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应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统探讨毛干样本线粒体DNA异质性
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作者 程凤 张庆霞 +4 位作者 陈成建 李万婷 张家榕 张更谦 严江伟 《法医学杂志》 CAS CSCD 2021年第1期21-25,共5页
目的应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩... 目的应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨。方法采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩增,应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统对线粒体全基因组进行分析检测。结果2名个体的颞部毛干样本线粒体DNA出现异质性,其余6名无关个体的口腔拭子、血液及不同部位毛干样本的线粒体全基因组分型结果均一致。8名无关个体共观察到119个碱基变异,个体的变异位点数目分别为29、40、38、35、13、36、40和35。结论应用HID Ion GeneStudio^(TM) S5测序系统可全面了解序列多态性。 展开更多
关键词 法医遗传学 DNA 线粒体 全基因组 HID Ion genestudio^(TM)S5测序系统 毛干
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血流感染样本宏基因组检测平台评估与流程优化研究 被引量:2
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作者 彭鑫 范航 +7 位作者 崔梦楠 林磊 裴广倩 王云飞 左秀娟 方小凤 郭彦 崔玉军 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期928-934,共7页
目的比较MGISEQ-2000、Illumina NextSeq 2000和Ion GeneStudio S5 Plus三种宏基因组测序平台之间的性能差异。同时,针对血流感染样本微生物浓度低的问题,对痕量样本测序流程进行优化。方法采用上述3种测序平台对DNA标准品和模拟样本进... 目的比较MGISEQ-2000、Illumina NextSeq 2000和Ion GeneStudio S5 Plus三种宏基因组测序平台之间的性能差异。同时,针对血流感染样本微生物浓度低的问题,对痕量样本测序流程进行优化。方法采用上述3种测序平台对DNA标准品和模拟样本进行高通量测序,通过分析原始数据质量、对微生物的检出能力等,比较3种平台之间存在的系统差异。同时通过在建库过程中加入外源核酸的方法,优化痕量样本的测序准确性及可靠性。结果在单批次数据量产出、碱基质量方面,MGISEQ-2000高于其它两种平台。在重复reads比例方面,Illumina NextSeq 2000最低,Ion GeneStudio S5 Plus最高,各平台间均有统计学差异(P<0.001)。在测序均一性方面,MGISEQ-2000高于Illumina NextSeq 2000,两者均高于Ion GeneStudio S5 Plus。在微生物检出能力方面,MGISEQ-2000表现出显著优势(P<0.001)。随着菌液浓度降低,差异逐渐减小。在单批次运行时间方面,Ion GeneStudio S5 Plus最短。此外,针对DNA含量≤0.05 ng的痕量样本,实验组(加入外源核酸)比对到的reads数高于对照组(不加外源核酸),倍数为11.09±8.03。结论不同测序平台各有优缺点,实验者可根据不同需求选择合适的测序平台。同时,加入外源核酸,可有效提高微生物的检出效率,为后续结果评估和临床诊断提供更佳支持。 展开更多
关键词 MGISEQ-2000 Illumina NextSeq 2000 Ion genestudio S5 Plus mNGS 痕量
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