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GSEA在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用 被引量：7
1
作者 冯春琼 邹亚光 +3 位作者 周其赵 李铁求 梁爽 毛向明 《现代生物医学进展》 CAS 2009年第13期2553-2557,共5页
GSEA是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等知识的基础上,首先构建了一个分子标签数据库,数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基... GSEA是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等知识的基础上,首先构建了一个分子标签数据库,数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基因表达谱杂交数据,它们在特定的功能基因集中的表达状况,以及这种表达状况是否存在某种统计学显著性。GSEA是从另一个角度来诠释生物信息,可进一步完善我们对相关生物学事件的认识。 展开更多
关键词 gsea 基因表达谱 数据分析
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基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因 被引量：7
2
作者 李晓波 刘占发 +4 位作者 刘悦 陈倩 马月辉 赵倩君 叶绍辉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2930-2943,共14页
旨在探究中卫山羊羊毛弯曲随生长发生变化的分子机制,挖掘不同发育时期影响羊毛弯曲度的关键基因。试验采集了3只中卫山羊出生后45日龄(弯曲毛)和365日龄(直毛)的皮肤组织,进行转录组测序(RNA-seq),使用WGCNA与GSEA分析找出Hub基因。以P... 旨在探究中卫山羊羊毛弯曲随生长发生变化的分子机制,挖掘不同发育时期影响羊毛弯曲度的关键基因。试验采集了3只中卫山羊出生后45日龄(弯曲毛)和365日龄(直毛)的皮肤组织,进行转录组测序(RNA-seq),使用WGCNA与GSEA分析找出Hub基因。以P-value<0.05和|logFoldChange|≥1作为差异表达基因筛选的标准,45日龄为对照组,365日龄为试验组共筛选得到1 252个显著差异表达基因,包括812个表达上调基因和440个下调基因。基于WGCNA方法分析共得到14个模块,其中黄色和绿松石模块与被毛弯曲表型相关。利用String和Cytoscape构建网络,筛选到20个影响羊毛弯曲度的核心基因。从GSEA结果中筛选的被显著富集通路Hedgehog signaling pathway、JAK/STAT signaling pathway、TGF/BETA signaling pathway等参与了毛囊发育调控。综合KEGG、WGCNA、分子网络构建、GSEA分析结果,共同筛选得到基因CCL27、IL7、WNT2,推断这3个基因在调控毛囊发育中起到了关键的调控作用。本研究为进一步阐明动物毛发弯曲的分子机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 中卫山羊 转录组测序 羊毛弯曲 WGCNA gsea
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基于GSEA和WGCNA分析幽门螺杆菌感染机制 被引量：2
3
作者 陈振辉 陈慧娟 +2 位作者 俞露 白杨 范宏英 《现代消化及介入诊疗》 2020年第3期305-310,324,共7页
背景幽门螺杆菌在世界范围内感染率高,参与胃溃疡、胃恶性肿瘤等多种疾病的发生发展,亟需对其感染及致癌机制进行研究。目的通过基因集富集分析(GSEA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)预测幽门螺杆菌感染的可能分子机制及枢纽基因。方... 背景幽门螺杆菌在世界范围内感染率高,参与胃溃疡、胃恶性肿瘤等多种疾病的发生发展,亟需对其感染及致癌机制进行研究。目的通过基因集富集分析(GSEA)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)预测幽门螺杆菌感染的可能分子机制及枢纽基因。方法从基因表达综合数据库(GEO数据库)下载GSE27411数据集,通过GSEA分析与幽门螺杆菌感染相关的通路。利用WGCNA分析与幽门螺杆菌感染相关模块及枢纽基因,并对模块内的基因进行GO和KEGG富集分析。使用GEPIA对枢纽基因表达水平与胃癌的生存预后进行探索。结果通过GSEA分析挑选出10条hallmark通路和13条KEGG通路。通过构建WGCNA共表达网络,确定brown模块与幽门螺杆菌感染密切相关,该模块内的基因富集得到16个生物学过程及19条KEGG相关通路。GSEA和WGCNA交集得到4条KEGG通路。对模块基因筛选得到TNF、KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B共8个枢纽基因。利用GEPIA探索发现,KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B在胃癌组织中高表达,其中ASF1B与胃癌患者较差的总生存期及无疾病生存期相关。结论本研究通过GSEA和WGCNA分析方法,筛选出与幽门螺杆感染相关的4条核心KEGG通路,1个枢纽模块及8个枢纽基因。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 RNA-SEQ gsea WGCNA 数据挖掘 枢纽基因
