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用于熟制食品中耐药基因检测的DNA制备技术
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作者 李娟 段佳丽 陈忠辉 《首都公共卫生》 2024年第6期323-329,共7页
目的改进细菌总DNA制备技术,用于熟制食品中抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的检测及进一步分析。方法经过清蒸、水煮、爆炒等三种传统中式烹饪加工后的蔬菜、肉、水产品等食品作为研究对象,针对样品的不同特性,通过... 目的改进细菌总DNA制备技术,用于熟制食品中抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)的检测及进一步分析。方法经过清蒸、水煮、爆炒等三种传统中式烹饪加工后的蔬菜、肉、水产品等食品作为研究对象,针对样品的不同特性,通过改善离心条件、提升DNA吸附和洗脱,以及优化DNA萃取缓冲液用量等方式,改良商业试剂盒中的具体步骤,不经细菌分离培养等过程,直接提取熟制食品细菌的总DNA。通过DNA纯度和浓度的测量,以及16S rRNA扩增、高通量测序、SmartChip高通量实时定量PCR(high-throughput quantitative real-time PCR,HT-qPCR)等分子生物学操作,以验证本研究改进的细菌总DNA制备技术能够用于后续ARGs分析。结果本文制备的DNA,OD_(260)/OD_(230)和OD_(260)/OD_(280)的值分别在2.00~2.13和1.70~2.00,浓度均在50 ng/μL以上。经分子生物学技术验证,本文提取的DNA能够确保后续PCR、HT-qPCR等方法用于ARGs的检测,以及细菌群落结构分析的顺利进行。结论本文对于细菌总DNA制备技术的改进,能够为后续熟制食品中ARGs的检测及进一步分析提供技术支持。 展开更多
关键词 熟制食品 细菌群落结构 ARGs DNA制备技术 ht-qpcr
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紫色土丘陵区畜禽养殖场土壤中抗生素抗性基因分布特征 被引量:21
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作者 程建华 唐翔宇 刘琛 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3257-3262,共6页
鉴于紫色土高垦殖丘陵区土壤中抗生素抗性基因的潜在生态环境风险,本研究采用高通量荧光定量PCR技术,分析了抗生素抗性基因在不同类型畜禽养殖场(养猪场、养鸡场和养牛场)土壤中的丰度和多样性.结果表明,3种养殖场土壤中共检出79种抗生... 鉴于紫色土高垦殖丘陵区土壤中抗生素抗性基因的潜在生态环境风险,本研究采用高通量荧光定量PCR技术,分析了抗生素抗性基因在不同类型畜禽养殖场(养猪场、养鸡场和养牛场)土壤中的丰度和多样性.结果表明,3种养殖场土壤中共检出79种抗生素抗性基因和5种可移动基因元件,其中多重耐药类基因是养殖场土壤中丰度最高的耐药基因.不同养殖场土壤中抗生素抗性基因的丰度和多样性均表现为养鸡场和养猪场样品高于养牛场土壤,且3种养殖场土壤样品中的抗性基因表现出不同的类别分布特征.养殖场土壤中较高的可移动基因元件丰度,及其与抗生素抗性基因丰度显著的相关性(P<0.05)说明,可移动基因元件可能促进了抗生素抗性基因在养殖场土壤中的迁移和扩散. 展开更多
关键词 紫色土 畜禽养殖场 抗生素抗性基因(ARGs) 可移动基因元件(MGEs) 高通量荧光定量PCR(ht-qpcr)
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高垦殖丘陵区不同类型农用地土壤中抗生素抗性基因分布特征 被引量:4
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作者 陈瑞 程建华 唐翔宇 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第12期6947-6954,共8页
为揭示高垦殖丘陵区不同类型农用地土壤中抗生素抗性基因分布特征,分析了抗生素抗性基因在菜地、果园和耕地土壤中的丰度和多样性.结果表明,所有土壤样品中共检出70种抗生素抗性基因和4种可移动基因元件,其中β-内酰胺类cphA-01抗性基... 为揭示高垦殖丘陵区不同类型农用地土壤中抗生素抗性基因分布特征,分析了抗生素抗性基因在菜地、果园和耕地土壤中的丰度和多样性.结果表明,所有土壤样品中共检出70种抗生素抗性基因和4种可移动基因元件,其中β-内酰胺类cphA-01抗性基因是农用地土壤中相对丰度最高的耐药基因.在菜地和果园土壤中,主要的抗性基因亚型为cphA-01和cmx(A),而耕地土壤以mexF和aacC基因为主.土壤中抗生素抗性基因的相对丰度和多样性均表现为:耕地<菜地<果园,这与不同农用地土壤的养分条件差异有关.类似地,土壤中可移动基因元件的相对丰度和多样性均以耕地土壤为最低,而其最高值分别出现在菜地和果园样品中.高垦殖丘陵区农用地土壤环境中可移动基因元件与抗生素抗性基因丰度呈显著正相关关系(P<0.05),表明基因水平迁移可能促进抗生素抗性基因在高垦殖丘陵区农用地土壤环境中扩散. 展开更多
关键词 高垦殖丘陵区 农用地 抗生素抗性基因(ARGs) 可移动基因元件(MGEs) 高通量荧光定量PCR(ht-qpcr)
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动物粪便施肥措施促进耐药基因在粪便-土壤-蔬菜之间的散播 被引量:3
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作者 张红娜 董梦洁 +3 位作者 周玉法 孙佳欣 常美洁 翟真真 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第4期2080-2088,共9页
