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基于GEO数据库与机器学习回归分析的p53和pRb表达水平与宫颈癌相关性分析
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作者 陈群 苏峻瑶 从丽 《机器人外科学杂志(中英文)》 2026年第1期167-173,共7页
目的:通过GEO数据库与机器学习回归分析探究肿瘤抑制蛋白p53(p53)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb)表达水平与宫颈癌严重程度的相关性。方法:根据基因表达综合数据库(GEO)的宫颈癌全球流行病学数据,分析TP53和RB1基因与宫颈癌的相关性。同时,... 目的:通过GEO数据库与机器学习回归分析探究肿瘤抑制蛋白p53(p53)和视网膜母细胞瘤蛋白(pRb)表达水平与宫颈癌严重程度的相关性。方法:根据基因表达综合数据库(GEO)的宫颈癌全球流行病学数据,分析TP53和RB1基因与宫颈癌的相关性。同时,选取2022年1月—2024年12月于江苏省人民医院宿迁医院治疗的100例宫颈癌患者作为研究对象,收集癌细胞分化程度、癌症分期、患者年龄等临床资料,并从生化检验科室获取p53和pRb表达水平。结果:通过GEO数据库分析,宫颈癌发病年龄集中在35~62岁,前5年生存率呈显著下降趋势,5年生存率约为40%。TP53和RB1基因与宫颈癌相关,SCC-Ag、p53、pRb的表达水平在不同癌细胞分化程度中存在区别,差异有统计学意义(P<0.05),且癌细胞分化程度与SCC-Ag、p53、pRb表达水平分别呈正相关、负相关、负相关。p53和pRb均与SCC-Ag呈负相关。结论:p53和pRb表达水平与宫颈癌严重程度密切相关,对临床治疗预后具有参考价值。 展开更多
关键词 geo数据库 机器学习回归 P53 PRB 宫颈癌 严重程度
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基于GEO数据库探讨翼状胬肉线粒体代谢基因AKT1与ATP5F1及BAG3表达与作用
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作者 王诗逸 王婧 +1 位作者 王华 陈玉萍 《国际眼科杂志》 2026年第3期398-404,共7页
目的:探讨丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、ATP合酶F1亚基(ATP5F1)及Bcl-2相关抗凋亡基因3(BAG3)三者在翼状胬肉发生发展中的表达差异及作用机制。方法:通过GEO数据库获取翼状胬肉相关基因表达数据,筛选差异表达基因;利用String数据库构建蛋... 目的:探讨丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、ATP合酶F1亚基(ATP5F1)及Bcl-2相关抗凋亡基因3(BAG3)三者在翼状胬肉发生发展中的表达差异及作用机制。方法:通过GEO数据库获取翼状胬肉相关基因表达数据,筛选差异表达基因;利用String数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,结合Cytoscape软件筛选核心靶点;采用GO和KEGG通路富集分析线粒体代谢相关通路特征。收集翼状胬肉手术患者的胬肉头部、体部组织标本,HE染色观察两组组织病理形态差异,免疫组化法检测AKT1、ATP5F1、BAG3的蛋白表达水平。结果:GEO数据库分析共筛选出差异表达基因1264个,其中上调585个、下调679个。GO富集分析显示,生物学过程、细胞组分及分子功能层面均存在线粒体相关通路的显著富集;KEGG富集分析以氧化磷酸化、化学致癌-活性氧簇通路差异最为显著。收集翼状胬肉手术患者28例28眼的胬肉头部、体部组织标本,其中男7例7眼,女21例21眼,平均年龄69.32±8.98岁。HE染色结果显示,胬肉头部较体部上皮细胞异型增生更明显、基质纤维排列更紊乱,且炎症细胞浸润更显著。免疫组化结果证实,AKT1、ATP5F1、BAG3在胬肉头部的蛋白表达水平显著低于体部(均P<0.05)。结论:线粒体代谢相关基因AKT1、ATP5F1、BAG3在翼状胬肉中存在明显表达差异,且与病变组织的病理进展密切相关,其可能通过调控线粒体能量代谢参与翼状胬肉的发生发展,为该病的机制研究及靶向治疗提供新的实验依据与思路。 展开更多
关键词 翼状胬肉 geo数据库 线粒体代谢 丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1) ATP合酶F1亚基(ATP5F1) Bcl-2相关抗凋亡基因3(BAG3)
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On-orbit refueling robust mission scheduling with uncertain duration for geosynchronous orbit spacecraft
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作者 Shuai YIN Chuanjiang LI +3 位作者 Edoardo FADDA Yanning GUO Guangtao RAN Paolo BRANDIMARTE 《Chinese Journal of Aeronautics》 2026年第1期410-424,共15页