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E2F2在肾透明细胞癌中的高表达及其与预后和肿瘤免疫微环境的相关性
4
作者 瞿根义 龙朝辉 +4 位作者 黄文琳 阳光 汤乘 徐勇 银利 《现代泌尿外科杂志》 2026年第2期172-181,共10页
目的探讨转录因子E2F2在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达特征、对预后的影响及在肿瘤免疫微环境中的潜在作用,并通过临床样本和功能实验验证。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取ccRCC患者RNA测序数据及临床资料,基因表达综合数据库(GEO... 目的探讨转录因子E2F2在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达特征、对预后的影响及在肿瘤免疫微环境中的潜在作用,并通过临床样本和功能实验验证。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取ccRCC患者RNA测序数据及临床资料,基因表达综合数据库(GEO)下载GSE53757和GSE66272作为外部验证集,比较ccRCC组织与正常组织中E2F2的表达差异。分析E2F2表达水平与临床及病理特征的关系。采用Kaplan-Meier(KM)生存分析以及log-rank检验评估E2F2对总体生存期(OS)、无进展生存期(PFS)和疾病特异性生存期(DSS)的影响。采用受试者工作特征(ROC)曲线评估E2F2对患者1、3、5年生存状态的预后预测效能。采用基因富集分析(GSEA)E2F2相关信号通路。采用ESTIMATE与CIBERSORT算法评估E2F2表达水平与肿瘤免疫细胞浸润及免疫微环境的关系。收集中南大学湘雅医学院附属株洲医院20例经术后病理确诊的ccRCC患者的肿瘤组织及其配对癌旁正常组织,免疫组织化学检测E2F2蛋白表达水平。采用人ccRCC细胞系786-O进行细胞功能实验,使用shRNA干扰E2F2表达(构建shE2F2#1和shE2F2#2稳定转染株),通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)与蛋白质印迹法分别验证干扰效率。采用MTT、克隆形成和Transwell迁移实验验证E2F2对ccRCC细胞生物学行为的影响。结果E2F2在ccRCC组织中显著高表达(外部验证集结果与之相同),E2F2高表达与组织学分级、临床分期、TNM分期显著相关(P<0.05)。KM生存分析显示,E2F2高表达组较低表达组患者的OS(P=0.019)、PFS(P=0.036)和DSS(P<0.001)均更短。E2F2预测ccRCC患者1、3、5年生存情况的ROC曲线下面积分别为0.844、0.851、0.815。GSEA结果显示,E2F2低表达组富集于多种代谢相关通路,高表达组则与免疫功能通路相关。免疫分析显示,E2F2高表达水平与肿瘤免疫评分升高、免疫细胞比例升高、肿瘤突变负荷升高及更强的免疫治疗响应能力相关。免疫组化结果显示,ccRCC组织中E2F2免疫评分显著高于癌旁正常组织(P<0.05)。细胞实验显示,E2F2沉默可显著抑制ccRCC细胞的增殖、克隆形成及迁移能力。结论E2F2在ccRCC中高表达,可能通过调控免疫微环境参与肿瘤发生与进展,其表达水平与患者预后密切相关,有望成为ccRCC潜在的预后生物标志物及免疫治疗靶点。 展开更多
关键词 E2F2 肾透明细胞癌 预后 免疫浸润 基因富集分析(gsea) 免疫治疗
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应用GSEA和WGCNA方法分析细菌性败血症宿主关键差异基因及意义 被引量：1
5
作者 龚泽龙 高雪锋 +6 位作者 李煜彬 黄媛媛 伦静娴 周承星 陈振辉 林琼希 曹虹 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期3185-3198,共14页
【目的】采用生物信息学方法分析公共数据库来源的细菌性败血症患者全血转录组学表达谱,探讨细菌败血症相关的宿主关键差异基因及意义。【方法】基于GEO数据库中GSE80496和GSE72829全血转录组基因数据集,采用GEO2R、基因集富集分析(GSEA... 【目的】采用生物信息学方法分析公共数据库来源的细菌性败血症患者全血转录组学表达谱,探讨细菌败血症相关的宿主关键差异基因及意义。【方法】基于GEO数据库中GSE80496和GSE72829全血转录组基因数据集,采用GEO2R、基因集富集分析(GSEA)联用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选细菌性败血症患者相比健康人群显著改变的差异基因,通过R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。同时,通过String 11.0和Cytoscape分析枢纽基因,验证枢纽基因在数据集GSE72809(Health组52例,Definedsepsis组52例)全血标本中的表达情况,并探讨婴儿性别、月(胎)龄、出生体重、是否接触抗生素等因素与靶基因表达谱间的关系。【结果】分析GSE80496和GSE72829数据集分别筛选得到932个基因和319个基因,联合WGCNA枢纽模块交集得到与细菌性败血症发病相关的10个枢纽基因(MMP9、ITGAM、CSTD、GAPDH、PGLYRP1、FOLR3、OSCAR、TLR5、IL1RN和TIMP1);GSEA分析获得关键通路(氨基酸糖类-核糖代谢、PPAR信号通路、聚糖生物合成通路、自噬调控通路、补体、凝血因子级联反应、尼古丁和烟酰胺代谢、不饱和脂肪酸生物合成和阿尔兹海默症通路)及生物学过程(类固醇激素分泌、腺苷酸环化酶的激活、细胞外基质降解和金属离子运输)。【结论】本项研究通过GEO2R、GSEA联用WGCNA分析,筛选出与细菌性败血症发病相关的2个枢纽模块、10个枢纽基因以及一些关键信号通路和生物学过程,可为后续深入研究细菌性败血症致病机制奠定理论依据。 展开更多
