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A generalized supervised classification scheme to produce provincial wetland inventory maps:an application of Google Earth Engine for big geo data processing 被引量:5
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作者 Meisam Amani Brian Brisco +5 位作者 Majid Afshar S.Mohammad Mirmazloumi Sahel Mahdavi Sayyed Mohammad Javad Mirzadeh Weimin Huang Jean Granger 《Big Earth Data》 EI 2019年第4期378-394,共17页
Wetlands are important natural resources due to their numerous ecological services.Consequently,identifying their locations and extents is imperative.The stability,repeatability,cost-effectiveness,multi-scale coverage... Wetlands are important natural resources due to their numerous ecological services.Consequently,identifying their locations and extents is imperative.The stability,repeatability,cost-effectiveness,multi-scale coverage,and proper spatial resolution imagery of satellites provide a valuable opportunity for their use in various large-scale applications,such as provincial wetland mapping.To do so,it is required to(1)process and classify big geo data(i.e.a large amount of satellite datasets)in a time-and computationally-efficient approach and(2)collect a large amount of field samples.In this study,Google Earth Engine(GEE)and machine learning algorithms were utilized to process thousands of remote sensing images and produce provincial wetland inventory maps of the three Canadian provinces of Manitoba,Quebec,and Newfoundland and Labrador(NL).Additionally,using GEE,a generalized supervised classification method is proposed to produce a regional wetland map from a large area(e.g.,a province)when lacking field samples.In fact,using the field data from only Manitoba and assuming that all wetlands in Canada have similar characteristics,the wetland maps were generated for the other two provinces.The overall classification accuracies for Manitoba,Quebec,and NL were 84%,78%,and 82%,respectively,indicating the high potential of the proposed method for aiding provincial wetland inventory systems. 展开更多
关键词 WETLANDS remote sensing Google Earth Engine big geo data image classification
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Geo-Data Science:Leveraging Geoscience Research with Geoinformatics,Semantics and Open Data
2
