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基于gyrB基因鉴定分析污染中药的芽孢杆菌 被引量:1
1
作者 甘永琦 刘成 +5 位作者 朱斌 樊兰艳 农浚 黄结 零文超 卢曼曼 《中国药学杂志》 北大核心 2025年第3期244-249,共6页
目的鉴定分析污染中药的芽孢杆菌种类。方法筛选更适用于gyrB基因扩增条件的反应体系,并对污染中药制剂、中药材、饮片和中药提取物的芽孢杆菌进行测序,通过对比基因序列和构建系统发育树分析污染菌的种类和同源性。结果枯草芽孢杆菌是... 目的鉴定分析污染中药的芽孢杆菌种类。方法筛选更适用于gyrB基因扩增条件的反应体系,并对污染中药制剂、中药材、饮片和中药提取物的芽孢杆菌进行测序,通过对比基因序列和构建系统发育树分析污染菌的种类和同源性。结果枯草芽孢杆菌是各类样品中最常见的污染菌,其次为贝莱斯芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌等,并检出条件致病菌蜡样芽孢杆菌;gyrB基因对芽孢杆菌各种、亚种具有较好的分辨力,能够有效区分同一种污染菌在不同生产企业间的菌株亲缘关系,并呈现来源的相关性。结论为保证中药产品的质量和安全性,生产企业需加强从生产过程的源头控制原辅料带来的污染,根据中药品种的特性选择适宜的灭菌工艺。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 gyrb基因 中药 微生物鉴定
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促旋酶(gyrase)B亚单位基因gyrB在鉴别细菌近缘种中的应用 被引量:51
2
作者 李献梅 王小芬 +2 位作者 杨洪岩 高秀芝 崔宗均 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期701-706,共6页
单拷贝的gyrB是普遍存在于细菌中编码促旋酶B亚单位的基因,该基因进化速率快,每100万年的平均碱基替换率为0.7%~0.8%。研究证明,该区段基因能对假单胞菌、芽孢杆菌、弧菌、肠杆菌、分枝杆菌、气单胞菌、乳酸菌等不同属或科内的近缘种... 单拷贝的gyrB是普遍存在于细菌中编码促旋酶B亚单位的基因,该基因进化速率快,每100万年的平均碱基替换率为0.7%~0.8%。研究证明,该区段基因能对假单胞菌、芽孢杆菌、弧菌、肠杆菌、分枝杆菌、气单胞菌、乳酸菌等不同属或科内的近缘种进行区分鉴定,还可通过设计种特异性引物进行定量PCR或者限制性片段分析,同时也能结合变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)追踪微生物的动态。gyrB基因弥补了非蛋白编码基因16SrDNA或者基因间隔序列(ITS)DNA无法区分近缘种的缺陷,给近缘种的鉴别或者其群体指纹图谱的分析带来了新的希望,为当前国内外用于近缘种研究的热点,是细菌系统发育分析上非常值得重视的新靶标。 展开更多
关键词 促旋酶 gyrb 近缘种 系统发育
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利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定 被引量:57
3
作者 喻国辉 牛春艳 +2 位作者 陈远凤 陈燕红 杨紫红 《中国生物防治》 CSCD 北大核心 2010年第2期160-166,共7页
克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴... 克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴定到种;然后分别利用克隆的gyrA基因和gyrB基因以及其BLAST分析结果构建系统发育树,最终将该菌株确定为枯草芽孢杆菌(B.subtilis)。结果显示利用16S rDNA与gyrA基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌,利用16S rDNA与gyrB基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌及其近缘种。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16S RDNA GYRA基因 gyrb基因 鉴定
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霍乱弧菌和副溶血弧菌分离株的gyrB基因系统发育分析 被引量:18
4