关键词 细菌性败血症 基因芯片 基因富集分析(gsea) 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
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基底膜相关基因在类风湿关节炎不同中医证型中的转录组学分析及药物预测
6
作者 刘源 渠源 +2 位作者 万雅坤 郭婧宇 姜萍 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第25期5486-5500,共15页
背景:基底膜基因与类风湿关节炎的发生发展密切相关,但不同中医证型下基底膜相关基因在其发病机制中的作用尚不明确。目的:基底膜基因联合转录组学分析探讨类风湿关节炎5种不同中医证型的发病机制差异,并进行潜在治疗药物预测。方法:基... 背景:基底膜基因与类风湿关节炎的发生发展密切相关,但不同中医证型下基底膜相关基因在其发病机制中的作用尚不明确。目的:基底膜基因联合转录组学分析探讨类风湿关节炎5种不同中医证型的发病机制差异,并进行潜在治疗药物预测。方法:基于GEO数据库整理类风湿关节炎相关中医证型芯片数据以及基底膜相关基因,利用R-limma包筛选差异表达基因,Mfuzz包进行表达趋势分析。借助STRING数据库构建PPI网络,UPset筛选关键基因,通过R-clusterProfiler包对差异表达基因进行GSEA及富集分析,同时绘制ROC曲线评估基底膜相关核心靶点对5种证型分别的诊断价值。基于CIBERSORT核心算法计算每种证型的免疫浸润情况。最后,利用SymMap和COREMINE数据库预测可靶向基底膜相关核心基因治疗类风湿关节炎不同证型的潜在中药及小分子药物。结果与结论:①在5种类风湿关节炎中医证型中(风湿痹阻证、寒湿痹阻证、肝肾亏虚证、气血两虚证及血瘀阻络证)分别筛选出67,47,59,57,55个基底膜相关差异表达基因,其中关键靶点分别为5,7,5,3,5个。③各证型中富集最多的为细胞基质黏附、免疫细胞迁移及胶原代谢等生物过程以及细胞外基质受体相互作用、PI3K-Akt、局灶性粘连和Rap1信号通路等。④药物预测结果显示,土茯苓、川乌、绵马贯众及黄精是通过影响基底膜基因治疗5种类风湿关节炎中医证型最具潜力的中药。⑤结果证实,基底膜相关基因的异常表达可能是通过调控细胞附着、免疫细胞迁移及炎症反应等多个途径影响类风湿关节炎的发生和发展,在不同证型中有着差异表现,其中ITGA6可作为5种类风湿关节炎证型中共同的诊断标志物。清热解毒类中药可能是类风湿关节炎不同证型治疗中可以贯穿始终的潜在有效药物。 展开更多
关键词 基底膜相关基因 证型 类风湿关节炎 中药 转录组学分析 gsea分析 免疫浸润 分子对接 药物预测 机制研究
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基于血管新生调控的肝纤维化分子机制及其天然活性成分筛选
7
作者 黄艳青 黄金彪 +6 位作者 孙金蕊 马文芳 刘艳芳 赵铁建 郑洋 黄娜 王佳慧 《辽宁中医杂志》 北大核心 2025年第12期18-23,I0002-I0004,共9页
目的从血管新生的角度探究其在肝纤维化发生发展过程中潜在的分子机制,寻找具有临床和治疗意义的生物标志物。方法通过基因综合表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和GeneCards数据库分别检索肝纤维化相关数据集和血管新生相关基因... 目的从血管新生的角度探究其在肝纤维化发生发展过程中潜在的分子机制,寻找具有临床和治疗意义的生物标志物。方法通过基因综合表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和GeneCards数据库分别检索肝纤维化相关数据集和血管新生相关基因(angiogenesis-related genes,ARGs)。从GEO数据库下载GSE85546、GSE85547、GSE85548数据集,通过去批次效应将数据标准化处理。使用WGCNA加权基因共表达网络分析挖掘到肝纤维化潜在候选基因,并与筛选后的ARGs交互以确定交集基因,应用GO和GSEA分析进一步研究生物过程和途径。使用LASSO回归筛选出与肝纤维化患者血管生成密切相关的生物标志物,使用ROC曲线分析对关键生物标志物的诊断价值验证。利用比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)根据筛选后的靶点寻找相匹配的天然化合物,计算分子结合能以验证可靠性。结果WGCNA分析获得73个肝纤维化枢纽基因,与血管新生高分基因交互得到交集基因17个,GO分析显示与1000个生物过程,220个细胞成分,216个分子功能有关。通过LASSO-COX获取6个诊断性基因:SP100、ANXA1、NOS2、RNASE1、PLG和TTR,ROC分析表明该模型具有良好的预测性。将6个诊断性基因通过CTD数据库进行匹配,根据分子间相互作用强度收集到21个候选化合物,利用网络图联合分子对接验证显示靶点分别与化合物水飞蓟素、姜黄素、山柰酚、槲皮素、白藜芦醇、木黄酮的结合活性较好,预测准确性较高,其中木黄酮对接结果最佳,可能对治疗肝纤维化血管生成具有重要意义。结论该研究通过生物信息学手段和药物规律分析,从血管新生角度治疗肝纤维化方向上提供基础理论与数据支持,为寻找肝纤维化治疗靶点药物的研究提供一个新的切入点。 展开更多
