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结核分枝杆菌FadD3结构与功能的生物信息学分析 被引量：8
1
作者 袁方 廖泽容 +1 位作者 张璐 陈元晓 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2015年第5期406-409,413,共5页
目的应用生物信息学分析软件预测结核分枝杆菌脂酰辅酶A合成酶(FadD3)氨基酸序列的结构与功能。方法应用生物信息学在线工具NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、Expasy(http://ca.expasy.org/)、SWISSMODEL(http://swissmodel.expasy.... 目的应用生物信息学分析软件预测结核分枝杆菌脂酰辅酶A合成酶(FadD3)氨基酸序列的结构与功能。方法应用生物信息学在线工具NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、Expasy(http://ca.expasy.org/)、SWISSMODEL(http://swissmodel.expasy.org/)、客户端软件clustalx等进行多重序列比较、同源性分析、同源模建及蛋白功能活性位点分析;应用ProtParam软件(http://web.expasy.org/protparam)预测FadD3基因编码FadD3的蛋白理化性质;采用最小值进化法(the Minimum Evolution method)构建分子进化树。结果 FadD3(Mt-FACS)与其他物种的脂酰辅酶A合成酶(FACS)含相同的保守序列及催化活性位点,第174-185氨基酸残基是AMP结合部位,也是FadD3的保守区域;第422-497氨基酸残基是FACS与底物(脂酸)结合的部位,亦是结核分枝杆菌脂酰辅酶A合成酶的C末端。分子进化分析表明结核分枝杆菌脂酰辅酶A合成酶(Mt-FACS)与睾丸酮丛毛单胞菌脂酰辅酶A合成酶(CtFACS)的进化关系较近,与黑腹果蝇脂酰辅酶A合成酶(Dm-FACS)的进化关系较远。结论生物信息学预测提示FadD3是结核分枝杆菌脂类代谢及耐药性研究的潜在靶蛋白。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 脂酰辅酶A合成酶 结构 功能 生物信息学
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结核分枝杆菌H37Ra FadD3基因克隆与表达研究 被引量：4
2
作者 袁方 陈元晓 +1 位作者 Stephanie Dawes Edward N.Baker 《云南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期600-605,共6页
为探索FadD3在结核分枝杆菌胆固醇分解代谢中的作用,从结核分枝杆菌H37Ra的全基因组中克隆了FadD3基因,并在大肠杆菌BL21中表达.根据NCBI公布的结核分枝杆菌全基因组序列设计一对引物,PCR扩增FadD3基因.PCR扩增产物与克隆载体pGEM3Zf(+... 为探索FadD3在结核分枝杆菌胆固醇分解代谢中的作用,从结核分枝杆菌H37Ra的全基因组中克隆了FadD3基因,并在大肠杆菌BL21中表达.根据NCBI公布的结核分枝杆菌全基因组序列设计一对引物,PCR扩增FadD3基因.PCR扩增产物与克隆载体pGEM3Zf(+)进行拼接,得到重组基因FadD3-pGEM3Zf(+),再转化到大肠杆菌DH5ɑ得到克隆.PCR检测阳性克隆,再与表达载体pYUB28b拼接,得到重组质粒FadD3-pYUB28b.阳性重组质粒亚克隆到大肠杆菌BL21宿主菌进行自体诱导表达.经过表型筛选及鉴定分析,已成功构建了重组表达质粒FadD3-pYUB28b.SDS-PAGE和Western blotting证实,重组基因FadD3-pYUB28b在大肠杆菌BL21中有表达产物.实验结果表明,以pYUB28b为表达载体,FadD3重组基因在大肠杆菌表达体系于温度分别为18,28℃有包涵体形式的表达蛋白,在37℃无表达产物. 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 H37RA fadd3 基因克隆 表达
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