作者 侯晓丽 曹清毅 +1 位作者 潘劲草 陈智 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期884-889,共6页
依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法... 依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法与最大似然法构建系统发育树。两种方法所构建的树结构完全一致,霍乱弧菌、副溶血弧菌、嗜水气单胞菌及类志贺邻单胞菌各自形成一个独立的簇。其中,霍乱肠毒素基因(ctxA)阳性的霍乱弧菌(8株O139群与2株O1群ElTor型)聚类成一分枝;3株副溶血弧菌临床株(1株2002年流行株,2株2004年分离株)与1日本菌株及2001年1株自环境分离的毒力株聚类。系统发育分析靶分子gyrB基因可以良好区分上述4种常见病原菌。产毒O139群霍乱弧菌与产毒O1群ElTor型霍乱弧菌关系密切。副溶血弧菌环境毒力株与本地区临床主要流行株在系统发育关系上较为接近,可能是潜在的致病菌。 展开更多
关键词 gyrb基因 系统发育分析 霍乱弧菌 副溶血弧菌 嗜水气单胞菌 类志贺邻单胞菌
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结核分枝杆菌对左氧氟沙星与莫西沙星的交叉耐药性及gyrA和gyrB基因突变分析 被引量:23
5
作者 李国利 陈澎 +3 位作者 孙昌文 张灵霞 李邦印 赵雁林 《中国防痨杂志》 CAS 2010年第10期616-621,共6页
目的研究结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)对左氧氟沙星(1evofloxacin,LVF)与莫西沙星(moxifloxacin,MXF)的交叉耐药性,分析gyrA和gyrB基因突变位点分布及突变位点与耐药水平的关系。方法采用改良罗氏培养基检测... 目的研究结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)对左氧氟沙星(1evofloxacin,LVF)与莫西沙星(moxifloxacin,MXF)的交叉耐药性,分析gyrA和gyrB基因突变位点分布及突变位点与耐药水平的关系。方法采用改良罗氏培养基检测MTB标准菌株H。,Rv、66株LVF耐药和55株LVF敏感的MTB临床分离菌株LVF和MXF的最低抑菌浓度(minimal inhibition concentration,MIC)。通过PCR直接测序法测定gyrA和gyrB耐药基因片段。结果MXF的MIC比LVF低2~4倍,MXF抗MTB菌株的活性是LVF的2~4倍。MTB标准菌株H37Rv未见gyrA和gyrB基因突变。66株LVF耐药和55株LVF敏感菌株均存在gyrAAGc95ACC(Ser→Thr)突变;55株LVF敏感菌株gyrA和gyrB基因未见其他突变。66株LVF耐药菌株中,40株(60.6%)gyrA GAC94(AAC或GGC或GCC或CAC或TAC)(Asp→Asn或Gly或Ala或His或Tyr)突变;19株(28.8%)gyrAGCG90GTG(Ala→Val)和1株(1.59/6)gyrA GCG90AAG(Ala→Lys)(未见报导)双碱基突变;3株(4.6%)gyrA TCG91CCG(Ser→Pro)突变;1株(1.5%)gyrBGAC500AAC(Asp→Asn)突变;2株(3.0%)呈gyrA GAC94(AAC或GCC)(Asp→Asn或Ala)与gyrB GGG551AGG(Gly→Arg)(未见报导)双位点突变。gyrA GAC94(AAC或GGC)(Asp→Asn或Gly)突变引起FOs药物较高水平耐药;GAC94GCC(Asp→Ala)和GCG90GTG(A1a→Val)突变引起FQs药物较低水平耐药。结论LVF与MXF之间存在交叉耐药,MXFMIC随LVFMIC增高而增高,但耐药水平不同。GyrA基因突变位点可能与耐药水平有关,有可能根据基因突变的位点分析耐药水平。 展开更多
关键词 分枝杆菌 结核 抗药性 细菌 氧氟沙星 莫西沙星 GYRA gyrb
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gyrB基因在细菌分类和检测中的应用 被引量:43
6
作者 安然 易图永 +1 位作者 肖启明 邓子牛 《江西农业学报》 CAS 2010年第4期18-20,24,共4页
gyrB基因是普遍存在于细菌内编码DNA促旋酶中B亚单位蛋白的基因。综述了该基因近年来在细菌系统发育分析、细菌鉴定及临床医学应用的研究进展,并展望了其广阔的应用前景。
关键词 gyrb基因 细菌 分类 鉴定
