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柑橘CjGH3.4和CjGH3.7基因的生物信息学分析及表达分析 被引量：6
1
作者 庞少萍 谢让金 +6 位作者 马岩岩 钱春 何绍兰 易时来 吕强 郑永强 邓烈 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2362-2372,共11页
以资阳香橙（Citrus junos Sieb.ex Tanaka）为材料,基于柑橘全基因组对两个生长素酰胺合成酶基因GH3（Gretchen Hagen 3）,即Cj GH3.4和Cj GH3.7进行生物信息学分析及表达分析。结果表明：Cj GH3.4的开放阅读框（ORF）长度为1 830 bp,... 以资阳香橙（Citrus junos Sieb.ex Tanaka）为材料,基于柑橘全基因组对两个生长素酰胺合成酶基因GH3（Gretchen Hagen 3）,即Cj GH3.4和Cj GH3.7进行生物信息学分析及表达分析。结果表明：Cj GH3.4的开放阅读框（ORF）长度为1 830 bp,编码609个氨基酸;Cj GH3.7的ORF为1 800 bp,编码599个氨基酸。基因结构分析显示Cj GH3.4含有两个内含子,Cj GH3.7含有3个内含子。通过比对发现,这两个基因编码的蛋白序列与拟南芥、水稻、大豆、杨树等具有的较高的同源性,相似度可达66%~81%。Cj GH3.7主要在叶组织中表达,Cj GH3.4在根和叶组织中表达均较高,且叶高于根。在根和叶组织中,Cj GH3.4和Cj GH3.7均受低温、高盐以及PEG胁迫诱导,表明其参与了柑橘逆境响应过程。Cj GH3.4和Cj GH3.7在叶中受到ABA、ACC、Me JA和SA等诱导,在根中却受到抑制,呈现相反的表达模式。 展开更多
关键词 柑橘 植物激素 逆境 gh3 基因表达
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小拟南芥激素相关基因及GH3.6的克隆与表达 被引量：6
2
作者 黄薇 孙琦 +3 位作者 刘芳 金玉环 罗先梅 黄先忠 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2019年第3期323-331,共9页
植物激素是植物体内产生的一些微量的、能调节自身生理过程的有机化合物,生长素是一种重要的植物激素,在植物生长发育的过程中起着重要作用。为了探索激素相关基因在短命植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)逆境适应过程中的作用,本研究... 植物激素是植物体内产生的一些微量的、能调节自身生理过程的有机化合物,生长素是一种重要的植物激素,在植物生长发育的过程中起着重要作用。为了探索激素相关基因在短命植物小拟南芥(Arabidopsis pumila)逆境适应过程中的作用,本研究基于小拟南芥响应高盐胁迫叶片转录组数据库,首先筛选出2156个激素相关基因,包括生长素、脱落酸、乙烯、水杨酸、茉莉酸、油菜素内酯、细胞分裂素及赤霉素相关的基因,其中生长素和脱落酸相关基因所占比例最多并且多为上调表达。进一步通过分层聚类(H-Cluster),K均值聚类(K-means Cluster)和密度聚类(SOM Cluster)分析持续上调的基因,发现一个编码吲哚乙酸酰胺合成酶的基因GRETCHEN HAGEN 3.6(GH3.6)在高盐胁迫过程中明显上调表达。采用RT-PCR克隆小拟南芥Ap GH3.6基因,其开放阅读框长为1839 bp,编码612个氨基酸。系统进化分析表明,Ap GH3.6与山"菜(Eutrema salsugineum)GH3.6进化关系最近,属于同一进化分支。转录组数据分析表明在250 m M Na Cl下,Ap GH3.6持续上调表达;实时荧光定量PCR分析表明Ap GH3.6在小拟南芥各个组织中均有表达,但在花中表达量最高;高盐胁迫表达分析表明,随着胁迫时间增加,Ap GH3.6表达量不断升高。为了进一步研究该基因的功能,构建了植物过量表达载体35S∶Ap GH3.6并转化农杆菌GV3101。本研究为深入分析激素相关基因在小拟南芥响应盐胁迫中的功能机制奠定了基础。 展开更多
关键词 小拟南芥 GRETCHEN HAGEN3(gh3) 生长素 基因表达
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甘蔗ScGH3.8基因的克隆、表达及蛋白纯化 被引量：1
3
作者 黄润 张木清 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1311-1322,共12页
