现假阴性。随着SNP数量减少,预测准确性会出现一定程度的下降。结论IBD片段算法可用于7级以内亲缘关系的预测,该算法在群体遗传学、法医遗传学等领域有重要应用价值。 展开更多
关键词 共祖片段算法 法医系谱推断 远亲缘关系预测
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