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基于gyrB基因的SYBR Green I实时定量PCR检测病原灿烂弧菌 被引量:7
7
作者 于永翔 王印庚 +5 位作者 刘智超 廖梅杰 张正 荣小军 李彬 战文斌 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2014年第3期134-142,共9页
灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR... 灿烂弧菌Vibrio splendidus是多数海水养殖动物的主要致病菌,对养殖业危害较大。本研究根据灿烂弧菌gyrB基因的保守序列设计特异性引物,建立了SYBR Green I实时定量PCR检测灿烂弧菌的方法。构建含gyrB基因的重组质粒作为标准品,进行SYBR Green I实时定量PCR,在Tm为62℃时,扩增产物的熔解曲线仅有一个单特异峰,扩增所得标准曲线为y=-3.338x+37.67,相关系数为0.999,扩增效率为0.99,最低能检测到20个拷贝。实验结果表明,该检测技术具有较高的特异性、敏感性和重复性,对灿烂弧菌病的快速诊断和流行病学调查有重要意义。 展开更多
关键词 gyrb基因 灿烂弧菌 实时定量PCR SYBR Green I
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豫陕两省14株鸡杆菌的gyrB、16S rRNA和rpoB基因序列比较分析 被引量:4
8
作者 皇甫和平 杨霞 +6 位作者 赵军 王川庆 常洪涛 陈陆 王新卫 李乔晶 刘红英 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1103-1110,共8页
分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基... 分析河南、陕西分离的14株鸡杆菌(Gallibacterium)之间的进化关系,及gyrB基因序列比较在该菌进化分析中的作用。PCR扩增鸡杆菌分离株的gyrB、16SrRNA和rpoB3个看家基因,PCR产物纯化后直接测序。将鸡杆菌分离株、国外参考株的3个看家基因序列进行比较分析,用Phylip 3.67软件构建进化树。结果表明,14株鸡杆菌与鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis)模式株间的相似性为96.3%~98.0%(gyrB)、97.7%~99.6%(16SrRNA)和97.7%~99.0%(rpoB);14株鸡杆菌与鸡杆菌复合群1(Gallibacterium genomosp.1)参考株间的相似性为88.8%~89.9%(gyrB)、96.2%~97.5%(16SrRNA)和92.6%~93.6%(rpoB)。基于3个看家基因序列的进化分析,均显示14株鸡杆菌和鸭源鸡杆菌模式株形成单独的一个群。14株鸡杆菌分离株均属于鸭源鸡杆菌种;在3个看家基因位点,鸡杆菌河南株与陕西株之间、鸡杆菌输卵管炎病鸡分离株与健康鸡分离株之间均无明显遗传上的差异;gyrB基因序列分析可用于鸡杆菌分离株的种类鉴定,且对14株鸡杆菌与复合群1参考株的区别能力优于另外2个看家基因。 展开更多
关键词 鸡杆菌 鸭源鸡杆菌 16S RRNA RPOB gyrb 进化分析
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基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定与系统进化分析 被引量:7
9
作者 冯震 杨燕 +4 位作者 张宁 蒋波 李芳 秦峰 杨美成 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1940-1944,共5页
目的:建立伯克霍尔德菌属典型菌株DNA促旋酶亚基B(gyrB)基因序列鉴定方法,为该菌属污染物的鉴定和分类提供研究思路和方法依据。方法:选择伯克霍尔德菌属内的典型菌株,以gyrB基因为研究靶点,设计引物,特异性扩增gyrB基因片段,测定核酸序... 目的:建立伯克霍尔德菌属典型菌株DNA促旋酶亚基B(gyrB)基因序列鉴定方法,为该菌属污染物的鉴定和分类提供研究思路和方法依据。方法:选择伯克霍尔德菌属内的典型菌株,以gyrB基因为研究靶点,设计引物,特异性扩增gyrB基因片段,测定核酸序列,并进行聚类比对分析。结果:伯克霍尔德菌属内的典型菌株鉴定的gyrB基因特征序列可满足"种"水平的鉴定。结论:本文建立了基于gyrB基因的伯克霍尔德菌属核酸测序鉴定方法,菌株鉴定的gyrB基因特征序列可满足"种"水平的鉴定,为该菌属污染物的鉴定与风险排查提供方法依据。 展开更多