Gretchen hagen 3(GH3)基因编码酰基酰胺合成酶,属于植物生长素早期响应基因,通过催化生长素和茉莉酸等激素与氨基酸的偶联反应,使激素失活或激活来维持植物体内激素的动态平衡,从而调节植物生长发育和抵抗逆境胁迫。本研究采用RT-PCR... Gretchen hagen 3(GH3)基因编码酰基酰胺合成酶,属于植物生长素早期响应基因,通过催化生长素和茉莉酸等激素与氨基酸的偶联反应,使激素失活或激活来维持植物体内激素的动态平衡,从而调节植物生长发育和抵抗逆境胁迫。本研究采用RT-PCR克隆甘蔗(Saccharum officinarum)GH3基因,获得长1 776 bp具有完整开放阅读框的基因序列,命名为ScGH3.8。生物信息学分析表明,ScGH3.8基因编码591个氨基酸,具有GH3高度保守结构域、无跨膜结构和信号肽,亚细胞定位于细胞质,属酸性蛋白。系统进化分析表明,ScGH3.8与南荻(Miscanthus lutarioriparius)、高粱(Sorghum bicolor)和玉米(Zea mays)的GH3进化关系最近,属于同一进化分支。逆境胁迫表达分析表明,ScGH3.8同源基因Sspon.03G0024250-1A、Sspon.03G0024250-2C、Sspon.03G0024250-3D、Sspon.03G0037250-1B受干旱和甘蔗花叶病毒胁迫诱导表达;Sspon.03G0024250-1A受甘蔗镰孢菌(Fusarium sacchari)胁迫诱导表达。通过构建pRSF-ScGH3.8原核表达载体,将其转入大肠杆菌BL21(DE3)菌株并诱导表达,发现重组蛋白最佳表达条件为37℃, 0.5 mmol/L的IPTG诱导2 h。利用亲和层析法对重组蛋白进行纯化获得ScGH3.8蛋白,相对分子质量为64.59 kDa。这些结果为进一步探究ScGH3.8基因在甘蔗发育和抗逆性中的功能提供理论参考和数据支持。 展开更多
关键词 甘蔗 酰基酰胺合成酶基因(gh3) 逆境胁迫 原核表达
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向日葵GH3基因家族鉴定及其在花发育中的功能分析
4
作者 龙林茜 曾银萍 +6 位作者 王茜 邓玉萍 葛敏茜 陈彦灼 李鑫娟 杨军 邹建 《生物技术通报》 北大核心 2026年第1期125-138,共14页
【目的】探究向日葵(Helianthus annuus L.)HaGH3家族成员的理化特征和表达分析,以及其在向日葵花发育中的作用,为向日葵品种选育提供参考。【方法】基于向日葵基因组和转录组数据,利用生物信息学方法筛选鉴定HaGH3家族成员,并对蛋白理... 【目的】探究向日葵(Helianthus annuus L.)HaGH3家族成员的理化特征和表达分析,以及其在向日葵花发育中的作用,为向日葵品种选育提供参考。【方法】基于向日葵基因组和转录组数据,利用生物信息学方法筛选鉴定HaGH3家族成员,并对蛋白理化性质、染色体定位、系统进化关系、保守基序、顺式作用元件和组织表达特征等进行分析。利用RT-qPCR分析HaGH3家族成员在野生型向日葵及其花分生组织转变与花器官发生缺陷突变体cb1中St2‒St8时期的表达差异,并对其在St5和St6时期不同花器官中的表达情况进行分析。【结果】向日葵HaGH3基因家族包含19个成员(HaGH3.1‒HaGH3.19),分散分布在12条染色体上,分属于2个亚家族,同一亚家族的成员具有相同的蛋白保守结构域。转录组数据分析显示,HaGH3.1、HaGH3.2、HaGH3.3、HaGH3.4、HaGH3.5、HaGH3.8、HaGH3.11、HaGH3.12、HaGH3.13、HaGH3.14和HaGH3.18等11个基因在向日葵花发育特定时期高水平表达。基于RT-qPCR的表达分析,显示HaGH3.3、HaGH3.4、HaGH3.8、HaGH3.13和HaGH3.14在WT的St2时期表达水平达到峰值,且其表达水平在WT和cb1中存在显著差异;HaGH3.1、HaGH3.2、HaGH3.5、HaGH3.12和HaGH3.18在WT花发育后期(St5‒St6时期)高水平表达,且具有较强的花器官特异性。顺式作用元件分析显示,11个花发育相关HaGH3基因启动子区域内含有大量生长素和赤霉素响应元件和MIKC_MADS识别元件。进一步分析结果显示,HaGH3.8、HaGH3.14和HaGH3.18受到ARF介导的生长素信号调节,HaGH3.1和HaGH3.8受到MYB和bZIP等赤霉素信号相关转录因子的调控,HaGH3.2、HaGH3.8、HaGH3.13、HaGH3.14和HaGH3.18受到花同源异型转录因子MIKC_MADS的调控。【结论】向日葵HaGH3.1和HaGH3.3等11个成员在向日葵花生长发育的调控中发挥重要作用,其中HaGH3.1、HaGH3.2、HaGH3.8、HaGH3.13、HaGH3.14和HaGH3.18在调控花发育过程中,受到生长素或赤霉素信号相关转录因子以及MIKC_MADS成员的调控。 展开更多