耐药基因(antibiotic resistant gene,ARG)在动物粪肥施用的土壤中被越来越多地检出,已经引起了人们对公共安全的担忧,但目前关于动物粪便施肥对蔬菜内生菌中耐药基因的影响尚不清楚.因此,本研究利用高通量定量PCR技术,探讨鸡粪肥施用... 耐药基因(antibiotic resistant gene,ARG)在动物粪肥施用的土壤中被越来越多地检出,已经引起了人们对公共安全的担忧,但目前关于动物粪便施肥对蔬菜内生菌中耐药基因的影响尚不清楚.因此,本研究利用高通量定量PCR技术,探讨鸡粪肥施用对土壤、苦菊根和叶片中内生细菌菌群和耐药基因谱的影响.研究结果发现,鸡粪肥的施用不仅增加了土壤和苦菊根内生菌中ARG的数量,而且增加了土壤、苦菊根和叶片中内生菌的ARG丰度.相关性分析显示,土壤菌群和苦菊内生菌中ARG谱与细菌菌群组成密切相关,主要涉及变形杆菌纲、酸杆菌纲、放线菌纲和蓝藻细菌纲等细菌菌群.此外,苦菊内生菌与土壤菌群之间存在共有的ARG,表明土壤-苦菊之间存在耐药基因的内部传播.综上所述,鸡粪肥施用会通过粪便-土壤-植物路径增加蔬菜内生菌中ARG的多样性和丰度. 展开更多
关键词 鸡粪肥施用 苦菊 内生菌 菌群结构 耐药基因(ARG) 高通量定量PCR(ht-qpcr)
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德兴铜矿区抗生素抗性基因污染特征及其驱动因子 被引量:3
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作者 韩柳 楼倩 +3 位作者 乔敏 刘梦婷 钟家有 丁惠君 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第2期1089-1096,共8页
环境抗生素抗性基因(ARGs)污染作为一类新型污染物受到广泛关注.本研究采用高通量荧光定量PCR(HT-qPCR)技术,研究了江西省德兴铜矿矿区周边7个采样点ARGs和可移动遗传元件(MGEs)的种类、丰度和影响因素.结果表明,德兴铜矿区具有多样的AR... 环境抗生素抗性基因(ARGs)污染作为一类新型污染物受到广泛关注.本研究采用高通量荧光定量PCR(HT-qPCR)技术,研究了江西省德兴铜矿矿区周边7个采样点ARGs和可移动遗传元件(MGEs)的种类、丰度和影响因素.结果表明,德兴铜矿区具有多样的ARGs,个别点位ARGs最大检出数达70种.在相对丰度水平上,个别点位ARGs相对丰度达到0.085.ARGs与MGEs相对丰度呈显著正相关(P<0.05),TnpA04和Inti1是德兴铜矿最主要的MEGs,推测水平基因转移是采样区环境ARGs传播的重要机制.Pearson相关性分析和RDA分析结果表明,重金属Cu含量与ARGs检出种类和丰度均呈显著正相关关系(P<0.05),提示德兴铜矿区Cu的高含量存在可能是该区域ARGs形成的重要驱动因子. 展开更多
关键词 德兴铜矿 重金属 抗生素抗性基因(ARGs) 驱动因子 高通量荧光定量PCR(ht-qpcr)
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Wnt10a在甲乳癌及桥本合并甲乳癌中的差异表达(英文) 被引量:1
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作者 陈培杰 赵世华 +3 位作者 候旭 王颜刚 车奎 刘璐 《现代生物医学进展》 CAS 2015年第19期3628-3632,共5页
目的:探讨无翅型MMTV整合位点家族成员10a(Wnt10a)在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)和桥本合并甲状腺乳头癌(Hashimoto's thyroiditis associated with papillary thyroid carcinoma)中的表达及其临床意义。方法... 目的:探讨无翅型MMTV整合位点家族成员10a(Wnt10a)在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)和桥本合并甲状腺乳头癌(Hashimoto's thyroiditis associated with papillary thyroid carcinoma)中的表达及其临床意义。方法:采用q RT-PCR方法检测Wnt10a m RNA在41例新鲜甲状腺组织(PTC组织18例,HT合并PTC组织12例,结节性甲状腺肿组织11例)中的表达;用免疫组化SP法检测Wnt10a蛋白在50例甲状腺石蜡标本(PTC组织20例,HT合并PTC组织20例,结节性甲状腺肿组织10例)中的表达。结果:1 RT-PCR Wnt10a m RNA在甲状腺癌组织中的表达明显高于其在良性甲状腺肿瘤组织中的表达(P<0.01),差异有显著性;Wnt10a m RNA在PTC、HT合并PTC组织中的阳性表达强度分别为2.49×10-5(0.68×10-5,15.28×10-5),1.26×10-5(0.97×10-5,13.73×10-5);P<0.05,差异具有显著性。Wnt10a m RNA在PTC、HT合并PTC组织中的表达分别是结节性甲状腺肿组织的9.98、2.69倍。2SP法:Wnt10a在甲状腺癌组织中的表达明显高于其在良性甲状腺肿瘤组织中的表达。Wnt10a m RNA和蛋白在甲状腺癌组织中的表达与肿瘤大小、临床分期、淋巴结转移等临床因素无明显关系(P>0.05),只与甲状腺癌组织的病理分型相关,(P<0.05)。结论:Wnt10a在甲状腺乳头状癌和桥本合并甲状腺乳头癌中呈现高表达,且有差异性,有望作为甲状腺癌的病理分型的参考指标,有助于甲状腺癌的早期诊断及病理分型的判定,使患者得到及时有效治疗。 展开更多
关键词 Wnt10a 甲状腺乳头状癌 桥本氏甲状腺炎合并甲状腺乳头癌 RT-QPCR 免疫组化
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