关键词 伯克霍尔德菌 菌种鉴定 DNA促旋酶亚基B(gyrb)基因 DNA特征序列 系统发育分析
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gyrB基因在细菌系统发育分析中的应用 被引量:56
10
作者 郝云婕 韩素贞 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第2期39-41,共3页
细菌gyrB编码DNA促旋酶的B亚单位蛋白,对细菌DNA的转录和复制很重要。因不显现频繁的基因横向转移并且基于该序列的分析与DNA杂交同源性分析有较好的一致性,近年来常被选用于细菌系统发育分析及细菌鉴定,一般采用对该基因测序或对其PCR... 细菌gyrB编码DNA促旋酶的B亚单位蛋白,对细菌DNA的转录和复制很重要。因不显现频繁的基因横向转移并且基于该序列的分析与DNA杂交同源性分析有较好的一致性,近年来常被选用于细菌系统发育分析及细菌鉴定,一般采用对该基因测序或对其PCR产物RFLP等方法进行研究。 展开更多
关键词 系统发育分析 gyrb 细菌鉴定 促旋酶 B亚单位蛋白
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几种海藻表面附着细菌的分离及其gyrB基因序列分析 被引量:4
11
作者 王子峰 李洪波 +2 位作者 逄少军 岳海东 肖天 《海洋环境科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期635-638,656,共5页
利用TCBS培养基从三种海藻:孔石莼(Ulva pertusa)、海带苗(Laminaria japonica)和多管藻(Polysiphonia urceolata)表面共分离得到10株细菌。生理生化试验和gyrB基因序列分析结果表明10株细菌都属于弧菌(Vibrio)。基于gyrB基因序列构建... 利用TCBS培养基从三种海藻:孔石莼(Ulva pertusa)、海带苗(Laminaria japonica)和多管藻(Polysiphonia urceolata)表面共分离得到10株细菌。生理生化试验和gyrB基因序列分析结果表明10株细菌都属于弧菌(Vibrio)。基于gyrB基因序列构建的系统发生树显示,菌株L5、L6、P7、P8、P10、P11、P12与Vibrio splendidus属于同一分支,序列间相似性为97.5-100%。菌株L4、P9与Vibrio cyclitrophicus属于同一分支,序列间完全一致。菌株U3在系统发生树上独立构成一个分支。本文结果表明不同海藻表面的附着细菌组成也不相同,具有一定的海藻特异性。 展开更多
关键词 附着细菌 海藻 gyrb基因 系统发生树
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太湖与广东汤溪水库微囊藻gyrB基因序列分析 被引量:3
12
作者 刘海林 章群 +2 位作者 李名立 胡韧 雷腊梅 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期221-226,共6页
测定了江苏太湖和广东汤溪水库7株铜绿微囊藻(M.aeruginosa)和1株水华微囊藻(M.flos-aquae)gyrB基因部分序列(974bp),发现40个变异位点,17个简约信息位点,平均(G+C)%为47.8%,序列间相似性≥97.10%.在NJ分子系统树上,不同种类的微囊藻混... 测定了江苏太湖和广东汤溪水库7株铜绿微囊藻(M.aeruginosa)和1株水华微囊藻(M.flos-aquae)gyrB基因部分序列(974bp),发现40个变异位点,17个简约信息位点,平均(G+C)%为47.8%,序列间相似性≥97.10%.在NJ分子系统树上,不同种类的微囊藻混杂分布,表明基因型聚类与表型无直接关系;不同地理来源的铜绿微囊藻间遗传变异小,没有明显的地理聚群,反映出地理差异并不影响遗传上的相似性;支持暂将不同藻种归为铜绿微囊藻复合种的分类处理.gyrB基因对微囊藻遗传差异的解析效果优于16S rRNA,与16S-23S ITS和cpcBA-IGS等效果相当,表明gyrB基因可能成为研究微囊藻分类和遗传变异新的良好分子标记. 展开更多
关键词 微囊藻 gyrb基因 系统发育 太湖 汤溪水库
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16S rRNA基因联合gyrB、grpE、recA基因对鸡源鲍氏志贺菌hn03株进行分子起源分析 被引量:3
13
作者 杨霞 陈陆 +5 位作者 赵军 王新卫 常洪涛 刘红英 姚慧霞 王川庆 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期983-989,共7页