关键词 向日葵 花发育 cb1突变体 gh3基因家族 表达水平 顺式作用元件 转录因子 转录调控
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三七GH3基因家族的鉴定及其响应黑斑病浸染的表达分析
5
作者 杨云 涂洁磊 +2 位作者 官会林 李泽成 魏富刚 《云南大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期163-174,共12页
GH3(Gretchen Hagen 3)基因家族属于植物生长素早期响应基因,与植物生长发育和逆境胁迫响应密切相关.基于三七全基因组数据,采用生物信息学分析方法,对三七GH3基因家族成员进行鉴定和分析,并通过RNA-seq和qRT-PCR技术分析了黑斑病菌胁迫... GH3(Gretchen Hagen 3)基因家族属于植物生长素早期响应基因,与植物生长发育和逆境胁迫响应密切相关.基于三七全基因组数据,采用生物信息学分析方法,对三七GH3基因家族成员进行鉴定和分析,并通过RNA-seq和qRT-PCR技术分析了黑斑病菌胁迫下GH3家族基因成员的表达特征.结果显示,在三七基因组中共鉴定出15个GH3基因家族成员,其不均匀地分布于7条染色体上.系统进化树分析表明,PnGH3基因家族可以分为3个亚族,主要分布于亚族Ⅰ和Ⅲ.基因结构和保守基序分析表明,同一亚族具有类似的外显子/内含子数目和保守基序分布.启动子分析显示,PnGH3基因启动子区上主要包含4类顺式作用元件:光响应、植物激素响应、逆境胁迫响应和植物生长发育相关.共线性分析表明,三七GH3家族成员扩张主要源于片段重复事件,三七与木薯和拟南芥GH3基因家族成员之间具有较高的结构和功能相似性.RNA-seq和qRTPCR分析表明,PnGH3.1和PnGH3.9在黑斑病菌胁迫下显著上调表达(P<0.05),表明这些基因三七响应链格孢菌浸染过程中扮演着关键的角色. 展开更多
关键词 三七 gh3基因家族 生物信息学 黑斑病菌 表达分析
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激素和非生物胁迫下荷花GH3基因家族的表达分析 被引量：1
6
作者 匡健华 程志鹏 +4 位作者 赵永晶 杨洁 陈润乔 陈龙清 胡慧贞 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期221-233,共13页
【目的】探究荷花(Nelumbo nucifera)NnGH3家族成员的特征及其在非生物胁迫响应中的作用,为荷花抗逆新品种的选育提供新的关键候选基因资源。【方法】采用生物信息学方法从荷花全基因组中鉴定酰基酰胺合成酶(GH3)家族成员,对GH3基因编... 【目的】探究荷花(Nelumbo nucifera)NnGH3家族成员的特征及其在非生物胁迫响应中的作用,为荷花抗逆新品种的选育提供新的关键候选基因资源。【方法】采用生物信息学方法从荷花全基因组中鉴定酰基酰胺合成酶(GH3)家族成员,对GH3基因编码的酰胺合成酶理化性质、染色体定位、三级结构预测、系统发育树、基因结构、共线性和表达模式等进行详细研究,并利用RT-qPCR技术探究NnGH3家族基因分别在低温(4℃)、厌氧(水淹)、盐害(300 mmol/L NaCl)及外源施加激素(0.1 mmol/L IAA、1 mmol/L JA和5 mmol/L SA)处理下的表达模式。【结果】从荷花基因组中鉴定出14个NnGH3家族成员,它们集中分布在5条染色体上,根据其在染色体的位置依次命名为NnGH3.1-3.14,其分子质量为365-630 aa,理论等电点均小于7,为酸性蛋白,亚细胞定位于细胞核和细胞质上;聚类分析表明GH3家族成员分为GroupⅠ和GroupⅡ两组,绝大多数成员含有3-4个外显子和GH3superfamily结构域。14个NnGH3基因中有2对基因存在共线性,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻(Oryza sativa)GH3基因分别存在14和6对共线关系。顺式作用元件预测分析表明,该家族基因存在大量光、逆境和激素等响应元件。表达分析结果显示,NnGH3负向响应低温胁迫,绝大多数成员正向响应SA处理和盐胁迫,特异性响应IAA、JA处理及厌氧胁迫,其中GroupⅡ中的NnGH3.4和NnGH3.13基因以及GroupⅠ中的NnGH3.3基因在所有处理中表达量变化最为显著。【结论】在全基因组范围内从荷花中系统鉴定得到14个NnGH3家族成员,分为GroupⅠ和GroupⅡ两组,均含有GH3 superfamily结构域,为酸性蛋白。NnGH3家族基因在不同的外源激素和非生物胁迫条件下的表达具有特异性。 展开更多
