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双硫死亡关键调控基因TCGA/GTEx联合队列分析揭示HNSCC预后生物标志物及潜在治疗靶点
1
作者 殷姿 祝常青 +2 位作者 孟盼盼 李巧琴 李凯 《湖北医药学院学报》 2025年第5期544-549,共6页
目的:系统分析双硫死亡(disulfidptosis)相关长链非编码RNA(DRLs)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的预后价值及免疫调控机制。方法:整合TCGA和GTEx数据库的511例HNSCC组织及44例正常组织数据,通过... 目的:系统分析双硫死亡(disulfidptosis)相关长链非编码RNA(DRLs)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的预后价值及免疫调控机制。方法:整合TCGA和GTEx数据库的511例HNSCC组织及44例正常组织数据,通过皮尔逊相关性分析(|R|>0.4,P<0.001)筛选DRLs,结合单变量COX回归(P<0.05)和LASSO-COX回归(10折交叉验证)构建预后模型。采用Kaplan-Meier、ROC曲线(1/3/5年AUC)及PCA评估模型效能;通过ssGSEA、ESTIMATE和TIDE分析免疫微环境;RT-PCR验证DRLs表达。结果:成功构建包含6个DRLs(AC083967.1、AC106820.5等)的预后模型(3年AUC=0.716)。高风险组免疫评分降低(P<0.05),TIDE评分升高(P<0.05),提示免疫逃逸倾向。功能富集显示DRLs调控抗原呈递和Nod样受体通路(FDR<0.05)。实验验证6个DRLs在HNSCC细胞系中差异表达(与HOK相比,P<0.05)。结论:DRLs可作为HNSCC预后标志物,并潜在调控免疫微环境,为个体化治疗提供新靶点。 展开更多
关键词 头颈部鳞状细胞癌 双硫死亡 TCGA/gtex 预后标志物 免疫微环境 生物信息学
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基于TCGA与GTEx数据库分析AEBP1基因在不同分型胶质瘤中的表达及对预后的影响 被引量：4
2
作者 王伟 王茂德 +2 位作者 姜海涛 李传坤 答嵘 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期503-508,共6页
目的探讨AEBP1基因及其剪接异构体在不同分型胶质瘤中的表达,分析AEBP1基因对不同分型胶质瘤患者预后的影响。方法利用GEPIA2可视化网络分析工具,对TCGA数据库中胶质母细胞瘤(GBM)(经典型、间充质型、神经元型、原神经元型)与低级别胶质... 目的探讨AEBP1基因及其剪接异构体在不同分型胶质瘤中的表达,分析AEBP1基因对不同分型胶质瘤患者预后的影响。方法利用GEPIA2可视化网络分析工具,对TCGA数据库中胶质母细胞瘤(GBM)(经典型、间充质型、神经元型、原神经元型)与低级别胶质瘤(LGG)(星型细胞瘤、少突星型细胞瘤、少突胶质细胞瘤)组织,与TCGA和GTEx数据库中人体正常组织样本采用单因素方差分析法比较AEBP1基因表达水平。绘制小提琴图分析AEBP1基因剪接异构体在胶质瘤中的分布趋势。绘制Kaplan-Meier生存曲线并采用Logrank检验分析GBM与LGG肿瘤组织中AEBP1基因表达水平对胶质瘤患者预后的影响。结果GBM总体及4种分型GBM的肿瘤组织中AEBP1的表达均高于正常对照组织(P<0.05)。LGG中星型细胞瘤与少突星型细胞瘤肿瘤组织中AEBP1的表达高于正常对照组织(P<0.05)。GBM与LGG中有9种AEBP1基因剪接异构体表达且GBM中表达水平均较高。GBM患者总体与原神经元型GBM患者的AEBP1低表达组整体生存期(OS)优于高表达组(P<0.05)。LGG患者总体与星型胶质细胞瘤患者AEBP1低表达组OS与无进展生存期均优于高表达组(P<0.05)。结论AEBP1在GBM与LGG的发病与发展中具有重要临床价值,可作为评估原神经元型GBM与星型胶质细胞瘤患者预后的标志物,并可能成为靶向治疗的候选基因。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 低级别胶质瘤 AEBP1基因 TCGA数据库 gtex数据库
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基于GTEx数据库对COVID-19结合基因ACE2的分析 被引量：3
3
作者 余克富 雷莉 +2 位作者 徐蓓 梅升辉 赵志刚 《中南药学》 CAS 2020年第9期1460-1463,共4页