为了从基因水平鉴定鸡源鲍氏志贺菌,分别根据GenBank中登陆的相应序列针对16S rRNA、gyrB、grpE、re-cA 4基因设计4对引物,用PCR扩增出鸡源鲍氏志贺菌4基因的部分片段并进行了克隆测序。将所获序列与Gen-Bank中同源性较高的相关序列相比... 为了从基因水平鉴定鸡源鲍氏志贺菌,分别根据GenBank中登陆的相应序列针对16S rRNA、gyrB、grpE、re-cA 4基因设计4对引物,用PCR扩增出鸡源鲍氏志贺菌4基因的部分片段并进行了克隆测序。将所获序列与Gen-Bank中同源性较高的相关序列相比较,计算种间相似性,并构建志贺菌的系统发育树,对分离株进行分类与鉴定。研究发现,从4基因的序列分析结果总体上可知鸡源志贺菌与人鲍氏志贺菌同源关系最近,同源性达99.6%~100%。几乎所有志贺菌均落入大肠杆菌的分支中,且在鉴别细菌中recA基因和gyrB基因比传统中常用的16SrRNA基因差异更显著。由此证明用细菌分类和鉴定的"金标准"16SrRNA联合gyrB、grpE、recA3个基因进行序列分析来鉴定志贺菌是一种可靠、成本较低的方法;由上述基因序列构建的系统发育树提示,该株鸡源志贺菌可能是与人志贺菌密切相关的新种或是它们的亚种。 展开更多
关键词 鸡鲍氏志贺菌 16S rRNA gyrb GRPE RECA 同源性分析
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郑州地区耐多药结核分枝杆菌gyrA和gyrB基因突变特征及对氟喹诺酮类药物耐药研究 被引量:9
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作者 梁丽丽 苑星 +2 位作者 刘新 崔秀琴 高谦 《新乡医学院学报》 CAS 2018年第10期874-878,共5页
目的分析郑州地区耐多药(MDR)结核分枝杆菌(MTB)临床分离株中gyrA和gyrB基因突变特征及其对氟喹诺酮类(FQs)药物耐药的特点。方法收集2015年5月至2016年12月河南省胸科医院收治的256例肺结核患者的痰标本,进行MTB固体罗氏培养、液体分... 目的分析郑州地区耐多药(MDR)结核分枝杆菌(MTB)临床分离株中gyrA和gyrB基因突变特征及其对氟喹诺酮类(FQs)药物耐药的特点。方法收集2015年5月至2016年12月河南省胸科医院收治的256例肺结核患者的痰标本,进行MTB固体罗氏培养、液体分枝杆菌培养,MTB培养阳性者行比例法药物敏感性试验,采用聚合酶链式反应扩增MDR MTB的gyrA和gyrB基因,对扩增产物进行测序和序列比对分析。应用耐药基因判断MDR MTB对FQs药物耐药的敏感性和特异性。结果 256例患者中MTB培养阳性215例,其中非MDR肺结核患者137例,MDR肺结核患者78例。78株MDR MTB临床分离株对氧氟沙星(Ofx)、0.5 mg·L^(-1)莫西沙星(Mfx 0.5)及2.0 mg·L^(-1)莫西沙星(Mfx 2.0)的耐药率分别为55.1%(43/78)、55.1%(43/78)、32.1%(25/78);137株非MDR MTB临床分离株对Ofx、Mfx 0.5及Mfx 2.0的耐药率分别为7.3%(10/137)、5.8%(8/137)、0.7%(1/137);非MDR MTB临床分离株对Ofx、Mfx0.5、Mfx2.0的耐药率显著低于MDR MTB临床分离株(χ~2=61.21、66.73、45.87,P<0.001)。gyrA基因、gyrB基因在Ofx耐药株中的突变率分别为90.7%(39/43)、11.6%(5/45);gyrA基因、gyrB基因在Mfx 0.5耐药株中的突变率分别为88.4%(38/43)、11.6%(5/43);gyrA基因、gyrB基因在Mfx 2.0耐药株中的突变率分别为100.0%(25/25)、12.0%(3/25)。以FQs药物敏感性试验结果为金标准,gyrA基因突变判断MDR MTB对Ofx、Mfx 0.5、Mfx 2.0耐药的敏感性分别为90.7%、88.4%、58.1%,特异性分别为88.6%、85.7%、100.0%,gyrB基因突变判断MDR MTB对Ofx、Mfx 0.5、Mfx 2.0耐药的敏感性分别为62.5%、62.5%、37.5%,特异性分别为45.7%、45.7%、68.6%,检测gyrA基因突变判断MDR MTB对FQs药物耐药的特异性高于gyrB基因突变(χ~2=17.86、15.44、13.92,P<0.001),检测gyrA基因突变判断MDR MTB对Ofx耐药的敏感性高于gyrB基因突变(χ~2=4.53,P<0.05)。结论郑州地区MDR MTB对FQs耐药率较高,耐药的主要原因是gyrA基因突变,最常见的gyrA基因突变位于94位点。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 氟喹诺酮类 氧氟沙星 莫西沙星 基因型 耐多药 突变 GYRA基因 gyrb基因
