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gga-miR-30a-5p的表达规律及其对鸡脂肪沉积的调控
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作者 黄华云 刘星 +6 位作者 王钱保 李瑞瑞 杨苗苗 李春苗 吴兆林 孔令琳 赵振华 《中国农业科学》 北大核心 2025年第15期3134-3144,共11页
【目的】miR-30a-5p为miR-30家族成员,其在鸡脂肪沉积中的作用尚未见报道,通过对gga-miR-30a-5p在鸡腹部脂肪及肌内脂肪沉积中的作用研究,为解析鸡腹部脂肪和肌内脂肪生成的机制研究奠定基础。【方法】以优质黄羽肉鸡(矮小型)S3系和隐... 【目的】miR-30a-5p为miR-30家族成员,其在鸡脂肪沉积中的作用尚未见报道,通过对gga-miR-30a-5p在鸡腹部脂肪及肌内脂肪沉积中的作用研究,为解析鸡腹部脂肪和肌内脂肪生成的机制研究奠定基础。【方法】以优质黄羽肉鸡(矮小型)S3系和隐性白羽鸡(RR)为试验对象,利用荧光定量PCR检测gga-miR-30a-5p在腹部脂肪、肝脏和腿肌组织0周(0W)、2、4、8、14和16W及腹部脂肪细胞和肌内脂肪细胞增殖期、分化期的表达变化;腹部脂肪细胞及肌内脂肪细胞中分别转染gga-miR-30a-5p mimics和inhibitor,荧光定量PCR检测ga-miR-30a-5p的表达变化;油红O染色,异丙醇萃取脂滴,检测转染gga-miR-30a-5p mimics和inhibitor后腹部脂肪和肌内脂肪细胞脂滴沉积变化;利用生物信息学分析,预测gga-miR-30a-5p的作用靶基因。【结果】gga-miR-30a-5p在不同组织(腹部脂肪、肝脏和腿肌组织)中的表达存在显著的品种差异性(P<0.05)。在腹部脂肪组织中,0周龄时gga-miR-30a-5p在隐性白羽鸡中的表达显著低于S3系鸡(P<0.05)。S3系和隐性白羽鸡0周龄时gga-miR-30a-5p表达最高,显著高于其他周龄(P<0.05),其他周龄间的表达差异不显著(P>0.05);在肝脏组织中,16周龄时gga-miR-30a-5p在RR鸡中表达显著低于S3系鸡(P<0.05)。在S3系鸡中,16周龄肝脏组织中的gga-miR-30a-5p表达水平显著高于其他周龄(P<0.05),在RR鸡中,16周龄肝脏组织中的gga-miR-30a-5p表达水平显著高于0周龄和8周龄(P<0.05);在腿肌组织中,16周龄时gga-miR-30a-5p在RR鸡中的表达显著低于S3系鸡(P<0.05)。gga-miR-30a-5p在S3系鸡14周龄时表达最低,显著低于2、8和16W(P<0.05),RR鸡腿肌组织各个周龄间的表达差异不显著(P>0.05)。在腹部脂肪细胞中,gga-miR-30a-5p在增殖期的表达显著低于分化期4 d和6 d的表达(P<0.05);肌内脂肪细胞中,增殖期与分化期1 d的表达差异不显著(P>0.05),分化期4 d和6 d的表达水平显著高于增殖期(P<0.05),并且随着分化时间的延长,其表达水平逐渐升高;gga-miR-30a-5p mimics和inhibitor转染腹部脂肪细胞24 h后,gga-miR-30a-5p的表达显著升高和降低,表明gga-miR-30a-5p mimics和inhibitor已成功转染至腹部脂肪细胞;转染gga-miR-30a-5p mimics 3d后,腹部脂肪细胞脂滴沉积能力显著升高;转染gga-miR-30a-5p inhibitor,腹部脂肪细胞脂滴沉积能力则显著降低(P<0.05);gga-miR-30a-5p mimics和inhibitor转染肌内脂肪细胞24 h后,gga-miR-30a-5p的表达显著升高和降低,表明gga-miR-30a-5p mimics和inhibitor已成功转染至肌内脂肪细胞;转染gga-miR-30a-5p mimics 3 d后,肌内脂肪细胞脂滴沉积能力显著升高;转染gga-miR-30a-5p inhibitor后,脂滴沉积能力则显著降低(P<0.05)。靶基因GO、Pathway及蛋白互作分析表明,UBE2I、UBE3C、CUL2、SOSC3和RUNX1可能是gga-miR-30a-5p调控脂肪沉积的预测靶基因。【结论】gga-miR-30a-5p在不同组织中的表达存在显著的品种差异性;gga-miR-30a-5p具有促进腹部脂肪和肌内脂肪沉积的作用,UBE2I、UBE3C、CUL2、SOSC3和RUNX1是重要的候选靶基因。 展开更多
关键词 gga-miR-30a-5p 腹部脂肪 肌内脂肪
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gga-miR-1574-5p生物学功能预测及其与G3BP2基因靶向关系验证
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作者 平玉宇 黄烜 +5 位作者 蔡清清 王强州 王佳兴 白皓 陈世豪 常国斌 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期2981-2991,共11页