目的探讨血管紧张素转化酶2受体基因(ACE2)在正常人组织器官中的表达,结合新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者临床症状分析两者间的关系,利用生物信息学方法揭示ACE2可能的效应通路。方法从基因型-组织表达(GTEx)数据库下载ACE2在人体各组... 目的探讨血管紧张素转化酶2受体基因(ACE2)在正常人组织器官中的表达,结合新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者临床症状分析两者间的关系,利用生物信息学方法揭示ACE2可能的效应通路。方法从基因型-组织表达(GTEx)数据库下载ACE2在人体各组织的表达数据,并用R软件对数据进行处理。通过GO富集分析其相关机制,并探讨长链非编码RNA和ACE2的相关性。结果ACE2在正常人体不同器官均有一定程度的表达,表达量从高到低依次为:心、肾、肺、肝、胃、脑、脾,差异有统计学意义(F=820.03,P<0.001)。ACE2在不同组织中也有一定程度的表达,表达量从高到低依次为:睾丸、脂肪、神经、肌肉、血,差异有统计学意义(F=3592.75,P<0.001)。GO富集结果提示,基因ACE2主要参与调节肽和激素的分泌、调节蛋白质异二聚活性;同时长链非编码LINCO2082与ACE2成显著正相关性。结论ACE2在人体各组织器官均有一定程度的表达,可能与COVID-19患者器官损害存在一定的相关性,临床应密切观察。 展开更多
关键词 gtex数据集 血管紧张素转化酶2 新型冠状病毒肺炎 富集分析
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基于基因表达量聚类的eQTL高效检测方法
4
作者 吴泓杉 赵亚宁 +1 位作者 顾林林 方铭 《集美大学学报(自然科学版)》 2025年第5期439-447,共9页
提出一个二倍体生物通用的eQTL鉴定的新方法。新方法利用一些基因组区域中基因表达量之间的相关性,将具有较高相关性(r^(2)>0.5)的基因聚合在一起,进而利用多性状联合分析模型鉴定出能同时调控多个基因表达的cis-和trans-eQTL。在对... 提出一个二倍体生物通用的eQTL鉴定的新方法。新方法利用一些基因组区域中基因表达量之间的相关性,将具有较高相关性(r^(2)>0.5)的基因聚合在一起,进而利用多性状联合分析模型鉴定出能同时调控多个基因表达的cis-和trans-eQTL。在对人类GTEx公共数据集进行分析时,用新方法研究了GTEx.v8数据集的6种组织,均发现了新的eQTL,使eQTL数量增加了15.3%,显著提高了eQTL的检测效力。 展开更多
关键词 EQTL gtex 基因聚类 多性状联合分析 检测方法
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基于GTEx联合TCGA数据集筛选肝癌中mRNA研究 被引量：1
5
作者 张燕明 韩涛 +1 位作者 郑振东 韩磊 《临床军医杂志》 CAS 2019年第12期1281-1283,共3页
目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存... 目的探讨mRNA在肝癌及对照正常肝组织中的表达差异,并分析其与肝癌预后的关系。方法提取GTEx和TCGA数据库中肝癌样本的mRNA表达量及肝癌生存数据。通过WilcoxTest算法比较正常组织与肿瘤组织数据的mRNA表达量。联合差异mRNA与临床生存时间作生存分析,寻找对肝癌预后产生影响的mRNA,并通过GO、KEGG富集分析其相关机制。结果共获取334个差异表达mRNA。通过生存分析发现,CFB、FCN3、CFHR2、COLEC10等110个差异mRNA与肝癌患者预后相关。GO、KEGG富集结果提示,humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等与肝癌患者生存时间相关。结论共获得110个与肝癌患者总生存相关的差异基因,其可能通过humoral immune response、DNA damage response、drug metabolism-other enzymes、chemical carcinogenesis等功能集发挥生物学作用,对mRNA在肝癌领域的研究具有借鉴价值。 展开更多
关键词 肝癌 MRNA gtex数据集 TCGA数据集 预后
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构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后及药物敏感性 被引量：2
6
作者 李睿哲 薛军帅 +4 位作者 杨龙山 董兆如 洪建国 李涛 王东旭 《肝胆胰外科杂志》 CAS 2022年第7期406-413,共8页