作者 MA Xiaogang 《Acta Geologica Sinica(English Edition)》 SCIE CAS CSCD 2019年第S01期44-47,共4页
1 Key concepts underpinning geo-data science Geoinformatics and Geomathematics Computers have been used for data collection,management,analysis,and transmission in geoscience for about 70 years since the 1950s (Merria... 1 Key concepts underpinning geo-data science Geoinformatics and Geomathematics Computers have been used for data collection,management,analysis,and transmission in geoscience for about 70 years since the 1950s (Merriam,2001;2004).The term geoinformatics is widely used to describe such activities.In real-world practices,researchers in both geography and geoscience are using the term geoinformatics. 展开更多
关键词 geo-data SCIENCE CYBERINFRASTRUCTURE data interoperability EXPLORATORY data analysis
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基于GEO数据集和网络药理学探讨枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的分子生物学机制
3
作者 郑志锋 温小丽 +3 位作者 罗辉 白庆云 钟叶 王博龙 《井冈山大学学报(自然科学版)》 2025年第2期58-67,共10页
本研究依托TCMSP数据库和SwissTarget Prediction平台预测枳实薤白桂枝汤活性成分靶基因;基于GEO数据集分析冠心病差异基因;筛选活性成分靶基因与冠心病差异基因的共有基因。借助Cytoscape软件、STRING数据库分别构建活性成分-靶基因网... 本研究依托TCMSP数据库和SwissTarget Prediction平台预测枳实薤白桂枝汤活性成分靶基因;基于GEO数据集分析冠心病差异基因;筛选活性成分靶基因与冠心病差异基因的共有基因。借助Cytoscape软件、STRING数据库分别构建活性成分-靶基因网络及PPI网络以挖掘核心成分及关键靶基因;再利用DAVID 6.8和Omicshare平台开展关键靶基因的GO富集和KEGG富集;最后使用AutoDock Vina软件将枳实薤白桂枝汤关键靶点与核心成分进行对接。发现31个枳实薤白桂枝汤活性成分通过APP、VEGFA、MAPK8、SRC、CREB1、JUN、BCL2L1、MMP9、TLR4、HSP90AA1十个关键靶基因,参与细胞凋亡过程的负调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等主要生物过程;调控流体剪切应力和动脉粥样硬化、松弛素信号通路、雌激素信号通路、HIF-1信号通路以及多条免疫炎症信号通路;核心成分和厚朴酚能与APP、VEGFA、BCL2L1、JUN等关键靶点结合。由此可见,枳实薤白桂枝汤能多成分、多靶点协同治疗冠心病,其主要作用机制包括调控流体剪切应力和动脉粥样硬化、调节免疫炎症,抗缺氧等。 展开更多
关键词 枳实薤白桂枝汤 冠心病 网络药理学 geo数据集 分子机制
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基于数据融合及GA-BP算法的GEO高能电子通量预测
4
作者 陈建飞 方美华 +2 位作者 吴康 宋定一 王彪 《中国空间科学技术(中英文)》 北大核心 2025年第2期124-132,共9页
为了提高GEO大于2 MeV电子通量提前一天的预测效率,采用基于模拟退火算法和最小二乘拟合的数据融合算法处理GOES系列卫星电子通量数据,以融合后的数据为基础建立遗传算法优化BP神经网络(GA-BP)模型。模型输入参数包括太阳风速度、地磁指... 为了提高GEO大于2 MeV电子通量提前一天的预测效率,采用基于模拟退火算法和最小二乘拟合的数据融合算法处理GOES系列卫星电子通量数据,以融合后的数据为基础建立遗传算法优化BP神经网络(GA-BP)模型。模型输入参数包括太阳风速度、地磁指数(包括SYM/H、Ap、AU、AE、Dst)、大于0.6 MeV电子积分通量和大于2 MeV电子积分历史通量,各参数的时间分辨率均为日均值;同时以1999-2007年的数据为训练集,使用数据融合后的GA-BP模型预测2008-2010年的电子积分通量,将预测结果与其他经典模型的预测结果进行比较。结果表明:采用模拟退火算法将位于75°W区域的卫星数据投影到135°W区域,数据误差变小,融合效果更好;大于2 MeV电子通量提前1天预测效率为0.863,最高预测效率可达0.931,优于以往很多模型的预测精度。 展开更多