With the increasing number of geosynchronous orbit satellites with expiring lifetime,spacecraft refueling is crucial in enhancing the economic benefits of on-orbit services.The existing studies tend to be based on pre... With the increasing number of geosynchronous orbit satellites with expiring lifetime,spacecraft refueling is crucial in enhancing the economic benefits of on-orbit services.The existing studies tend to be based on predetermined refueling duration;however,the precise mission scheduling solution will be difficult to apply due to uncertain refueling duration caused by orbital transfer deviations and stochastic actuator faults during actual on-orbit service.Therefore,this paper proposes a robust mission scheduling strategy for geosynchronous orbit spacecraft on-orbit refueling missions with uncertain refueling duration.Firstly,a robust mission scheduling model is constructed by introducing the budget uncertainty set to describe the uncertain refueling duration.Secondly,a hybrid harris hawks optimization algorithm is designed to explore the optimal mission allocation and refueling sequences,which combines cubic chaotic mapping to initialize the population,and the crossover in the genetic algorithm is introduced to enhance global convergence.Finally,the typical simulation examples are constructed with real-mission scenarios in three aspects to analyze:performance comparisons with various algorithms;robustness analyses via comparisons of different on-orbit refueling durations;investigations into the impacts of different initial population strategies on algorithm performance,demonstrating the proposed mission scheduling framework's robustness and effectiveness by comparing it with the exact mission scheduling. 展开更多
关键词 geosynchronous orbit(geo) Hybrid Harris Hawks Optimization algorithm(HHHO) Mission scheduling On-orbit refueling Robust optimization
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GEO卫星锂离子蓄电池在轨管理策略的演进 被引量:1
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作者 王利然 周蓉 +2 位作者 张文芳 刘鹏 姜垚先 《电源技术》 北大核心 2025年第2期300-306,共7页
由于锂离子蓄电池具有比能量高的突出优势,地球同步轨道(GEO)卫星的空间储能设备已由氢镍蓄电池替代为锂离子蓄电池。上一代卫星采用60~100 Ah锂电池组作为储能设备,实现了锂电池组首次在我国GEO轨道通信卫星上的应用。最新一代卫星采用... 由于锂离子蓄电池具有比能量高的突出优势,地球同步轨道(GEO)卫星的空间储能设备已由氢镍蓄电池替代为锂离子蓄电池。上一代卫星采用60~100 Ah锂电池组作为储能设备,实现了锂电池组首次在我国GEO轨道通信卫星上的应用。最新一代卫星采用150~250 Ah大容量、高比能量锂电池组首飞成功,象征着我国大容量、高比能量锂电池组的成熟应用。随着大容量、高比能量锂离子蓄电池的广泛应用,充电控制方式和均衡方式相应进步,针对锂电池组的在轨管理策略也有相应的变化,阐述了两代卫星锂电池组在轨管理策略。 展开更多
关键词 锂离子蓄电池 geo卫星 在轨管理策略 演进
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基于BDS-3 GEO卫星对磁暴期间的电离层扰动分析 被引量:2
5
作者 赵金霞 袁野 《全球定位系统》 2025年第1期73-77,共5页