关键词 血管新生 肝纤维化 加权基因共表达网络分析 gsea分析 药物预测
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基于TCGA数据库分析EME1基因在肾细胞癌中的表达及临床意义
8
作者 张晓洋 李东旭 +2 位作者 史巧玉 喻明霞 江振华 《分子诊断与治疗杂志》 2025年第10期2034-2037,共4页
目的基于癌症基因图谱数据库(TCGA),对必需减数分裂核酸内切酶1(EME1)基因在肾细胞癌(RCC)中的表达、临床病理特征和预后相关性进行分析。方法在TCGA数据库下载RCC患者的基因表达数据和临床病理信息,使用Wilcoxon检验比较RCC组织与正常... 目的基于癌症基因图谱数据库(TCGA),对必需减数分裂核酸内切酶1(EME1)基因在肾细胞癌(RCC)中的表达、临床病理特征和预后相关性进行分析。方法在TCGA数据库下载RCC患者的基因表达数据和临床病理信息,使用Wilcoxon检验比较RCC组织与正常组织中EME1基因的表达差异。利用卡方检验、Kolmogorov-Smirnov检验、逻辑回归、Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析EME1与RCC患者的临床预后关系。使用基因富集分析预测EME1可能参与的分子信号通路。结果RCC组织中EME1的表达量显著高于正常组织,差异有统计学意义(P<0.05)。EME1 mRNA的表达水平与患者的年龄(P<0.05)、性别(P<0.05)、肿瘤分级(P<0.05)、T分期(P<0.05)、M分期(P<0.05,)和N分期(P<0.05)均有关。高表达组患者的总体生存率比低表达组更差(P<0.05)。多因素Cox回归分析表明,EME1(HR=1.51,95%CI:1.24~1.84,P<0.05)可作为肾细胞癌的独立预后因子。GSEA结果显示,EME1高表达主要参与同源重组、细胞周期、DNA复制、P53信号通路和错配修复等分子信号通路。结论EME1在肾细胞癌患者中高表达,并与预后相关,可能成为肾细胞癌的新型分子标志物。 展开更多
关键词 EME1 肾细胞癌 TCGA数据库 gsea 信号通路
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CD5在乳腺癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系
9
作者 张晓洋 朱翠雯 +4 位作者 马甜甜 李东旭 邓涵 宣睿 喻明霞 《分子诊断与治疗杂志》 2025年第4期610-613,共4页
目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析CD5在乳腺癌中的表达,研究其与临床特征、生存预后、肿瘤微环境和免疫浸润之间的关系。方法从TCGA数据库下载相关数据,对1177个样本(1065个肿瘤样本和112个正常样本)的转录组数据和临床数据进行... 目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析CD5在乳腺癌中的表达,研究其与临床特征、生存预后、肿瘤微环境和免疫浸润之间的关系。方法从TCGA数据库下载相关数据,对1177个样本(1065个肿瘤样本和112个正常样本)的转录组数据和临床数据进行多重算法分析。利用ESTIMATE算法计算免疫评分和基质评分,分别用于差异表达基因(DEGs)的鉴定。建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和单因素Cox回归分析鉴定DEGs中的关键基因。最后共获得了17个关键基因,并选择CD5进行进一步的研究和分析,包括基因表达、生存分析和临床病理特征相关性分析。结果CD5高表达的患者生存期较长,CD5的表达与T分期相关,但与其他临床特征无关。此外,GSEA和CIBERSORT分析表明,CD5的表达与TME中的免疫活性相关。结论CD5可能是改善乳腺癌患者预后的一种新的分子标志物,有潜力作为一种新的治疗策略。 展开更多
关键词 CD5 乳腺癌 肿瘤微环境 DEGs gsea
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原发性高血压患者血浆基因表达谱的生物信息学分析 被引量：2
10
作者 李艳珍 许皓杰 +8 位作者 胡佳敏 林诗竹 张娜 蔡宏达 曾凯 梁敏 林志坚 林财珠 吴晓丹 《中华高血压杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1150-1156,共7页
目的应用生物信息学方法分析原发性高血压(EH)患者与正常血压成人差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA),从分子水平探讨EH的发病机制,为研究EH提供新思路。方法从美国国立生物技术信息中心公共数据平台下载包含5份EH患者和5... 目的应用生物信息学方法分析原发性高血压(EH)患者与正常血压成人差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA),从分子水平探讨EH的发病机制,为研究EH提供新思路。方法从美国国立生物技术信息中心公共数据平台下载包含5份EH患者和5份正常血压者(对照组)的血浆样本基因芯片数据集GSE76845(为了降低个体差异,每三个人的血浆混合为一份样本),使用R语言包寻找差异基因,进行基因集合富集分析(GSEA),使用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测靶向微小RNA(miRNA)和mRNA并构建内源竞争RNA(ceRNA)调控网络。结果与对照组比较,EH组共筛选出191个差异lncRNA(90个上调、101个下调)和1187个差异mRNA(533个上调、654个下调),GSEA分析得到泛醌和其他萜烯类醌的生物合成,甲状旁腺激素的合成、分泌及作用,脂肪酸代谢和甾体激素生物合成等17条通路可能参与高血压的发生。构建了包含150个节点和488个交互对的ceRNA网络。结论采用生物信息学方法分析EH,为EH发生发展的分子机制和治疗靶点研究提供了研究方向和理论依据。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 原发性高血压 表达谱 生物信息学分析 基因集合富集分析(gsea分析)