关键词 荷花 gh3基因家族 生物信息学 植物激素 非生物胁迫 表达模式
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野牛草BdGH3基因家族鉴定及干旱胁迫下的表达模式分析
7
作者 王雪萍 王思宁 +3 位作者 祁浩乐 张然 李晓霞 马晖玲 《草地学报》 北大核心 2025年第11期3515-3525,共11页
生长素酰胺合成酶(Gretchen Hagen 3,GH3)作为生长素早期响应基因,在调控植物生长发育及逆境胁迫中扮演着关键角色。为挖掘野牛草(Buchloe dactyloides)响应干旱非生物胁迫的GH3基因,本研究利用生物信息学方法,在‘中林育1号’野牛草(Bu... 生长素酰胺合成酶(Gretchen Hagen 3,GH3)作为生长素早期响应基因,在调控植物生长发育及逆境胁迫中扮演着关键角色。为挖掘野牛草(Buchloe dactyloides)响应干旱非生物胁迫的GH3基因,本研究利用生物信息学方法,在‘中林育1号’野牛草(Buchloe dactyloides‘Zhonglinyu No. 1’)基因组中鉴定出16个GH3家族基因。野牛草BdGH3基因在11条染色体上呈不均匀分布,保守基序及基因结构分析表明BdGH3基因多数含有Motif1~Motif10保守基序和0~2个外显子。15条BdGH3蛋白定位于叶绿体中。系统进化树分析表明BdGH3聚类为3个亚家族。顺式作用元件分析表明BdGH3基因含有多个响应光信号、激素信号和干旱等逆境相关的顺式作用元件。表达模式分析结果显示叶中BdGH3.1和BdGH3.15基因,根中BdGH3.5和BdGH3.9基因的表达量水平在整个干旱胁迫时期均表现为持续显著上调表达。本研究结果为进一步开展野牛草BdGH3基因的功能研究和耐旱响应机制提供理论参考。 展开更多
关键词 野牛草 gh3基因家族鉴定 干旱胁迫 表达模式分析
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谷子GH3基因家族的鉴定和生物信息学分析
8
作者 赵格康 宋晓璐 崔燕娇 《唐山师范学院学报》 2025年第6期71-78,共8页
利用生物信息学方法对SiGH3基因家族进行鉴定和分析。结果表明,谷子基因组中存在17个SiGH3家族成员(SiGH3.1-SiGH3.17),在细胞质、细胞核和叶绿体中均有分布;SiGH3基因具有2~6个外显子,根据系统进化关系可分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ... 利用生物信息学方法对SiGH3基因家族进行鉴定和分析。结果表明,谷子基因组中存在17个SiGH3家族成员(SiGH3.1-SiGH3.17),在细胞质、细胞核和叶绿体中均有分布;SiGH3基因具有2~6个外显子,根据系统进化关系可分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ3个亚家族;SiGH3蛋白序列高度保守,除SiGH3.1和SiGH3.3外,均至少含有10个保守基序;SiGH3基因含有植物激素响应、胁迫响应、光响应和生长发育相关的顺式作用元件,不同家族成员在根、茎、叶、花序中的表达模式存在显著差异,具有一定的组织特异性。 展开更多
关键词 谷子 gh3基因家族 生物信息学
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植物GH3基因家族研究进展 被引量：21
9
作者 孙涛 柴团耀 +1 位作者 刘戈宇 张玉秀 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1860-1866,共7页
生长素在植物的整个生长发育过程中都具有重要的作用,其早期响应基因可归为3类:Aux/IAAs、GH3s、SAURs。通过功能基因组学的研究,特别是对相关突变体的分子遗传学与分子生物学的研究,使我们对这些基因家族的作用机理的理解更为深入。以... 生长素在植物的整个生长发育过程中都具有重要的作用,其早期响应基因可归为3类:Aux/IAAs、GH3s、SAURs。通过功能基因组学的研究,特别是对相关突变体的分子遗传学与分子生物学的研究,使我们对这些基因家族的作用机理的理解更为深入。以下综述了植物GH3基因的结构、功能及表达调控模式,重点介绍了由GH3介导的生长素信号途径与其他信号转导途径之间的互作和GH3基因与植物逆境胁迫适应的关系。 展开更多
关键词 生长素 gh3基因 早期响应基因 胁迫适应