基于北斗三号卫星导航系统(BeiDou-3 Navigation Satellite System,BDS-3)地球静止轨道(geostationary earth orbit, GEO)卫星数据,采用非差非组合模型对电离层总电子含量(total electron content,TEC)进行估计,并详细分析了磁暴期间的... 基于北斗三号卫星导航系统(BeiDou-3 Navigation Satellite System,BDS-3)地球静止轨道(geostationary earth orbit, GEO)卫星数据,采用非差非组合模型对电离层总电子含量(total electron content,TEC)进行估计,并详细分析了磁暴期间的电离层时空变化.结果表明:GEO卫星的静地特性可实现对电离层特定位置展开连续不间断地精细化监测.研究通过相对电离层扰动指数量化了电离层响应特征,发现低纬度区域电离层扰动更为频繁且强度较大,主要是由于低纬度区域电离层热层中性成分异常变化和接近赤道异常现象区域共同导致的.该研究结果为利用GEO卫星进行电离层监测和更准确地揭示电离层时空变化的特征和规律提供一定的参考. 展开更多
关键词 北斗三号卫星导航系统(BDS-3) 地球静止轨道(geo)卫星 磁暴 电离层扰动 电离层总电子含量(TEC) 非差非组合
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具有多级适应性休假和修正的Min(N,D)-策略的Geo/G/1离散时间排队分析
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作者 魏瑛源 余玅妙 《数学物理学报(A辑)》 北大核心 2025年第5期1671-1697,共27页
考虑服务员具有多级适应性休假和系统采用修正的Min(N,D)-控制策略的离散时间Geo/G/1排队系统,运用更新过程理论、全概率分解技术和z-变换工具,从任意初始状态开始,研究队长的瞬时性态和平稳性态,得到了任意时刻n^(+)处队长瞬态分布的z... 考虑服务员具有多级适应性休假和系统采用修正的Min(N,D)-控制策略的离散时间Geo/G/1排队系统,运用更新过程理论、全概率分解技术和z-变换工具,从任意初始状态开始,研究队长的瞬时性态和平稳性态,得到了任意时刻n^(+)处队长瞬态分布的z-变换表达式,然后在队长瞬态分布的基础上,使用洛必达法则,通过直接运算得到了队长稳态分布的递推表达式,同时给出了稳态队长的随机分解结构和附加队长分布的显示表达式,并得到了不同时刻n^(-)、n、n^(+)处和外部观测点处队长稳态分布之间的重要关系.进一步,以便于作数值计算的队长稳态分布的递推表达式为基础,借助于数值算例,讨论了系统容量的优化设计.最后,建立了费用结构模型,应用更新报酬过程理论获得了系统长期运行下单位时间内所产生的期望费用函数,并通过数值实例,确定了使期望费用最小的最优控制策略. 展开更多
关键词 geo/G/1离散时间排队 修正的Min(N D)-策略 多级适应性休假 队长分布 系统容量优化设计 最优控制策略
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基于GEO数据库结合网络药理学和分子对接技术探究玉竹抗抑郁作用机制 被引量:1
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作者 姜振旭 王朝兴 +6 位作者 王宇亮 赵宏 沈宇 孙诗晴 马永哲 宋明明 张宇 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2025年第1期359-366,共8页
目的:基于生物信息学和网络药理学方法筛选玉竹治疗抑郁症的潜在药物靶点和信号通路,并通过PC12细胞实验初步证实其抗抑郁药效。方法:下载GSE98793表达矩阵和GPL570平台信息进行差异表达基因筛选;通过检索TCMSP数据库进行成分筛选,利用C... 目的:基于生物信息学和网络药理学方法筛选玉竹治疗抑郁症的潜在药物靶点和信号通路,并通过PC12细胞实验初步证实其抗抑郁药效。方法:下载GSE98793表达矩阵和GPL570平台信息进行差异表达基因筛选;通过检索TCMSP数据库进行成分筛选,利用Cytoscape3.7.1软件,构建玉竹“药物-成分-靶点”相互作用网络图和PPI网络图;利用DAVID数据库,进行GO和KEGG富集分析;使用SYBYL-X 2.0软件对主要活性成分及靶点进行分子对接验证;采用谷氨酸(Glu)诱导PC12细胞模型后,将玉竹醇提物按低、中、高剂量进行分组给药,考查其对PC12细胞损伤的保护作用。结果:筛选得到玉竹抗抑郁活性成分23个,活性靶点34个;“药物-成分-靶点”网络图显示棕榈酸、月桂酸、(+)-雪松醇等为玉竹抗抑郁的主要活性成分;PPI网络图显示PTGS2、PTGS1、SLC6A2、GABRA1、TNF等为关键靶点;通过GO富集分析得到GO条目共209个,其中包括生物过程(BP)149个,细胞组分(CC)23个,分子功能(MF)37个;主要涉及Chemical carcinogenesis-receptor activation、Small cell lung cancer和Adipocytokine signaling pathway等信号通路;分子对接结果显示,玉竹主要活性成分与抑郁症主要靶点对接结果具有良好稳定性;体外细胞实验结果表明,600μg/mL的玉竹醇提物对Glu诱导的PC12细胞损伤具有明显恢复作用。结论:玉竹可能通过炎症反应、氧化应激和前列腺素合成等途径发挥抗抑郁作用。 展开更多
关键词 玉竹 抑郁症 网络药理学 geo 数据库 作用机制
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GeO^(+)分子离子光谱性质的理论研究
8
作者 刘晓华 闫爽 +1 位作者 贾家梁 张健 《高师理科学刊》 2025年第1期40-45,共6页