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ONECUT2高表达介导胃癌复发患者5-FU化疗耐药 被引量：2
11
作者 朱海峰 陈述 +1 位作者 龙卫国 王旭 《江苏大学学报（医学版）》 CAS 2024年第1期19-24,共6页
目的:探究One cut结构域家族成员2(ONECUT2)是否可以作为对5-FU耐药的胃癌复发患者的治疗靶点。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析ONECUT2基因在胃癌患者及胃癌复发患者的表达情况。利用基因集富集分析(GSEA)评估TCGA数据库中ONE... 目的:探究One cut结构域家族成员2(ONECUT2)是否可以作为对5-FU耐药的胃癌复发患者的治疗靶点。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析ONECUT2基因在胃癌患者及胃癌复发患者的表达情况。利用基因集富集分析(GSEA)评估TCGA数据库中ONECUT2表达量与药物代谢相关生物学过程的相关性。利用CCK-8细胞毒性实验评估胃癌细胞敲低或过表达ONECUT2对5-FU的耐药情况。分析30例胃癌术后复发患者ONECUT2表达量与5-FU治疗效果的相关性。结果:TCGA数据库分析显示,在经受过化疗且复发的胃癌患者中,ONECUT2高表达的患者无病间隔期(disease-free interval,DFI)更短。GSEA分析结果表明,ONECUT2高表达与异生药物代谢通路呈正相关,这提示可能与胃癌患者的耐药相关。体外实验中,敲低ONECUT2降低胃癌细胞对5-FU的半数抑制浓度(IC_(50))值;反之,过表达ONECUT2增加细胞对5-FU的IC_(50)值。30例胃癌复发患者对5-FU的药物敏感性与ONECUT2表达量相关。结论:胃癌复发患者的ONECUT2表达量更高,ONECUT2高表达与胃癌复发患者的5-FU耐药相关,可能是潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 One cut结构域家族成员2 胃癌复发 5-FU耐药 gsea 细胞毒性 半数抑制浓度
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鸭胚胎发育后期胸肌萎缩相关通路及基因鉴定 被引量：1
12
作者 刘宏祥 朱春红 +5 位作者 宋卫涛 陶志云 徐文娟 章双杰 王志成 李慧芳 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第22期190-199,共10页
与哺乳动物不同,禽类胚胎在卵中发育,在胚胎后期表现为胸肌萎缩,为探明其涉及的分子机制,探索高邮鸭和金定鸭在孵化后18胚龄(ed)至出雏后7日龄(d)的胸肌发育规律,在21 ed、27 ed和5 d 3个时间点采集胸肌样品进行转录组测序(RNA-seq)。... 与哺乳动物不同,禽类胚胎在卵中发育,在胚胎后期表现为胸肌萎缩,为探明其涉及的分子机制,探索高邮鸭和金定鸭在孵化后18胚龄(ed)至出雏后7日龄(d)的胸肌发育规律,在21 ed、27 ed和5 d 3个时间点采集胸肌样品进行转录组测序(RNA-seq)。采用加权基因共表达网络分析(WGCNA),以及基于KEGG数据库的过表征(ORA-KEGG)和基因集富集分析(GSEA-KEGG)2种功能富集分析方法,鉴定与27 ed胸肌萎缩特征相关的信号通路及相关基因;最后通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法验证WGCNA得到的棕色模块中核心基因的表达水平。高邮鸭和金定鸭的胸肌质量均从18 ed到24 ed迅速增加,24 ed开始到1 d逐渐下降,1 d后继续增加。通过WGCNA得到的7个共表达模块中棕色模块与27 ed的相关性最高(r=0.98,P=2×10^(-12)),该模块内的基因通过ORA-KEGG方法富集到了氧化磷酸化和柠檬酸循环2条能量代谢相关的信号通路。通过GSE-KEGG方法对所有转录表达的基因功能富集,挖掘到了自噬相关的信号通路。qRT-PCR验证的棕色模块内基因中,自噬通路中的突触体相关蛋白29(SNAP29)和蛋白激酶AMP激活的催化亚基α2(PRKAA2)基因在27 ed时表达量显著增加(P<0.05)。在胚胎后期,鸭胸肌出现发育停滞甚至萎缩,这可能是胸肌动员降解以释放能量从而应对能量紧张状态的结果。在这一过程中,能量传感器AMPK的激活和自噬途径中SNAP29等关键基因表达的升高可能是胸肌蛋白质降解途径激活的原因。 展开更多
关键词 鸭 胚胎 胸肌 WGCNA gsea
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基于TCGA数据集分析CDCA5在肺腺癌中的临床意义与分子机制 被引量：5
13
