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多组学技术探讨GRAP2在复发性流产中的潜在作用机制
1
作者
王琳琳
邓志敏
+4 位作者
周林燕
杨静
赵玉林
李龙飞
程艳香
《生殖医学杂志》
CAS
2022年第12期1728-1736,共9页
目的基于NCBI中已有的复发性流产组学数据,分析调控复发性流产的关键因子及可能机制。方法从NCBI数据库中检索与复发性流产相关的组学数据,下载可用数据集(GSE43256、GSE73025、GSE22490),采用R软件包对原始数据进行分析,取3个数据集的...
目的基于NCBI中已有的复发性流产组学数据,分析调控复发性流产的关键因子及可能机制。方法从NCBI数据库中检索与复发性流产相关的组学数据,下载可用数据集(GSE43256、GSE73025、GSE22490),采用R软件包对原始数据进行分析,取3个数据集的差异分子作交集,获得关键分子GRB2相关衔接蛋白2(GRAP2),采用human protein atlas、UCSC、SnapGene、varSEAK、Mutation Taster等网站或软件对GRAP2进行分析,并在人体标本中进行qPCR验证。结果从GSE43256、GSE73025、GSE22490三个数据集中获得关键分子GRAP2。组学数据及qPCR结果均提示,与正常对照组相比,GRAP2 mRNA可能在复发性流产患者的绒毛组织中低表达,而在蜕膜中高表达,但均无统计学差异(P>0.05)。在蛋白分子层面,GRAP2主要表达于胎盘及免疫器官,在母胎界面表达于绒毛及蜕膜组织;在细胞层面,GRAP2主要表达于胎盘的纤维细胞及巨噬细胞。GRAP2有4个突变位点位于外显子区域,分别是:c.834G>A(p.Ala278=)、c.739G>A(p.Gly247Ser)、c.466C>T(p.Arg156Trp)和c.801C>G(p.Leu267=)。其中,c.834G>A(p.Ala278=)位于蛋白结构域SH3中。GRAP2的上述突变不会影响转录本的剪切,但c.834G>A(p.Ala278=)、c.466C>T(p.Arg156Trp)和c.801C>G(p.Leu267=)很可能会引起蛋白结构改变,并导致疾病的发生。结论GRAP 2在复发性流产患者绒毛中的低表达及蜕膜中的高表达以及突变,可能引发免疫功能失衡或者干扰细胞增殖分化等过程,进而导致疾病的发生。
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关键词
复发性流产
grap2
生物信息学
多组学
暂未订购
GRAP2在肺腺癌中的表达及其临床意义
被引量：
3
2
作者
屈姣
张毅
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期1501-1506,共6页
目的:探讨GRAP2在肺腺癌(LUAD)组织中的表达及其与临床病理特征、免疫浸润和患者预后的关系。方法:采用TCGA数据库、GEO数据集及课题组临床标本分析LUAD组织和正常组织中GRAP2 mRNA表达,采用ROC曲线进一步探究GRAP2诊断LUAD的敏感性。采...
目的:探讨GRAP2在肺腺癌(LUAD)组织中的表达及其与临床病理特征、免疫浸润和患者预后的关系。方法:采用TCGA数据库、GEO数据集及课题组临床标本分析LUAD组织和正常组织中GRAP2 mRNA表达,采用ROC曲线进一步探究GRAP2诊断LUAD的敏感性。采用Kaplan-Meier法、多因素COX比例风险模型分析TCGA数据库中GRAP2、LUAD临床病理特征和总生存期(OS)的关系。采用TIMER数据库、ssGSEA分析及临床标本检测GRAP2与免疫浸润的关系。结果:LUAD组织中GRAP2表达水平显著低于癌旁正常组织(P<0.000 1),且GRAP2可作为LUAD诊断的潜在临床指标(AUC=0.73,P<0.000 1)。GRAP2表达水平对肿瘤大小(P=0.03)、淋巴结转移(P=0.01)和病理分期(P=0.000 6)均有影响。多因素Cox回归分析显示,GRAP2表达水平对LUAD患者预后具有显著影响(P=0.017)。TIMER数据库、ssGSEA分析及临床标本检测显示,GRAP2与包括CD8^(+)T细胞在内的各类免疫细胞呈正相关,同时与CD8^(+)T细胞功能性分子相关基因GZMB、PRF1呈正相关。结论:GRAP2可作为LUAD早期诊断并预测LUAD患者预后的潜在临床指标,同时也为筛选免疫治疗潜在获益人群提供新方向。
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关键词
TCGA
grap2
生物标志物
预后
免疫浸润
暂未订购
题名
多组学技术探讨GRAP2在复发性流产中的潜在作用机制
1
作者
王琳琳
邓志敏
周林燕
杨静
赵玉林
李龙飞
程艳香
机构
武汉大学人民医院妇产科
深圳中山泌尿外科医院生殖中心
出处
《生殖医学杂志》
CAS
