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题名秋石斛RT-qPCR内参基因的筛选与验证
被引量：11
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作者
侯天泽
易双双
张志群
王健
李崇晖
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机构
海南大学园艺学院
中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所
海南省热带观赏植物种质创新利用工程技术研究中心
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出处
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2489-2501,共13页
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基金
国家重点研发计划项目(2018YFD1000405)
海南省基础与应用基础研究计划(自然科学领域)高层次人才项目(2019RC308)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(1630032020035,1630032017024)。
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文摘
为了筛选出秋石斛中稳定表达的内参基因用于实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析,以不同品种和不同发育阶段花芽(包括花瓣、唇瓣和萼片)为材料,使用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件计算了常用的7个候选内参基因表达的稳定性,使用RefFinder对其稳定性进行综合评价,并对筛选出的内参基因进行了验证。结果表明,各内参基因在秋石斛花芽中的表达稳定性差异较大,在不同品种同一发育阶段的花芽中β-actin、TUA和GADPH表达最稳定;在花芽发育过程中β-actin、TUA和CYP表达最稳定;而对于花器官不同组织,β-actin、TUA和GADPH在萼片中,β-actin、CYP和PGK在花瓣中,CYP、TUA和PGK在唇瓣中表达最稳定。
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关键词
秋石斛
花芽
发育阶段
组织
实时荧光定量PCR
内参基因
基因表达
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Keywords
Phalaenopsis-type Dendrobium hybrid
floral bud
developmental stage
tissues
RT-qPCR
reference gene
gene expression
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分类号
S682.31
[农业科学—观赏园艺]
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题名杜仲雄花芽2个发育时期转录组分析
被引量：4
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作者
朱利利
杜庆鑫
何凤
庆军
杜红岩
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机构
中国林业科学研究院经济林研究开发中心
国家林业局杜仲工程技术研究中心
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出处
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期284-292,共9页
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基金
"十三五"国家重点研发计划(2017YFD0600702)。
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文摘
杜仲(Eucommia ulmoides)雄花富含多种活性成分和营养成分,具有重要的药用和营养价值。为了揭示杜仲雄蕊原基发育相关基因的表达情况,为杜仲雄花芽发育分子调控机制研究提供理论参考。本文以杜仲良种"华仲11号"("Huazhong No.11")为材料,采用lllumina高通量测序技术,分别对苞叶原基分化期和雄蕊原基分化期的花芽进行转录组测序,通过生物信息学对2个发育时期的转录组进行比较分析,筛选出与雄花芽形态发育相关的差异基因。结果显示,转录组测序共获得40.48 Gb过滤数据,各样品的clean reads与杜仲基因组进行序列比对,比对效率为90.56%~93.01%。在2个发育时期筛选出583个差异表达基因,其中在雄蕊原基发育期上调基因315个,下调基因267个。差异基因GO和KEGG功能分析显示,差异基因富集在与生长发育、光周期途径、激素合成和信号传导、碳代谢等相关的生物过程和代谢通路。结果显示光周期途径是杜仲成花诱导的重要途径,同时雄花芽在形态分化过程中受碳水化合物、植物激素和其他代谢物质调控。此外,MADS-box家族成员FLC、SOC1、AGL3和AGL8参与杜仲雄蕊器官发育。本研究为杜仲花发育基因调控提供了基础数据,也为雄花用杜仲的分子育种提供了参考。
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关键词
杜仲
雄花芽
不同发育时期
转录组测序
差异表达基因
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Keywords
Eucommia ulmoides
male floral bud
different developmental stages
transcriptome
differentially expressed genes
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分类号
S722.3
[农业科学—林木遗传育种]
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题名杜仲雌花芽2个发育时期转录组分析
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作者
朱利利
庆军
何凤
杜庆鑫
杜红岩
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机构
中国林业科学研究院经济林研究开发中心
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出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期1123-1130,共8页
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基金
“十三五”国家重点研发计划(2017YFD0600702)资助。
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文摘
杜仲(Eucommia ulmoides)的果实是提取杜仲胶和杜仲籽油的重要原材料,在工业、医疗、食品等领域开发前景广阔。为了揭示雌蕊原基发育相关基因的表达情况,本研究以杜仲果用良种‘华仲6号’(Huazhong No.6)为材料,利用lllumina Hiseq X-10高通量测序平台,分别对花序原基分化期和雌蕊原基分化期的花芽进行转录组测序,通过生物信息学对2个发育时期的雌花芽转录组进行比较分析,筛选出与杜仲雌蕊原基发育相关的差异基因。结果显示,转录组测序共获得68.11 Gb数据,各样品的Clean reads与杜仲基因组进行序列比对,比对效率为91.59%~92.05%,同时2个发育时期共筛选出485个差异表达基因,其中219个差异基因在雌蕊原基分化期表达上调,266个表达下调。差异基因GO富集结果表明,花的发育、光周期现象、激素生物合成以及蛋白结合转录因子活性等相关的生物途径被富集。KEGG富集结果表明淀粉和蔗糖代谢、碳代谢、昼夜节律和植物激素信号转导等代谢通路被富集。结果表明光周期途径是诱导杜仲成花的重要途径,且雌蕊原基发育受碳水化合物、植物激素和其他代谢物质调控。本研究为杜仲花器官发育调控基因的挖掘提供了基础数据,也为果用杜仲的分子育种提供了参考。
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关键词
杜仲
雌花芽
2个发育时期
转录组分析
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Keywords
Eucommia ulmoides
Female floral bud
Two developmental stages
Transcriptome
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分类号
S567.19
[农业科学—中草药栽培]
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