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HSF4基因在肝细胞癌中表达的生物信息学分析及体外细胞功能学实验验证
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作者 梁伦慧 陶顺华 +2 位作者 刘磊 黄军 朱湘南 《江西医药》 2025年第7期589-594,共6页
目的 利用生物信息学技术分析筛选得到差异表达基因热休克转录因子4(HSF4),并对其进行体外细胞功能学实验验证,探讨其在肝癌发生发展中的作用。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝癌组织与癌旁组织的转录组学数据,经过滤、标准化... 目的 利用生物信息学技术分析筛选得到差异表达基因热休克转录因子4(HSF4),并对其进行体外细胞功能学实验验证,探讨其在肝癌发生发展中的作用。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝癌组织与癌旁组织的转录组学数据,经过滤、标准化及质控后,筛选得到符合标准的差异基因。实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)检测HSF4基因在SK-HEP-1、Hep3B及Huh-7三种肝癌细胞系中的表达丰度。采用慢病毒介导的小干扰RNA(siRNA)技术构建HSF4基因敲减的Huh-7肝癌细胞,通过荧光显微镜观察细胞感染效率,RT-qPCR检测HSF4基因敲减的效率,蛋白质免疫印迹试验(WB)检测靶点降低HSF4内源蛋白水平表达。通过Celigo细胞计数实验、克隆形成实验、噻唑蓝(MTT)法和细胞凋亡实验来观察HSF4基因敲减对肝癌细胞增殖和凋亡的影响。结果 通过生物信息学技术分析筛选最终得到肝癌关键基因HSF4,RT-qPCR检测到HSF4在Huh-7肝癌细胞系中表达丰度最高,荧光显微镜下观察结果显示,细胞感染效率达80.0%以上,RT-qPCR检测结果显示,HSF4基因敲减效率达50.8%。WB结果显示,HSF4基因敲减后,蛋白表达水平明显下调。相对于阴性对照Huh-7肝癌细胞来说,HSF4基因敲减的Huh-7肝癌细胞的增殖明显受到抑制,细胞凋亡数增多。结论 HSF4基因在肝癌细胞中的表达水平明显上调,敲减HSF4基因可以显著降低细胞的增殖能力和促进细胞凋亡,HSF4基因可能是在肝癌发病过程中起重要作用的致病因子和新的治疗靶点。 展开更多
关键词 肝癌 热休克转录因子4 生物信息学分析 增殖 凋亡
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转录因子HSF4的生物信息学分析 被引量:2
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作者 马汝海 钟连声 +4 位作者 王天骄 潘忠诚 赵雨杰 王绍成 何群 《生命科学研究》 CAS CSCD 2016年第6期475-479,共5页
热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育及多... 热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育及多种生理病理过程。现对9个物种的HSF4蛋白序列进行了多序列对比、进化痕迹分析和蛋白质特定功能区域分析,发现两个保守区域:一个是75-119保守区域,其部分位于文献报道的HSF家族的DNA结合区域,该区域呈现锤子状颈环结构,中部富含亲水氨基酸,提示该颈环结构有嵌入DNA结构内部解开其双链结构起转录调控的作用;另一保守区域在176-230,呈现卷曲螺旋(coil)结构,可能跟HSF4与DNA识别、结合、固定功能相关。对HSF4的生物信息学分析可以为其功能研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 热休克转录因子4(hsf4) 生物信息学分析 保守区域 转录调控
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肝癌SMMC-7721细胞系HSF4调控的靶基因图谱分析 被引量:1
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作者 马汝海 王天骄 +2 位作者 潘忠诚 赵雨杰 何群 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第3期201-207,共7页
热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育多种生理... 热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是热休克转录因子HSF家族成员,近年发现HSF4除发挥调控热休克蛋白(heat shock protein,HSP)表达的功能外,亦直接或间接调节许多非热休克基因的表达,参与细胞生长发育多种生理病理过程。现通过染色质免疫共沉淀联合测序(chromatin immunoprecipitation sequencing,ChIP-Seq)方法对HSF4潜在的靶基因进行检测,并用GO(gene ontology)分析方法对这些靶基因进行分析,以探求HSF4发挥的生物学功能。ChIP-Seq结果显示:在肝癌SMMC-7721细胞系基因组DNA中共有1 726个HSF4结合区域,其中102个在启动子区。GO分析结果显示:这些潜在的靶基因分别参与细胞发育、增殖和对外部刺激应答的生物过程,具有与核酸和蛋白质结合及蛋白质激活的分子功能,参与药物和有害异物代谢以及化学致癌的信号传导通路。此外,MEME4.12.0软件推测出在SMMC-7721细胞系中HSF4与DNA启动子区结合的6种模式。分析HSF4在肝癌SMMC-7721细胞系中可能调控的靶基因图谱为进一步研究HSF4在肝癌发生机制中的作用提供了有效的实验数据和理论基础。 展开更多
关键词 热休克转录因子4(hsf4) 肝肿瘤 染色质免疫共沉淀联合测序(ChIP-Seq) 靶基因 GO分析
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HSF4B通过上调RhoA和Rac1促进晶状体上皮细胞迁移 被引量:4
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作者 张军 马增翼 +2 位作者 李淑莲 刘广超 胡延忠 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期377-382,共6页