【目的】gga-miR-1574-5p是细胞营养匮乏反应相关的miRNA。本研究旨在分析gga-miR-1574-5p功能并鉴定其与G3BP2基因之间的靶向关系,为进一步解析gga-miR-1574-5p的生物学功能提供科学依据。【方法】通过在线工具miRBase获得gga-miR-1574... 【目的】gga-miR-1574-5p是细胞营养匮乏反应相关的miRNA。本研究旨在分析gga-miR-1574-5p功能并鉴定其与G3BP2基因之间的靶向关系,为进一步解析gga-miR-1574-5p的生物学功能提供科学依据。【方法】通过在线工具miRBase获得gga-miR-1574-5p的成熟序列;使用TargetScan数据库预测gga-miR-1574-5p的靶基因进行GO功能与KEGG通路富集分析,并预测其与G3BP2基因的结合位点;使用双荧光素酶报告基因试验验证gga-miR-1574-5p与G3BP2的靶向关系;运用实时荧光定量PCR检测过表达gga-miR-1574-5p对G3BP2基因表达影响;采用Western blotting检测鸡巨噬细胞中gga-miR-1574-5p对G3BP2蛋白的表达影响。【结果】GO功能富集显示,gga-miR-1574-5p的潜在靶基因主要富集于细胞核、细胞质膜等细胞组分;RNA聚合酶Ⅱ的转录调控、RNA聚合酶Ⅱ的正向转录调控等生物过程;以及蛋白质结合、ATP结合等分子功能。KEGG通路富集显示,靶基因主要富集到卵母细胞减数分裂、TGF-β信号通路和线粒体自噬通路等。TargetScan数据库检测到gga-miR-1574-5p种子区与鸡G3BP2基因3′-非翻译区(3′-UTR)存在结合位点;与G3BP2-3′-UTR野生型质粒和NC-mimics共转染组相比,G3BP2-3′-UTR野生型质粒和gga-miR-1574-5p mimics共转染组的双荧光素酶活性极显著降低(P<0.01)。实时荧光定量PCR结果表明,与NC-mimics组相比,转染20 nmol/L gga-miR-1574-5p mimics后对G3BP2基因表达水平无显著影响(P>0.05),而转染30、50 nmol/L gga-miR-1574-5p mimics组中G3BP2基因表达量显著或极显著降低(P<0.05;P<0.01)。Western blotting结果显示,转染gga-miR-1574-5p mimics(20、30、50 nmol/L)后G3BP2蛋白表达水平均极显著低于转染NC-mimics组(P<0.01)。【结论】gga-miR-1574-5p与G3BP2基因存在靶向关系,且gga-miR-1574-5p能通过与G3BP2-3′-UTR特异性结合抑制鸡巨噬细胞中G3BP2基因及蛋白的表达。 展开更多
关键词 gga-miR-1574-5p 靶基因 G3BP2基因 应激颗粒
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gga-miR-27b-3p在鸡脂肪代谢相关组织及细胞中的表达及其关键靶基因的筛选
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作者 杨苗苗 李瑞瑞 +3 位作者 吴香君 张耿铭 黄华云 向海 《中国家禽》 北大核心 2025年第4期1-8,共8页
为了解gga-miR-27b-3p在鸡脂肪沉积中的作用,试验以矮小品系S3和隐性白羽肉鸡为试验素材,荧光定量PCR检测gga-miR-27b-3p在腹脂、肝脏及脂肪细胞中的表达,利用生物信息学分析筛选关键靶基因。结果显示:(1)gga-miR-27b-3p在腹脂、肝脏及... 为了解gga-miR-27b-3p在鸡脂肪沉积中的作用,试验以矮小品系S3和隐性白羽肉鸡为试验素材,荧光定量PCR检测gga-miR-27b-3p在腹脂、肝脏及脂肪细胞中的表达,利用生物信息学分析筛选关键靶基因。结果显示:(1)gga-miR-27b-3p在腹脂、肝脏及脂肪细胞中均有表达,且存在显著的组织和品种差异性(P<0.05)。在腹脂上,gga-miR-27b-3p在0周龄表达有品种差异(P<0.01),S3系在0周龄时显著高于14周龄(P<0.05)和16周龄(P<0.01),隐性白羽肉鸡在0周龄时极显著高于其他周龄(P<0.01);在肝脏上,gga-miR-27b-3p在16周龄有品种差异(P<0.01),S3系在16周龄显著高于其他周龄(P<0.01),隐性白羽肉鸡在16周龄显著高于0周龄(P<0.01)和8周龄(P<0.05)。(2)gga-miR-27b-3p腹脂脂肪细胞分化1 d的表达显著低于分化4 d和6 d(P<0.05);(3)KEGG及蛋白互作分析揭示GRB2、PIK3R3、PDGFRA、ERBB4、MET、KRAS和HGF是gga-miR-27b-3p的潜在靶基因,其中GRB2和PIK3R3尤为关键。Q-PCR结果表明,GRB2基因在腹脂脂肪细胞增殖期的表达量显著高于分化期(P<0.01),PIK3R3基因在分化1 d的表达量显著高于分化4 d和6 d(P<0.01)。综上所述,gga-miR-27b-3p的表达存在显著的品种和组织差异,并可能是通过靶向GRB2和PIK3R3影响脂肪沉积,结果为深入探讨gga-miR-27b-3p的功能和机制提供理论依据和数据支持。 展开更多
关键词 gga-miR-27b-3p 脂肪沉积 脂肪细胞
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鸡不同组织及细胞中gga-miR-103-3p的表达分析及其关键靶基因筛选
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作者 黄华云 李瑞瑞 +7 位作者 杨苗苗 赵振华 王钱保 梁忠 黄正洋 吴兆林 李春苗 韩威 《河南农业科学》 北大核心 2024年第11期147-155,共9页
为初步阐明gga-miR-103-3p对鸡脂肪沉积和肌肉发育的调控作用,采用荧光定量PCR(qPCR)检测gga-miR-103-3p在S3系鸡和隐性白羽鸡(RR)腹部脂肪、肝脏、腿肌及腹部脂肪细胞、肌内脂肪细胞、成肌细胞中的表达情况,并筛选其关键靶基因。结果表... 为初步阐明gga-miR-103-3p对鸡脂肪沉积和肌肉发育的调控作用,采用荧光定量PCR(qPCR)检测gga-miR-103-3p在S3系鸡和隐性白羽鸡(RR)腹部脂肪、肝脏、腿肌及腹部脂肪细胞、肌内脂肪细胞、成肌细胞中的表达情况,并筛选其关键靶基因。结果表明,gga-miR-103-3p在肝脏、腹部脂肪、腿肌及腹部脂肪细胞、肌内脂肪细胞、成肌细胞中均表达,并存在组织和品种(系)差异性。在肝脏中,ggamiR-103-3p在0周龄(0W)S3系鸡中的表达量显著高于RR鸡,对于S3系鸡,16周龄(16W)时gga-miR-103-3p的表达量最高,显著高于0W、2周龄(2W)、8周龄(8W)和14周龄(14W);对于RR鸡,16W和14W时gga-miR-103-3p的表达量显著高于0W和8W。在腹部脂肪中,gga-miR-103-3p在0W RR鸡中的表达量显著高于S3系鸡。