作者 王萍 黄奔 +6 位作者 范维 柳家翠 程庆元 段怡萍 陈梁玥 马甜甜 喻明霞 《分子诊断与治疗杂志》 2020年第12期1616-1620,共5页
目的研究细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)在肺腺癌中的表达、临床意义和分子作用机制。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肺腺癌RNA测序数据和患者的临床资料,使用R 3.6.1软件提取并分析CDCA5在肺腺癌组织和正常肺组织中的表达量,探... 目的研究细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)在肺腺癌中的表达、临床意义和分子作用机制。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肺腺癌RNA测序数据和患者的临床资料,使用R 3.6.1软件提取并分析CDCA5在肺腺癌组织和正常肺组织中的表达量,探究CDCA5表达与患者临床病理特征的联系。结合患者的生存资料,利用cox回归分析CDCA5在肺腺癌患者中的预后作用。使用基因集富集分析(GSEA)探索CDCA5在肺腺癌中的分子作用机制。结果在TCGA肺腺癌数据集(TCGA-LUAD)中,CDCA5在肺腺癌组织中的表达水平显著高于正常肺组织,差异具有统计学意义(P<0.05)。高表达的CDCA5与肺腺癌患者的TNM分期(P=0.003)和淋巴结浸润(P=0.016)显著相关。多因素cox回归分析显示,CDCA5可以作为肺腺癌的独立预后指标(HR=1.28,95%CI:1.06~1.54,P=0.010)。GSEA分析结果表明,高表达的CDCA5主要参与细胞周期、DNA复制、错配修复、同源重组、RNA降解以及P53信号通路等。结论 CDCA5在肺腺癌组织中表达明显上调,并且与肺腺癌患者的恶性进展特征相关,CDCA5可作为预测肺腺癌预后的新型分子标志物。 展开更多
关键词 CDCA5 TCGA 肺腺癌 预后因子 gsea
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基于Limma及功能富集探究复方金果胃康散治疗胃癌的作用机制 被引量：2
14
作者 宋健 孟凯强 +7 位作者 杜娟 袁敏惠 白宇雪 常梦瑶 王捷虹 杜晓泉 杨志宏 沈舒文 《世界中西医结合杂志》 2022年第7期1283-1289,共7页
目的旨在通过广义线性模型的差异表达筛选及功能富集探究复方金果胃康散在胃癌的治疗作用,为后续开展中药治疗癌症提供基础研究方向和临床的理论基础。方法从TARGET数据库下载胃癌患者临床信息和测序RNA数据。通过中国知网等文献数据库... 目的旨在通过广义线性模型的差异表达筛选及功能富集探究复方金果胃康散在胃癌的治疗作用,为后续开展中药治疗癌症提供基础研究方向和临床的理论基础。方法从TARGET数据库下载胃癌患者临床信息和测序RNA数据。通过中国知网等文献数据库及TCMSP对复方金果胃康散所有中药的有效成分及蛋白进行收集整理,运用Excel、计算机R语言基本算法整理复方金果胃康散的蛋白质,将TARGET导出的胃癌患者样本数据整理后进行聚类分析,再通过计算机R语言构建Limma和功能富集从而分析治疗作用。结果复方金果胃康散7种药物包含有效成分1814种,蛋白358种。TARGET中共获得443个胃癌患者的样本,表达谱共获得27226个基因,剔除了部分数据不全的样本,最后在407个样本中进行数据分析,将复方金果胃康散与胃癌患者取交集共获得352个基因。根据单因素Cox分析产生的352个预后基因,采用一致聚类方法将胃癌患者分为C1和C2两个亚组。175例患者被聚类为聚类1,232例患者被聚类为聚类2。Limma分析结果为差异倍数为1.2的前提下,发现了98个上调基因,70个下调基因。KEGG结果显示复方金果胃康散基因主要在癌症通路富集,并且能富集多种癌症通路,PPI分析确定了8个亚模型。GSEA显示DNA损伤反应对miRNA的调控、巨型BII淋巴细胞上升、DNA损伤反应、肝癌、P75-NTR通路和ATM-信号通路等相关。结论复方金果胃康散作为沈舒文教授和宋健副教授在胃癌治疗的临床常用方,从分子角度数据结果显示复方金果胃康散对胃癌有很好的治疗作用,同时也阐明了在分子层面复方金果胃康散治疗作用的机制途径。 展开更多
关键词 复方金果胃康散 TARGET Limma 功能富集 胃癌 gsea
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藤黄酸对结肠癌细胞抑制机制及免疫作用研究 被引量：3
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作者 徐亚杰 刘彤 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期541-546,共6页
目的考察藤黄酸对结肠癌细胞的作用并通过基因表达谱预测藤黄酸可能参与的通路,对预测的通路进行验证,并对涉及的免疫相关通路进行挖掘。方法应用MTT细胞活力测定不同浓度梯度的藤黄酸对结肠癌SW620细胞增殖能力的影响;测定藤黄酸给药... 目的考察藤黄酸对结肠癌细胞的作用并通过基因表达谱预测藤黄酸可能参与的通路,对预测的通路进行验证,并对涉及的免疫相关通路进行挖掘。方法应用MTT细胞活力测定不同浓度梯度的藤黄酸对结肠癌SW620细胞增殖能力的影响;测定藤黄酸给药组和对照组的基因表达谱,筛选差异表达基因(DEGs),应用GSEA方法对两组进行通路分析。采用Western blot方法检测藤黄酸处理后结肠癌SW620细胞PI3K-AKT信号通路PI3K和磷酸化AKT蛋白的表达;将Imm Port数据库提取到的免疫相关基因集与差异表达基因集进行韦恩图分析,挖掘涉及到的免疫相关通路。结果藤黄酸能够抑制结肠癌细胞增殖,并呈浓度依赖性方式。藤黄酸给药处理后,共筛选出342个差异表达基因,GSEA分析主要富集在PI3K-AKT信号通路、TGF-β信号通路和Wnt/β-catenin等信号通路;Western blot分析进一步证实了藤黄酸能够浓度依赖性抑制PI3K-AKT信号通路中PI3K和磷酸化AKT蛋白的表达。获取到53个差异表达的免疫基因,KEGG通路富集结果提示,通路主要富集在抗原提呈、炎症性肠病和产生IgA的肠道免疫网络等通路,提示藤黄酸在免疫方面可能主要通过增加抗原提呈作用介导其发挥结肠癌免疫调节作用。结论藤黄酸以浓度依赖性方式抑制结肠癌细胞增殖,主要通过PI3K-AKT信号通路发挥其抑制作用,此外在免疫调节方面可能通过增加抗原提呈作用介导结肠癌免疫调节作用。 展开更多