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拟南芥IAA酰胺合成酶GH3-6负调控干旱和盐胁迫的反应 被引量：12
10
作者 刘晓东 王若仲 +2 位作者 焦彬彬 代培红 李月 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期586-593,共8页
生长素是一种重要的植物激素,几乎参与了植物所有的生命活动过程。GH3-6具有IAA酰胺合成酶活性,催化氨基酸与IAA形成IAA的氨基轭合物,发挥暂时或永久灭活IAA的作用。该文探讨了GH3-6基因在拟南芥(Arabidopsis thaliana)逆境适应过程中... 生长素是一种重要的植物激素,几乎参与了植物所有的生命活动过程。GH3-6具有IAA酰胺合成酶活性,催化氨基酸与IAA形成IAA的氨基轭合物,发挥暂时或永久灭活IAA的作用。该文探讨了GH3-6基因在拟南芥(Arabidopsis thaliana)逆境适应过程中的功能。结果显示GH3-6基因受干旱、ABA和高盐的诱导表达。与野生型相比,GH3-6基因过表达突变体dfl1-D对干旱的抗性明显减弱,叶片失水速率更快。在抗盐方面,dfl1-D也显著弱于野生型。在3种逆境(干旱、ABA和高盐)胁迫下,GH3-6基因的高表达抑制了逆境响应基因RD22、KIN1、RD29A和DREB1A的表达。而且在干旱胁迫下,dfl1-D中ABA的含量明显低于野生型。研究结果证明,高表达GH3-6基因负调控拟南芥对逆境的抗性。 展开更多
关键词 gh3-6 IAA ABA 抗逆性
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植物GH3基因家族的生物信息学分析 被引量：13
11
作者 谢小芳 黄勤怡 吴为人 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期829-837,共9页
植物生长素在植物的生长发育过程中至关重要,GH3基因家族是植物生长素早期应答的成员。本研究采用比较基因组学的方法,利用已经分离的拟南芥GH3(Gretchen Hagen3)蛋白为检索序列,在全基因组水平上搜索拟南芥、水稻、葡萄、白杨和苜蓿的... 植物生长素在植物的生长发育过程中至关重要,GH3基因家族是植物生长素早期应答的成员。本研究采用比较基因组学的方法,利用已经分离的拟南芥GH3(Gretchen Hagen3)蛋白为检索序列,在全基因组水平上搜索拟南芥、水稻、葡萄、白杨和苜蓿的GH3基因的同源序列。最终确定了59个GH3候选基因,其中拟南芥19个,水稻14个,葡萄9个,白杨14个,苜蓿3个。对同源序列作进一步的多序列联配、MEME、ESTs和系统发生表达分析,结果表明:GH3基因家族的基本特征在单双子叶植物分离之前就已经形成;GH3结构域在蛋白质间较保守,可以分为3个亚家族,其中个别蛋白发生了基序丢失;59个同源蛋白中的40个成员找到了ESTs的证据,且表达部位多样,不同成员之间的表达部位存在差异。该研究结果将为植物的GH3基因家族的研究提供参考。 展开更多
关键词 植物 gh3基因家族 比较基因组学 生物信息学
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过表达GH3-5提高拟南芥抗旱的分子机制 被引量：5
12
作者 刘晓东 李月 +3 位作者 王若仲 代培红 刘超 石书兵 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期557-562,共6页
[目的]拟南芥GH3-5和GH3-6基因属于生长素早期应答基因GH3基因家族。GH3-5基因过表达植株gh3.5-1D和GH3-6基因过表达植株dfl1-D都表现出生长素响应缺失的表型,然而与野生型对照相比两者的抗旱能力却完全相反。研究GH3-5基因的抗旱机制,... [目的]拟南芥GH3-5和GH3-6基因属于生长素早期应答基因GH3基因家族。GH3-5基因过表达植株gh3.5-1D和GH3-6基因过表达植株dfl1-D都表现出生长素响应缺失的表型,然而与野生型对照相比两者的抗旱能力却完全相反。研究GH3-5基因的抗旱机制,将能解释两者抗旱表型完全相反的原因。[方法]采用液相色谱-质谱联用技术测定了干旱胁迫后gh3.5-1D、dfl1-D及其对应野生型中水杨酸的含量,同时检测了gh3.5-1D/Nah G和gh3.5-1D/npr1两种双突变体的抗旱性。[结果]与野生型相比,干旱胁迫后dfl1-D中水杨酸(SA)的含量没有差异,而gh3.5-1D中SA的含量增加了1倍。进一步研究发现,gh3.5-1D较高的抗旱能力在gh3.5-1D/Nah G双突变体中丧失,而在gh3.5-1D/npr1双突变体中没有明显变化。[结论]水杨酸的过量积累是gh3.5-1D抗旱性发生逆转的原因,然而这种SA赋予的抗旱性可能并不依赖NPR1。 展开更多