2个品种(系)鸡在0W时gga-miR-103-3p的表达量均显著高于2W、8W、14W和16W,S3系鸡的表达量随着发育时期的推进而下降。在腿肌中,gga-miR-103-3p在16W时RR鸡中的表达量显著高于S3系鸡,在0W时则相反;S3系鸡中gga-miR-103-3p的表达量随着发育时期的推进总体上下降,在0W时表达量显著高于其他周龄;RR鸡中gga-miR-103-3p的表达量随着发育时期的推进呈现先下降后升高的趋势,16W时显著高于其他周龄。在腹部脂肪细胞和肌内脂肪细胞中,gga-miR-103-3p在分化4 d和分化6 d的表达量均显著高于增殖期;在成肌细胞中,gga-miR-103-3p的表达量随分化时间的延长而升高,分化5 d和分化7 d时的表达量均显著高于增殖期。gga-miR-103-3p靶基因的GO、KEGG富集及蛋白质互作分析结果表明,FBXW7、CDK6、NF1和PIK3R1是gga-miR-103-3p的重要靶基因,其中FBXW7和PIK3R1基因尤为关键。综上,gga-miR-103-3p可能是通过FBXW7、CDK6、NF1和PIK3R1影响肌肉发育、脂肪沉积,其中FBXW7和PIK3R1基因尤为关键。 展开更多
关键词 脂肪沉积 肌肉发育 gga-miR-103-3p 靶基因
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gga-miR-17-5p在鸡骨骼肌和脂肪沉积相关组织及细胞中的表达差异及其关键靶基因的筛选 被引量:3
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作者 杨苗苗 向海 +7 位作者 李瑞瑞 赵振华 王钱保 黄正洋 李春苗 梁忠 吴兆林 黄华云 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期23-33,共11页
为探究gga-miR-17-5p在鸡脂肪沉积和肌肉发育中的作用,本研究以矮小品系S3(DW)和隐性白羽鸡(RR)为试验素材,分析gga-miR-17-5p在不同时期腿肌、肝脏、腹脂组织及细胞中的表达差异,并通过KEGG及蛋白互作分析筛选关键靶基因。结果表明:1)g... 为探究gga-miR-17-5p在鸡脂肪沉积和肌肉发育中的作用,本研究以矮小品系S3(DW)和隐性白羽鸡(RR)为试验素材,分析gga-miR-17-5p在不同时期腿肌、肝脏、腹脂组织及细胞中的表达差异,并通过KEGG及蛋白互作分析筛选关键靶基因。结果表明:1)gga-miR-17-5p在腹脂、肝脏和腿肌组织中均可表达。在腹脂中,gga-miR-17-5p在0周表达有品种差异(P<0.05),且2个品种在0周时显著高于其他周龄(P<0.05);在肝脏中,gga-miR-17-5p在16周有品种差异(P<0.05),S3系在16周显著高于其他周龄(P<0.05),隐性白羽肉鸡在16周显著高于0周和8周(P<0.05);在腿肌中,gga-miR-17-5p在0周有品种差异(P<0.05),S3系在0周和2周显著于其它周龄(P<0.05),隐性白羽肉鸡在0周显著高于其他周龄(P<0.05)。2)在脂肪细胞中,gga-miR-17-5p在肌内脂肪细胞诱导分化6 d后的表达显著高于增殖期和分化1 d(P<0.05);腹脂细胞分化1 d的表达最低,显著低于增殖期、分化4 d和分化6 d(P<0.05)。3)在成肌细胞中,gga-miR-17-5p的表达量随分化时间的延长而升高,且分化6 d的表达显著高于增殖期(P<0.05)。4)KEGG及蛋白互作分析表明,PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4是gga-miR-17-5p重要的靶基因。RT-qPCR结果表明,PTEN和PIK3R1在成肌细胞增殖期的表达显著高于分化期(P<0.05)。综上,gga-miR-17-5p的表达存在显著的品种和组织差异性,miR-17-5p很可能通过PTEN、MAPK3、PIK3R1、BECN1和PLCB4来影响肌肉发育和脂肪沉积,其中PTEN和PIK3R1尤为关键。本研究为深入研究gga-miR-17-5p的功能和机制提供了坚实的理论基础和数据支撑。 展开更多
关键词 gga-miR-17-5p 脂肪沉积 肌肉发育
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基于第一性原理GGA+U方法研究Si掺杂β-Ga_(2)O_(3)电子结构和光电性质 被引量:1
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作者 张英楠 张敏 +1 位作者 张派 胡文博 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期296-305,共10页
采用基于密度泛函理论的GGA+U方法,计算了本征和Si掺杂β-Ga_(2)O_(3)的形成能、能带结构、态密度、差分电荷密度和光电性质.结果表明,Si取代四面体Ga(1)更容易实验合成,得到的β-Ga_(2)O_(3)带隙和Ga-3d态峰值与实验结果吻合较好,且贫... 采用基于密度泛函理论的GGA+U方法,计算了本征和Si掺杂β-Ga_(2)O_(3)的形成能、能带结构、态密度、差分电荷密度和光电性质.结果表明,Si取代四面体Ga(1)更容易实验合成,得到的β-Ga_(2)O_(3)带隙和Ga-3d态峰值与实验结果吻合较好,且贫氧条件下更倾向于获得有效掺杂.Si掺杂后,总能带向低能端移动,费米能级进入导带,呈现n型导电性;Si-3s轨道电子占据导带底,电子公有化程度加强,电导率明显改善.随着Si掺杂浓度的增加,介电函数ε_(2)(ω)的结果表明,激发导电电子的能力先增强后减弱,与电导率的量化分析结果一致.光学带隙增大,吸收带边上升速度减慢;吸收光谱结果显示Si掺杂β-Ga_(2)O_(3)具有较强的深紫外光电探测能力.计算结果将为下一步Si掺杂β-Ga_(2)O_(3)实验研究和器件设计的创新及优化提供理论参考. 展开更多