2022年第12期1728-1736,共9页
基金
国家自然科学基金项目(82071655)
广东省自然科学基金(2022A1515010850,2019A1515011315)
深圳市自然科学基金(JCYJ20190813161010761,JCYJ20210324123601004)。
文摘
目的基于NCBI中已有的复发性流产组学数据,分析调控复发性流产的关键因子及可能机制。方法从NCBI数据库中检索与复发性流产相关的组学数据,下载可用数据集(GSE43256、GSE73025、GSE22490),采用R软件包对原始数据进行分析,取3个数据集的差异分子作交集,获得关键分子GRB2相关衔接蛋白2(GRAP2),采用human protein atlas、UCSC、SnapGene、varSEAK、Mutation Taster等网站或软件对GRAP2进行分析,并在人体标本中进行qPCR验证。结果从GSE43256、GSE73025、GSE22490三个数据集中获得关键分子GRAP2。组学数据及qPCR结果均提示,与正常对照组相比,GRAP2 mRNA可能在复发性流产患者的绒毛组织中低表达,而在蜕膜中高表达,但均无统计学差异(P>0.05)。在蛋白分子层面,GRAP2主要表达于胎盘及免疫器官,在母胎界面表达于绒毛及蜕膜组织;在细胞层面,GRAP2主要表达于胎盘的纤维细胞及巨噬细胞。GRAP2有4个突变位点位于外显子区域,分别是:c.834G>A(p.Ala278=)、c.739G>A(p.Gly247Ser)、c.466C>T(p.Arg156Trp)和c.801C>G(p.Leu267=)。其中,c.834G>A(p.Ala278=)位于蛋白结构域SH3中。GRAP2的上述突变不会影响转录本的剪切,但c.834G>A(p.Ala278=)、c.466C>T(p.Arg156Trp)和c.801C>G(p.Leu267=)很可能会引起蛋白结构改变,并导致疾病的发生。结论GRAP 2在复发性流产患者绒毛中的低表达及蜕膜中的高表达以及突变,可能引发免疫功能失衡或者干扰细胞增殖分化等过程,进而导致疾病的发生。
关键词
复发性流产
grap2
生物信息学
多组学
Keywords
Recurrent miscarriage
grap2
Bioinformatics
Multi-omics
分类号
R711.6 [医药卫生—妇产科学]
暂未订购
题名
GRAP2在肺腺癌中的表达及其临床意义
被引量：
3
2
作者
屈姣
张毅
机构
郑州大学第一附属医院生物细胞治疗中心
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第12期1501-1506,共6页
文摘
目的:探讨GRAP2在肺腺癌(LUAD)组织中的表达及其与临床病理特征、免疫浸润和患者预后的关系。方法:采用TCGA数据库、GEO数据集及课题组临床标本分析LUAD组织和正常组织中GRAP2 mRNA表达,采用ROC曲线进一步探究GRAP2诊断LUAD的敏感性。采用Kaplan-Meier法、多因素COX比例风险模型分析TCGA数据库中GRAP2、LUAD临床病理特征和总生存期(OS)的关系。采用TIMER数据库、ssGSEA分析及临床标本检测GRAP2与免疫浸润的关系。结果:LUAD组织中GRAP2表达水平显著低于癌旁正常组织(P<0.000 1),且GRAP2可作为LUAD诊断的潜在临床指标(AUC=0.73,P<0.000 1)。GRAP2表达水平对肿瘤大小(P=0.03)、淋巴结转移(P=0.01)和病理分期(P=0.000 6)均有影响。多因素Cox回归分析显示,GRAP2表达水平对LUAD患者预后具有显著影响(P=0.017)。TIMER数据库、ssGSEA分析及临床标本检测显示,GRAP2与包括CD8^(+)T细胞在内的各类免疫细胞呈正相关,同时与CD8^(+)T细胞功能性分子相关基因GZMB、PRF1呈正相关。结论:GRAP2可作为LUAD早期诊断并预测LUAD患者预后的潜在临床指标,同时也为筛选免疫治疗潜在获益人群提供新方向。
关键词
TCGA
grap2
生物标志物
预后
免疫浸润
Keywords
TCGA
grap2
Biomarker
Prognosis
Immune infiltration
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
暂未订购
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
多组学技术探讨GRAP2在复发性流产中的潜在作用机制
王琳琳
邓志敏
周林燕
杨静
赵玉林
李龙飞
程艳香
《生殖医学杂志》
CAS
2022
0
暂未订购
2
GRAP2在肺腺癌中的表达及其临床意义
屈姣
张毅
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
暂未订购
已选择
0
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