关键词 gh3 抗旱性 水杨酸 生长素
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大豆GH3家族三个成员对20种农药的转录响应 被引量：6
13
作者 徐明飞 吴长兴 +4 位作者 苍涛 陈丽萍 陈列忠 蔡磊明 李岗 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期2188-2194,共7页
植物GH3基因家族具有生长素(IAA)等植物激素的氨基酸化合成酶活性,参与调节IAA等的动态平衡,在植物生长发育和抗逆性方面具有重要作用。为了明确大豆GH3基因家族成员对主要农药的响应特点,用qRT-PCR分析了20种不同作用机制的农药对该家... 植物GH3基因家族具有生长素(IAA)等植物激素的氨基酸化合成酶活性,参与调节IAA等的动态平衡,在植物生长发育和抗逆性方面具有重要作用。为了明确大豆GH3基因家族成员对主要农药的响应特点,用qRT-PCR分析了20种不同作用机制的农药对该家族XM003518758、XM003521754和XM003543231在60 min内的诱导特点。结果表明,XM003518758基因的表达受草甘膦、氰戊菊酯轻微抑制,受2甲4氯等其余18种农药诱导上调但不超过2.5倍。所有测试的20种农药均不抑制XM003521754基因的表达,而最大诱导表达量达10倍以上。2甲4氯、乙草胺、百草枯、氰戊菊酯和戊唑醇对XM003543231诱导表达超过50倍,而其余15种测试农药对XM003543231的表达无抑制效应。而大豆XM003521754基因只受2甲4氯、二氯喹啉酸和多菌灵的显著诱导上调。 展开更多
关键词 大豆gh3基因家族 农药 转录模式
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辣椒GH3基因的电子克隆与生物信息学分析 被引量：5
14
作者 罗火林 罗丽萍 +1 位作者 熊冬金 杨柏云 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2013年第6期24-29,共6页
利用电子克隆技术获得1个辣椒GH3同源基因的cDNA序列,采用生物信息学方法,对该基因所编码的氨基酸从理化性质、分子进化、跨膜结构域、高级结构等多角度进行分析。结果表明,该基因cDNA全长2 140 bp,其开放阅读框为1 791 bp,编码595个氨... 利用电子克隆技术获得1个辣椒GH3同源基因的cDNA序列,采用生物信息学方法,对该基因所编码的氨基酸从理化性质、分子进化、跨膜结构域、高级结构等多角度进行分析。结果表明,该基因cDNA全长2 140 bp,其开放阅读框为1 791 bp,编码595个氨基酸。编码蛋白含32个磷酸化位点,无信号肽,无跨膜区域,是定位在叶绿体上的亲水性蛋白。通过氨基酸序列比对发现,辣椒GH3蛋白与拟南芥、大豆、烟草、番茄等植物中的GH3蛋白同源性较高。为该基因的基因功能研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 辣椒 gh3基因 电子克隆 生物信息学
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植物GH3基因家族的功能研究概况 被引量：15
15
作者 黎颖 左开井 唐克轩 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2008年第5期507-515,共9页
植物GH3基因是一种典型的植物生长素原初反应基因,此类基因与植物的生长发育密切相关。GH3基因在植物生长素信号途径、光信号途径以及植物的防卫反应中起着重要作用。植物GH3蛋白具有植物生长素氨基酸化合成酶活性,这有助于维持植物生... 植物GH3基因是一种典型的植物生长素原初反应基因,此类基因与植物的生长发育密切相关。GH3基因在植物生长素信号途径、光信号途径以及植物的防卫反应中起着重要作用。植物GH3蛋白具有植物生长素氨基酸化合成酶活性,这有助于维持植物生长素的动态平衡。该文介绍拟南芥等植物中GH3基因的生物学功能研究概况和最新进展,为植物GH3基因家族的进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 拟南芥 植物生长素 gh3基因家族 动态平衡
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瘦素对GH3细胞分泌和凋亡的影响 被引量：3
16
作者 刘亚莉 钟延清 +1 位作者 迟素敏 朱运龙 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期254-258,共5页