关键词 gga+U方法 Si掺杂β-Ga_(2)O_(3) 电子结构 光电性质
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罕见β-珠蛋白基因Codon 24(GGT>GGA)突变导致β-地中海贫血1例及文献分析
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作者 梁文雪 陈成 +2 位作者 李琦 陈萍 张学 《广西医科大学学报》 CAS 2024年第4期585-589,共5页
目的:分析罕见β-珠蛋白基因突变类型、血液学及临床特征。方法:收集疑为β-地中海贫血的病例120例。对病例进行全血细胞分类及计数、血红蛋白(Hb)电泳分析检测。用跨越断裂点PCR方法、荧光PCR熔解曲线方法、DNA测序等分析α-和β-珠蛋... 目的:分析罕见β-珠蛋白基因突变类型、血液学及临床特征。方法:收集疑为β-地中海贫血的病例120例。对病例进行全血细胞分类及计数、血红蛋白(Hb)电泳分析检测。用跨越断裂点PCR方法、荧光PCR熔解曲线方法、DNA测序等分析α-和β-珠蛋白基因突变类型。结果:120例β-地中海贫血病例中,检出1例为罕见β-珠蛋白基因突变,基因分析为Codon 24(GGT>GGA,HBB:c.75T>A)杂合子。该病例为男性,39岁,血常规检测显示:Hb 127.3 g/L,血红细胞(RBC)5.81×10^(12)/L,红细胞平均体积(MCV)70.29 fL,红细胞平均血红蛋白量(MCH)21.94 pg,红细胞平均血红蛋白浓度(MCHC)312.10 g/L。Hb分析显示Hb A_(2)4.5%,Hb F 0.4%。a-地中海贫血基因分析未发现常见的基因突变类型。结论:首次在国内发现罕见β-珠蛋白基因Codon 24(GGT>GGA,HBB:c.75T>A)突变导致β-地中海贫血。该病例在临床上易漏诊,应引起重视。 展开更多
关键词 Β-地中海贫血 Codon 24(GGT>gga) 基因突变 临床表型
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gga-miR-130b-3p对鸡MDCC-MSB1细胞中肿瘤相关基因表达的影响
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作者 李家乐 金涛 +5 位作者 朱国志 陈沈峻 杨林 刘心雨 李升和 赵春芳 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期34-46,共13页
为鉴定MD淋巴瘤转化细胞中gga-miR-130b-3p调控的肿瘤相关基因,本研究在MDV转化的鸡淋巴细胞系MDCC-MSB1中过表达该miRNA,转染48 h后收集并提取RNA,利用高通量测序获得过表达gga-miR-130b-3p组和阴性对照组(Negative control,NC)的转录... 为鉴定MD淋巴瘤转化细胞中gga-miR-130b-3p调控的肿瘤相关基因,本研究在MDV转化的鸡淋巴细胞系MDCC-MSB1中过表达该miRNA,转染48 h后收集并提取RNA,利用高通量测序获得过表达gga-miR-130b-3p组和阴性对照组(Negative control,NC)的转录组数据,筛选这些数据中的差异表达基因(Differential expressed genes,DEGs),对DEGs进行基因本体GO功能富集分析、信号通路分析以及基因集富集分析,筛选过表达ggamiR-130b-3p前后基因表达变化可能参与的信号通路,并对两组中的差异可变剪切进行分析。结果表明:1)与NC组相比,过表达gga-miR-130b-3p组中共鉴定出117个DEGs,其中83个DEGs显著上调,34个DEGs显著下调。其中MCM10、KCNA3、PTK2、FGL2、GPAM、BMP4、LOXL3、DDO和KRAS等基因可能影响MD肿瘤转化。2)DEGs注释到46个GO条目中,其中生物过程包含免疫系统过程等在内的22个条目,分子功能包括10个条目,细胞组分包括14个条目。3)mimics NC和mimics转染组中的DEGs以及微效基因富集到7个与肿瘤发生相关的通路,其中主要是通过甲状腺激素信号途径、胆碱代谢等通路发挥抑癌作用。4)过表达gga-miR-130b-3p后差异可变剪切类型最多的是外显子跳跃(Exon skipped,ES),其次是内含子滞留(Intron retained,IR),最少的是外显子互斥(Mutually exclusive exon,MXE)。综上,gga-miR-130b-3p高表达会引起MSB1细胞中的部分基因差异表达,这些DEGs通过抑癌信号通路抑制MD的肿瘤发展进程,该研究可为解析miRNA在MD肿瘤转化过程中的作用机制提供理论依据。 展开更多
关键词 gga-miR-130b-3p MD肿瘤相关基因 转录组测序 生物信号通路
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GGA2在囊泡转运和相关疾病中作用的研究进展
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作者 陶逸豪 拜尔娜·木太力甫 +3 位作者 祁正芳 刘昶吾 田园 韩洋洋 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期543-550,共8页
囊泡转运(vesicle transport)是大分子及颗粒性物质在细胞器间的跨膜转运方式,参与细胞多项重要的生命活动,如激素分泌、神经递质的释放及信息传递、天然免疫等,反式高尔基体网络(trans-Golgi network,TGN)-内体(endosome)运输作为其中... 囊泡转运(vesicle transport)是大分子及颗粒性物质在细胞器间的跨膜转运方式,参与细胞多项重要的生命活动,如激素分泌、神经递质的释放及信息传递、天然免疫等,反式高尔基体网络(trans-Golgi network,TGN)-内体(endosome)运输作为其中一条途径,参与跨膜蛋白回收和重复利用[1]。TGN-内体运输缺陷引起的蛋白平衡紊乱和细胞功能紊乱,与恶性肿瘤、神经退行性疾病及糖尿病等多种疾病联系密切[2],如胶质瘤细胞中转接蛋白(adaptor pro-tein,AP)复合物1σ3的减少可抑制肿瘤增殖、侵袭和迁移[3];高尔基体相关、含γ-衔接蛋白耳(gamma-adaptin ear,GAE)的ADP核糖基化因子(ADP-ribo-sylation factor,ARF)结合蛋白3(Golgi-associated GAE-containing ARF-binding protein 3,GGA3)功能丧失引起β-分泌酶1(β-secretase 1)轴突积聚导致阿尔茨海默病早期病变[4]。 展开更多