关键词 geo卫星 GA-BP算法 模拟退火算法 数据融合 高能电子通量预测 深层充电
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GEO数据库架构、申请及数据提取方法与流程 被引量:10
5
作者 闫小妮 田国祥 +3 位作者 郭晓娟 李豹 张军 吕军 《中国循证心血管医学杂志》 2019年第2期134-137,共4页
基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus),简称GEO数据库,由美国生物技术信息中心(NCBI)开发的一个完全公开的高通量基因分子丰度数据库,是一个公共功能基因组数据存储库,接受基于数组和序列的数据。该数据库主要储存基因表达数据... 基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus),简称GEO数据库,由美国生物技术信息中心(NCBI)开发的一个完全公开的高通量基因分子丰度数据库,是一个公共功能基因组数据存储库,接受基于数组和序列的数据。该数据库主要储存基因表达数据,涵盖多个生物学领域的高通量实验数据,其提供工具帮助用户查询和下载实验和管理基因表达谱,为生物信息学研究提供了大量与疾病相关的基因表达谱信息。研究者通过对基因芯片提供的大量基因表达谱数据信息的深度挖掘和分析,有助于了解基因的功能以及基因间的相互作用关系,解读基因表达的代谢过程,分析基因的遗传特征和功能,研究疾病的发生发展规律,为疾病的诊断与治疗提供科学参考。本文旨在介绍GEO数据库的架构、申请方式及公开数据的提取方法。 展开更多
关键词 基因表达 geo 数据库 申请 数据提取
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锂离子蓄电池组在GEO卫星上的应用 被引量:5
6
作者 罗萍 谭玲生 +2 位作者 王捷 李雅琳 崔振海 《电源技术》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期1-2,15,共3页
锂离子蓄电池组是继镉镍电池组、氢镍电池组之后的第三代空间储能电源,介绍了锂离子蓄电池组应用于GEO轨道的LAOSAT-1卫星的设计、性能测试与考核、在轨管理策略、在轨运行情况等。
关键词 锂离子蓄电池组 geo卫星 在轨遥测数据
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用于基因数据挖掘的基因表达数据库GEO 被引量:19
7
作者 余海浪 马文丽 郑文岭 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期96-103,共8页
使用高通量方法学来检测基因表达情况在最近几年已非常普遍。微集芯片技术可同时定量成千上万的基因转录本。基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus简称GEO)是目前最大的而且完全公开的高通量分子丰度数据库,主要储存基因表达数... 使用高通量方法学来检测基因表达情况在最近几年已非常普遍。微集芯片技术可同时定量成千上万的基因转录本。基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus简称GEO)是目前最大的而且完全公开的高通量分子丰度数据库,主要储存基因表达数据。该数据库以一个灵活开放的设计理念,允许用户或科研人员来递呈,保存和检索多种不同类型的数据。综述了近年来该数据库在基因表达数据挖掘中的应用,同时介绍一些通过使用用户友好网络界面能有效探索、查询和再现数百个实验和数百万个基因表达谱的工具,以方便数据进行挖掘和可视化。登录GEO公用数据库的网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo。 展开更多
关键词 geo DNA微阵列 基因表达 数据挖掘
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Development of geo-electrical meter based on networking 被引量:3
8
作者 王兰炜 赵家骝 《地震学报》 CSCD 北大核心 2008年第5期484-490,共7页
Further development of earthquake equipments is closely associated with that of computer technology. Because Embedded PC104 module has the equivalent functions of PC,it has been widely used in recent years,and can pro... Further development of earthquake equipments is closely associated with that of computer technology. Because Embedded PC104 module has the equivalent functions of PC,it has been widely used in recent years,and can provide a new and flexible hardware design environment,but its applications in observation instruments of earth-quake precursor are rare. The present paper introduces in detail the realization of a networked geo-electrical meter by applying the low price,high reliability embedded PC104 industrial computer. 展开更多