采用多参考组态相互作用(MRCI)的方法对GeO^(+)分子离子第一解离极限Ge^(+)(^(2)P_(u))+O(^(3)P_(g))对应的12个Λ-S态进行从头计算,获得全部的势能曲线(PECs).通过求解一维径向薛定谔方程获得束缚态的光谱常数,与实验以及理论结果进行... 采用多参考组态相互作用(MRCI)的方法对GeO^(+)分子离子第一解离极限Ge^(+)(^(2)P_(u))+O(^(3)P_(g))对应的12个Λ-S态进行从头计算,获得全部的势能曲线(PECs).通过求解一维径向薛定谔方程获得束缚态的光谱常数,与实验以及理论结果进行比较,吻合较好.同时,计算了Λ-S态对应的电偶极矩(DMs),分析了曲线随核间距变化的规律.通过自旋-轨道耦合矩阵元的数值对电子态密集交叉处的振动能级的扰动情况进行讨论.根据理论计算得到1^(2)Σ^(+)-X^(2)Π和2^(2)Π-X^(2)Π态间的跃迁偶极矩(TDMs)、弗兰克-康登因子(FCFs),同时拟合出了跃迁状态的自发辐射寿命. 展开更多
关键词 geo^(+)分子离子 势能曲线 光谱常数
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基于GEO数据集和网络药理学探讨枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的分子生物学机制 被引量:1
9
作者 郑志锋 温小丽 +3 位作者 罗辉 白庆云 钟叶 王博龙 《井冈山大学学报(自然科学版)》 2025年第2期58-67,共10页
本研究依托TCMSP数据库和SwissTarget Prediction平台预测枳实薤白桂枝汤活性成分靶基因;基于GEO数据集分析冠心病差异基因;筛选活性成分靶基因与冠心病差异基因的共有基因。借助Cytoscape软件、STRING数据库分别构建活性成分-靶基因网... 本研究依托TCMSP数据库和SwissTarget Prediction平台预测枳实薤白桂枝汤活性成分靶基因;基于GEO数据集分析冠心病差异基因;筛选活性成分靶基因与冠心病差异基因的共有基因。借助Cytoscape软件、STRING数据库分别构建活性成分-靶基因网络及PPI网络以挖掘核心成分及关键靶基因;再利用DAVID 6.8和Omicshare平台开展关键靶基因的GO富集和KEGG富集;最后使用AutoDock Vina软件将枳实薤白桂枝汤关键靶点与核心成分进行对接。发现31个枳实薤白桂枝汤活性成分通过APP、VEGFA、MAPK8、SRC、CREB1、JUN、BCL2L1、MMP9、TLR4、HSP90AA1十个关键靶基因,参与细胞凋亡过程的负调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等主要生物过程;调控流体剪切应力和动脉粥样硬化、松弛素信号通路、雌激素信号通路、HIF-1信号通路以及多条免疫炎症信号通路;核心成分和厚朴酚能与APP、VEGFA、BCL2L1、JUN等关键靶点结合。由此可见,枳实薤白桂枝汤能多成分、多靶点协同治疗冠心病,其主要作用机制包括调控流体剪切应力和动脉粥样硬化、调节免疫炎症,抗缺氧等。 展开更多
关键词 枳实薤白桂枝汤 冠心病 网络药理学 geo数据集 分子机制
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基于GEO数据库的多发性硬化症进展相关潜在药物靶点系统分析及靶向中药成分预测
10
作者 黄佳丽 岳利峰 +4 位作者 孙乐 马培 刘海波 许利嘉 肖培根 《中草药》 北大核心 2025年第20期7472-7484,共13页
目的 基于GEO数据库挖掘多发性硬化症(multiple sclerosis,MS)疾病进展的潜在药物靶点,并通过反向筛选预测具有干预作用的中药活性成分,为MS的中医药治疗提供理论依据。方法 整合GSE224377和GSE149326数据集,筛选MS患者白质病灶区与正... 目的 基于GEO数据库挖掘多发性硬化症(multiple sclerosis,MS)疾病进展的潜在药物靶点,并通过反向筛选预测具有干预作用的中药活性成分,为MS的中医药治疗提供理论依据。方法 整合GSE224377和GSE149326数据集,筛选MS患者白质病灶区与正常外观白质的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),结合加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)鉴定疾病进展相关核心模块。利用基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析关键基因的生物学功能及通路。通过ETCM、TCMIP和NPASS数据库反向筛选靶向中药成分,结合Swiss Target Prediction评估成药性,使用Autodock vina进行分子对接验证核心靶点髓鞘碱性蛋白(myelin basic protein,MBP)和少突胶质细胞转录因子2(oligodendrocyte transcription factor 2,OLIG2)与中药成分的结合潜力。结果 共鉴定172个DEGs(59个上调、113个下调),加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)揭示11个与MS表型显著相关的基因模块,其中蓝色模块(107个枢纽基因)与疾病进展相关性最高(相关系数=0.74)。GO和KEGG分析显示,关键基因富集于髓鞘形成、轴突导向及血脑屏障破坏相关通路。根据8个疾病核心靶点匹配到45个中药成分,来源于62个中药。45个成分与MBP、OLIG2分子对接结果表明,凉薯素(与OLIG2结合能:-8.2 kcal/mol,与MBP结合能:7 kcal/mol)、白屈菜红碱(与MBP结合能:-7.5 kcal/mol)等成分与靶点的结合能力显著。结论 系统鉴定了MS进展的核心基因及通路,并预测了多种潜在中药活性成分,为MS的分子机制解析及中药干预策略开发提供新思路。 展开更多
关键词 多发性硬化症 geo数据库 中药成分 凉薯素 白屈菜红碱 髓鞘碱性蛋白 少突胶质细胞转录因子2
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GEO联合孟德尔随机化探索骨关节炎发病机制