关键词 gga2蛋白 囊泡转运 癌症 阿尔茨海默病 糖尿病
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GGA + U Study of the Optical Properties of α-BeH2
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作者 Uko Ofe 《Open Journal of Applied Sciences》 2024年第6期1507-1511,共5页
The optical properties of α-BeH2 in an Orthorhombic crystal structure with the space group (Ibam) are investigated. We have calculated the optical properties including dielelectric function, refractive index and exti... The optical properties of α-BeH2 in an Orthorhombic crystal structure with the space group (Ibam) are investigated. We have calculated the optical properties including dielelectric function, refractive index and extinction coefficient, using density functional approach. A theoretical explanation of the relationship between the dielectric function and other optical constants has been provided. Furthermore, the real and imaginary components of the dielectric function have been examined. The effects of the exchange-correlation potentials (GGA and GGA + U) applied on this compound’s absorption peaks and edges have also been investigated. It was found that using the GGA + U approximation caused the conduction band to shift, which in turn caused the initial absorption peak to shift. 展开更多
关键词 Dielectric Function Optical Properties gga and gga + U Approximations
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N-Al共掺杂锐钛矿型TiO_2电子结构的GGA+U方法计算 被引量:3
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作者 郑永杰 胡义 +1 位作者 荆涛 田景芝 《材料科学与工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期791-794 926,926,共5页
本文基于密度泛函理论(DFT)的GGA+U方法,应用Materials Studio 5.0软件包中的CASTEP程序模拟计算了Al掺杂锐钛矿型TiO2和N-Al共掺杂锐钛矿型TiO2的电子结构。计算结果表明:Al掺杂和N-Al共掺杂均能够降低TiO2的带隙值。Al掺杂是由于Al的3... 本文基于密度泛函理论(DFT)的GGA+U方法,应用Materials Studio 5.0软件包中的CASTEP程序模拟计算了Al掺杂锐钛矿型TiO2和N-Al共掺杂锐钛矿型TiO2的电子结构。计算结果表明:Al掺杂和N-Al共掺杂均能够降低TiO2的带隙值。Al掺杂是由于Al的3s和3p态使导带底端下移而导致TiO2的带隙变窄;而N-Al共掺杂由于在体系中引入了N2p态,使导带底端向能量更低的方向移动,比Al单独掺杂时具有更低的带隙值。该研究结果很好地解释了Al掺杂以及N-Al共掺杂诱使TiO2的导带底端下移,禁带宽度减小,导致光谱响应范围红移的内在原因。 展开更多
关键词 锐钛矿型TiO2 N-Al共掺杂 gga+U
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chTLR3在传染性法氏囊病病毒感染中的作用及gga-miR-6655-5p对其调控的分子机制 被引量:5
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作者 欧阳伟 钱晶 +5 位作者 王晶宇 夏兴霞 潘群兴 王晓丽 诸玉梅 王永山 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期215-222,233,共9页
