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利用统计语言模型对GenoCAD设计结果进行优化
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作者 方刚 张社民 《统计与信息论坛》 CSSCI 北大核心 2016年第8期20-25,共6页
GenoCAD(www.genocad.com)是一种基于Web的免费合成生物学设计软件,使用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。不断地点击代表各种合成生物学标准"零件"的图标,以一种语法进行设计,最后就可以得到由数十个功能片段组成的复... GenoCAD(www.genocad.com)是一种基于Web的免费合成生物学设计软件,使用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。不断地点击代表各种合成生物学标准"零件"的图标,以一种语法进行设计,最后就可以得到由数十个功能片段组成的复杂质粒载体。但是一般来讲在GenoCAD中,每一类的合成生物学标准"零件"数量众多。随着这些标准"零件"的不断开发,其数量也在进一步增加,目前选择合适的"零件"组装成功能性的质粒载体费时费力并且容易发生错误。在进行载体设计的最后阶段,从众多的"零件"中选择合适的往往比较困难。为解决这一问题,采用自然语言处理的统计语言模型,并以该模型为基础应用动态规划算法优化质粒载体设计,从众多的选项中找出最优者。利用这一方法可以减少进行生物学实验的冗余操作,从而减少载体构建过程中的花费。 展开更多
关键词 合成生物学 统计语言模型 动态规划算法 genocad
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动态规划算法对GenoCAD设计结果的优化（英文）
2
作者 方刚 《生物信息学》 2016年第3期173-180,共8页
Geno CAD(www.genocad.com)是一种基于Web的免费合成生物学设计软件,用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。持续点击代表各种合成生物学标准"零件"的图标,以一种语法进行设计,最后就可以得到由数十个功能片段组成的复杂... Geno CAD(www.genocad.com)是一种基于Web的免费合成生物学设计软件,用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。持续点击代表各种合成生物学标准"零件"的图标,以一种语法进行设计,最后就可以得到由数十个功能片段组成的复杂质粒载体。但是在GenoCAD中,每一类的合成生物学标准"零件"数量众多。随着这些标准"零件"的不断开发,其数量也在进一步增加,目前选择合适的"零件"组装成功能性的质粒载体费时费力并且容易发生错误。在进行载体设计的最后阶段,从众多的"零件"中选择合适的往往比较困难。为解决这一问题,本文采用了自然语言处理的统计语言模型,它最初用于自然语言识别,用来估算一组词串成为一个正确语句的概率的大小。本文最后以该模型为基础应用动态规划算法优化质粒载体设计,从众多的选项中找出最优者。利用这一方法可以减少进行生物学实验的冗余操作,从而减少载体构建过程中的花费。 展开更多
关键词 合成生物学 统计语言模型 动态规划算法 生物学“零件” genocad
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