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基于GTEx联合TCGA数据集筛选肝癌中mRNA研究 被引量：1
1
作者 张燕明 韩涛 +1 位作者 郑振东 韩磊 《临床军医杂志》 CAS 2019年第12期1281-1283,共3页
目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存... 目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存时间作生存分析,寻找对肝癌预后产生影响的mRNA,并通过GO、KEGG富集分析其相关机制。结果共获取334个差异表达mRNA。通过生存分析发现,CFB、FCN3、CFHR2、COLEC10等110个差异mRNA与肝癌患者预后相关。GO、KEGG富集结果提示,humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等与肝癌患者生存时间相关。结论共获得110个与肝癌患者总生存相关的差异基因,其可能通过humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等功能集发挥生物学作用,对mRNA在肝癌领域的研究具有借鉴价值。 展开更多
关键词 肝癌 MRNA gtex数据集 TCGA数据集 预后
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