关键词 网络 嵌入式PC104 电阻率仪 数据通信
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基于X3D/XML的组件式3维WebGIS平台:Geo-SD SHIP体系结构研究 被引量:1
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作者 王涛 陈曦 +3 位作者 罗格平 王伟胜 包安明 丁励强 《中国图象图形学报》 CSCD 北大核心 2006年第3期410-418,共9页
鉴于数据提供者与数据需求者之间的矛盾是促使W ebG IS产生、发展的直接动力,为此围绕着在W eb环境下如何以3维空间可视化方式来实现地理空间数据共享与互操作的问题,以X3D/XML数据流作为不同结构的地理空间数据之间联系的桥梁,建立了... 鉴于数据提供者与数据需求者之间的矛盾是促使W ebG IS产生、发展的直接动力,为此围绕着在W eb环境下如何以3维空间可视化方式来实现地理空间数据共享与互操作的问题,以X3D/XML数据流作为不同结构的地理空间数据之间联系的桥梁,建立了一种新的组件式W ebG IS体系结构———Geo-SD SH IP(Geo-Spatial DataSharing and Hand ling Integrated P latform)。为了更好地阐述基于X3D/XML的组件式3维W ebG IS平台的有效性、可行性,首先对Geo-SD SH IP体系结构组成及其特点进行了深入的阐述,并给出了Geo-SD SH IP体系结构框架图;接着,详细介绍了基于X3D/XML的Geo-SD SH IP体系结构中各组件实现的关键技术,如W eb-3D虚拟地理场景的创建、用VC++.Net和ArcOb jects来构建X3D/XML数据转换组件和G IS空间分析组件,以及用VC++.Net结合OpenGL图形函数库来实现X3D/XML数据解析组件等;最后,举例说明了Geo-SD SH IP体系结构的数据转换服务请求/响应过程、数据需求服务请求/响应过程,并通过在国家自然基金项目和中国科学院知识创新工程重要方向性项目中的成功应用,证明了Geo-SD SH IP体系结构的有效性和可行性。 展开更多
关键词 空间数据共享和互操作 虚拟现实 WEBGIS 可扩张3维(X3D) 可扩张语言(XML)
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基于HBase和GeoTools的矢量空间数据存储模型研究 被引量:15
10
作者 郑坤 付艳丽 《计算机应用与软件》 CSCD 2015年第3期23-26,共4页
针对非结构化数据库HBase存储技术的研究,提出一种矢量空间数据存储模型,对现有的矢量空间数据格式进行转换存储,以解决云存储技术缺乏空间数据拓扑关系描述及不能直接存储矢量空间数据的问题。该模型利用了列模式和key/value映射的稀... 针对非结构化数据库HBase存储技术的研究,提出一种矢量空间数据存储模型,对现有的矢量空间数据格式进行转换存储,以解决云存储技术缺乏空间数据拓扑关系描述及不能直接存储矢量空间数据的问题。该模型利用了列模式和key/value映射的稀疏存储机制,并采用基于GeoTools中间件的思想对矢量空间数据展示其空间拓扑关系。在HBase集群上的实验表明,该模型克服了HBase存储技术在矢量空间数据存储方面的瓶颈,在其体现空间拓扑关系的前提下,对矢量空间数据可以直接存取和展示,提高了空间数据存储效率。 展开更多
关键词 矢量数据存储模型 HBASE geoTools
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基于用户星地固系位置速度数据的GEO终端天线指向算法 被引量:3
11
作者 李荣 闫剑虹 孙正海 《空间电子技术》 2012年第1期45-49,共5页
文章通过用户星地固系位置、速度数据和GEO卫星6根轨道参数,在星载控制器上计算用户星GEO终端天线的指向角度。该算法已在星上成功应用,指向精度和运算速度满足星上使用要求。
关键词 geo卫星 地固系位置速度数据 用户星 指向
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基于GEOimage的SPOT5数据处理 被引量:4
12
作者 毕艳玲 《林业调查规划》 2005年第2期11-15,共5页
2003年10月,应用SPOT5卫星影像在云南省沾益县进行了森林资源遥感调查。以性价比较高,对SPOT5支持较好的GEOimage软件为平台,总结了SPOT5正射纠正、分辨率融合、彩色合成、地图制作等影像处理方法和关键技术,并作了精度分析。