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基于gyrB基因的地衣芽孢杆菌PCR快速检测方法的建立 被引量:8
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作者 李宏 吴海武 +3 位作者 孟凡同 孙乐弟 谢珍玉 李立英 《海南大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第3期230-233,239,共5页
根据6株地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的gyrB基因序列设计了1对特异性引物F1和R1,扩增产物大小为303 bp,以此引物对为基础,成功建立了灵敏度为1×10-3mg·L-1(约为200个细菌/反应)的地衣芽孢杆菌PCR快速检测方法 .该方... 根据6株地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的gyrB基因序列设计了1对特异性引物F1和R1,扩增产物大小为303 bp,以此引物对为基础,成功建立了灵敏度为1×10-3mg·L-1(约为200个细菌/反应)的地衣芽孢杆菌PCR快速检测方法 .该方法具有快速、灵敏度高、特异性强等优点,它为今后从微生物群落结构复杂的环境中分离地衣芽孢杆菌奠定了良好的基础. 展开更多
关键词 地衣芽孢杆菌 gyrb基因 PCR
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短乳杆菌gyrB基因的扩增与测序 被引量:4
16
作者 赵敏 潘劲草 +3 位作者 李学梅 叶榕 俞骅 孙培龙 《中国卫生检验杂志》 CAS 2007年第8期1378-1380,共3页
目的:为检测短乳杆菌gyrB基因序列。方法:设计两对简并引物对3种啤酒污染乳酸杆菌进行PCR扩增,获得短乳杆菌部分目的基因片断。并将该片断克隆至pGEM-T Easy载体,经限制性内切酶分析和测序获得短乳杆菌gyrB基因部分序列。结果:通过对序... 目的:为检测短乳杆菌gyrB基因序列。方法:设计两对简并引物对3种啤酒污染乳酸杆菌进行PCR扩增,获得短乳杆菌部分目的基因片断。并将该片断克隆至pGEM-T Easy载体,经限制性内切酶分析和测序获得短乳杆菌gyrB基因部分序列。结果:通过对序列进行进化树分析,发现该序列与啤酒典型污染菌植物乳酸杆菌gyrB序列相似性较高。结论:短乳杆菌gyrB序列对于建立啤酒中短乳杆菌快速检测具有十分重要的意义。 展开更多
关键词 啤酒 短乳杆菌 gyrb基因 测序
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副溶血弧菌的gyrB基因环介导的恒温扩增技术检测方法的研究 被引量:4
17
作者 王虹玲 朱水荣 梅玲玲 《疾病监测》 CAS 2009年第8期621-624,共4页
目的建立一种适合基层实验室应用和开展的快速检测副溶血弧菌的DNA环介导的恒温扩增法(LAMP)。方法针对副溶血弧菌的gyrB基因序列设计了4条引物(2条内引物、2条外引物),并对扩增反应条件进行了优化。结果整个检测过程仅需1.5h,可通过肉... 目的建立一种适合基层实验室应用和开展的快速检测副溶血弧菌的DNA环介导的恒温扩增法(LAMP)。方法针对副溶血弧菌的gyrB基因序列设计了4条引物(2条内引物、2条外引物),并对扩增反应条件进行了优化。结果整个检测过程仅需1.5h,可通过肉眼目测或电泳检测判断结果;对3株种系背景明确的副溶血弧菌不同实验对照株、23株副溶血弧菌地方分离株和32株其他肠道菌进行了检测,具有很高的特异性;该方法的最低检测限为24cfu/ml,具有良好的敏感性;应用于61份贝类海产品的现场检测,阳性率为100%,与实时荧光定量PCR方法的检测结果相符,阳性率高于传统的培养鉴定方法。结论本方法具有快速、灵敏、特异、简便、经济等特点,适合基层实验室、应急检测或现场监测等使用,具有较高的推广价值。 展开更多
关键词 副溶血弧菌 DNA环介导的恒温扩增法 gyrb基因 目测
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基于gyrB序列Taqman实时荧光PCR检测在MTC鉴定中的应用 被引量:4