关键词 藤黄酸 PI3K-AKT信号通路 gsea 免疫调节 结肠癌
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应用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析方法分析类风湿关节炎的枢纽基因及意义 被引量：1
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作者 孙玉敏 宋洁昕 +1 位作者 杨艳梅 杨栋梁 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2023年第11期1787-1795,共9页
背景:用目前的免疫方法检测类风湿关节炎患者的传统血清标志物,仍有30%为阴性;近年发现的血清生物标志物对类风湿关节炎诊断的敏感性和特异性较低,不适于临床推广。目的:应用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析方法分析类风湿关节... 背景:用目前的免疫方法检测类风湿关节炎患者的传统血清标志物,仍有30%为阴性;近年发现的血清生物标志物对类风湿关节炎诊断的敏感性和特异性较低,不适于临床推广。目的:应用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析方法分析类风湿关节炎枢纽基因及其意义。方法:从GEO数据库下载GSE1919、GSE55235数据集,使用R软件“limma”包初筛差异表达基因、“clusterProfiler”包进行加权基因共表达网络分析,取交集基因作为候选枢纽基因。将结果导入String数据库构建蛋白质相互作用网络,Cytoscape软件cytoHubba插件筛选枢纽基因,并进行基因本体分析、京都基因与基因组百科全书通路富集分析。同时对2个数据集用基因集富集分析方法进行京都基因与基因组百科全书通路分析。结果与结论:①共筛选出10个枢纽基因,其基因本体分析集中在淋巴细胞分化、T细胞分化、质膜信号受体复合物、主要组织相容性复合体蛋白结合等生物学功能;②京都基因与基因组百科全书通路富集于T细胞受体信号通路、Th1辅助细胞和Th2辅助细胞分化、Th17辅助细胞分化、肿瘤细胞程序性死亡-配体1表达和程序性死亡受体1检查点通路及原发性免疫缺陷5条通路;③基因集富集分析2个数据集类风湿关节炎样本发现3条共同通路:哮喘、自身免疫性甲状腺疾病和细胞黏附分子通路显著上调;④受试者工作特征曲线结果显示,5个基因(CD27、IL2RG、CD8A、LCK、NKG7)对诊断类风湿关节炎具有良好的特异性和敏感性(曲线下面积>0.85);⑤CD4可能是多能的基因网络协调员,在免疫反应中发挥重要功能。 展开更多
关键词 关节炎 类风湿 滑膜 基因集富集分析(gsea) 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
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dUTPase在胃癌中的表达及其对癌细胞增殖、迁移的影响
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作者 蒋振 谢杰斌 +3 位作者 肖杨 罗瑶敏 魏晨 袁晓霞 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2022年第10期1885-1895,共11页
脱氧尿苷三磷酸核苷酸水解酶(deoxyuridine 5’-triphosphate nucleotidohydrolase,dUTPase)是由DUT基因编码的DNA合成过程中的关键酶。研究显示其在维护基因组稳定性过程中充当基因组管家的作用,而其在胃癌中的表达及作用尚不清楚。该... 脱氧尿苷三磷酸核苷酸水解酶(deoxyuridine 5’-triphosphate nucleotidohydrolase,dUTPase)是由DUT基因编码的DNA合成过程中的关键酶。研究显示其在维护基因组稳定性过程中充当基因组管家的作用,而其在胃癌中的表达及作用尚不清楚。该研究首先利用iTRAQ标记的定量蛋白组学从胃癌组织样本中鉴定出dUTPase高表达,经TIMER数据库分析得出dUTPase在胃癌中高表达,并经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)及免疫组化(immunohistochemistry,IHC)等方法检测显示,dUTPase在胃癌组织中显著高表达,且其表达与组织学分级及TNM分期等临床病理因素相关。预后分析结果显示:dUTPase高表达与胃癌患者的首次进展生存期(first progression survival,FP)、总生存期(overall survival,OS)、复发后生存期(post progression survival,PPS)及HER2阳性状态显著相关。基因富集分析(gene set enrichments analysis,GSEA)结果显示:DUT高表达胃癌患者中有185条信号通路显著被激活,涉及DNA合成、DNA修复及基因组稳定性等多个方面。一系列体外功能实验结果显示,体外抑制DUT基因表达可显著抑制胃癌细胞的增殖及体外迁移。总之,该研究证实了dUTPase在胃癌中显著高表达,其表达可能与多条参与DNA合成、修复及基因组稳定性的肿瘤信号通路相关,靶向dUTPase可显著抑制胃癌细胞的增殖及迁移。 展开更多