本文旨在探讨瘦素(leptin)对垂体瘤GH3细胞的生长激素(growth hormone,GH)分泌的作用及可能机制。我们观察了leptin对GH3细胞生长激素的分泌、细胞的增殖和凋亡的影响,结果显示:leptin(1、10和100 nmol/L)对GH3细胞的基础GH分泌有抑制作... 本文旨在探讨瘦素(leptin)对垂体瘤GH3细胞的生长激素(growth hormone,GH)分泌的作用及可能机制。我们观察了leptin对GH3细胞生长激素的分泌、细胞的增殖和凋亡的影响,结果显示:leptin(1、10和100 nmol/L)对GH3细胞的基础GH分泌有抑制作用(P<0.05),并存在剂量依赖效应。用10 nmol/L的leptin作用30 min、1和3 h对GH分泌无明显影响,而作用1、2和3 d则可抑制GH分泌(P<0.05)。应用噻唑蓝(MTT)比色分析法和流式细胞仪研究leptin对GH3细胞增殖和凋亡的影响,我们发现leptin对GH3细胞的增殖有抑制作用,并存在剂量依赖效应;同时leptin可减低GH3细胞的S期细胞比例,而G1期的细胞比例明显增加,进入2相和4相的凋亡细胞比例增加。上述结果表明,leptin可抑制GH3 细胞的基础GH分泌,其作用可能是通过抑制GH3细胞的DNA合成,促进GH3细胞的凋亡,从而影响GH的分泌。 展开更多
关键词 瘦素 生长激素 gh3细胞 凋亡
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大白菜GH3基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量：5
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作者 李敬蕊 解紫薇 +3 位作者 卢银 李娜 刘紫俊 赵建军 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期15-24,共10页
生长素酰胺合成酶(GH3)基因家族是生长素早期应答基因家族之一,在植物生长素信号转导过程中发挥重要作用。基于大白菜全基因组数据对大白菜GH3家族进行全基因组鉴定及生物信息学分析,结果表明,在大白菜基因组中共鉴定到45个包含GH3结构... 生长素酰胺合成酶(GH3)基因家族是生长素早期应答基因家族之一,在植物生长素信号转导过程中发挥重要作用。基于大白菜全基因组数据对大白菜GH3家族进行全基因组鉴定及生物信息学分析,结果表明,在大白菜基因组中共鉴定到45个包含GH3结构域的BrGH3家族成员;BrGH3家族成员编码氨基酸数在286~826之间,分子量介于32.06~90.77 KD之间;系统进化分析将BrGH3家族分为4类;基因结构分析发现该家族成员外显子数为2~10个;蛋白保守基序(motif)分析表明,除了BrGH3.2和BrGH3.18外,BrGH3家族成员都含有10个Motif;41个BrGH3成员在10条染色体上均有分布,4个基因未定位到染色体上;共线性分析发现29个基因参与片段复制事件,存在5个串联重复;启动子顺式作用元件分析表明,BrGH3成员含有大量光、激素、逆境和生长发育等响应元件。基于大白菜结球野生型和不结球平塌突变体结球前期叶片不同部位转录组数据,分析BrGH3差异表达,结果表明,其中BrGH3.28和BrGH3.41基因在大白菜突变体叶片不同部位的FPKM值均高于野生型,为野生型的1.22~4.83倍,且BrGH3基因家族在LF亚基因组中优势表达,初步推测BrGH3基因家族成员参与调控大白菜叶球发育。本研究为进一步研究BrGH3基因家族的功能和大白菜叶球发育机理提供参考。 展开更多
关键词 大白菜 gh3基因家族 生物信息学分析 表达分析
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桃GH3基因家族的生物信息学分析及其在果实发育中的表达 被引量：16
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作者 曾文芳 潘磊 +3 位作者 牛良 鲁振华 崔国朝 王志强 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期833-842,共10页
