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铜绿假单胞菌PAO1中4个具有GGDEF-EAL结构域基因的研究 被引量:1
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作者 满耕孝 陈一帆 +2 位作者 张燕 黄婷 黄卫东 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2016年第3期215-219,224,共6页
目的对铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)野生型PAO1中与环鸟苷二磷酸(C-di-GMP)代谢相关的4个具有GGDEF-EAL结构域基因(PA0285、PA0575、PA5295、PA5442)进行初步研究。方法分析4个基因的转座子突变菌株进行生物膜(Biofilm)及... 目的对铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)野生型PAO1中与环鸟苷二磷酸(C-di-GMP)代谢相关的4个具有GGDEF-EAL结构域基因(PA0285、PA0575、PA5295、PA5442)进行初步研究。方法分析4个基因的转座子突变菌株进行生物膜(Biofilm)及泳动性(Motility);利用PCR对4个基因的催化结构域进行克隆并构建原核表达载体,经IPTG诱导后检测重组蛋白的表达情况。结果生物膜分析显示,PA0285、PA0575、PA5442的转座子突变体较野生型PAO1间生物膜合成发生变化,其A值差异有统计学意义(P=0.000,P<0.05);PA5295转座子突变体与PAO1间生物膜合成差异无统计学意义(P=0.232,P>0.05);泳动性分析显示,PA0285、PA0575、PA5442的转座子突变体菌落直径与PAO1比较差异有统计学意义(P=0.000,P<0.05),PA5295的转座子突变体与PAO1间比较差异无统计学意义(P=0.083,P>0.05)。4个基因的催化结构域原核表达载体构建成功,并在大肠埃希菌中表达目的蛋白。结论初步分析表明PA0285、PA0575、PA5442均影响细菌的生物膜合成及运动性,为4基因的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 C-DI-GMP ggdef-eal 基因研究
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嗜酸乳杆菌GGDEF和EAL结构域相关蛋白的表达、纯化及活性分析 被引量:2
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作者 何嘉辉 孙洁丽 +1 位作者 闫文娟 王方 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期633-639,共7页
目的鉴定嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)中含GGDEF和EAL结构域相关蛋白的功能。为进一步研究环二鸟苷酸(c-di-GMP)在该菌株中的调控机制奠定基础。方法从嗜酸乳杆菌ATCC4356基因组中PCR扩增出NH13_07045-GGDEF、NH13_07050和NH1... 目的鉴定嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)中含GGDEF和EAL结构域相关蛋白的功能。为进一步研究环二鸟苷酸(c-di-GMP)在该菌株中的调控机制奠定基础。方法从嗜酸乳杆菌ATCC4356基因组中PCR扩增出NH13_07045-GGDEF、NH13_07050和NH13_07055这3个基因片段,分别构建其重组表达质粒。经鉴定后,转入大肠杆菌表达宿主中,用异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导表达重组蛋白,经直链淀粉树脂纯化后进行体外酶活性实验,再通过高效液相色谱检测反应产物。结果通过PCR扩增的目的基因片段经重组质粒双酶切后其大小与预期相符,测序结果与Gen Bank中嗜酸乳杆菌ATCC4356基因序列一致,表明重组质粒构建成功。SDS-PAGE和Western Blot检测表达的重组蛋白相对分子质量分别约为59000(含GGDEF结构域)、67000(含EAL结构域)和72000(含EAL结构域),与预期大小吻合。经树脂亲和柱纯化及浓缩获得目的蛋白。高效液相色谱分析结果显示,NH13_07045-GGDEF的表达产物体外无明显双鸟苷酸环化酶(DGC)活性,NH13_07050的表达产物体外具有磷酸二酯酶(PDE)活性,而NH13_07055的表达产物在体外无明显PDE活性。结论在本研究的3种基因中,NH13_07050的表达产物在体外具有磷酸二酯酶(PDE)的活性。为研究环二鸟苷酸在嗜酸乳杆菌中的调控机制提供了实验依据。 展开更多
关键词 嗜酸乳杆菌 环二鸟苷酸 ggdef结构域 eal结构域 酶活性检测 高效液相色谱
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汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3中第二信使c-di-GMP相关结构域蛋白质的生物信息学分析