目的构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后并分析不同组别肿瘤免疫微环境特征及药物敏感性。方法从XENA数据库获取肝细胞肝癌样本正常肝脏样本的RNA-seq数据,筛选出未发生远处转移的原位肝癌样本,提取免... 目的构建“免疫相关lncRNA基因对”模型预测未发生远处转移的原位肝癌预后并分析不同组别肿瘤免疫微环境特征及药物敏感性。方法从XENA数据库获取肝细胞肝癌样本正常肝脏样本的RNA-seq数据,筛选出未发生远处转移的原位肝癌样本,提取免疫相关lncRNA,构建免疫相关lncRNA基因对的预测模型;随后将免疫相关lncRNA基因对预测模型与患者的预后及临床因素进行相关性分析;同时利用肿瘤免疫细胞浸润数据计算高低风险组免疫微环境特征差异,并评估肝癌相关药物在不同风险组的敏感性。结果筛选出免疫相关lncRNA基因对13个,并结合生存状况建立预测模型,低风险组患者的生存获益显著优于高风险组(P<0.001)。在肿瘤免疫微环境方面,高风险组表现出了更为突出的免疫抑制状态,药物敏感性分析表明索拉非尼、阿昔替尼在基于风险分组的患者中敏感性显著不同。结论免疫相关lncRNA的基因对模型能够较好的预测未发生远处转移的原位肝癌患者预后情况,高风险的患者中免疫抑制状态明显,而不同的风险组对肝癌特定药物治疗敏感性不同。 展开更多
关键词 肝细胞肝癌 肿瘤预后 癌症基因组图谱数据库(TCGA) 基因型和基因表达量关联数据库(gtex) 免疫微环境 长链非编码RNA
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基于基因表达数据库的急性髓系白血病细胞焦亡预后分析及GZMB调节机制研究 被引量：4
7
作者 党庆秀 李洋 +2 位作者 郭嫣婷 沈洋灵 顾伟英 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2023年第18期3376-3383,共8页
目的:通过生物信息分析与实验相结合探讨急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)细胞焦亡相关基因在AML患者的预后价值,并验证AML治疗的新靶点。方法:在基因表达谱数据库(TCGA、GTEx)中选取AML细胞焦亡相关基因表达数据,采用R语言... 目的:通过生物信息分析与实验相结合探讨急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)细胞焦亡相关基因在AML患者的预后价值,并验证AML治疗的新靶点。方法:在基因表达谱数据库(TCGA、GTEx)中选取AML细胞焦亡相关基因表达数据,采用R语言筛选AML患者和健康对照组中细胞焦亡差异表达基因。对差异的基因进行单因素Cox及Lasso回归分析并构建预后模型。应用单因素和多因素Cox回归分析风险模型、临床特征与AML患者预后的相关性。Kaplan-Meier法分析预后模型中GZMB表达量与患者生存率的关系,将AML患者分成GZMB高表达组和低表达组并进行基因集富集分析(GSEA)。并采用Western blot验证AML中GZMB/Caspase-3/GSDME介导的细胞焦亡。结果:45个焦亡相关基因在AML患者组和正常组中存在差异表达(P<0.05)。其中7个基因(BAK1、CASP3、GZMB、GPX4、NLRP2、GSDMB和GSDMA)被纳入风险模型构建。年龄、FAB分型、风险评分与AML患者预后相关(P<0.05),且风险评分是AML的独立危险因素(P<0.05)。GZMB高表达组的总生存率显著低于低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。GSEA富集分析显示GZMB主要参与了细胞因子信号通路、NK细胞、B细胞、T细胞免疫调节等信号途径(P<0.05,FDR≤25%)。Western blot实验结果初步证实AML中存在GZMB/Caspase-3/GSDME介导的细胞焦亡调节途径。结论:通过生物信息学方法,构建了7个细胞焦亡相关基因的AML预后模型,GZMB高表达与AML发生发展及不良预后相关,并参与GZMB/Caspase-3/GSDME途径介导的细胞焦亡。 展开更多
关键词 急性髓系白血病 TCGA gtex 细胞焦亡 GZMB
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基于生物信息学的脑胶质瘤预后风险长链非编码RNA筛选 被引量：1
8
作者 俞盛健 麻怀露 +3 位作者 陈王洋 丁晓飞 陈光 梁勇 《温州医科大学学报》 CAS 2020年第3期199-205,共7页