为了探索生长素酰胺合成酶(GH3)基因家族在桃(Prunus persica L.Batsch)果实生长发育过程中的作用,对桃基因组中的GH3基因家族进行生物信息学分析,对它们在溶质型和硬质型油桃果实发育成熟阶段的表达水平进行q RT-PCR检测。检测结果表明... 为了探索生长素酰胺合成酶(GH3)基因家族在桃(Prunus persica L.Batsch)果实生长发育过程中的作用,对桃基因组中的GH3基因家族进行生物信息学分析,对它们在溶质型和硬质型油桃果实发育成熟阶段的表达水平进行q RT-PCR检测。检测结果表明:桃GH3基因家族有8个成员,分别为Pp GH3-1~Pp GH3-8,聚类分析表明其分为GroupⅠ和GroupⅡ两类。实时荧光定量PCR分析表明GroupⅡ型基因(Pp GH3-1、Pp GH3-2、Pp GH3-3、Pp GH3-4和Pp GH3-5)在溶质型油桃中的表达水平高于硬质型油桃,其中Pp GH3-3和Pp GH3-4最为明显。经NAA处理后的硬质型油桃果实Pp GH3-1、Pp GH3-3、Pp GH3-4和Pp GH3-7相比对照上调表达,其中Pp GH3-3上调表达最为明显。试验结果表明生长素在桃果实成熟软化过程扮演着重要的角色。 展开更多
关键词 桃 油桃 生长素酰胺合成酶 果实发育和成熟 生长素
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普通丝瓜GH3基因家族全基因组鉴定及表达分析 被引量：4
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作者 曾美娟 刘建汀 +5 位作者 李祖亮 陈敏氡 叶新如 王彬 朱海生 温庆放 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第18期82-87,共6页
以普通丝瓜[Luffa cylindrica(L.)Roem.]为试验材料,基于其全基因组,对生长素酰胺合成酶基因(gretchen hagen 3,GH3)家族成员进行鉴定和生物信息学分析,并分析其在普通丝瓜长果品种、短果品种中的表达情况。结果表明,普通丝瓜全基因组... 以普通丝瓜[Luffa cylindrica(L.)Roem.]为试验材料,基于其全基因组,对生长素酰胺合成酶基因(gretchen hagen 3,GH3)家族成员进行鉴定和生物信息学分析,并分析其在普通丝瓜长果品种、短果品种中的表达情况。结果表明,普通丝瓜全基因组中共存在14个GH3基因家族成员,暂命名为LcGH3.1~LcGH3.14,蛋白序列长度为515~843aa,相对分子量在58.366~96.406 ku之间,LcGH3.8、LcGH3.14为碱性蛋白,其他LcGH3蛋白均为酸性蛋白。LcGH3.1为稳定蛋白,其他LcGH3均为不稳定蛋白。14个LcGH3蛋白均是亲水蛋白,其中LcGH3蛋白主要含有10个基序(Motif),14个LcGH3蛋白均含有Motif 1、Motif 4、Motif5、Motif6、Motif7和Motif 9保守基序。系统进化树分析结果表明,14个LcGH3蛋白聚类在GroupⅡ、GroupⅢ2类。在普通丝瓜长果品种、短果品种商品果中,共有6个GH3基因家族成员存在差异表达,其中LcGH3.1、LcGH3.2、LcGH3.5在短果品种中的相对表达量高于长果品种,LcGH3.8、LcGH3.12、LcGH3.13在短果品种中的相对表达量低于长果品种。推测LcGH3基因家族与普通丝瓜果实发育相关,且与果长密切相关。 展开更多
关键词 普通丝瓜 gh3家族 生物信息学分析 表达分析
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拟南芥GH3基因家族启动子序列分析 被引量：4
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作者 孙涛 柴团耀 张玉秀 《中国科学院研究生院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期847-852,共6页
GH3基因家族是植物生长素早期响应基因家族之一.拟南芥10个GH3基因启动子序列分析表明:GH3基因的转录起始位点一般在起始密码子上游65～145bp之内,TATA box大多分布在(-24)～(-40)bp区域.MDB和MatInspector分析显示,AtGH3s基因的上游调... GH3基因家族是植物生长素早期响应基因家族之一.拟南芥10个GH3基因启动子序列分析表明:GH3基因的转录起始位点一般在起始密码子上游65～145bp之内,TATA box大多分布在(-24)～(-40)bp区域.MDB和MatInspector分析显示,AtGH3s基因的上游调控区域普遍存在组织和器官特异性表达元件、激素响应元件以及环境响应元件,表明GH3基因的表达受到多因素调控;同时,基因芯片数据显示AuxREs对生长素的响应非常重要,但也可能存在其他的生长素响应元件. 展开更多
关键词 gh3基因 启动子 顺式作用元件
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