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作者 杨承 庄梓涵 +3 位作者 吴昊基 陈炫 雷虹 李元敬 《黑龙江大学自然科学学报》 2025年第1期81-89,共9页
为探究汉氏葡糖醋杆菌(Komagataeibacter hansenii,K.hansenii)HDM1-3所包含的GGDEF结构域对合成环二鸟苷酸(cyclic diguanylate monophosphate,c-di-GMP)的作用,挖掘c-di-GMP对该菌种产细菌纤维素(Bacterial cellulose,BC)的作用,采用... 为探究汉氏葡糖醋杆菌(Komagataeibacter hansenii,K.hansenii)HDM1-3所包含的GGDEF结构域对合成环二鸟苷酸(cyclic diguanylate monophosphate,c-di-GMP)的作用,挖掘c-di-GMP对该菌种产细菌纤维素(Bacterial cellulose,BC)的作用,采用生物信息学方法系统分析了K.hansenii HDM1-3菌株的基因组,发现K.hansenii HDM1-3菌株中共有8个基因含有GGDEF-EAL结构域。利用Hmmer软件、Pfam数据库、SMART(Simple Modular Architecture Research Tool)平台、MEME Suite平台、MEGA11(Molecular Evolutionary Genetics Analysis 11)软件、ClustalW平台、Swiss-model平台、NCBI(National Center for Biotechnology Information)平台、InterPro平台及BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)平台对该菌株所含有GGDEF-EAL结构域的功能进行了分析,并深入探究了该结构域对细菌纤维素产量的影响。功能预测分析表明,K.hansenii HDM1-3中含有GGDEF-EAL结构域的8个基因均参与c-di-GMP的合成、降解及信号传导。 展开更多
关键词 汉氏葡糖醋杆菌HDM1-3 C-DI-GMP 生物信息学 ggdef-eal结构域
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普城沙雷氏菌pigX基因的生物信息学分析
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作者 吴岩 邱旭华 刘晓光 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期510-516,共7页
通过生物信息学方法对普城沙雷氏菌(Serratia plymuthica)G3菌株中GGDEF/EAL结构域蛋白编码基因pigX启动子区域的调控信息以及编码蛋白质的理化特性和结构特点进行了解析。利用启动子分析软件Softberry和Neural Network Promoter Predic... 通过生物信息学方法对普城沙雷氏菌(Serratia plymuthica)G3菌株中GGDEF/EAL结构域蛋白编码基因pigX启动子区域的调控信息以及编码蛋白质的理化特性和结构特点进行了解析。利用启动子分析软件Softberry和Neural Network Promoter Prediction对pigX基因编码区上游序列进行启动子预测,利用生物信息学方法对PigX蛋白的氨基酸组成和理化特性、磷酸化和糖基化位点、跨膜结构、信号肽二级结构和保守结构域等进行预测分析。结果显示:pigX启动子区有Fur和SoxS结合位点;PigX是微亲水性的脂结合蛋白,具有信号肽和跨膜结构域、糖基化和高水平磷酸化位点,α-螺旋和无规则卷曲是其主要二级结构。生物信息学分析预测结果表明G3菌株PigX具有较高水平磷酸化位点及由α-螺旋和无规则卷曲组成的二级结构,这与预测的PigX参与铁代谢和氧化应激反应及作为Csr D同源物与CSRB家族sRNAs分子结合的功能相吻合。 展开更多
关键词 普城沙雷氏菌 ggdef/eal结构域 pigX基因 生物信息学
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铜绿假单胞菌PAO1中c-di-GMP代谢相关基因PA0575对表型的影响 被引量:3
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作者 詹学良 姚严翔 +2 位作者 芦晓红 郭嘉义 黄卫东 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1927-1934,共8页
【背景】铜绿假单胞菌PAO1中存在与环鸟苷二磷酸(cyclic-di-guanosine monophosphate,c-di-GMP)代谢相关基因PA0575。【目的】探讨铜绿假单胞菌PAO1中环鸟苷二磷酸代谢相关基因PA0575对运动能力及生物膜的影响。【方法】通过PCR对菌株... 【背景】铜绿假单胞菌PAO1中存在与环鸟苷二磷酸(cyclic-di-guanosine monophosphate,c-di-GMP)代谢相关基因PA0575。【目的】探讨铜绿假单胞菌PAO1中环鸟苷二磷酸代谢相关基因PA0575对运动能力及生物膜的影响。【方法】通过PCR对菌株遗传背景进行确认;利用刚果红结合实验及电转PcdrA-gfp质粒间接测量胞内c-di-GMP水平;利用泳动性(swimming)、蜂群泳动(swarming)、蹭行运动(twiching)和生物膜定量实验对细菌进行表型分析,并在运动培养基中添加抗生素研究其对运动能力的影响;针对PA0575基因进行融合蛋白表达载体的构建,并对蛋白进行原核诱导表达。