为了探讨鸡Toll样受体3(chicken toll-like receptor 3,chTLR3)在传染性法氏囊病病毒(infectious bursal dis-ease virus,IBDV)感染中的作用及microRNA(miRNA)对其调控的分子机制,本研究用IBDV感染DF-1细胞,qRT-PCR和Western blot分析表... 为了探讨鸡Toll样受体3(chicken toll-like receptor 3,chTLR3)在传染性法氏囊病病毒(infectious bursal dis-ease virus,IBDV)感染中的作用及microRNA(miRNA)对其调控的分子机制,本研究用IBDV感染DF-1细胞,qRT-PCR和Western blot分析表明IBDV感染可使DF-1细胞中chTLR3的表达水平显著升高。chTLR3激活表达后可抑制IBDV的复制,进一步分析其机理发现,chTLR3表达上调可激活IFN-β启动子和抗病毒天然免疫基因Mx启动子的活性及NF-κB和IRF-7信号通路。用生物信息学方法和双荧光素酶报告系统分析发现gga-miR-6655-5p可作用于chTLR3的3′UTR;qRT-PCR和Western blot分析表明gga-miR-6655-5p可以使chTLR3的蛋白水平表达降低,但mRNA水平没有变化。本研究表明:gga-miR-6655-5p可以作用于chTLR3的3′UTR负调控chTLR3的表达,抑制IFN-β启动子和Mx启动子活性,使IBDV在细胞中的复制水平提高。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病 传染性法氏囊病病毒 gga-miR-6655-5p chTLR3 抗病毒天然免疫
原文传递
鸡p53抑制传染性法氏囊病病毒复制及gga-miR-2127对其调控的分子机制 被引量:4
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作者 欧阳伟 王永山 +7 位作者 孟凯 潘群兴 王晓丽 夏兴霞 诸玉梅 毕振威 董晨红 张海彬 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期759-766,共8页
传染性法氏囊病(IBD)是由传染性法氏囊病病毒(IBDV)引起的一种高度危害养鸡业的传染病。肿瘤抑制蛋白p53能够抑制多种病毒的复制,但对IBDV复制的影响仍然不清楚。本研究以IBDV为模式病毒,采用体外感染模式,在IBDV感染的DF-1细胞中,p53... 传染性法氏囊病(IBD)是由传染性法氏囊病病毒(IBDV)引起的一种高度危害养鸡业的传染病。肿瘤抑制蛋白p53能够抑制多种病毒的复制,但对IBDV复制的影响仍然不清楚。本研究以IBDV为模式病毒,采用体外感染模式,在IBDV感染的DF-1细胞中,p53的表达水平和活性均显著升高。p53过表达可以抑制IBDV的复制,并激活鸡体抗病毒天然免疫基因(IPS-1、IRF3、PKR、OAS、Mx)的表达水平上调;抑制p53的表达则得到相反的结果;表明p53可以激活鸡体的抗病毒天然免疫反应发挥抗IBDV感染作用。利用生物信息学方法和双荧光素酶报告系统分析发现,gga-miR-2127可以作用于p53 mRNA的3'UTR;荧光定量RT-PCR和免疫印迹分析表明gga-miR-2127可以使p53的蛋白水平表达降低,但mRNA水平没有变化;gga-miR-2127过表达可以使鸡体的抗病毒天然免疫基因表达降低,IBDV复制水平升高。本研究表明:gga-miR-2127可以作用于p53 mRNA的3'UTR调控p53的表达从而影响其下游抗病毒天然免疫基因的表达来发挥抗IBDV感染的作用。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 P53 miRNA gga-miR-2127 天然免疫
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gga-miR-155对MDCC-MSB1细胞生物学行为的影响 被引量:3
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作者 余祖华 丁轲 +11 位作者 郁川 贾艳艳 何雷 廖成水 李静 张春杰 李银聚 吴庭才 程相朝 张梦珂 邱静静 罗俊 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2496-2504,共9页
为了解gga-miR-155对MDCC-MSB1细胞生物学行为的影响,将人工合成的gga-miR-155模拟物、gga-miR-155抑制物以及阴性对照瞬时转染MDCC-MSB1细胞。然后采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测MDCC-MSB1细胞中gga-miR-155的表达水平,CCK-8法检测... 为了解gga-miR-155对MDCC-MSB1细胞生物学行为的影响,将人工合成的gga-miR-155模拟物、gga-miR-155抑制物以及阴性对照瞬时转染MDCC-MSB1细胞。然后采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测MDCC-MSB1细胞中gga-miR-155的表达水平,CCK-8法检测转染后细胞增殖能力的变化,流式细胞术检测MDCC-MSB1细胞的细胞周期与凋亡的变化,Transwell检测MDCC-MSB1细胞的迁移、侵袭能力的变化。结果显示,gga-miR-155模拟物可显著上调MDCC-MSB1细胞gga-miR-155表达水平,促进MDCC-MSB1细胞增殖,细胞G1期细胞减少,S和G2期细胞增加,同时凋亡减少,迁移、侵袭能力增加;gga-miR-155抑制物可显著下调MDCCMSB1细胞gga-miR-155表达水平,抑制MDCC-MSB1细胞增殖,细胞G1期细胞增加、S和G2期细胞减少,同时凋亡增加,迁移、侵袭能力下降。结果表明,gga-miR-155可促进MDCC-MSB1细胞增殖、迁移和侵袭,抑制其凋亡。 展开更多
关键词 gga-miR-155 MDCC-MSB1细胞 细胞增殖 细胞凋亡 迁移 侵袭