关键词 SPOT5 数据处理 2003年10月 遥感调查 森林资源 卫星影像 正射纠正 彩色合成 关键技术 处理方法 地图制作 精度分析 沾益县 云南省 性价比 分辨率
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基于GEO芯片和分子对接探讨小檗碱治疗溃疡性结肠炎活动期的机制 被引量:1
13
作者 王喜霞 刘金响 +4 位作者 马小兵 史英 张桥 高二鹏 张益珊 《中国中医急症》 2024年第9期1508-1511,1534,共5页
目的通过GEO芯片数据和分子对接探寻小檗碱治疗溃疡性结肠炎(UC)活动期的潜在机制。方法利用PharmMapper获取小檗碱分子靶点;检索GEO数据库中UC相关芯片数据,借助R语言分析差异基因;对小檗碱分子靶标与UC差异基因进行富集分析;将小檗碱... 目的通过GEO芯片数据和分子对接探寻小檗碱治疗溃疡性结肠炎(UC)活动期的潜在机制。方法利用PharmMapper获取小檗碱分子靶点;检索GEO数据库中UC相关芯片数据,借助R语言分析差异基因;对小檗碱分子靶标与UC差异基因进行富集分析;将小檗碱分子靶点与UC差异基因的交集作为关键基因,通过Cytoscape软件寻找潜在基因蛋白;利用分子对接技术分析小檗碱分子与UC关键基因、潜在基因蛋白的结合情况。结果筛选出小檗碱分子靶点255个;对GEO数据库的GSE107499芯片分析,筛选出860个差异基因,包括545个上调基因和315个下调基因;比对UC差异基因与小檗碱靶点KEGG富集分析,推测小檗碱治疗UC与调节趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路及PPAR信号通路关系密切;对小檗碱治疗UC的关键基因网络拓扑分析,筛选出11个小檗碱治疗UC潜在基因蛋白,分子对接验证表明配体与受体具有较好的结合活性。结论小檗碱通过多靶点、多途径发挥对UC的治疗作用,其机制可能与调节T细胞免疫和炎症因子水平有关。 展开更多
关键词 溃疡性结肠炎 小檗碱 geo数据挖掘 分子对接 作用机制
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基于网络药理学联合GEO数据分析探讨银杏叶治疗糖尿病肾病的作用机制 被引量:6
14
作者 庞欣欣 彭紫凝 +3 位作者 邢玉凤 石秀杰 张雅歌 韩佳瑞 《中国医药生物技术》 2020年第6期584-593,共10页
目的通过网络药理学研究方法,联合GEO数据库分析验证,探讨中药银杏叶治疗糖尿病肾病的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶的有效成分和靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库查找与糖尿病肾... 目的通过网络药理学研究方法,联合GEO数据库分析验证,探讨中药银杏叶治疗糖尿病肾病的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶的有效成分和靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库查找与糖尿病肾病相关的靶点。利用Cytoscape软件分析银杏叶治疗糖尿病肾病的作用靶点与有效成分之间关系网络。分析GEO数据库芯片,验证关键靶点。通过DAVID数据库分析银杏叶治疗糖尿病肾病的有效靶点的生物学功能和作用机制。结果根据口服利用度和药物相似性原则筛选出银杏叶有效成分27个,筛选出的有效成分作用靶点201个。在GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库中筛选出有关糖尿病肾病靶点10 859个。通过Cytoscape软件筛选,得到银杏叶治疗糖尿病肾病的关系网络共621条。GEO芯片分析验证,前5个关键靶基因VEGFA和CASP3具有差异显著性。采用DAVID数据库进行GO和KEGG分析,得到晚期糖基化终末产物及受体、流体剪切应力与动脉粥样硬化、炎症、细胞凋亡等关键信号通路。结论该研究初步揭示,银杏叶通过多靶点、多通路治疗糖尿病肾病,其有效作用靶点主要通过蛋白激酶、炎症因子、血管内皮生长因子等作用于多条信号通路,其中AGEs-RAGE信号通路是其发挥治疗作用的重要通路。银杏叶可能直接或间接参与调节氧化应激、炎症、细胞凋亡等作用机制治疗糖尿病肾病,为今后分子生物学实验奠定了基础。 展开更多
关键词 银杏叶 糖尿病肾病 网络药理学 geo数据 作用机制
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基于GEO芯片数据挖掘和网络药理学探讨芪归抵挡汤调控糖尿病肾病“代谢记忆”的作用机制 被引量:3
15
作者 范丽妃 鲁玉辉 +3 位作者 郭玉琴 胡婷婷 陈小梅 林敏 《中药药理与临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期20-26,共7页