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作者 张诗蒙 尹小毛 +2 位作者 刘非 郑磊 王前 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2014年第3期472-474,共3页
目的:初步分析基于gyrB序列的Taqman实时荧光PCR在MTC(结核分枝杆菌复合群)鉴定中的应用。方法:根据MTC gyrB序列设计引物和探针,应用荧光定量PCR对14株标准株及90株临床分离株进行临床研究,并与测序法结果进行比较。结果:14株标准株中... 目的:初步分析基于gyrB序列的Taqman实时荧光PCR在MTC(结核分枝杆菌复合群)鉴定中的应用。方法:根据MTC gyrB序列设计引物和探针,应用荧光定量PCR对14株标准株及90株临床分离株进行临床研究,并与测序法结果进行比较。结果:14株标准株中,非洲分枝杆菌与结核分枝杆菌结果为阳性,其余结果为阴性;30株临床分离株与ITS测序比较,有1株NTM结果为阳性,1株MTC结果为阴性,其余菌株检测结果与测序结果符合,分析特异度高;将60株临床分离株的检测结果与测序结果进行比较,得到该方法的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值均为100%。结论:采用基于gyrB序列的Taqman荧光PCR可快速检测和鉴别MTC和NTM。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 gyrb基因 Taqman实时荧光PCR
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采用gyrB基因扩增快速鉴定结核分枝杆菌复合群的初步研究 被引量:5
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作者 尹小毛 刘志辉 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2010年第23期4262-4264,共3页
目的:初步分析gyrB基因扩增用于结核分枝杆菌复合群(MTC)快速鉴定的可行性。方法:采用特异性引物进行分枝杆菌标准株和临床株的gyrB基因扩增,再通过琼脂糖凝胶电泳观察聚合酶链反应(PCR)结果。结果:15株各种分枝杆菌标准株中,结核分枝杆... 目的:初步分析gyrB基因扩增用于结核分枝杆菌复合群(MTC)快速鉴定的可行性。方法:采用特异性引物进行分枝杆菌标准株和临床株的gyrB基因扩增,再通过琼脂糖凝胶电泳观察聚合酶链反应(PCR)结果。结果:15株各种分枝杆菌标准株中,结核分枝杆菌(MTB)、牛分枝杆菌和非洲分枝杆菌均扩增出1184bp目的片段,而其余分枝杆菌PCR结果为阴性;94株分枝杆菌临床株中,60株MTB和10株牛分枝杆菌扩增阳性,而其他分枝杆菌(包括6株脓肿分枝杆菌、5株偶发分枝杆菌、4株龟分枝杆菌、3株鸟分枝杆菌、3株胞内分枝杆菌、2株耻垢分枝杆菌、1株堪萨斯分枝杆菌)均扩增阴性。结论:采用针对MTC的特异性引物进行gyrB基因扩增能快速、准确地鉴别MTC和非结核分枝杆菌。 展开更多
关键词 分枝杆菌属 gyrb基因 结核分枝杆菌复合群 聚合酶链反应
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湖南省柑橘溃疡病菌gyrB和16S rRNA的扩增和序列分析 被引量:4
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作者 高爽 陈武 戴良英 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第5期76-78,共3页
为了解湖南省不同地区柑橘溃疡病菌遗传多样性,从湖南省黔阳、祁阳、衡山、道县、茶陵、永兴、沅江、零陵8个柑橘主产区采集样本,分离病原菌,PCR扩增其gyrB基因和16S rRNA序列,阳性样品送样测序。利用生物信息学软件,将测序结果与GenBan... 为了解湖南省不同地区柑橘溃疡病菌遗传多样性,从湖南省黔阳、祁阳、衡山、道县、茶陵、永兴、沅江、零陵8个柑橘主产区采集样本,分离病原菌,PCR扩增其gyrB基因和16S rRNA序列,阳性样品送样测序。利用生物信息学软件,将测序结果与GenBank中柑橘溃疡病菌相近的黄单胞杆菌构建系统发生树,对比2个不同序列扩增的分辨率。结果表明,gyr B基因比16S rRNA序列分辨率高;利用gyr B基因除了能分析亲缘较近的外源菌株,还能对同属但是生长地区有异的菌株进行更深入的区分。 展开更多
关键词 柑橘溃疡病 遗传多样性 gyrb基因 16S RRNA
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