【结果】3株突变体菌株的转座子插入突变位点不一致,胞内c-di-GMP水平检测结果显示,PA0575-1菌株的c-di-GMP含量高于野生型PAO1菌株(P<0.05),PA0575-2、PA0575-3菌株胞内c-di-GMP水平与野生型PAO1菌株无差异(P>0.05)。运动能力检测实验中,与野生型PAO1菌株相比,PA0575-1菌株泳动性增强(P<0.05);PA0575-2、PA0575-3菌株的泳动性、蜂群运动均增强(P<0.05);该基因不同位点的突变均导致氯霉素对菌株的运动能力产生抑制作用。生物膜定量结果显示,与野生型PAO1菌株相比,细菌培养18 h后PA0575-1的生物膜含量降低(P<0.05),PA0575-2、PA0575-3菌株的生物膜含量升高。最后成功构建了PA0575基因不同结构域的8个表达载体,并获得了异源表达蛋白。【结论】PA0575基因降低铜绿假单胞菌胞内c-di-GMP的水平,影响表型的同时也抑制了氯霉素抗性基因的表达。以上研究为PA0575基因对表型的影响奠定了基础。 展开更多
关键词 ggdef/eal结构域 PA0575转座子突变体 铜绿假单胞菌PAO1 环鸟苷二磷酸
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茎瘤固氮根瘤菌ORS571 GGDEF和EAL结构域蛋白的预测及功能研究(英文) 被引量:1
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作者 孙雨 解志红 +1 位作者 刘卫 郭洪恩 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2012-2012,2000-2011,共2页
【目的】环二鸟苷酸c-di-GMP是细菌中广泛存在的第二信使,能够调控多种细胞功能。c-di-GMP的合成与水解分别由含有GGDEF结构域和EAL结构域的蛋白催化。本研究针对茎瘤固氮根瘤菌ORS571的GGDEF和EAL结构域相关蛋白进行基因组学分析,并对... 【目的】环二鸟苷酸c-di-GMP是细菌中广泛存在的第二信使,能够调控多种细胞功能。c-di-GMP的合成与水解分别由含有GGDEF结构域和EAL结构域的蛋白催化。本研究针对茎瘤固氮根瘤菌ORS571的GGDEF和EAL结构域相关蛋白进行基因组学分析,并对三个同时含有GGDEF和EAL结构域的蛋白(AZC3085、AZC3226和AZC4658)进行功能研究。【方法】利用SMART数据库对含有GGDEF和EAL结构域的蛋白进行结构域预测。利用CLUSTALW程序对蛋白序列进行比较分析。通过同源重组的方法构建突变株,并对突变株的细胞运动能力、胞外多糖合成、生物膜形成及与豆科宿主的结瘤等表型进行测定。【结果】茎瘤固氮根瘤菌ORS571中一共存在37个GGDEF和EAL结构域蛋白。突变株?4658的运动能力较野生型有下降,但是其胞外多糖合成能力、生物膜形成能力和竞争性结瘤能力较野生型有提高。此外,实验结果表明突变株?4658的胞内c-di-GMP水平高于野生型。突变株?3085和?3226的各种表型与野生型相比没有明显差异。【结论】茎瘤固氮根瘤菌ORS571编码如此大数量的GGDEF和EAL结构域蛋白,表明c-di-GMP可能在其信号转导过程中起到非常重要的作用。同时具有GGDEF和EAL结构域的蛋白AZC4658对茎瘤固氮根瘤菌ORS571的运动能力、胞外多糖合成、生物膜形成及与宿主的结瘤起到一定的调节作用。 展开更多
关键词 茎瘤固氮根瘤菌ORS571 环二鸟苷酸 ggdef/eal结构域
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鲍曼不动杆菌ATCC17978中第二信使c-di-GMP相关代谢蛋白的生物信息学分析 被引量:1
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作者 乔霞 苏雅静 +2 位作者 魏军 贾伟 赵志军 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2020年第9期1005-1009,1014,共6页
目的采用生物信息学方法分析鲍曼不动杆菌ATCC17978中第二信使环鸟苷-磷酸(c-di-GMP)相关代谢蛋白,预测其性质和编码功能。方法通过在线数据库NCBI查找鲍曼不动杆菌基因组,从中筛选出含有GGDEF/EAL结构域的蛋白,通过MEGA4.0软件构建进... 目的采用生物信息学方法分析鲍曼不动杆菌ATCC17978中第二信使环鸟苷-磷酸(c-di-GMP)相关代谢蛋白,预测其性质和编码功能。方法通过在线数据库NCBI查找鲍曼不动杆菌基因组,从中筛选出含有GGDEF/EAL结构域的蛋白,通过MEGA4.0软件构建进化树进行分析,利用Swiss-Model软件分析该蛋白的三级结构。结果Blast比对显示ATCC17978中含有GGDEF/EAL结构域和c-di-GMP代谢相关的候选蛋白12个,其中含有GGDEF结构域的蛋白10个,含有EAL结构域的蛋白5个,同时含有GGDEF结构域和EAL结构域的蛋白3个。蛋白序列分析含有GGDEF/EAL结构域的蛋白可以分为两类,其中5个蛋白质含有I位点。结构预测分析7个蛋白中含有1个或多个跨膜结构域,其中3个蛋白无跨膜结构域。三级结构预测出9个可信度较高的蛋白。结论鲍曼不动杆菌ATCC17978含有12个与c-di-GMP代谢相关GGDEF/EAL结构域蛋白,为探索c-di-GMP代谢网络奠定了基础。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 环鸟苷二磷酸 ggdef结构域 eal结构域