目的:基于基因芯片数据挖掘和网络药理学研究芪归抵挡汤治疗糖尿病肾病(DKD)分子机制。方法:利用相关数据平台,挖掘芪归抵挡汤治疗DKD的活性成分和作用靶点,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。最终,通过体内实验验证芪归抵挡汤调控糖尿... 目的:基于基因芯片数据挖掘和网络药理学研究芪归抵挡汤治疗糖尿病肾病(DKD)分子机制。方法:利用相关数据平台,挖掘芪归抵挡汤治疗DKD的活性成分和作用靶点,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。最终,通过体内实验验证芪归抵挡汤调控糖尿病肾病的作用机制。结果:芪归抵挡汤共获得349个潜在靶点,GEO数据库分析获得具有显著性差异基因有841个,将二者取交集共获得45个交集靶点,经复合网络筛选出槲皮素、山柰酚、芦荟大黄素、常春藤皂苷元和β-谷甾醇等重要成分;CASP3、EGF、CXCL8、CCL2及ICAM1等治疗DKD的重要核心靶点。GO功能富集显示,药物反应、炎症反应和对缺氧的反应等在生物过程中富集度较高,质膜、细胞溶质和细胞外空间等在细胞组分中富集度高,蛋白质结合、受体结合和整合素结合等在分子功能中富集度较高;KEGG分析表明该方药效基础主要与AGE-RAGE、甲型流感、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、EB病毒感染和NF-κB等信号通路有关。体内研究发现,与正常对照组比较,模型对照组小鼠FBG含量明显升高,血清Scr、BUN含量明显增加,肾组织中AGE、RAGE、Caspase-3蛋白表达上调(P<0.01);与模型对照组比较,芪归抵挡汤3.34 g/kg组可有效改善db/db小鼠血糖和肾功能(P<0.01),显著减轻肾脏病理损伤,下调AGEs-RAGE信号通路相关的AGE、RAGE、Caspase-3蛋白的表达(P<0.01);与白藜芦醇组比较,芪归抵挡汤3.34 g/kg组小鼠治疗6 w、12 w FBG含量,Scr含量明显降低,肾组织AGE、RAGE、Caspase-3蛋白表达明显下调(P<0.05或P<0.01)。结论:芪归抵挡汤可有效降低糖尿病肾病小鼠的血糖水平、改善肾脏功能及病理损伤,并可调控AGEs-RAGE信号通路,具有清除糖尿病肾病“代谢记忆”潜能。 展开更多
关键词 芪归抵挡汤 糖尿病肾病 代谢记忆 网络药理学 基因表达综合数据库数据芯片
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北斗全球系统GEO卫星SBAS信号质量评估 被引量:8
16
作者 蒲俊宇 李晓杰 +2 位作者 郭睿 唐成盼 王梦兰 《天文学进展》 CSCD 北大核心 2020年第4期448-456,共9页
北斗全球卫星导航系统在实现基本导航服务的基础上,还将为中国及其周边地区提供星基增强的服务模式。北斗全球系统在GEO卫星下行频点BDSBAS-B1C和BDSBAS-B2a分别播发RTCA DO-229D协议和DFMC-SBAS协议的星基增强信息。根据SBAS接口协议文... 北斗全球卫星导航系统在实现基本导航服务的基础上,还将为中国及其周边地区提供星基增强的服务模式。北斗全球系统在GEO卫星下行频点BDSBAS-B1C和BDSBAS-B2a分别播发RTCA DO-229D协议和DFMC-SBAS协议的星基增强信息。根据SBAS接口协议文件,北斗全球系统GEO卫星可在BDSBAS-B1C和BDSBAS-B2a两个频点与GPS卫星实现无系统偏差的联合增强定位,这将一定程度上改善BDSBAS系统GPS用户的区域PDOP值。从数据完整率、载噪比和多路径误差三个角度对北斗全球系统GEO-1卫星在频点BDSBAS-B1C和BDSBAS-B2a上的信号质量进行评估,并分别与GPS卫星在L1CA和L5频点上完成对比分析,结果表明:GEO-1卫星在中国区域的SBAS信号质量优于GPS卫星。 展开更多
关键词 北斗全球系统 geo卫星 星基增强 数据完整率 载噪比 多路径误差
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网络药理学联合GEO数据挖掘与分子对接探究桔梗-鱼腥草治疗非小细胞肺癌的作用机制 被引量:4
17
作者 李永顺 谢嘉嘉 +3 位作者 周继红 张立 陈树超 欧阳子琛 《新中医》 CAS 2023年第15期138-145,共8页
目的:通过网络药理学联合GEO数据挖掘以及分子对接技术探究桔梗-鱼腥草药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集桔梗-鱼腥草活性成分及其作用靶点,在Gencards、OMIM和GEO数据... 目的:通过网络药理学联合GEO数据挖掘以及分子对接技术探究桔梗-鱼腥草药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库搜集桔梗-鱼腥草活性成分及其作用靶点,在Gencards、OMIM和GEO数据库获取疾病相关靶点,将二者靶点取交集获取桔梗-鱼腥草与NSCLC的共同靶点,并使用Cytoscape3.9.0软件进行药物-活性成分-靶点互作网络构建获取核心成分。通过String网站对药物-疾病共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析得到核心靶点。使用Metascape平台对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。最后运用AutoDock和PyMol软件对核心成分和核心靶点进行分子对接和可视化处理。结果:共获得药物活性成分7个,药物-疾病共同靶点139个。其中核心活性成分3个:槲皮素、木犀草素、山奈酚;核心靶点5个:TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR。GO分析得到2281个相关条目。KEGG分析得到326条信号通路。分子对接显示槲皮素、木犀草素、山奈酚与TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR之间均具有较强亲和力。结论:桔梗-鱼腥草药对可能通过TP53、AKT1、JUN、TNF、EGFR等靶点和癌症通路、PI3K-AKT信号通路等途径发挥抗NSCLC的作用。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 桔梗-鱼腥草 网络药理学 geo数据挖掘 分子对接