目的:应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用... 目的:应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果:通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个(211个上调,213个下调),mRNA 3827个(1618个上调,2209个下调)。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论:筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 TCGA数据库 gtex数据库 长链非编码RNA MRNA COX分析
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急性髓系白血病中骨髓免疫微环境预后模型的构建
9
作者 黄福新 薛曼婕 赖文兴 《热带医学杂志》 CAS 2022年第4期495-500,602,共7页
目的研究急性髓性白血病(AML)中的肿瘤相关转录因子和免疫基因预后价值与免疫细胞浸润的相关性,并构建比例风险回归模型。方法通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)鉴定了29种免疫基因集的亚型。通过ESTIMATE算法计算免疫评分和基质评分。... 目的研究急性髓性白血病(AML)中的肿瘤相关转录因子和免疫基因预后价值与免疫细胞浸润的相关性,并构建比例风险回归模型。方法通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)鉴定了29种免疫基因集的亚型。通过ESTIMATE算法计算免疫评分和基质评分。通过运用已知RNA转录本的相对子集识别细胞类型(CIBERSORT),用于评估TCGA数据集中不同AML样本中免疫细胞亚群的相对比例。差异表达分析用于获得差异表达基因,比例风险回归模型(COX模型)分析用于构建评估模型。结果通过对ssGSEA的分析确定了两种亚型(免疫-低/高)。通过ESTIMATE算法对TCGA数据库中AML数据集计算基质评分和免疫评分。根据免疫评分对数据分组得到免疫评分-低/高。基于已有的分组比较发现多种免疫组分和细胞浸润丰度差异有统计学意义,包括单核细胞、血浆细胞和幼稚B细胞(P<0.05)。通过差异表达分析获得差异表达的免疫基因和肿瘤相关转录因子。通过COX模型分析建立了包括6个基因的预测模型,曲线下面积(AUC)为0.785,表明该模型具有高灵敏度和特异度(3年期存活AUC=0.792,5年期存活AUC=0.832)。相关性分析表明,模型基因表达水平和风险值与AML患者的存活、临床风险、FAB分型相关。结论建立的免疫微环境生存相关的基因模型以评估AML患者的预后,分析了关键基因和AML临床特征之间的关系。拓展了对AML患者预后相关的免疫微环境相关基因的认识,有助于制定新的治疗策略和研究AML发生发展的潜在机制。 展开更多
关键词 急性髓性白血病 骨髓免疫微环境 免疫浸润 TCGA gtex
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二氢丹参酮Ⅰ在胃癌AGS细胞中作用机制的生物信息学分析 被引量：4
10
作者 梁春艳 《广州医药》 2020年第2期85-93,共9页
目的利用GEPIA数据库,包括TCGA数据库和GTEX数据库,探讨二氢丹参酮Ⅰ通过氧化应激治疗胃癌的潜在靶点。方法在数据库中检索二氢丹参酮Ⅰ在胃癌中潜在靶点的文献,利用GEPIA数据库工具分析二氢丹参酮Ⅰ在胃癌中的潜在作用机制,分析潜在靶... 目的利用GEPIA数据库,包括TCGA数据库和GTEX数据库,探讨二氢丹参酮Ⅰ通过氧化应激治疗胃癌的潜在靶点。方法在数据库中检索二氢丹参酮Ⅰ在胃癌中潜在靶点的文献,利用GEPIA数据库工具分析二氢丹参酮Ⅰ在胃癌中的潜在作用机制,分析潜在靶基因与表达关键抗氧化应激蛋白基因的相关性;二氢丹参酮Ⅰ对胃癌潜在靶基因表达水平的分析;二氢丹参酮Ⅰ对胃癌潜在靶基因的预后分析。结果二氢丹参酮Ⅰ对潜在靶基因的主要靶向基因(蛋白)为缺氧诱导因子-1 (hif-1)和瓜氨酸组蛋白h3 (cith3),其基因分别为HIF1 A和NOS2;GEPIA数据库显示HIF1 A与CAT (P=e-04,r=0. 18)、GPX1 (P=0. 033,r=0. 11)或NFE2L2呈正相关。(P=0,r=0. 41),而NOS2与SOD1仅呈正相关(P=0. 21,r=0. 18),与其它三个基因均无相关性;HIF1 A和NOS2在胃癌组织中的表达水平高于正常胃旁组织;HIF1 A的高表达降低了胃癌患者的总生存率。结论二氢丹参酮Ⅰ可通过活性氧介导的氧化应激诱导AGS细胞凋亡,抑制HIF1 A和NOS2的表达,从而抑制AGS细胞的抗氧化应激,提高胃癌患者的总生存率。 展开更多
关键词 二氢丹参酮I 胃癌 活性氧 细胞凋亡 生物信息学分析 潜在机制 GEPIA数据库 TCGA数据库 gtex数据库 靶基因
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