11
作者 许博 王吉庆 +3 位作者 王宇晴 徐世芬 李珊珊 宓轶群 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第12期3631-3642,共12页
目的在对基因表达综合数据库(GEO)数据进行分析的基础上,通过孟德尔随机化探索骨关节炎(OA)发病机制。方法从GEO数据库下载包含OA与健康人关节滑膜基因数据的芯片,将其分为对照组与试验组,使用limma差异分析法和加权基因共表达网络分析(... 目的在对基因表达综合数据库(GEO)数据进行分析的基础上,通过孟德尔随机化探索骨关节炎(OA)发病机制。方法从GEO数据库下载包含OA与健康人关节滑膜基因数据的芯片,将其分为对照组与试验组,使用limma差异分析法和加权基因共表达网络分析(WGCNA)共表达分析法筛选差异基因,使用STRING平台与Cytoscape软件筛选出核心基因,再从全基因组测序数据(GWAS)数据库中筛选与核心基因相关且有研究价值的MYC原癌基因蛋白作为暴露数据,选取与暴露数据具有强相关性的SNPs为工具变量,以膝骨关节炎(KOA)、OA、髋关节炎(COX)分别作为结局数据进行孟德尔随机化分析。结果经过筛选最终确定IL1B、JUN、MYC、CD4和PTPRC为基因相互作用节点数目排名前五的基因,MYC原癌基因蛋白与KOA经孟德尔随机化分析,逆方差加权法(IVW法)检测结果OR值为1.103(95%CI:1.002-1.215),证明二者呈正相关(P=0.046),证明二者可能存在因果关系。结论MYC原癌基因蛋白可能是KOA发病的一个潜在危险因素。 展开更多
关键词 MYC原癌基因蛋白 骨关节炎 孟德尔随机化 差异基因 geo数据库
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GEO卫星机动识别的自适应深度学习方法
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作者 龙洗 杨乐平 +1 位作者 乔琛远 黄涣 《宇航学报》 北大核心 2025年第1期51-67,共17页
针对地球同步轨道(GEO)卫星未来机动状态识别问题,提出了一种“经度预测+机动识别”的自适应深度学习方法。首先,构建自动优化时空因果注意力深度学习框架(AOSTCADL),引入长短记忆神经网络(LSTM)、卷积模块、传递熵和注意力机制,并采用... 针对地球同步轨道(GEO)卫星未来机动状态识别问题,提出了一种“经度预测+机动识别”的自适应深度学习方法。首先,构建自动优化时空因果注意力深度学习框架(AOSTCADL),引入长短记忆神经网络(LSTM)、卷积模块、传递熵和注意力机制,并采用智能算法优化网络参数,以提高经度预测的精度。其次,基于经度预测结果,提出非参数化阈值动态更新方法,引入滚动时域策略提高机动识别F1分数。针对3个典型GEO卫星的仿真结果表明:与当前流行的两类CNN-LSTM模型相比,所提方法经度预测最小平均误差、均方根误差平均降低一个数量级,机动识别平均准确率达97.52%,F1分数达77.09%。 展开更多
关键词 太空态势感知(SSA) geo卫星 机动识别 长短记忆神经网络(LSTM) 自适应学习
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COVERAGE PERFORMANCES ANALYSIS ON COMBINED-GEO-IGSO SATELLITE CONSTELLATION 被引量:12
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作者 Jiang Yong Yang Sen +1 位作者 Zhang Gengxin Li Guangxia 《Journal of Electronics(China)》 2011年第2期228-234,共7页
The Combined-GEO-IGSO constellation is the combination of Geostationary Earth Orbit(GEO) satellite and Inclining GeoSynchronous Orbit(IGSO) satellite.The Combined-GEO-IGSO constellation can integrate the advantages of... The Combined-GEO-IGSO constellation is the combination of Geostationary Earth Orbit(GEO) satellite and Inclining GeoSynchronous Orbit(IGSO) satellite.The Combined-GEO-IGSO constellation can integrate the advantages of GEO and IGSO to achieve regional coverage.In order to discuss the performances of the Combined-GEO-IGSO constellation,the performances of coverage,elevation,diversity,and transmission are simulated in China and surrounding regions by Satellite Tool Kit(STK).The simulation results show that:the combined constellation can reach higher multi-satellite coverage and higher communication elevation in China and surrounding areas;the Doppler shift,delay,and propagation loss of this constellation have little impact on the system.As regional coverage constellation,the Combined-GEO-IGSO is feasible. 展开更多