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基于GeoServer的地学数据共享系统设计与实现 被引量:5
18
作者 郭鹏程 李广宇 《工程建设与设计》 2017年第15期142-145,共4页
地学数据是国民经济建设和社会发展的重要支撑,数据资料共享是推进地学研究的重要手段。论文针对当前地学数据安全共享面临的问题,综合运用计算机网络、GIS和数据库技术,提出了一个基于Open GIS规范的共享解决方案,设计了共享系统的整... 地学数据是国民经济建设和社会发展的重要支撑,数据资料共享是推进地学研究的重要手段。论文针对当前地学数据安全共享面临的问题,综合运用计算机网络、GIS和数据库技术,提出了一个基于Open GIS规范的共享解决方案,设计了共享系统的整体框架、数据库结构及系统的详细功能模块,并以海南省1:250万基础地质空间数据共享为例,基于开源软件Geo Server进行了系统实现,使多源、异构的空间数据能够有机地整合并实现信息的共享和交互。可为解决地学数据共享中的问题提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 geo SERVER 地学数据 OPENGIS 数据共享
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基于GEO数据库的牛肌内脂肪差异表达基因的生物信息学分析
19
作者 田佺 王思寒 +4 位作者 刘磊 赵祎 张君正 李钟淑 戢爽 《饲料研究》 CAS 北大核心 2021年第12期67-70,共4页
试验利用生物信息学方法挖掘牛肌内脂肪差异表达基因(DEGs),从基因表达综合数据库(GEO)下载牛肌内脂肪和皮下脂肪基因芯片数据集,初步筛选获得DEGs。采用稳健排序整合算法(RRA)分析,获得稳健DEGs。对稳健DEGs进行基因本体论(GO)和京都... 试验利用生物信息学方法挖掘牛肌内脂肪差异表达基因(DEGs),从基因表达综合数据库(GEO)下载牛肌内脂肪和皮下脂肪基因芯片数据集,初步筛选获得DEGs。采用稳健排序整合算法(RRA)分析,获得稳健DEGs。对稳健DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)注释。联合String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互作网络(PPI)筛选核心基因。结果显示,从GSE 136981和GSE39006两套数据集的3个分组中共分析获得18个稳健DEGs,其中17个基因显著上调,1个基因显著下调。上调基因显著富集到14个KEGG通路和9个GO条目,PPI网络中MYOZ1、ACTN3和MYOT等10个基因被筛选为关键基因。研究表明,MYOZ1、ACTN3和MYOT等10个稳健DEGs可能参与调控牛肌内脂肪的形成。 展开更多
关键词 肌内脂肪 生物信息学 差异表达基因 geo数据库 数据挖掘
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ArcGIS平台与Geo-Slope软件三维地层数据自动转换技术研究 被引量:3
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作者 曾盛 张彬 +1 位作者 沈细中 张中俭 《工程勘察》 2017年第11期53-59,共7页
ArcGIS作为常用GIS平台,多用于存储海量地理信息数据,将ArcGIS平台与相关岩土计算软件有机融合,是实现岩土工程实时分析功能的有效途径,但目前尚不能实现ArcGIS三维地层模型数据与岩土计算软件(如Geo-Slope)所需的输入数据间有效兼容。... ArcGIS作为常用GIS平台,多用于存储海量地理信息数据,将ArcGIS平台与相关岩土计算软件有机融合,是实现岩土工程实时分析功能的有效途径,但目前尚不能实现ArcGIS三维地层模型数据与岩土计算软件(如Geo-Slope)所需的输入数据间有效兼容。本文研究两个软件支持的文件格式类型及解析方式,提出了基于点集DXF文件和XML文件的地层数据转换与预处理方案。基于该方案开发数据转换与预处理程序,使三维地层模型向二维边坡模型的剖切、划分、数据整合与转化等操作流程自动化,初步实现从ArcGIS中导出能被Geo-Slope兼容的剖面数据文件并在过程中完成数据预处理,以取代人工耦合方式。以淮河淮北堤防工程为例,对数据转换与预处理方案进行分析,验证该技术与软件的实用性。 展开更多
关键词 ARCGIS geo-Slope 三维地层 数据转换 DXF 数据预处理
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