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A GGDEF and EAL domain‑containing protein in Pseudomonas syringae pv.actinidiae regulates virulence via its diguanylate cyclase activity
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作者 Yudi Wang Mingming Yang +5 位作者 Jinfang Zhou Xianwei Xie Jiabing Ma Yao Wang Xihui Shen Lili Huang 《Phytopathology Research》 2025年第1期1274-1289,共16页
Kiwifruit bacterial canker(KBC),caused by Pseudomonas syringae pv.actinidiae(Psa),poses a severe threat to the global kiwifruit industry,highlighting the urgent need to elucidate its pathogenic mechanisms.Cyclic digua... Kiwifruit bacterial canker(KBC),caused by Pseudomonas syringae pv.actinidiae(Psa),poses a severe threat to the global kiwifruit industry,highlighting the urgent need to elucidate its pathogenic mechanisms.Cyclic diguanylate monophosphate(c-di-GMP)is a bacterial second messenger synthesized by GGDEF domain-containing diguanylate cyclases and degraded by EAL or HD-GYP domain-containing phosphodiesterases.In this study,we characterized PSA_2989,a protein containing both GGDEF and EAL domains,hereafter referred to as DcvP(Diguanylate cyclase regulating virulence in Psa).Biochemical assays demonstrated that DcvP exhibits both DGC and PDE activities in vitro,with DGC activity being more prominent in vivo.Deletion of dcvP enhanced the virulence of Psa on kiwifruit leaves.Transcriptomic and RT-qPCR analyses revealed that DcvP suppresses the expression of type III secretion system(T3SS)genes,flagellar biosynthesis genes,and catalase genes,thereby reducing virulence,motility,and oxidative stress tolerance,primarily through its GGDEF domain.Furthermore,under microaerobic conditions,the expression of dcvP was significantly upregulated,accompanied by increased intracellular c-di-GMP levels and repression of T3SS genes.These results identify DcvP as a negative regulator of Psa virulence through DGC activity and also as being involved in the environmental oxygen response.This work provides new insights into the pathogenic mechanisms of Psa and highlights DcvP as a potential target for KBC control. 展开更多
关键词 Pseudomonas syringae pv.actinidiae Virulence ggdef/eal domain Diguanylate cyclase Phosphodiesterase
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