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CGT52TGT和GGA57GAA甘露聚糖结合凝集素突变体的构建 被引量:7
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作者 张丽芸 陈政良 王宏伟 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期391-393,共3页
目的 构建CCT52TGT和GGA57GAA 2种甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因突变体。方法 设计2对引物52F/52R和57F/57R(R中引入了点突变),以含汉族人野生型MBL cDNA的重组质粒pGEM-mbl为模板,采用TaKaRa MutanBEST突变试剂盒进行定点突变,以PCR和... 目的 构建CCT52TGT和GGA57GAA 2种甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因突变体。方法 设计2对引物52F/52R和57F/57R(R中引入了点突变),以含汉族人野生型MBL cDNA的重组质粒pGEM-mbl为模板,采用TaKaRa MutanBEST突变试剂盒进行定点突变,以PCR和测序分析进行鉴定。结果 分别用52F/52R和57F/57R为引物对进行PCR,均得到1个约3800 bp的DNA片段,自身连接后获得重组质粒。以SP6/T7P为引物对进行PCR,获得约900 bp的扩增产物。序列分析表明,2种克隆分别除其第52、57位密码变为TGT、GAA外,其余与野生型MBL cDNA完全相同。结论 构建成功CGT52TGT和GGA57GAA MBL基因突变体,为深入探索MBL基因突变引起调理吞噬缺损的机理和MBL分子的结构-功能关系提供了分子模型。 展开更多
关键词 甘露聚糖结合凝集素 CGT52TGT突变体 gga57GAA突变体 定点突变
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用GGA泛函方法研究苯分子在石墨(001)表面的吸附 被引量:1
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作者 王文宁 叶向宇 +3 位作者 李振华 范康年 徐伟 华中一 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第24期2374-2378,共5页
采用GGA近似的PW 91泛函 ,在周期性边界条件下 ,使用平面波基组和超软赝势 ,研究了一系列的苯分子在石墨表面的吸附构型 .我们发现苯分子之间的相互作用对苯在石墨表面的吸附能有较大影响 ,平行和垂直吸附构型分别在 3× 4和 2×... 采用GGA近似的PW 91泛函 ,在周期性边界条件下 ,使用平面波基组和超软赝势 ,研究了一系列的苯分子在石墨表面的吸附构型 .我们发现苯分子之间的相互作用对苯在石墨表面的吸附能有较大影响 ,平行和垂直吸附构型分别在 3× 4和 2× 4超元胞中得到最大的吸附能 .由于垂直吸附的苯分子之间相互作用较强 ,因此在较大的覆盖度下 ,苯分子将倾向于垂直吸附在石墨的表面 . 展开更多
关键词 泛函 吸附能 分子 基组 近似 赝势 构型 gga 方法研究 相互作用
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gga-miR-142-5p负调控chMDA5抗传染性法氏囊病病毒感染的分子机制 被引量:4
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作者 欧阳伟 潘群兴 +5 位作者 钱晶 王晶宇 王晓丽 夏兴霞 诸玉梅 王永山 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2018年第6期24-33,共10页
传染性法氏囊病(infectious bursal disease,IBD)是由传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)引起的一种高度危害养鸡业的传染病。chMDA5在识别病原相关分子模式(pathogen associated molecular pattern,PAMPs)及激... 传染性法氏囊病(infectious bursal disease,IBD)是由传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)引起的一种高度危害养鸡业的传染病。chMDA5在识别病原相关分子模式(pathogen associated molecular pattern,PAMPs)及激活宿主的天然免疫应答中具有重要的作用,但chMDA5识别IBDV的分子机制仍然不清楚。本研究用IBDV感染DT40细胞,在IBDV感染的DT40细胞中,chMDA5的表达水平显著升高。chMDA5过表达可以抑制IBDV的复制,并激活IFN-β promoter和Mx promoter活性,chMDA5抑制表达则得到相反的结果;chMDA5激活IFN-β promoter活性主要是通过IRF7通路。用生物信息学方法和双荧光素酶报告系统分析发现gga-miR-142-5p可作用于chMDA5的3'UTR;qRT-PCR和免疫印迹分析表明gga-miR-142-5p可以使chMDA5的蛋白水平表达降低,但mRNA水平没有变化;gga-miR-142-5p可依赖IRF7通路使IFN-β promoter和Mx promoter活性降低,IBDV复制水平升高。本研究表明,gga-miR-142-5p可以作用于chMDA5的3'UTR负调控chMDA5的表达从而影响其下游IFN-β promoter和Mx promoter活性来发挥抗IBDV感染的作用。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 gga-miR-142-5p chMDA5 天然免疫