关键词 CONSTELLATION geostationary Earth (IGSO) Combined-geo-IGSO Doppler shift Orbit geo Inclining geoSynchronous Orbit
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基于GEO数据库的阿尔茨海默病差异表达基因分析及治疗中药预测
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作者 刘艳云 唐晓伟 +3 位作者 汪洋 曹明刚 周爱民 张娟 《包头医学院学报》 2025年第4期16-22,共7页
目的:通过生物信息学方法获得阿尔茨海默病(AD)的差异基因,预测治疗AD的潜在中药、成分及靶点。方法:从GEO数据库下载AD的基因芯片数据GSE129055,筛选数据集中的差异表达基因并对差异表达的mRNA进行基因本体功能(GO)及京都基因和基因组... 目的:通过生物信息学方法获得阿尔茨海默病(AD)的差异基因,预测治疗AD的潜在中药、成分及靶点。方法:从GEO数据库下载AD的基因芯片数据GSE129055,筛选数据集中的差异表达基因并对差异表达的mRNA进行基因本体功能(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过TargetScan数据库预测miRNA的靶基因并构建miRNA-mRNA网络;将miRNA-mRNA网络中Degree值前50%的mRNA导入Coremine Medical平台筛选潜在治疗中药;TCMSP平台筛选潜在中药作用于差异表达mRNA的成分和靶点,二者结合构建中药治疗AD的药物-成分-mRNA-miRNA共表达网络并进行分子对接验证。结果:在GSE129055数据集中共筛选出178个差异表达mRNA,96个差异表达miRNA;通过筛选发现作用于差异表达mRNA的常用中药有人参、丹参、黄芩、冬虫夏草、五味子等,关键活性成分为左旋山槐素和β-谷甾醇,关键靶点为μ阿片受体基因(OPRM1)和5-羟色胺受体亚基3A阳性抑制性神经元(HTR3A),关键miRNA为miR-9-3p和miR-3607-3p;分子对接结果显示,关键活性成分能够分别与关键靶点结合并展现出较好的亲和力。结论:AD大鼠海马组织多种基因差异性表达,同时中药治疗AD具有多成分、多靶点的特点,可以通过影响神经肽、生物胺及减轻神经炎症等发挥神经保护作用。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 geo 差异基因分析 中药预测
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基于GEO芯片结合网络药理学及分子对接探究炙甘草汤治疗肺纤维化的作用机制
15
作者 陈立炜 任天一 +4 位作者 邱玺瑞 李沁劼 凌云 武琦 徐泳 《药物评价研究》 北大核心 2025年第7期1828-1839,共12页
目的运用GEO芯片、网络药理学及分子对接技术探究炙甘草汤治疗肺纤维化的作用靶点及其潜在机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、ETCM数据库获取炙甘草汤的化学成分靶点并利用Uniprot校正靶点;通过GEO数... 目的运用GEO芯片、网络药理学及分子对接技术探究炙甘草汤治疗肺纤维化的作用靶点及其潜在机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、ETCM数据库获取炙甘草汤的化学成分靶点并利用Uniprot校正靶点;通过GEO数据库筛选以及GeneCards、OMIM、TTD、disgenet数据库检索获取肺纤维化疾病靶点;完成药物成分靶点与疾病靶点的交集分析,借助Cytoscape软件结合STRING数据库,建立“药物-疾病-化合物-靶点”关联网络,进一步进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建与拓扑分析。将筛选出的共有靶点导入Metascape数据库,进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以筛选关键信号通路。最后,通过分子对接方法验证网络药理学的预测结果,以确保其可靠性。结果共获得171种炙甘草汤活性成分,与肺纤维化相关的交集靶点有417个。经过PPI网络的筛选,确定了19个核心靶点,其中排名前5的是磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、蛋白激酶B(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白蛋白(ALB)和白细胞介素6(IL6)。GO富集分析结果显示,炙甘草汤主要调节细胞对外界刺激的反应、氧化应激以及基因转录等关键生物学过程。KEGG通路富集分析揭示了包括癌症信号通路、脂质代谢与动脉粥样硬化、TNF、IL-17、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、AGE-RAGE和低氧诱导因子-1(HIF-1)在内的多条信号通路。分子对接结果验证了炙甘草汤的前5种活性成分与5个关键蛋白的结合能均不高于-25 kJ·mol^(-1),表明结合稳定且有显著潜力。结论炙甘草汤中的多种活性成分可以通过多靶点、多信号通路针对肺纤维化发挥治疗作用,为后续实验和临床研究提供参考依据。 展开更多
关键词 肺纤维化 炙甘草汤 geo数据库 网络药理学 分子对接
