目的基于网络药理学联合GEO芯片分析的方法,研究苗药红花龙胆治疗胃癌的靶点和分子机制。方法使用SwissTargetPrediction数据库收集各成分作用靶点。通过GEO芯片提取胃癌的差异表达基因,运用R语言绘制热图和火山图。借助Cytoscape 3.9....目的基于网络药理学联合GEO芯片分析的方法,研究苗药红花龙胆治疗胃癌的靶点和分子机制。方法使用SwissTargetPrediction数据库收集各成分作用靶点。通过GEO芯片提取胃癌的差异表达基因,运用R语言绘制热图和火山图。借助Cytoscape 3.9.0软件构建红花龙胆与胃癌的成分-靶点网络图,STRING平台进行蛋白互作分析,并对交集基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用Discovery Studio 2019软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果筛选获得红花龙胆活性成分16个,GEO数据库获得胃癌差异表达基因1143个,红花龙胆治疗胃癌的潜在靶点31个。生物功能和通路富集分析表明,红花龙胆治疗胃癌主要涉及激素代谢、氧化还原、碳酸脱水酶的活性等方面,通过调节肿瘤坏死因子(TNF)、癌症相关信号通路等信号通路发挥治疗胃癌的作用,分子对接结果表明预测靶点最多的活性成分槲皮素、木犀草素等与核心靶点MMP9均具有较强的结合能力。结论初步揭示了红花龙胆治疗胃癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为后续验证红花龙胆抗胃癌的分子机制提供思路。展开更多
目的基于GEO基因芯片及网络药理学和分子对接技术探究火把花根片(HBHGT)治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)的作用机制。方法从DrugBank、OMIM、GeneCards3个疾病数据库结合GEO基因芯片获得IgAN的疾病靶点。从中药系统药理学数据库与分...目的基于GEO基因芯片及网络药理学和分子对接技术探究火把花根片(HBHGT)治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)的作用机制。方法从DrugBank、OMIM、GeneCards3个疾病数据库结合GEO基因芯片获得IgAN的疾病靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、本草组鉴、BATMAN-TCM 3个中药数据库、相关文献以及SwissTargetPrediction数据库获得HBHGT的主要成分和靶点。对HBHGT-IgAN交集利用STRING构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选出关键靶点。进行基因本体(gene ontology,GO)注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析后对关键成分及关键靶点进行分子对接验证。结果HBHGT治疗IgAN的核心成分为雷公藤红素、雷公藤甲素等,核心靶点有白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、纤维连接蛋白1(fibronectin1,FN1)、白蛋白(albumin,ALB)等,分子对接显示大部分靶点与成分有着较好的结合活性。HBHGT治疗IgAN通路主要有核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等信号通路。结论火把花根片可通过多靶点、多通路来介导免疫和炎症反应,修复血管损伤,改善肾脏炎症,减少蛋白尿及血尿,延缓IgAN的进展,以达到治疗IgAN的效果。展开更多
文摘目的基于网络药理学联合GEO芯片分析的方法,研究苗药红花龙胆治疗胃癌的靶点和分子机制。方法使用SwissTargetPrediction数据库收集各成分作用靶点。通过GEO芯片提取胃癌的差异表达基因,运用R语言绘制热图和火山图。借助Cytoscape 3.9.0软件构建红花龙胆与胃癌的成分-靶点网络图,STRING平台进行蛋白互作分析,并对交集基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用Discovery Studio 2019软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果筛选获得红花龙胆活性成分16个,GEO数据库获得胃癌差异表达基因1143个,红花龙胆治疗胃癌的潜在靶点31个。生物功能和通路富集分析表明,红花龙胆治疗胃癌主要涉及激素代谢、氧化还原、碳酸脱水酶的活性等方面,通过调节肿瘤坏死因子(TNF)、癌症相关信号通路等信号通路发挥治疗胃癌的作用,分子对接结果表明预测靶点最多的活性成分槲皮素、木犀草素等与核心靶点MMP9均具有较强的结合能力。结论初步揭示了红花龙胆治疗胃癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为后续验证红花龙胆抗胃癌的分子机制提供思路。
文摘目的基于GEO基因芯片及网络药理学和分子对接技术探究火把花根片(HBHGT)治疗IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)的作用机制。方法从DrugBank、OMIM、GeneCards3个疾病数据库结合GEO基因芯片获得IgAN的疾病靶点。从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、本草组鉴、BATMAN-TCM 3个中药数据库、相关文献以及SwissTargetPrediction数据库获得HBHGT的主要成分和靶点。对HBHGT-IgAN交集利用STRING构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选出关键靶点。进行基因本体(gene ontology,GO)注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析后对关键成分及关键靶点进行分子对接验证。结果HBHGT治疗IgAN的核心成分为雷公藤红素、雷公藤甲素等,核心靶点有白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、纤维连接蛋白1(fibronectin1,FN1)、白蛋白(albumin,ALB)等,分子对接显示大部分靶点与成分有着较好的结合活性。HBHGT治疗IgAN通路主要有核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等信号通路。结论火把花根片可通过多靶点、多通路来介导免疫和炎症反应,修复血管损伤,改善肾脏炎症,减少蛋白尿及血尿,延缓IgAN的进展,以达到治疗IgAN的效果。