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基于GGA优化的PNN方法在气水储层识别中的应用 被引量:1
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作者 张光辉 周文 +2 位作者 张银德 金文辉 包艳 《断块油气田》 CAS 北大核心 2011年第2期228-231,共4页
能够较准确地进行气水层识别一直以来都是油气勘探开发非常关注的一个问题。在认真分析Z气田山2段储层地质特征的基础上。提出了基于格雷码遗传算法优化的概率神经网络方法(GGA—PNN),探索了该方法在气水层识别中的应用。首先综合常... 能够较准确地进行气水层识别一直以来都是油气勘探开发非常关注的一个问题。在认真分析Z气田山2段储层地质特征的基础上。提出了基于格雷码遗传算法优化的概率神经网络方法(GGA—PNN),探索了该方法在气水层识别中的应用。首先综合常规测井资料和试气资料构建59个气水层样本(其中学习样本36个,预测样本23个),并进行数据归一化处理,然后采用格雷码遗传算法采训练PNN平滑参数和隐中心矢量建立起气水层目的层段识别模型。利用该模型对36个建模训练样本进行回判.正确率达100%。然后对23个预测样本进行识别,结果正确的有22个,预测精度达95.65%,其中一个误判样本是把干层判识为气层。由此表明,利用GGA—PNN方法对山2段未知流体属性的正确识别是可行的。 展开更多
关键词 地质特征 流体属性 gga—PNN 气水识别
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gga-miR-9*对传染性法氏囊病病毒复制的影响 被引量:2
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作者 欧阳伟 王永山 +2 位作者 杜希宁 刘华洁 张海彬 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1127-1133,共7页
为研究gga-miR-9*对传染性法氏囊病病毒(IBDV)复制的影响,采用化学合成的方法合成ggamiR-9*模拟物,然后用其转染DF-1细胞,接种IBDV,分别收集上清液和细胞,测定IBDV的效价和干扰素(IFN)含量;进一步用生物信息学方法预测gga-miR-9*的靶基... 为研究gga-miR-9*对传染性法氏囊病病毒(IBDV)复制的影响,采用化学合成的方法合成ggamiR-9*模拟物,然后用其转染DF-1细胞,接种IBDV,分别收集上清液和细胞,测定IBDV的效价和干扰素(IFN)含量;进一步用生物信息学方法预测gga-miR-9*的靶基因,并分别用双荧光素酶报告系统、Western-blot、qRT-PCR和RNA干扰对其靶基因进行验证。结果显示,gga-miR-9*模拟物能够促进IBDV的复制,抑制IFN的产生;gga-miR-9*可靶向降解IRF2mRNA和抑制IRF2蛋白的翻译;IRF2被敲除的DF-1细胞感染IBDV后的复制效价(106.25 TCID50/0.1mL)高于miRNA阴性对照组的效价(105.25 TCID50/0.1mL)。结果表明,细胞gga-miR-9*促进IBDV复制的分子作用机理是在IRF2基因转录后水平上抑制细胞天然免疫功能而发生的。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 miRNA gga-miR-9* SIRNA
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gga-miR-21过表达细胞株对传染性法氏囊病病毒复制的影响 被引量:2
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作者 欧阳伟 朱向东 +4 位作者 王永山 王永强 潘群兴 毕振威 王笑梅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期847-853,共7页
为研究microRNA(gga-miR-21)对传染性法氏囊病病毒(IBDV)复制的影响,本研究利用PCR方法从鸡的肝细胞基因组中扩增细胞pri-gga-miR-21,克隆于慢病毒表达质粒pL-EGFP中构建重组质粒pL-miR-21。将pL-miR-21与3个包装质粒pLP1、pLP2和pLP/V... 为研究microRNA(gga-miR-21)对传染性法氏囊病病毒(IBDV)复制的影响,本研究利用PCR方法从鸡的肝细胞基因组中扩增细胞pri-gga-miR-21,克隆于慢病毒表达质粒pL-EGFP中构建重组质粒pL-miR-21。将pL-miR-21与3个包装质粒pLP1、pLP2和pLP/VSVG共转染293FT细胞,制备含gga-miR-21基因的重组慢病毒VL+miR-21。将VL+miR-21感染DF-1细胞,经杀稻瘟菌素筛选获得过表达gga-miR-21的细胞株DF-miR-21,采用定量RT-PCR(qRT-PCR)检测表明,gga-miR-21的表达量比正常DF-1细胞提高60%。将IBDV接种于DF-miR-21细胞,在96 h后,其病毒滴度(104.75TCID50/0.1 mL)显著低于正常DF-1细胞的病毒滴度(108.75TCID50/0.1 mL)。采用生物信息学方法和双荧光素酶报告系统分析验证,在IBDV基因组VP1基因中存在gga-miR-21的结合靶点。将IBDV感染DF-miR-21细胞,采用western blot分析,VP1蛋白的表达量比正常DF-1细胞显著降低;用qRT-PCR分析,VP1 mRNA水平与正常DF-1细胞没有明显差异。本实验结果表明:细胞gga-miR-21可以抑制IBDV的复制,其分子作用机理是在VP1基因翻译水平上实现的。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 miRNA gga-miR-21 慢病毒表达系统 病毒复制
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