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自主运动对小鼠海马分子表达特征影响:基于GEO数据库基因表达谱分析
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作者 叶星 刘仁仪 《中国组织工程研究》 北大核心 2025年第24期5237-5244,共8页
背景:海马体对认知功能至关重要,运动有望提升认知并缓解认知衰退,然而其分子机制尚不明了。生物信息学通过分析运动对海马体分子表达的影响,从而揭示关键机制,为理解运动如何促进认知及制定干预策略提供新的视角。目的:采用生物信息学... 背景:海马体对认知功能至关重要,运动有望提升认知并缓解认知衰退,然而其分子机制尚不明了。生物信息学通过分析运动对海马体分子表达的影响,从而揭示关键机制,为理解运动如何促进认知及制定干预策略提供新的视角。目的:采用生物信息学方法深入分析自主运动干预对小鼠海马组织基因表达谱的影响,通过研究差异表达基因的生物学功能及其潜在的调控网络,揭示运动对海马体神经功能调控的分子机制。方法:通过美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达综合数据库(GEO)获取自主运动干预小鼠海马组织的基因表达微阵列数据集(GSE42904和GSE29075),随后采用R语言中的Limma和DESeq2包进行严格的差异基因分析,并借助ggplot2包绘制火山图直观展示分析结果;通过FunRich软件识别共同的差异表达基因;利用R语言中的clusterProfiler包进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书通路富集分析;通过在线分析工具STRING对差异表达基因进行蛋白-蛋白相互作用网络分析;应用Cytoscape软件进一步筛选核心靶点。结果与结论:(1)在GSE42904数据集中,自主运动干预导致小鼠海马体123个基因存在差异,它们主要参与节律过程、糖基化等基因本体论生物过程,并涉白细胞介素17、钙、乙醇等多条京都基因与基因组百科全书信号通路,蛋白-蛋白相互作用网络确定的关键枢纽基因包括Npy、Mapk3、Mapk11和Chgb等;(2)GSE29075数据集中,自主运动引起小鼠海马455个差异基因表达,它们主要参与细胞投射组织的正调控、凋亡负调控信号等基因本体论生物过程,并在神经退行性疾病相关通路显著富集,蛋白-蛋白相互作用网络确定的关键枢纽基因包括Eed、Bptf和Nedd8等;(3)提示自主运动可以显著调节小鼠海马中Chrm1、Eed、Npy、Mapk3、Mapk11和Map2k1等关键基因表达,这些基因可能在神经退行性疾病、钙信号传导等生物学过程中起着核心的调控作用,自主运动可能通过影响神经发生和突触可塑性来促进认知功能。 展开更多
关键词 自主运动 小鼠 海马体 差异表达基因 信号通路 蛋白互作网络 geo数据库 生物信息学
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基于GEO数据库、网络药理学和分子对接技术探究黄芪甘草汤抗犊牛支原体感染的潜在机制
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作者 左愈臻 魏旭辉 +2 位作者 刘瑞刚 马晓珍 纪鹏 《饲料研究》 北大核心 2025年第17期78-84,共7页
试验旨在整合GEO数据库、网络药理学和分子对接技术,探究黄芪甘草汤抗犊牛支原体(Mycoplasma bovis)感染的潜在作用机制。利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选黄芪甘草汤的活性成分及靶点,从GeneCards、OMIM和GEO数据库... 试验旨在整合GEO数据库、网络药理学和分子对接技术,探究黄芪甘草汤抗犊牛支原体(Mycoplasma bovis)感染的潜在作用机制。利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库筛选黄芪甘草汤的活性成分及靶点,从GeneCards、OMIM和GEO数据库获取犊牛支原体感染相关疾病靶点;利用Cytoscape3.9.1和STRING数据库构建蛋白质互作网络并筛选核心活性成分与关键靶点;采用DAVID数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock Vina进行分子对接验证。结果显示,共获得105个黄芪甘草汤活性成分、151个对应靶点、2121个犊牛支原体感染靶点和42个交集靶点。核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素和刺芒柄花素等8种;关键靶点包括趋化因子2(CCL2)、白细胞介素-6(IL-6)和过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)等15个基因。富集分析表明,这些靶点显著富集于白细胞介素-17(IL-17)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、核因子-κB(NF-κB)和磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)等信号通路。研究表明,黄芪甘草汤通过“多成分-多靶点-多通路”的协同机制,在抗犊牛支原体感染中发挥潜在作用,为其后续试验验证及临床应用提供参考。 展开更多
关键词 geo数据库 网络药理学 分子对接 黄芪甘草汤 牛支原体
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基于GEO数据库与网络药理学探究公英散治疗奶牛乳房炎的作用机制 被引量:1