热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是调控新生儿期晶状体发育的关键转录因子.它参与调控晶状体上皮细胞增生和纤维细胞分化,然而其作用机理仍不清楚.利用鼠晶状体上皮细胞mLEC/HSF4-/-和mLEC/HA-HSF4b细胞为材料... 热休克转录因子4(heat shock transcription factor 4,HSF4)是调控新生儿期晶状体发育的关键转录因子.它参与调控晶状体上皮细胞增生和纤维细胞分化,然而其作用机理仍不清楚.利用鼠晶状体上皮细胞mLEC/HSF4-/-和mLEC/HA-HSF4b细胞为材料,对HSF4在晶状体上皮细胞中的调控作用进行研究.结果发现,重建的mLEC/HA-HSF4b细胞中,高表达热休克蛋白25(Hsp25)和αB晶体蛋白(αB-crystallin).细胞划痕实验和Transwell细胞迁移实验结果表明,mLEC/HSF4-/-细胞明显比mLEC/HA-HSF4b细胞的迁徙速度慢(t检验,P=0.0001).应用免疫印迹和半定量RT-PCR实验发现,HSF4b能上调RhoA,Rac1和CDC42的表达.但后者的表达不受Hsp25和αB-crystallin调控.由此推论,HSF4b通过调控RhoA,Rac1和CDC42的表达参与调控晶状体上皮细胞向后房的迁徙.这一新发现对解释HSF4b调控晶状体发育提供了有力的证据. 展开更多
关键词 热休克转录因子4 晶状体上皮细胞 RHOA RAC1 热休克蛋白25 αB-晶体蛋白
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DNA修复基因的拷贝数变异与年龄相关性白内障的关系 被引量:2
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作者 姜瑾 朱蓉嵘 +3 位作者 胡楠 周婧 杨梅 管怀进 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2019年第9期833-837,共5页
目的探讨中国汉族人群中DNA修复基因的拷贝数多态性(copy number variations,CNV)与年龄相关性白内障(age-related cataract,ARC)易感性的关系。方法研究对象来自"江苏眼病研究"流行病学人群,包括ARC组780例和对照组525人。... 目的探讨中国汉族人群中DNA修复基因的拷贝数多态性(copy number variations,CNV)与年龄相关性白内障(age-related cataract,ARC)易感性的关系。方法研究对象来自"江苏眼病研究"流行病学人群,包括ARC组780例和对照组525人。采集受试者外周静脉血,提取全血基因组DNA。通过实时荧光定量PCR方法检测四种DNA修复基因的拷贝数(copy number,CN),分析ARC组和对照组基因CN的差异以及相对危险度(odds ratio,OR)。结果在WRN基因中发现了新的CNV。WRN基因高拷贝(CN=3+)与ARC的易感性有关(OR=1.88,P=0.02);HSF4基因低拷贝(CN=1)的人群对ARC易感(OR=4.09,P=0.004)。WRN基因高拷贝与核性以及后囊下性ARC的易感性有关(OR=2.06、3.72,均为P=0.02)。HSF4基因低拷贝与核性以及后囊下性ARC的易感性有关(OR=5.73,P=0.001;OR=6.80,P=0.01)。WRN和HSF4基因的联合作用显著增加了ARC的易感性。经过多重校正以后,仅有HSF4的CNV与ARC的易感性有关,尤其与核性和后囊下性ARC的易感性有关。结论 HSF4基因与WRN基因的CNV可能与中国汉族人群ARC的易感性有关。DNA修复基因对ARC易感性有一定的作用,并且对不同亚型ARC产生不同的影响。 展开更多
关键词 年龄相关性白内障 DNA修复基因 WRN hsf4 拷贝数变异 流行病学
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中国先天性粉尘状白内障一家系致病突变筛查
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作者 纪康康 顾正宇 +2 位作者 王亚茹 鲍伟利 廖荣丰 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期740-744,共5页
目的分析中国先天性粉尘状白内障一家系的致病突变和临床特点。方法纳入于安徽医科大学第一附属医院眼科就诊的汉族先天性白内障一家系,抽取该家系全部成员5 ml外周血,提取基因组DNA。从家系中选择先证者Ⅱ5及家系成员Ⅱ6和Ⅲ8的DNA进... 目的分析中国先天性粉尘状白内障一家系的致病突变和临床特点。方法纳入于安徽医科大学第一附属医院眼科就诊的汉族先天性白内障一家系,抽取该家系全部成员5 ml外周血,提取基因组DNA。从家系中选择先证者Ⅱ5及家系成员Ⅱ6和Ⅲ8的DNA进行二代测序,对筛选出的可疑突变在其他家系成员中行Sanger测序验证,并将突变位点与10 000名正常中国人基因序列进行对照,利用蛋白结构危害预测网站分析该突变对其编码蛋白质结构功能的影响及可能的致病机制,并根据所测结果分析疾病发生的临床特点。结果该家系共3代19人,其中患者10例,正常家系成员9名。家系所有患者中均检出GJA3基因杂合突变c.427G>A(p.G143R),SIFT和PolyPhen-2提示该突变很可能对蛋白结构有害,Swiss-model和Pymol建模显示该突变其编码的缝隙连接蛋白46(CX46)二级结构上的107-115氨基酸正常的α-螺旋结构消失。而在该家系正常人及10 000名正常中国人中未发现此突变。先证者Ⅱ5和其儿子Ⅲ8的HSF4基因c.1325-1处碱基由G变为T(c.1325-1G>T),而在其余家系成员及10 000名正常中国人中未发现此突变,且HSF和MaxEntScan提示该突变对mRNA的剪接有较大影响。该2例患者白内障发展速度较家系中同代年龄相近患者快,且晶状体混浊形态发生改变。结论GJA3基因中的杂合突变c.427G>A为该家系的致病突变,而HFS4基因中的c.1325-1G>T可能改变了患者晶状体混浊的形态且加速了白内障的发展. 展开更多
关键词 先天性白内障 GJA3基因 hsf4基因 错义突变 二代测序 缝隙连接蛋白
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