关键词 DUTPASE gsea 增殖 迁移 胃癌
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ACADSB低表达指示肾透明细胞癌患者预后不良
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作者 沈瑶 张洪 《生物技术》 CAS 2021年第6期567-572,共6页
[目的]探究短/支链酰基辅酶a脱氢酶(ACADSB)对肾透明细胞癌(KIRC)患者的生存、临床特征、通路表达等方面的影响。[方法]从肿瘤基因组图谱(TCGA)下载KIRC的基因表达数据和相应的临床信息。采用Wilcox.test分析ACADSB在正常组织和肿瘤组... [目的]探究短/支链酰基辅酶a脱氢酶(ACADSB)对肾透明细胞癌(KIRC)患者的生存、临床特征、通路表达等方面的影响。[方法]从肿瘤基因组图谱(TCGA)下载KIRC的基因表达数据和相应的临床信息。采用Wilcox.test分析ACADSB在正常组织和肿瘤组织中的表达差异。采用Kaplan-Meier法进行生存分析。采用Kruskal-Wallis检验、逻辑回归和Cox回归进行临床相关性分析。最后,进行基因集富集分析(GSEA)。[结果]ACADSB在肿瘤组织中的表达显著低于正常组织(P<0.000)。ACADSB低表达组中患者五年生存率低于50%,高表达组中患者五年生存率远高于50%,两组差异具有统计学意义(P<0.000)。ACADSB表达与肿瘤的grade、stage、T分期和M分期呈负相关,逻辑回归中优势比分别为0.24(0.05-0.79)、0.37(0.24-0.57)、0.34(0.23-0.50)、0.39(0.23-0.64),单因素和多因素Cox回归分析中,ACADSB项HR分别为0.88(0.84-0.92)、0.94(0.89-0.98)。GSEA结果显示蛋白酶体和核糖体途径在ACADSB低表达组呈现差异富集。[结论]对537例患者的基因表达数据和临床信息分析结果显示,ACADSB低表达可能指示KIRC患者预后不良。蛋白酶体和核糖体可能是ACADSB在KIRC中调控的关键途径。 展开更多
关键词 TCGA 肾透明细胞癌 ACADSB 预后 临床特征 gsea
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基于TCGA数据库研究NUF2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义 被引量：3
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作者 米宁宁 林延延 +3 位作者 曹洁 张金铎 岳平 孟文勃(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期206-209,共4页
目的:通过下载TCGA数据库中肝细胞癌(HCC)数据探究NUF2基因在HCC中的表达及临床意义。方法:从TCGA数据库下载正常肝组织和肿瘤组织测序数据及临床信息资料,采用R语言等软件分析NUF2基因的表达差异及其与临床病理特征的关系,单因素和多因... 目的:通过下载TCGA数据库中肝细胞癌(HCC)数据探究NUF2基因在HCC中的表达及临床意义。方法:从TCGA数据库下载正常肝组织和肿瘤组织测序数据及临床信息资料,采用R语言等软件分析NUF2基因的表达差异及其与临床病理特征的关系,单因素和多因素Cox回归模型分析HCC发生发展相关风险因素,GSEA软件预测NUF2基因可能的信号通路。结果:HCC组织中NUF2表达显著高于正常组织(P<0.05),且和年龄、临床分期、肿瘤分级及T分期显著相关,单、多因素Cox分析表明NUF2基因可作为HCC的独立预后因素(P<0.05)。GSEA结果显示NUF2高表达与肿瘤相关通路显著相关。结论:HCC组织中NUF2基因高表达且和病理特征相关,可能是HCC诊断和治疗的潜在生物学标记物与治疗靶点。 展开更多
关键词 肝细胞癌 癌症基因组图谱 NUF2 gsea分析
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生物效应大数据评估聚类算法的并行优化 被引量：2
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作者 彭绍亮 杨顺云 +6 位作者 孙哲 程敏霞 崔英博 王晓伟 李非 伯晓晨 廖湘科 《大数据》 2018年第3期24-36,共13页
生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化... 生物效应评估通过测定和分析生物制剂刺激各种人体细胞后的数字化转录组反应,能够快速确定相关的检测标识物和治疗靶标。基于潜在生物制剂作用下的细胞反应大数据,推测突发生物效应模式。综合考虑了MPI、Open MP两级并行加速,移植优化了基因探针富集分析(GSEA)比对算法和聚类算法,使用不同的数据量和并行度验证了优化后算法潜在的良好可扩展性和快速处理海量生物信息数据的能力。 展开更多
关键词 gsea 聚类 MPI OPENMP
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