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作者 吴权基 肖良贵 黄奔 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期76-83,共8页
为了探究公英散治疗奶牛乳房炎的作用机制,试验在中药系统药理学数据库(TCMSP)、Symmap2数据库中筛选公英散中各组分的活性成分,利用Swiss Target Predicton在线工具预测其对应靶点;在GEO数据库中选择GSE15020数据集获取乳房炎相关差异... 为了探究公英散治疗奶牛乳房炎的作用机制,试验在中药系统药理学数据库(TCMSP)、Symmap2数据库中筛选公英散中各组分的活性成分,利用Swiss Target Predicton在线工具预测其对应靶点;在GEO数据库中选择GSE15020数据集获取乳房炎相关差异表达基因;运用韦恩图在线作图平台得到公英散治疗奶牛乳房炎的交集靶点;对交集靶点进行蛋白互作网络分析及核心靶点预测;并对交集靶点进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析;构建公英散-活性成分-药物靶点-通路网络。设置空白(不加入细胞,只加入培养基和等体积溶剂)、对照(细胞不进行药物处理而只加入培养基和等体积溶剂)和诱导处理(细胞中分别加入培养基和150,200,250,300,500,1000μg/mL的公英散药液),每个处理6个重复,采用CCK8法筛选公英散药液质量浓度。根据筛选得到的公英散药液质量浓度设公英散低剂量组、中剂量组、高剂量组及空白组、模型组,采用Western-blot检测关键靶点蛋白表达水平。结果表明:共筛选出公英散药物活性成分75个,对应靶点729个,乳房炎差异表达基因281个,二者交集靶点42个;交集靶点蛋白互作网络分析度值最高的3个潜在靶点为IL-6、PTGS2、MMP9;相关通路主要涉及疟疾、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号、脂质与动脉粥样硬化、TNF信号通路、PPAR信号通路和NF-κB通路等;公英散作用靶点度值排名前5位的是CA2、MMP9、EGFR、PTGS2、CA6。因此,选择IL-6、MMP9和PTGS23个关键靶点蛋白进行试验验证。与对照相比,150,200,250,300μg/mL的公英散药液对牛乳腺上皮细胞活力影响不显著(P>0.05),500,1000μg/mL的公英散药液对细胞活力具有极显著的抑制作用(P<0.01)。因此,选择150,200,250μg/mL的公英散药液(分别作为低、中、高剂量组)进行后续试验。与空白组相比,模型组IL-6、PTGS2和MMP9相对表达量极显著升高(P<0.01);与模型组相比,低剂量组IL-6、PTGS2、MMP9相对表达量降低但差异不显著(P>0.05),中剂量组显著降低(P<0.05),而高剂量极显著降低(P<0.01)。说明中高质量浓度的公英散药液能够有效抑制炎症标志物的表达,并通过多种活性成分协同作用从而影响多条信号传导通路来实现对奶牛乳房炎的治疗效果。 展开更多
关键词 geo数据库 网络药理学 公英散 奶牛乳房炎 细胞试验验证
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GEO多芯片联合eQTL、机器学习预测抑郁症的生物标志物及免疫浸润分析
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作者 梁科 何乾超 +2 位作者 高玉广 赵帅 唐海秀 《生物医学》 2025年第4期688-701,共14页
抑郁症是一种普遍的心理障碍,影响着全球数以百万计的人群。其疗效不稳定和高复发率。近年来,基因表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)研究为理解抑郁症的遗传基础提供了新的视角。本研究从eQTLGen联盟获取了顺... 抑郁症是一种普遍的心理障碍,影响着全球数以百万计的人群。其疗效不稳定和高复发率。近年来,基因表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)研究为理解抑郁症的遗传基础提供了新的视角。本研究从eQTLGen联盟获取了顺式eQTL数据(ukb-d-F5_DEPRESSIO、ebi-a-GCST003769和ebi-a-GCST005902),并结合GEO数据库中的五个基因表达数据集(GSE98793、GSE19738、GSE44593、GSE54568和GSE54570),筛选出与抑郁症相关的差异表达基因。选择合适的工具变量进行MR分析,采用多种统计方法综合评估eQTL与抑郁症之间的因果关系。随后,利用受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic, ROC)曲线分析突出诊断潜力的基因。基因本体(Gene Ontology, GO)和KEGG通路分析生物过程。LASSO回归分析进一步筛选核心基因。构建转录因子(TF)-miRNA-枢纽基因调控网络,识别miRNA和转录因子。最终,通过CIBERSORT算法分析抑郁症患者与健康对照组之间的免疫细胞浸润差异,并探讨核心基因与免疫细胞浸润之间的相关性。结果LASSO回归分析保留了4个关键基因(LTF、OLFM4、AKR1C3、WEE1),排除了EVI2A,因为其AUC值低于0.5。我们构建了一个转录因子(TF)-miRNA-枢纽基因调控网络,识别出48个miRNA和56个转录因子。免疫细胞浸润分析显示抑郁症组与对照组之间存在显著差异,记忆性CD4+ T细胞和巨噬细胞的比例发生了改变。这些发现强调了识别出的基因和免疫细胞作为治疗靶点的潜力。未来的研究应专注于这些发现的临床应用和机制探索,以改善抑郁症的早期诊断和治疗。 展开更多
关键词 geo EQTL 机器学习 抑郁症 免疫浸润
暂未订购
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